五种杨树叶绿体DNA的提取及RFLP分析

近几年,叶绿体DNA的研究越来越受到重视,因为叶绿体不仅是植物光合作用的器官,而且DNA分子结构紧凑,相对于核DNA而言,分子量小,结构简单,更易从分予水平上作精细分析。另外,叶绿体DNA具有稳定性、进化缓慢性及编码序列的保守性,因而是研究植物系统发育的好材料。虽然在许多植物中,叶绿体DNA分子非常保守。

茶树叶绿体DNA的PCR-RFLP反应体系优化

通过正交设计对影响茶树聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)反应体系的主要因素进行优化,快速确立适合茶树叶绿体DNA PCR-RFLP分析的扩增体系和酶切体系。结果表明:最佳PCR扩增体系为100ng模板DNA、200μmol/L dNTPs、1.5mmol/L MgCl2、50ng叶绿体引物、3U TaqDNA聚合酶、加ddH2O至25μL;最佳酶切体系为6μL扩增产物用量、2U限制性内切酶量、1×限制性内切酶buffer、加ddH2O至15μL,37℃酶切6h。利用优化的反应体系,对30个茶树品种叶绿体DNA进行PCR-RFLP扩增,可获得清晰扩增图谱和多态性酶切图谱。

基于DNA条形码和PCR-RFLP技术的进口紫草ITS2序列特征研究

目的:基于DNA条形码和PCR-RFLP技术研究进口紫草ITS2序列的特征,为市场紫草药材和饮片的质量控制与真伪鉴别提供参考依据。方法:选用ITS2区域作为对进口紫草和紫草对照药材进行比较、鉴定的DNA条形码序列,并基于DNA条形码和PCR-RFLP技术比较不同来源进口紫草的ITS2序列与紫草对照药材的异同。结果:39份进口紫草样品经限制性内切酶AluI酶切后,其产物的琼脂糖凝胶电泳检测结果显示,仅DH3在500 bp左右有条带,而在100~300 bp无条带,其余样品均在100~300 bp有2条或3条明显条带;进口紫草样品与紫草对照药材的ITS2序列进行比对,其中样品DH3与紫草对照药材的碱基差异最多,有15个碱基差异,样品F2与紫草对照药材的ITS2序列一致,其他进口紫草样品与紫草对照药材的碱基差异为1~9个碱基;从聚类结果中可以看出进口紫草样品DH3与其他进口紫草样品和紫草对照药材均明显区分,独自为一枝,而与紫草对照药材共同聚为一枝且支持率≥50%的样品共有14个。结论:选用ITS2区域,基于DNA条形码和PCR-RFLP技术,比较了进口紫草与紫草对照药材ITS2序列的异同,为紫草药材及饮片的有效鉴定提供参考依据,为紫草药材的市场监管提供有力保障。

土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取

建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。

青海湖裸鲤mtDNA遗传多样性的初步研究

本文用BclⅠ、AvaⅠ、BamHⅠ、PstⅠ、KpnⅠ、PvuⅡ共 6种限制性内切核酸酶 ,分析了 15尾青海湖裸鲤mtDNA的限制性片段长度多态性 ,共检测出 2 0个酶切位点 ,发现BclⅠ、BamHⅠ和PvuⅡ三种酶切类型具有多态性。根据不同个体mtDNA的酶切类型 ,青海湖裸鲤存在 4种mtDNA单倍型 ,计算mtDNA多态度π值为 0 .0 0 43,初步认为青海湖裸鲤在线粒体DNA上存在较丰富的群体内变异。

