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采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性 被引量:13
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作者 许宇静 张煜坤 +2 位作者 沈雪梅 李晶 徐秀容 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期2793-2802,共10页
本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不... 本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P<0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P>0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P<0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P>0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。 展开更多
关键词 断奶幼兔 ILLUMINA miseq测序 盲肠 微生物群落 多样性
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扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响 被引量:17
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作者 王玉荣 杨成聪 +3 位作者 葛东颖 尚雪娇 张振东 郭壮 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第10期134-140,共7页
在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V_1~V_2区、V_3~V_4区和V_4~V_5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V_4~V_5区... 在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V_1~V_2区、V_3~V_4区和V_4~V_5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V_4~V_5区的非特异性序列所占比例显著偏低(P<0.05),而扩增V_1~V_2区样品细菌的Chao 1指数显著偏高(P<0.05)。虽然扩增16S rRNA基因的V_3~V_4区会导致Cyanobacteria(蓝细菌门)和Pediococcus(小球菌)相对含量显著偏高(P<0.05),但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异(P>0.05)。在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V_4~V_5区。 展开更多
关键词 鲊广椒 引物 扩增区域 miseq测序 细菌多样性
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应用MiSeq测序分析自然发酵豆酱酱块中微生物的多样性 被引量:10
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作者 姜静 解梦汐 +3 位作者 安飞宇 武俊瑞 唐筱扬 乌日娜 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第16期92-97,共6页
为探究传统自然发酵豆酱酱块中微生物多样性,本文首次应用Miseq测序对采自沈阳胡台的6家传统自然发酵成熟酱块样品进行微生物测序分析。结果表明,在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌为子囊菌门(Ascomycota);在属水平... 为探究传统自然发酵豆酱酱块中微生物多样性,本文首次应用Miseq测序对采自沈阳胡台的6家传统自然发酵成熟酱块样品进行微生物测序分析。结果表明,在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌为子囊菌门(Ascomycota);在属水平上,主要细菌为乳杆菌属(Lactobacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc),主要真菌为青霉菌属(Penicillium)、毛霉菌属(Mucor)。主成分分析(Principal component analysis,PCA)结果显示,同一地区不同农家制作的酱块,绝大多数样品的微生物细菌菌群之间都存在紧密联系。 展开更多
关键词 miseq测序 自然发酵 豆酱酱块 微生物多样性
