利用水稻C_0t-1DNA和基因组DNA对栽培稻、药用野生稻和疣粒野生稻基因组的比较分析

目的研究中高度重复序列在稻属不同物种基因组进化中的作用。方法用栽培稻C0t-1DNA和基因组DNA(gDNA)作为探针,分别对栽培稻、药用野生稻和疣粒野生稻进行荧光原位杂交(FISH)和比较基因组杂交(CGH)。结果C0t-1DNA覆盖栽培稻、药用野生稻和疣粒野生稻基因组比例(%)和大小(Mb)分别为47.10±0.16,38.61±0.13,44.38±0.13和212.33±1.21,269.42±0.89以及532.56±1.68。栽培稻gDNA在药用野生稻和疣粒野生稻基因组中的覆盖率约为91.0%和93.6%,含量分别约为634Mb和1123Mb,各有365Mb和591Mb不属于源自栽培稻基因组的中高度重复序列,未被栽培稻gDNA所覆盖的部分,分别为64Mb和78Mb左右。此外,以C0t-1DNA的组成为依据,对这3个种核型进行了同源性聚类。结论稻属中度和高度重复序列和功能基因一样,在不同种中也存在着高度同源性和保守性,并在进化过程中得以保存下来。药用野生稻和疣粒野生稻基因组增大的重要原因之一,可能是基因组中度和高度重复序列加倍的结果,药用野生稻这种序列扩增相对疣粒野生稻要缓和得多。另外,这两个野生种在长期进化过程中,由于存在加倍、重排和基因选择性丢失等现象,形成了具有自己种的特异性的基因组成分。

甘蓝rDNA及C_0t-1 DNA荧光原位杂交及其核型分析

为了探索一种高效可靠的芸薹属植物核型分析方法,本文以甘蓝品种黑叶小平头为实验材料,从其基因组DNA中分离出C0t-1 DNA并用生物素标记作探针,对有丝分裂中期相染色体进行原位杂交,每对染色体上均显示出了特定的荧光原位杂交带型.将植物25S和5S rDNA分别用地高辛和生物素标记作探针,单色荧光原位杂交结果显示黑叶小平头2对染色体具有25S rDNA基因座,1对染色体具有5S rDNA基因座.生物素标记的C0t-1 DNA与地高辛标记的25S rDNA等量混合作探针,双色荧光原位杂交证实了C0t-1 DNA与25S rDNA二者具有一致的染色体位置特征,表明基于rDNA及C0t-1 DNA荧光原位杂交的核型分析技术,优于目前普遍采用的只基于rDNA荧光原位杂交的核型分析方法.结合已报道的rDNA染色体定位结果,及C0t-1 DNA荧光原位杂交带型与染色体形态,更准确地构建了甘蓝的核型.

利用栽培稻C_0 t-1DNA和基因组DNA比较分析斑点野生稻和短药野生稻基因组

通过荧光原位杂交(FISH)利用来源于A基因组栽培稻的中高度重复序列C0t-1DNA和基因组DNA作为探针,对栽培稻、斑点野生稻和短药野生稻进行了比较基因组分析。结果发现C0t-1DNA杂交信号主要分布在这3种染色体的着丝粒、近着丝粒和端粒区域,在斑点野生稻染色体上的信号多于短药野生稻,与gDNA作为探针FISH的结果相一致,说明A和B基因组间的亲缘关系明显近于A和F基因组。确定了含有中高度重复序列的C0t-1DNA用于属内种间关系研究的可行性,并根据C0t-1DNA的FISH结果进行了染色体核型分析。

利用药用野生稻C基因组C_0t-1 DNA比较分析宽叶野生稻CCDD基因组

以来源于C基因组的药用野生稻的中高度重复序列C0t-1DNA为探针,在不同的洗脱严谨度下,通过荧光原位杂交对宽叶野生稻(CCDD)基因组进行了分析。结果发现,随着洗脱严谨度的调整,杂交信号呈现出较高的特异性,主要分布在着丝粒、近着丝粒及端粒区域。本文以宽叶野生稻的核型分析为基础,比较其与二倍体药用野生稻基因组的异同,从而进一步探讨野生稻的进化起源机制。

利用栽培稻C_0t-1 DNA和基因组DNA比较分析宽叶野生稻基因组

利用AA染色体组栽培稻的中高度重复序列C0t-1 DNA和基因组DNA作为探针,通过荧光原位杂交技术对宽叶野生稻(Oryza latifolia)(CCDD染色体组)进行了比较基因组分析。结果显示,在宽叶野生稻染色体上,C0t-1 DNA的杂交信号没有基因组DNA的杂交信号明显;杂交信号主要分布在着丝粒、近着丝粒及端粒区域;随着洗脱严谨度的不同,杂交信号呈现出较高的种特异性。本研究以不同洗脱严谨度下的荧光原位杂交结果为依据,对宽叶野生稻进行的核型分析,可进一步提高稻属染色体识别的准确性。

