MDV Meq基因簇miRNAs基因缺失株的致病性

为了探讨Meq基因簇microRNAs（Meq-clusteredmiRNAs）对马立克氏病病毒（Marek’Sdiseasevirus，MDV）致病性的影响．本研究将MDVMeq—clusteredmiRNAs基因缺失株GX0101AMeq—miRNAs感染1日龄SPF鸡，并于感染后90d内进行毒株致死率、致肿瘤率、鸡体质量、免疫器官指数和鸡血液中病毒含量等方面的检测。结果显示：1日龄SPF鸡在接种Gxol01AMeq—miRNAs后90d内累计死亡率和眼观肿瘤发生率分别为4％和8％，与亲本株GX0101BAC相比分别下降了23．5倍和2．5倍；与鸡胚成纤维细胞（chickenfibroblastcells，CEF）阴性对照相比，GX0101△Meq—miRNAs感染鸡在整个试验期间体质量差异均不显著（P〉0．05）；在感染后14～21d，GX0101△Meq—miRNAs组的法氏囊指数和胸腺指数均显著降低（P〈0．05）；与亲本株相比，GX0101／XMeq—miRNAs在血液中的含量及导致的显微肿瘤发生率均下降。结果表明：MDVMeq—clusteredmiRNAs基因的缺失降低了MDV的致病性，Meq—clusteredmiRNAs具有调控MDV致病性的功能。

miRNA-497与miRNA-195基因簇在宫颈癌组织中的表达及预测靶基因的生物信息学分析

目的探讨miRNA-497-195基因簇在宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miRNA-497-195基因簇在宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法收集2010年3月～2012年3月在广西壮族自治区人民医院就诊患者的宫颈标本,利用miRNA芯片技术检测宫颈病变组织中miRNA表达谱,用real-time RT-PCR进行验证;采用real-time RT-PCR检测miRNA-497和miRNA-195在宫颈病变组织中的表达情况,并用Spearman法进行miRNA-497与miRNA-195相关性分析。通过生物信息学预测miRNA-497和miRNA-195的靶基因,并对其靶基因进行GO（gene ontology）功能富集分析及信号转导通路富集分析。结果芯片结果显示,宫颈癌及高度鳞状上皮内瘤变中miRNA-195和miRNA-497表现为下调（均P〈0.05）。real-time RT-PCR结果显示,miRNA-497和miRNA-195在宫颈癌组织中表现为下调,且表达存在显著性相关（r=0.983,P〈0.05）。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因大量重合,且集合功能也大量重合,并富集于细胞周期调控、生物学过程调控、转录调控、基因表达及核苷酸代谢过程等生物学过程,以及蛋白结合、核酸结合、蛋白激酶活性、连接酶活性等分子功能（P〈0.01）;KEGG通路分析涉及癌症通路、p53信号通路、GnRH信号通路、细胞外因子信号通路等信号传导通路及直肠癌、前列腺癌、甲状腺癌、黑色素瘤、慢性粒细胞性白血病、非小细胞肺癌等疾病通路（P〈0.05）。结论 miRNA-195和miRNA-497在宫颈癌组织中呈现低表达,二者表达呈显著正相关,miRNA-497-195基因簇可能是宫颈癌的抑制因子。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因功能大量重合,并显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。

绵羊血浆外泌体中miR-485-3p、miR-154-3p/5p基因簇生物信息学分析

该文以新吉细毛羊与小尾寒羊为研究对象。使用miRBase数据库、GO功能分析和KEGG通路富集分析等生物信息学方式对miR-485-3p、miR-154-3p/5p基因簇进行靶基因预测和分析。结果表明:miR-485-3p交集靶基因72个、miR-154-3p交集靶基因29个、miR-154-5p交集靶基因23个。GO功能分析与KEGG分析提示靶基因可与小蛋白偶联进行蛋白质修饰、和蛋白质泛素化以及细胞衰老、昼夜节律和NOD样受体通路相关;转录因子预测可知共同转录因子为235个;通过TF-miRNA-mRNA调控网络图可知,miR-485-3p、miR-154-3p和miR-154-5p基因簇上游转录因子和下游靶基因共同调控生物体过程;分析提示TRIM28、ZNF92和SPI1等转录因子在mRNA上游扩大miRNA基因簇强沉默功能,使oar-miR-485-3P、oar-miR-154-3p和oar-miR-154-5p通过靶基因DYRK1A参与细胞周期、细胞增殖和细胞凋亡从而影响羊毛纤维机制的表达。