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利用Illumina MiSeq测序平台分析沐川乌骨黑鸡空肠微生物多样性 被引量:3
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作者 廖娟 王钢 +1 位作者 喻世刚 梁梓 《江苏农业科学》 2020年第24期178-182,共5页
为探索沐川乌骨鸡肠道微生物多样性,采用Illumina MiSeq测序平台对10羽沐川乌骨鸡的空肠内容物样本中微生物的16S rDNA-V4变异区进行测序,利用UPARSE等软件分析和统计样品中的操作分类单元(OTUs)数量,并进行物种注释及丰度分析,揭示样... 为探索沐川乌骨鸡肠道微生物多样性,采用Illumina MiSeq测序平台对10羽沐川乌骨鸡的空肠内容物样本中微生物的16S rDNA-V4变异区进行测序,利用UPARSE等软件分析和统计样品中的操作分类单元(OTUs)数量,并进行物种注释及丰度分析,揭示样品的物种构成。结果表明,共获得667466条tags,在97%相似水平上进行OTU分类,被归类于3154个OTUs,且由稀释曲线可知此次测序结果较全面地覆盖了沐川乌骨黑鸡空肠微生物群落。门水平上,占优势的门主要有厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria),但这3种优势菌门在不同样品中所占比例均有所差异。在属水平上,在10个样品中所占比例均大于1%的菌属有乳杆菌属(Lactobacillus)和Romboutsia菌属。 展开更多
关键词 沐川乌骨黑鸡 Illumina miseq测序 空肠 微生物 多样性
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基于Miseq测序初步分析兴安落叶林外生菌根菌的生态分布 被引量:1
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作者 乌仁陶格斯 王娟 《赤峰学院学报(自然科学版)》 2018年第2期23-26,共4页
本文以兴安落叶松为研究对象,采用Illumina Mi Seq测序平台技术,对兴安落叶松外生菌根菌生态分布进行了初步分析.结果表明,在大兴安岭兴安林区落叶松外生菌根菌,隶属于2个门、4个纲、8个目、8个科.优势菌属主要为棉革菌属Tomentella、... 本文以兴安落叶松为研究对象,采用Illumina Mi Seq测序平台技术,对兴安落叶松外生菌根菌生态分布进行了初步分析.结果表明,在大兴安岭兴安林区落叶松外生菌根菌,隶属于2个门、4个纲、8个目、8个科.优势菌属主要为棉革菌属Tomentella、丝膜菌属Cortinarius、红菇属Russula、乳菇属Lactarius、乳牛肝菌属Suillus.在每个采样地均出现的外生菌根菌种有乳牛肝菌属2种、红菇属2种、乳菇属1种和拟棉革菌属Pseudotomentella 1种. 展开更多
关键词 兴安落叶松 外生菌根菌 生态分布 ILLUMINA miseq测序
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利用MiSeq测序技术分析锦江牛瘤胃细菌多样性 被引量:14
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作者 高雨飞 欧阳克蕙 +3 位作者 瞿明仁 熊小文 温庆琪 许兰娇 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期244-248,共5页
本研究旨在利用MiSeq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重(400±20)kg],采集瘤胃液样品后提取细菌DNA,对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4-V5区进行MiSeq测序,分析物种的丰... 本研究旨在利用MiSeq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重(400±20)kg],采集瘤胃液样品后提取细菌DNA,对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4-V5区进行MiSeq测序,分析物种的丰度、分布及α-多样性。结果表明:3个样本共获得56 763条高质量16S rDNA序列,946个分类操作单元(OTU),锦江牛瘤胃细菌丰富度指数Chao指数、Ace指数分别为836、841,α-多样性指数Shannon指数、Simpson指数分别为4.96、0.021 5;经过物种注释,15个门、23个纲、26个科以及44个属在所有样品中被鉴定。