家养双峰驼线粒体DNA遗传多样性的研究

利用ＡｐａⅠ、ＡｖａⅠ、ＢａｍＨⅠ、ＢｃⅠ、ＢｇｌⅠ、ＢｇｌⅡ、Ｄｒａｌ、ＥｃｏＲⅠ、ＥｃｏＲⅤ、ＨｉｎｄⅢ、 ＫｐｎⅠ、 ＰｖｕⅡ、 ＳａｃⅠ、 ＳａｌⅠ、ＳｃａⅠ、 ＳｍａⅠ、 ＸｂａⅠ和 Ｘｈｏｌ １８种限制性内切酶的 ｍｔＤＮＡ限制 性片段长度多态（ＲＦＬＰ）分析，对我国双峰驼３个类群的遗传多样性及其亲缘关系进行了研 究。结果表明，在双峰驼ｍｔＤＮＡ中未发现长度变异和个体内异质现象；从３个类群的８７个个 体中，共检出了３５种限制性态型，１２种ｍｔＤＮＡ单倍型，家驼群内核苷酸歧异度（π）为０．２２７％， 这表明我国的家驼在ｍｔＤＮＡ水平存在较丰富的遗传多样性；单倍型分布的差异显著性检验 及单倍型的共享度分析表明，ｍｔＤＮＡ在这３个类群之间没有明显的遗传分化，其较丰富的遗 传变异主要来自群体内的差异，与类群间的遗传分化关系不大；通过ｍｔＤＮＡ单倍型间聚类分 析，可将家驼整个群体划分为Ａ、Ｂ两大类，Ａ型分布频率为９４．２６％，Ｂ型为５．７４％，且其分化程 度较高，遗传距离（Ｐ）为０. ０４６４。

板齿鼠线粒体DNA的研究

本文应用ＡｐａＩ、ＢａｍＨＩ、ＢｃｌＩ、ＢｇｌＩ、ＣｌａＩ、ＥｃｏＲＩ、ＥｃｏＲＶ、ＨｉｎｄＩＩ、ＰｓｔＩ、ＰｖｕＩＩ、ＳａｃＩ、ＳｃａＩ和ＸｂａＩ等１３种限制性内切酶对板齿鼠线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）进行限制性片段长度多态（ＲＦＬＰ）分析，并用双酶解法构建其限制性内切酶图谱。结果表明板齿鼠存在３种ｍｔＤＮＡ单倍型，可通过限制酶ＰｖｕＩＩ、ＨｉｎｄＩＩ和ＡｐａＩ区分，呈现ＤＮＡ多态性和种内遗传变异。与小家鼠、褐家鼠ｍｔＤＮＡ限制性片段的数据相比较，板齿鼠和这两种鼠ｍｔＤＮＡ存在明显差异。板齿鼠ｍｔＤＮＡ限制性内切酶图谱的建立，为进一步系统研究鼠科动物的遗传分化提供了依据。

家蚕卵线粒体DNA限制性内切酶长度多态性研究

利用 2 9种限制性内切酶对 34个不同品种家蚕卵mtDNA进行酶切分析 ,发现一化、二化品种与多化品种的HaeⅢ酶切图谱有差异 ,但不同的地理品种间没有出现酶切多态性现象。另外 ,一些家蚕品种的受精卵和非受精卵mtDNA在BglⅠ和PstⅠ酶切下 ,呈现不同的酶切带型。同时 。

不同宿主肝片吸虫DNA限制性片段长度多态性分析

本文首次对分离自黄牛、水牛和牦牛的肝片吸虫的基因组DNA，以BamHⅠ、BglⅡ、EcoRⅠ、HindⅢ和PStⅠ等6种限制性内切酶消化后进行琼脂糖电泳，分析比较它们基因组DNA的限制性片段长度多态性（RestrictionFragmentLengthPolymorphism，RFLP）；同时用地高车标记的牦牛肝片吸虫基因组DNA为探针对不同宿主肝片吸虫DNA进行Southern印迹杂交，限制性内切酸酶切结果显示只有两种限制性内切酶（BamHⅠ和EcoRⅠ）在寄生于牦牛的肝片吸虫中检测到多态性，而水牛肝片吸虫与黄牛肝片吸虫基因组DNA之间没有检测到多态性，根据此结果计算了牦牛肝片吸虫与黄牛肝片吸虫和水牛肝片吸虫基因型间的遗传距离，Southern杂交结果显示牦牛肝片吸虫基因DNA的杂交谱带与黄牛肝片吸虫、水牛肝片吸虫基因组DNA的杂交港带存在一定的差异，本文的实验结果表明牦牛肝片吸虫与黄牛肝片吸虫、水牛肝片吸虫的亲缘关系相对较远，而水牛肝片吸虫与黄牛肝片吸虫的亲缘关系较近。