套层细胞淋巴瘤细胞系中染色体13q31-q32上miR-17-92基因簇的DNA序列研究

为了研究B细胞淋巴瘤的染色体13q31-q32上miR-17-92基因簇的特点,观察B细胞淋巴瘤中miR-17-92基因簇在基因组DNA水平上是否存在改变,及其对miR-17-92基因簇的表达和与淋巴瘤发生关系的影响。应用PCR和DNA序列测定技术检测Rec1、G519和Z138三个套细胞淋巴瘤(mantel cell lymphoma,MCL)细胞系中染色体13q31-q32上miR-17-92基因簇。结果表明,3个MCL细胞系的miR-17-92基因簇DNA序列与正常人的序列比对完全一致。由此可以认为,MCL细胞系中miR-17-92基因簇在DNA序列上没有异常改变,不是miR-17-92基因簇的过度表达原因。

miR-106-363基因簇在脊椎动物中的进化分析

microRNA(miRNA)是一类在真核生物体内广泛表达的非编码小分子RNA,在生物体生长、发育以及疾病发生等过程中都起着极其重要的作用。miR-106-363基因簇是一个高度保守的基因簇,编码miR-106、miR-18、miR-20、miR-19、miR-92和miR-363等6个miRNA。本文通过对miRBase数据库检索以及同源搜索的方法在16种脊椎动物中搜索到了miR-106-363基因簇。该miRNA基因簇在高等脊椎动物中高度保守,稳定存在。系统进化树分析表明,miR-106-363基因簇与miR-17-92基因簇有着共同的祖先,且在进化上miR-17-92基因簇有着更早的起源。

LAT基因簇miRNA的CRISPR/Cas9基因编辑对马立克病病毒体外复制的影响分析

病毒编码的microRNA(miRNA)在马立克病病毒(MDV)的复制、潜伏感染及诱导肿瘤发生中发挥重要的调控功能。血清1型MDV(MDV-1)编码的26个成熟体miRNA在基因组中形成3个基因簇,分别命名为Meq、Mid和LAT miRNA基因簇。本文利用CRISPR/Cas9基因编辑技术,以超强毒株(vvMDV)国内代表株GX0101为研究对象,设计并合成一系列可实现LAT基因簇miRNA编辑缺失的特异性gRNA组合,成功构建了一株LAT基因簇miRNA缺失毒株GX?LAT-miRs-C21-15。经DNA测序分析、IFA鉴定及RT-qPCR分析,证实LAT基因簇miRNA被完全编辑缺失。该基因缺失毒株传代稳定性良好,miRNA的缺失不影响MDV的体外复制及相关基因表达。本研究基于CRISPR/Cas9系统,获得了稳定的LAT基因簇miRNA编辑缺失毒株,为后续相关miRNA的功能研究奠定了重要基础。

基于基因簇判别的人类miRNA功能预测研究

随着新一代测序技术的不断发展,面对海量的序列数据,如果仅靠生物实验的方法来挖掘微RNA(microRNA,miRNA)的基因功能似乎不可能,因此,通过判别新miRNA家族归属来预测其相关生物学功能为实际生物实验的研究开辟新的思路。该文运用基因簇判别方法,基于原始家族信息,对未确定家族归属或新发现的miRNA进行判别,确定其基因家族。研究发现,同一家族的成熟体miRNA成员序列之间存在高度相似性,并且参与相同的调控通路或作用于相同的靶基因,具有相似的生物学功能。因此,通过基因簇判别预测新miRNA家族归属,对新miRNA的基因表达实验与验证具有十分重要的指导意义。

miRNA的生物形成及调控基因表达机制

微RNA(microRNA,miRNA)通过调节靶基因的表达水平影响细胞分化、增殖、凋亡等特性,在生物的生长发育和疾病发生发展中发挥重要的作用。将miRNA用于基因功能研究,药物靶点验证,基因治疗等领域有非常好的前景。揭示miRNA的生成和加工过程以及miRNA调节靶基因基因表达水平的作用机制对于阐述miRNA在生理病理过程中的作用有重要意义。因此,本文对miRNA的发生,成熟以及作用机制的研究进展作综述。

MicroRNA基因簇的多样性与进化

microRNA(miRNA)基因簇是一类miRNA基因在染色体上成簇排列形成的基因群.在动植物基因组中,已发现存在大量簇生排列的miRNA基因.然而这种簇生排列方式所具有的功能意义尚不完全清楚.miRNA基因簇常位于一个多顺反子内,通过共表达在胚胎发育、细胞周期和细胞分化等诸多方面发挥协同调控的功能.基于近些年来的研究进展,本文综述了miRNA基因簇在动物染色体上分布的多样性,表达与功能的协同性,以及重复和转座介导下miRNA基因簇产生与消亡的适应性进化过程.