在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)(64.37%)、厚壁菌门(Firmicutes)(21.20%)和变形菌门(Proteobacteria)(7.59%)数量最多;在纲水平,主要包括拟杆菌纲(Bacteroidia)(52.88%)和梭菌纲(Clostridia)(17.03%);在科水平,主要包括普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)(36.26%)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)(9.33%)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)(4.89%);在属水平,优势细菌主要包括普雷沃氏菌属(Prevotella)(28.97%)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)(3.08%)、理研菌属(Rikenella)(2.28%)、梭菌Ⅳ(ClostridiumⅣ)(1.77%)、解琥珀酸菌属(Succiniclastium)(1.62%)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)(1.53%)。结果证明,锦江牛瘤胃细菌多样性相对较低;锦江牛瘤胃中最优势菌门是拟杆菌门,其次是厚壁菌门;普雷沃氏菌属是锦江牛瘤胃中最优势细菌属。 展开更多
关键词 锦江牛 瘤胃细菌 多样性 miseq测序
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采用Illumina MiSeq测序技术分析葡萄籽原花青素对奶牛体外瘤胃发酵产甲烷菌区系的影响 被引量:9
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作者 童津津 张华 +4 位作者 孙铭维 杨德莲 张婕 熊本海 蒋林树 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期314-323,共10页
本研究旨在基于Illumina MiSeq测序技术分析葡萄籽原花青素对奶牛体外瘤胃发酵产甲烷菌区系的影响。试验分为6组,以500 g精粗比为40∶60的全混合日粮为发酵底物,分别添加0(对照)、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5 g/kg的葡萄籽原花青素。体外发... 本研究旨在基于Illumina MiSeq测序技术分析葡萄籽原花青素对奶牛体外瘤胃发酵产甲烷菌区系的影响。试验分为6组,以500 g精粗比为40∶60的全混合日粮为发酵底物,分别添加0(对照)、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5 g/kg的葡萄籽原花青素。体外发酵24 h后提取各发酵液总DNA,采用Illumina MiSeq PE300高通量测序平台进行测序。结果表明:1)与对照组相比,添加0.1、0.2 g/kg葡萄籽原花青素降低了产甲烷菌的分类操作单元(OTUs)数量,添加0.3、0.4、0.5 g/kg葡萄籽原花青素增加了产甲烷菌的OTUs数量,但差异并不显著(P>0.05);葡萄籽原花青素添加量对Chao1指数和Shannon指数均无显著影响(P>0.05),即对产甲烷菌的多样性没有显著影响。2)在门水平上,与对照组相比,添加0.3、0.4、0.5 g/kg葡萄籽原花青素显著降低了广古菌门的丰度(P<0.05)。在科水平上,与对照组相比,甲烷杆菌科的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加有降低的趋势,且在添加量为0.4 g/kg时丰度显著降低(P<0.05); Methanomassiliicoccaceae的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而增加,且当添加量为0.3、0.4 g/kg时显著增加(P<0.05)。在属水平上,与对照组相比,甲烷短杆菌属的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而降低,且当添加量为0.4 g/kg时显著降低(P<0.05),当添加量为0.5 g/kg时有回升的趋势,但是仍低于对照组;甲烷杆菌属的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而降低,且当添加量为0.4、0.5 g/kg时显著降低了该属的丰度(P<0.05); Candidatus_Methanoplasma的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加有上升趋势,且当添加量为0.3、0.4 g/kg时显著增加了该属的丰度(P<0.05);甲烷球形菌属的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而降低,且当添加量为0.3、0.4、0.5 g/kg时显著降低了该属的丰度(P<0.05)。由此可知,添加葡萄籽原花青素在门、科、属水平上均对奶牛体外瘤胃产甲烷菌区系有一定的影响。 展开更多
关键词 葡萄籽原花青素 奶牛 产甲烷菌 ILLUMINA miseq测序技术
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应用Illumina Miseq测序分析饮用水源水中病毒多样性 被引量:6