稻属叶绿体DNA限制性片段长度多态性

对稻属（oryza）的14个种和李氏禾属（Leersia）的2个种共138份材料进行了叶绿体DNA限制性片段长度多态性的分析。用内切酶EcoRI酶切、4个叶绿体DNA探针杂交，共发现1o种叶绿体DNA变异类型。在稻属各个种内没有观察到叶绿体DNA的变异，叶绿体DNA变异类型基本上以稻属的染色体组型水平划分，因此认为精属的叶绿体DNA在进化过程中变异程度很低。推测CCDD组的o．alta、o．grandiglumis和o．latifolia及CC组的o．officinals和o.eichingeri各有共同的原始祖先。遗传距离分析显示CC、CCDD、BBCC组之间亲缘关系很近，这3个组与EE组亲缘关系也较近。李氏禾属的2个种L．perrieri和L．tisseranti与稻属的遗传距离很远。

小鼠DNA的限制性片段长度多态性分析

用人类肌红蛋白基因内含子中３３ｂｐ的小卫星ＤＮＡ重复序列为探针，经ｐＢＲ３２２的ＥｃｏＲＩ正向测序引物和α３２ＰｄＣＴＰ在ＴａｑＤＮＡ聚合酶作用下做合成标记，与６种小鼠的ＤＮＡ限制性片段杂交。结果显示，每个品系平均出现可分辨带纹在１３条以上，不同品系小鼠间的杂交带纹表现出高度的多态性。多态性带纹主要分布在６～２３ｋｂ区段；同一近交系的不同个体间的带纹特点及分布完全一致；Ｃ５７与ＡＫＲ及二者与其他鼠间的亲缘关系更远；随机两种品系鼠间的平均相关机率为４１×１０－８。因此，认为此方法可用于不同品系近交系小鼠的亲缘关系鉴别和遗传监测。

DNA标记的种类、特点及其研究进展

生命的遗传信息存储于DNA序列之中,基因组DNA序列的变异是物种遗传多样性的基础。目前已发展出的DNA标记技术不下十几种,它们各具特色,并被广泛地应用于作物遗传育种、基因定位、亲缘关系鉴别、基因克隆研究等方面。对DNA标记技术进行分类,并作了初步概述。

瓯江彩鲤线粒体DNA的限制性内切酶分析

用 13种限制性内切酶对瓯江彩鲤的线粒体DNA(mtDNA)进行RFLP分析 ,结果表明 :(1)共产生 18种限制性态型 ,其中 5种酶产生限制性片段长度多态性 (RFLPs) ,归结为 5种基因单倍型。 (2 )瓯江彩鲤mtDNA大小为 16 .6 0± 0 .15kb ,单倍型间的基因多样性指数和群体核苷酸多样性指数分别为 0 .75 17、0 .0 2 86 。

DNA检测技术及其在微生物采油中的应用

专题论文。第一节简述了聚合酶链式反应(PCR)技术的特点、原理及在微生物采油中的作用。第二节介绍了菌种16SrRNA基因碱基序列分析的操作程序,包括基因扩增及精制、16SrRNA基因克隆、荧光标识基因序列PCR扩增、基因碱基序列及微生物属种确定,给出了2个MEOR菌的基因碱基序列及属种。第三节介绍了多酶切和混合酶切两种PCR RFLP基因检测技术(RFLP:限制性片段长度多态性),后一种方法使操作减少1/4。第四节介绍了直接DNA扩增基因检测技术,包括平板菌落法(检测时间2d)和最大可能数法(当天得检测结果),DNA模板制备及其反应体系,电泳法检测及菌种检出。第五节介绍了DNA基因检测技术在吉林油田多项微生物采油矿场试验中的应用,包括常在菌对微生物采油影响分析,微生物单井吞吐、微生物清防蜡、微生物调驱效果分析,多功能采油菌构建的实验探索。图2参9。

RFLP在作物育种中的应用

RFLP分析是一门新兴的分子生物学技术。在构建RFLP遗传图和确立RFLP标记与性状连锁关系的基础上,RFLP分析可作为一种有效的工具,应用于遗传研究和育种实践。