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作者 葛英亮 于水利 时文歆 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第2期287-292,共6页
以东太湖水源水为研究对象,应用梯度-串联-循环-切向流超滤技术对水体中病毒进行分离浓缩,使用非序列依赖性单引物扩增技术扩增源水中病毒基因组,采用Illumina Miseq进行测序,与NCBI基因数据库进行比对,质控后获得1 190 914 928 bp基因... 以东太湖水源水为研究对象,应用梯度-串联-循环-切向流超滤技术对水体中病毒进行分离浓缩,使用非序列依赖性单引物扩增技术扩增源水中病毒基因组,采用Illumina Miseq进行测序,与NCBI基因数据库进行比对,质控后获得1 190 914 928 bp基因数据,可组装成5 554条scaffolds序列,获知病毒基因组功能,经比对可注释到尾噬菌体目(Caudovirales)、疱疹病毒目(Herpesvirales)、线状病毒目(Ligamenvirales),在科的水平上,注释到40个科病毒的同源序列,其中含量较高的病毒科为Microviridae占27.590 1%,Siphoviridae占23.010 7%,Phycodnaviridae占5.322 2%,Retroviridae占1.691 2%,Mimiviridae占1.960 8%,其中无法注释(norank)占21.572 8%,102 112条reads在科水平上norank,研究可以高通量的获得水源水中病毒多样性信息,并为水体中病毒的检测提供理论参考依据。 展开更多
关键词 ILLUMINA miseq测序 饮用水源水 病毒 多样性
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基于MiSeq测序分析酸性农作物土壤细菌群落结构与多样性 被引量:5
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作者 王怡 常彬河 +4 位作者 刘月 梁建军 薛芷筠 张泽文 何冬兰 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1575-1583,共9页
为分析酸性农田土壤中微生物群落结构,探寻酸化土壤的综合治理途径,以湖北恩施土家族苗族自治州利川市酸性农作物土壤为研究对象,应用Illumina MiSeq高通量测序技术,测定酸性土壤中总细菌和经驯化的可培养细菌的16S rRNA基因V3~V4变异... 为分析酸性农田土壤中微生物群落结构,探寻酸化土壤的综合治理途径,以湖北恩施土家族苗族自治州利川市酸性农作物土壤为研究对象,应用Illumina MiSeq高通量测序技术,测定酸性土壤中总细菌和经驯化的可培养细菌的16S rRNA基因V3~V4变异区序列,确定不同农作物土壤中总细菌和可培养细菌的群落结构,并探讨土壤理化因子对土壤总细菌群落结构的影响.结果表明:白菜地、烟草地、山药地、草莓地、玉米地及莴苣地这6种农作物土壤中总细菌和可培养细菌在97%的相似水平下得到的OTUs(operational taxonomic units,操作分类单元)数量分别为4 008和97个.在门水平上,土壤总细菌中有12个门类的细菌相对丰度大于1%,Proteobacteria、Acidobacteria和Chloroflexi为优势菌门细菌;可培养细菌中仅有3个门类细菌相对丰度高于1%,即Firmicutes、Proteobacteria和Bacteroidetes.在OTU水平上,土壤总细菌沿pH梯度将6种土壤样品分为2类,即pH<5.5的玉米地、山药地和莴苣地和pH>5.5的烟草地、白菜地和草莓地.此外,冗余分析(RDA)结果显示,Acidobacteria的相对丰度与pH呈正相关,Firmicutes和Roteobacter的相对丰度均与w(TN)、w(TP)、w(TC)呈正相关.系统进化树分析表明,相对丰度位于前30位的细菌与亚洲地区发现细菌的16S rRNA基因序列同源性较高.研究显示,Illumina MiSeq测序能够较为全面地解析酸性土壤中总细菌和可培养细菌的多样性,驯化过程极大地减少了细菌的种类;同时,发现细菌群落结构的相似性可能因样本来源的地理距离的增加而衰减. 展开更多
关键词 酸性土壤 miseq测序 理化因子 细菌群落 可培养细菌 土壤总细菌
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采用Illumina MiSeq测序技术比较日本鲭和大黄鱼冷藏期间的腐败特性 被引量:3
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作者 张梦思 汤海青 +1 位作者 欧昌荣 程三红 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1220-1233,共14页
为比较日本鲭和大黄鱼肌肉中微生物和代谢功能的变化及其与鱼肉腐败特性之间的关系,本研究检测了2种鱼在冷藏过程中的理化指标和菌落总数的变化,利用Illumina Miseq测序技术分析细菌群落变化,并利用皮尔森相关性分析检验微生物与鱼肉腐... 为比较日本鲭和大黄鱼肌肉中微生物和代谢功能的变化及其与鱼肉腐败特性之间的关系,本研究检测了2种鱼在冷藏过程中的理化指标和菌落总数的变化,利用Illumina Miseq测序技术分析细菌群落变化,并利用皮尔森相关性分析检验微生物与鱼肉腐败及组胺产生相关性,结合功能预测分析细菌群落组成与代谢功能之间的关系。结果显示,冷藏期间日本鲭和大黄鱼的pH、挥发性盐基氮、组胺、菌落总数等均呈上升趋势,且日本鲭上升较快;冷藏末期2种鱼TVB-N值和组胺含量分别达到76.34、59.98和59.92、3.11 mg/100 g;日本鲭肌肉中细菌丰富度和多样性先增加后减少,大黄鱼则整体呈下降趋势;2种鱼肌肉中的优势腐败菌均为希瓦氏菌属;日本鲭体内与TVB-N产生相关的菌共12种,其中10种与组胺产生具有显著相关性;大黄鱼体内与TVB-N产生相关的菌共7种,但未检测出与组胺产生具有相关性的细菌;冷藏过程中氨基酸代谢和碳水化合物代谢为最主要的代谢通路,日本鲭样品组氨酸、精氨酸、脯氨酸等氨基酸代谢相关基因和丁酸丁酯代谢、丙酸酯代谢及丙酮酸代谢丰度均显著高于同一时期的大黄鱼,本实验从微生物代谢水平解释了日本鲭比大黄鱼更易腐败的原因,为不同水产品腐败特性的研究提供新思路。 展开更多
关键词 日本鲭 大黄鱼 细菌群落 腐败 ILLUMINA miseq测序 代谢功能基因
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应用Illumina Miseq测序分析川西高原传统牦牛发酵酸奶中细菌多样性 被引量:4
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作者 孙思雨 陈炼红 王琳琳 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第23期98-103,共6页
为探究传统发酵牦牛酸奶中细菌群落结构的多样性,本文采用Illumina Miseq高通量测序对川西高原不同地区的传统自然发酵牦牛酸奶样品进行细菌群落结构分析。结果表明,测序样品数8个,共获得375236条优化序列,平均每个样品46905条,共有88... 为探究传统发酵牦牛酸奶中细菌群落结构的多样性,本文采用Illumina Miseq高通量测序对川西高原不同地区的传统自然发酵牦牛酸奶样品进行细菌群落结构分析。结果表明,测序样品数8个,共获得375236条优化序列,平均每个样品46905条,共有88条不同的OTU;样品GC的α-多样性指数最佳,细菌群落多样性最高且分布均匀;巴塘县的两个样品相对其它县占仅有的OTU数最多,为31;8个样品在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),占总样本数量的98.33%~99.96%;在属水平上,主要细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、巨型球菌属(Macrococcus)和魏斯氏菌属(Weissella),乳杆菌属(Lactobacillus)是所有样品的优势菌属,相对丰度占比69.31%~99.92%;根据样品的Heatmap和PCoA分析8份样品在属水平和种水平上的群落结构相似,具有细微的差异,不同地区的牦牛酸奶中的群落结构具有差异性和相似性。本研究结果为川西高原传统发酵牦牛酸奶微生物资源开发应用提供了理论依据。 展开更多
关键词 牦牛酸奶 传统发酵 ILLUMINA miseq测序 多样性
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利用Illumina Miseq测序技术分析浏阳霉豆腐制作过程中微生物变化 被引量:5
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作者 胡旺 陈梦娟 +2 位作者 尹含靓 李孝仁 蒋立文 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第24期265-270,共6页
浏阳霉豆腐是湖南的一种地方特色发酵豆腐制品,具有细菌自然发酵为主、周期短、易控制的特点。该文对采取结合常规方法和Illumina Miseq测序技术对豆腐、发酵24 h、发酵48 h、酒水浸泡、豆腐拌料后半成品5个步骤的微生物群落变化进行了... 浏阳霉豆腐是湖南的一种地方特色发酵豆腐制品,具有细菌自然发酵为主、周期短、易控制的特点。该文对采取结合常规方法和Illumina Miseq测序技术对豆腐、发酵24 h、发酵48 h、酒水浸泡、豆腐拌料后半成品5个步骤的微生物群落变化进行了分析,研究发现,豆腐细菌数量均在10^(7) CFU/g以上,发酵48 h数量在10^(9) CFU/g以上,5个阶段共有的可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)数量为113个,不同阶段OTU数具有较大差异,微生物种类及多样性在发酵48 h达到最高值,变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)在样品中占绝对优势,确定的微生物属主要以泛菌属(Pantoea)、肠杆菌属(Enterobacter)、明串珠菌属(Leuconostoc)、假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌属。不同阶段微生物结构在消长变化,这可为传统产业发展提供科学基础。 展开更多