应用pAW101 DNA探针作人流胚胎组织的亲权鉴定

用pAW1015kb的DNA片段为探针检测人流胚胎与其亲代的DNA限制性片段长度多态性(RFLPs)的遗传关系。同时测定他们的某些同工酶(葡萄糖磷酸变位酶、酯酶D、乙二醛酶Ⅰ)型。在不违反孟德尔遗传规律的前提下,按M(?)ller-Essen公式计算,其父权概率都已达到或超过可以确认亲生关系的标准。这一方法的建立,使过去棘手的早期妊娠的亲权鉴定之难题获得圆满解决。此外,本文还对这一方法的优越性进行了讨论。

基于线粒体DNA多态性鉴定烟台海鲜市场鱼种

由烟台海鲜市场随机采集具有相对重要商业价值的10种海鱼(小黄鱼、牙片、鲅鱼、面条鱼、鲐鱼、鲳鱼、鲈鱼、偏口、黑鱼、白姑鱼),利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对鱼种进行鉴定.首先提取10种海鱼的基因组DNA,利用自行设计的通用引物对其线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅲ基因(MT-co3)进行PCR扩增,对扩增产物克隆、测序,用NCBI数据库检索,确定了10种海鱼的鱼种.依据测序结果进行限制性内切酶酶切分析,选用NlaⅢ和HinfⅠ2种内切酶进行酶切,获得了各种鱼类特异的酶切片段图谱.研究结果表明,PCR-RFLP能有效地区分以上10种海鱼,在鱼种鉴定上具有简便、准确的优势,可为鱼类食品检测提供科学依据.

用寡核苷酸探针(CAC)_5/(GTG)_5进行人的DNA指纹分析

在人或动物的基因组中,存在着类似于小卫星DNA的简单衔接重复单位,如(GACA)_4、(GATA)_4、(TCC)_5、(CA)_8和(CAC)_5等,由于这些重复单位在人或动物基因组中出现的数目和频率不同而表现出多态性。本文用人工合成的寡核苷酸探针(CAC)_5/(GTG)_5,调查了北京地区的50名无关个体,经过统计学处理,计算出无关个体的相关机率是3.8×10^(-10);此外,还对2个家系中的11名成员和1对双胞胎进行了检测,其结果显示子代中的杂交带分别来自父亲和母亲;双胞胎的DNA指纹图完全一致。研究结果表明,(CAC)_5/(GTG)_5探针检出的谱带具有高度的个体特异性(同卵双生子除外),并且谱带在亲代与子代间的传递符合孟德尔遗传规律。

鲫鱼遗传多样性的初步研究

用１７种限制性内切酶对鲫属普通鲫鱼低背型、高背型、异育银鲫、日本白鲫及华南鲤的变种红鲤共 １２４个个体的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）进行了 ＲＦＬＰ分析，１４种酶具多态，共计４３种限制性态型、 １１种单倍型。结果表明：（１）基于 ｍｔＤＮＡ群体间的净遗传距离所构建的聚类关系对应于形态分类。（２）普通鲫鱼的群体遗传分化指数ＧＳＴ值表明云南和湖北的普通鲫鱼已出现地理分化。它们之间无相同的限制性单倍型，因此，在短期内未发生基因交流；云南普通鲫鱼 ＧＳＴ值为０．１４２，各水域的群体中均出现相同的单倍型Ⅰ型，表明处于半家养状态的鲫鱼与近水域间存在基因交流。（３）核型上能明显区分的云南普通鲫鱼低背型和高背型群体，各自在线粒体ＤＮＡ上存在较丰富的群体内变异，但高背型群体具独特的单倍型，故不支持关于高背型群体可能是近期内由低背型经染色体的简单多倍化而形成的推论。

柑橘衰退病毒柚类分离株的分子鉴定

应用限制性片段长度多态性（RFLP）、双向逆转录-聚合酶链式反应（BD-PCR）、序列分析等技术对我国部分地区柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus，CTV）柚类分离株进行了鉴定分析。结果表明：柚类以受相对单一的CTV株系侵染为主；柚类上的优势流行株系属于p25／Hin f ⅠRFLP6组群（占79．4％）和p23／BD-PCRⅢ组群（占84．1％）；在对柚类CTV分离株S051～S058及国外CTV分离株PB61、T30、T36、T385、SY568、VT、NUAGA的p23、p25基因序列分析中，S051与弱毒株PB61的同源性最高；S052与弱毒株T30、T385的同源性最高；S053、S054、S055、S056、S057、S058与其它CTV分离株的同源关系均较远，并在系统发生树上形成了独立的分枝。