关键词 浏阳霉豆腐 微生物变化 Illumina miseq测序技术 细菌发酵 优势菌属
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应用Illumina Miseq测序技术分析传统酸马奶细菌多样性 被引量:5
13
作者 宋凯 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2021年第16期175-182,共8页
利用Illumina Miseq高通量测序并结合数理统计对传统酸马奶的细菌多样性进行分析。结果表明,其优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),两者相对丰度之和可达98%;在属水平检出78个细菌属,其主要为乳杆菌属(Lactoba... 利用Illumina Miseq高通量测序并结合数理统计对传统酸马奶的细菌多样性进行分析。结果表明,其优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),两者相对丰度之和可达98%;在属水平检出78个细菌属,其主要为乳杆菌属(Lactobacillus)和链球菌属(Streptococcus),两者相对丰度可达70%~82%。此外,发现牧民手工酿造酸马奶样品的细菌多样性要显著高于农场生产样品,且两者的细菌群落结构存在明显差异。该研究全面了解传统酸马奶的细菌种群分布,为工业化生产提供理论依据及筛选潜在价值的益生菌提供数据参考。 展开更多
关键词 酸马奶 Illumina miseq高通量 细菌群落 多样性 数理统计
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基于Miseq测序技术的琚湾酸浆面浆水真菌多样性评价 被引量:5
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作者 尚雪娇 马磊 +3 位作者 余海忠 叶万海 张振东 郭壮 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2018年第16期158-163,共6页
采用Miseq高通量测序技术对10个琚湾酸浆面浆水样品真菌微生物多样性进行解析。结果发现,在门水平上,子囊菌门(Ascomycota)的平均相对含量高达99.68%。在属水平上,相对含量大于1.0%的真菌属分别为假丝酵母(Candida)和毕赤酵母(Pichia),... 采用Miseq高通量测序技术对10个琚湾酸浆面浆水样品真菌微生物多样性进行解析。结果发现,在门水平上,子囊菌门(Ascomycota)的平均相对含量高达99.68%。在属水平上,相对含量大于1.0%的真菌属分别为假丝酵母(Candida)和毕赤酵母(Pichia),其平均相对含量分别为52.77%和28.97%。在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)水平上,发现10个核心OTU,累计平均相对含量高达45.85%。通过主成分分析和聚类分析发现10个样品根据微生物群落结构特征可划分为3个聚类,而不同聚类间的差异可能是由于假丝酵母(Candida)和毕赤酵母(Pichia)的含量不同导致的。 展开更多
关键词 酸浆面 浆水 真菌 miseq高通量
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基于Illunima Miseq测序技术的黄酒麦曲真菌多样性分析 被引量:4
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作者 席啦 孔祥聪 +3 位作者 杨少勇 刘忠军 郭壮 赵慧君 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2022年第12期185-190,共6页
该研究以采集的4个黄酒麦曲样品为研究对象,利用Illunima Miseq高通量测序技术对麦曲样品中真菌的群落结构和多样性进行解析。研究发现,Ascomycota(子囊菌门)是麦曲中的主要菌门,平均相对含量高达90.21%;曲霉属(Aspergillus)、酵母属(Sa... 该研究以采集的4个黄酒麦曲样品为研究对象,利用Illunima Miseq高通量测序技术对麦曲样品中真菌的群落结构和多样性进行解析。研究发现,Ascomycota(子囊菌门)是麦曲中的主要菌门,平均相对含量高达90.21%;曲霉属(Aspergillus)、酵母属(Saccharomyces)、横梗霉属(Lichtheimia)、根霉属(Rhizopus)、犁头霉属(Absidia)和脉孢菌属(Neurospora)为麦曲中的优势细菌属,其中曲霉菌属(Aspergillus)的平均相对含量高达68.21%。在操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)水平上,OTU3213、OTU3344、OTU4507、OTU623和OTU3471为麦曲中的优势OTU,其中属于Aspergillus的OTU3213平均相对含量高达64.14%。由此可知,黄酒麦曲中含有大量的核心真菌微生物。 展开更多
关键词 麦曲 Illunima miseq高通量 真菌 群落结构 多样性
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基于Illumina MiSeq高通量测序的燕麦种带细菌多样性及功能分析 被引量:1
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作者 张振粉 黄荣 +2 位作者 李向阳 姚博 赵桂琴 《草业学报》 CSCD 北大核心 2023年第7期96-108,共13页
采用高通量测序法,分析7份来自不同地区的燕麦种带细菌群落的细菌丰度、Alpha多样性、Beta多样性和物种组成差异,并采用PICRUSt和FAPROTAX功能预测的方法分析了各种带细菌间的丰度差异。结果显示:1)7份燕麦中共获得5187个细菌可操作分... 采用高通量测序法,分析7份来自不同地区的燕麦种带细菌群落的细菌丰度、Alpha多样性、Beta多样性和物种组成差异,并采用PICRUSt和FAPROTAX功能预测的方法分析了各种带细菌间的丰度差异。结果显示:1)7份燕麦中共获得5187个细菌可操作分类单元(OTUs),主要归属于33个门、180个目和435个属。2)基于OTUs的丰度及注释信息,7份燕麦种带细菌群落中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门和蓝菌门为优势菌门,立克次氏体目和鞘脂单胞菌目为优势菌目,鞘氨醇单胞菌属、Solibacter和假节杆菌属为优势菌属。3) Alpha多样性和Beta多样性表明不同燕麦品种的细菌群落多样性和群落结构具有较大差异,其中LXY-5具有最大的Alpha多样性。LEFSe分析更进一步显示不同的燕麦品种生物标记的物种不同。4) PICRUSt和FAPROTAX功能预测分析表明,燕麦种带细菌群落主要有代谢、有机系统和人类疾病3个代谢通路,分属于有42个KEGG和24个COG的二级代谢途径;FAPROTAX功能注释后共获得52个生态功能。研究结果为明确燕麦种带细菌多样性及开发新型基因资源提供了理论依据。 展开更多
关键词 Illumina miseq高通量 燕麦种带细菌 生物信息学分析 PICRUSt FAPROTAX
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Miseq测序分析活性污泥系统中细菌群落的动态变化 被引量:8
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作者 闻韵 王晓慧 林常青 《环境工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期5225-5230,共6页
采用基于16S rRNA基因的Miseq测序方法,分析了某小试序批式反应器(SBR)中,细菌群落结构在1年中的动态变化。在研究中,系统运行稳定,COD出水浓度均在40 mg/L以下,总氮(TN)和总磷(TP)出水浓度分别在20 mg/L和0.3 mg/L之下。细菌的群落组... 采用基于16S rRNA基因的Miseq测序方法,分析了某小试序批式反应器(SBR)中,细菌群落结构在1年中的动态变化。在研究中,系统运行稳定,COD出水浓度均在40 mg/L以下,总氮(TN)和总磷(TP)出水浓度分别在20 mg/L和0.3 mg/L之下。细菌的群落组成变化明显,在检测到的2 094个OTU中,有176个OTU只存在于3个以下的样品中。在385个属的细菌中,有54个属的微生物只存在于3个以下的样品中。移动窗口分析表明,系统中细菌群落的平均变化率Δt(30 d)为21.3%±6.2%,稳定的系统功能并未耦合稳定的细菌群落结构。Mantel test分析表明,溶解氧(DO),进水COD浓度和温度对细菌群落结构有显著影响。方差分解分析(VPA)结果表明,水质参数及运行参数可分别解释23.6%和21.5%的群落结构变化。 展开更多
关键词 细菌 群落动态变化 miseq测序 移动窗口分析 方差分解分析(VPA)
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基于MiSeq测序分析新疆泥火山土壤细菌群落多样性 被引量:9
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作者 杨娟 郝志成 张亚平 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期2609-2618,共10页
【目的】以新疆乌苏泥火山土壤为研究对象,了解泥火山细菌群落结构及其时空动态变化。【方法】选择泥火山4种不同生境土壤在4、7、11月份采样,应用Illumina Mi Seq测序技术测定泥火山土壤细菌的16S r RNA基因V3–V4变异区序列,分析乌苏... 【目的】以新疆乌苏泥火山土壤为研究对象,了解泥火山细菌群落结构及其时空动态变化。【方法】选择泥火山4种不同生境土壤在4、7、11月份采样,应用Illumina Mi Seq测序技术测定泥火山土壤细菌的16S r RNA基因V3–V4变异区序列,分析乌苏泥火山不同生境土壤细菌群落组成。【结果】泥火山土壤细菌在97%的相似水平下共得到OTU个数为29 005,在细菌门水平上共有38种细菌类群,Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes为优势菌群,在属水平上共有72种细菌类群,其中含量最高的是未分类细菌;多样性分析表明生境D的丰度指数和多样性指数最高,将泥火山细菌群落多样性与理化因子结合分析,发现其多样性随着土壤养分的增加而基本降低,说明物种多样性指数与理化因子之间呈负相关关系;OTU水平的分析表明生境A的群落组成在时空动态上没有显著差异,其样品群落组成较为相似,而生境C的物种组成差异较大。【结论】相比较于传统方法,Mi Seq测序能够更全面解析环境样品中微生物多样性,揭示了乌苏泥火山群蕴含着丰富的微生物资源,这将为深入研究泥火山生态系统奠定基础,为合理利用和开发泥火山微生物资源提供指导。 展开更多
关键词 泥火山 优势菌群 miseq测序 细菌群落
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Illumina MiSeq高通量测序降解黑龙江绥化地区玉米秸秆细菌菌群的研究 被引量:6
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作者 徐丽萍 姜喆 +1 位作者 葛英亮 孙宏文 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第23期105-110,共6页
以研究黑龙江绥化地区农产废弃物玉米秸秆细菌降解菌群为目的,采用Illumina MiSeq微生物多样性测序的方法,对2015~2017年玉米秸秆的菌群多样性进行测序。采用生物信息学的方法对低温自然降解秸秆细菌群落中主要降解菌进行分析,并筛选了... 以研究黑龙江绥化地区农产废弃物玉米秸秆细菌降解菌群为目的,采用Illumina MiSeq微生物多样性测序的方法,对2015~2017年玉米秸秆的菌群多样性进行测序。采用生物信息学的方法对低温自然降解秸秆细菌群落中主要降解菌进行分析,并筛选了2015~2017年玉米秸秆中两株丰度最高的纤维素降解细菌,经多次分离纯化并结合刚果红染色法验证其低温降解纤维素的功能。结果表明,测序获得61564385 bp,质控后共141219条16S rDNA序列,Silva数据库比对到14门、29纲、70目、136科、282属。其中假单胞菌属(Pseudomonas)、根瘤菌属(Rhizobium)、德沃西亚菌属(Devosia)、黄杆菌属(Flavobacterium)、微杆菌属(Microbacterium)和链霉菌属(Streptomyces)等是降解秸秆的主要细菌菌株,即该地区玉米秸秆细菌菌群多样性丰富,且研究筛选出的两株细菌具有纤维素降解能力。 展开更多
关键词 ILLUMINA miseq测序 玉米秸秆 细菌菌群 降解
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采用MiSeq测序技术分析不同处理沟叩甲肠道微生物群落结构 被引量:1
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作者 张珏锋 李芳 +1 位作者 钟海英 陈建明 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1331-1340,共10页
为明确取食不同食物金针虫的肠道微生物群落结构差异以及寄主抵御外界不良因子干扰的影响,运用MiSeq测序技术比较分析平沙绿僵菌Metarhizium pingshaense处理取食小麦和马铃薯沟叩甲Pleonomus canaliculatus的肠道细菌群落结构差异。结... 为明确取食不同食物金针虫的肠道微生物群落结构差异以及寄主抵御外界不良因子干扰的影响,运用MiSeq测序技术比较分析平沙绿僵菌Metarhizium pingshaense处理取食小麦和马铃薯沟叩甲Pleonomus canaliculatus的肠道细菌群落结构差异。结果显示,不同处理沟叩甲种群之间Simpson指数差异显著,但Chao1、Observed species、PD whole tree和Shannon指数差异均不显著;肠道细菌类微生物主要由厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形杆菌门组成,取食马铃薯种群、饥饿种群和平沙绿僵菌处理的饥饿种群厚壁菌门的相对含量分别为29.46%、39.46%和29.81%;对照种群、取食小麦种群和平沙绿僵菌处理的马铃薯种群拟杆菌门的相对含量分别为31.30%、29.79%和39.07%;取食小麦种群中普通拟杆菌Bacteroides vulgatus PC510优势菌群的相对含量最高达8.37%,其余处理种群中优势菌群相对含量均低于5.00%。对不同处理沟叩甲种群进行相关性分析,发现对照种群与平沙绿僵菌处理种群的相关性较低,但与其余处理组相关性均较高;PCA聚类结果显示,平沙绿僵菌处理种群与其余种群之间聚集度较低。表明平沙绿僵菌的胁迫对沟叩甲肠道内细菌微生物群落多样性、丰富度及结构变化存在一定程度的影响,且外源食物摄入与平沙绿僵菌的胁迫两者叠加效应对寄主昆虫肠道微生物群落结构的影响高于单一外源因素的影响。 展开更多
关键词 miseq测序 平沙绿僵菌 沟叩甲 肠道细菌群落结构
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