利用C基因组DNA和C_0t-1 DNA对药用野生稻、大颖野生稻基因组的比较分析

采用药用野生稻C基因组DNA及C0t-1 DNA为探针,分别对药用野生稻(CC)自身和大颖野生稻(CCDD)体细胞染色体进行了基因组原位杂交(GISH)和荧光原位杂交(FISH)分析。利用C基因组DNA探针进行分析显示,药用野生稻24条染色体都被杂交信号覆盖;而在大颖野生稻中可区分为24条CC型染色体(杂交信号较强)和24条DD型染色体(杂交信号较弱)。以C基因组C0t-1 DNA探针进行分析显示,在药用野生稻染色体的端粒、着丝粒、近着丝粒区域有很强的杂交信号,而大颖野生稻中也有24条染色体在这些区域红色杂交信号较强,另24条染色体的杂交信号很弱。表明利用C基因组DNA和C0t-1 DNA为探针的GISH和FISH技术,都能很好地将大颖野生稻C、D染色体组区分开,C和D基因组亲缘关系较远,二者具有不同起源。与药用野生稻C基因组相比,大颖野生稻C基因组出现了一些分化。这些都为研究大颖野生稻C和D染色体组起源,探讨异源四倍体进化机制奠定了基础。

应用线粒体12srRNA和COX-1基因进行种属鉴定

目的以线粒体DNA为目标序列,探讨生物检材的种属来源问题。方法收集人和7种动物的血液或肌肉组织样本,提取DNA定量后,复合扩增线粒体12srRNA和COX-1基因片段,2%琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物谱带。结果人类DNA扩增产物分别为436 bp、277 bp两条谱带,而鼠、鸡、猪、兔、猫、狗、羊的扩增产物仅有一条谱带,430～450 bp,即动物基于COX-1基因片段无扩增产物。结论复合扩增线粒体12srRNA和COX-1两基因片段进行种属鉴定,方法简单,灵敏度较高,可应用于法医学实践。

小鼠隐藏管状线虫线粒体cox1基因的扩增及序列分析

对从试验小鼠体内分离的蛲虫样品PMZ1-5的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）的部分基因（pcox1）进行PCR扩增、测序及序列分析,并与网上相关序列进行比对分析,研究其线粒体pcox1基因遗传变异情况。结果表明,获得pcox1有效序列373 bp,经序列比对分析,发现5个蛲虫样品之间的变异很小,只有1个碱基的差异,序列相似性为99.73%～100%,BLAST分析结果表明为隐藏管状线虫,与同属的Syphacia montana序列差异性为5.24%～5.68%。结果表明,隐藏管状线虫的pcox1序列种内变异很小,种间差异明显,本结果为进一步研究蛲虫的群体遗传学奠定了基础。

黄鳝胃瘤线虫线粒体cox1基因的多态性研究

为了解渝西地区黄鳝胃瘤线虫分离株线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基（cox1）的遗传变异情况及与其他科线虫的种群遗传关系,本研究对该地区黄鳝胃瘤线虫cox1部分序列进行了克隆测序和进化分析.结果表明渝西地区6株胃瘤线虫分离株的cox1序列长度一致,均为441bp;各分离株之间的相似性为97.5%~100%.种系发育树表明,6个胃瘤线虫分离株均位于同一分枝.由于胃瘤线虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记.本研究结果为胃瘤线虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础.

猬迭宫绦虫广东分离株线粒体pcox1基因的克隆及序列分析

为阐明猬迭宫绦虫广东分离株的遗传变异情况,本研究利用PCR技术扩增了猬迭宫绦虫的部分细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(pcox1)基因,经SSCP筛选出带型差异的代表样品进行测序,经系统发育树表明,广东分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。同时研究表明猬迭宫绦虫pcox1序列种内相对保守,又存在一定种间差异,可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究猬迭宫绦虫的群体遗传结构奠定了基础。

白菜rDNA及C-(0)t-1DNA的荧光原位杂交及其核型分析

以早熟白菜苔为实验材料,从其基因组DNA中分离出C0t-1 DNA并用生物素标记作探针,25S rDNA用地高辛标记作探针,对有丝分裂中期相染色体进行双色荧光原位杂交。每对染色体上均显示出了特定的C0t-1 DNA荧光原位杂交带型,5对染色体上显示出了25S rDNA荧光原位杂交带型。双色荧光原位杂交证实了C0t-1 DNA与25S rDNA二者具有一致的染色体位置特征,表明基于rDNA及C0t-1 DNA的荧光原位杂交核型分析技术,优于目前普遍采用的只基于rDNA的荧光原位杂交核型分析方法。结合C0t-1 DNA与25S rDNA的荧光原位杂交带型和传统的染色体的形态学标记分析方法及白菜已公布的基于rDNA分布的核型分析结果,创建了一个精确的白菜核型。

Karyotyping of Brassica napus L. Based on C0t-1 DNA Banding by Fluorescence In Situ Hybridization

In order to precisely recognize and karyotype Brassica napus L. chromosomes, C0t-1 DNA was extracted from its genomic DNA, labeled with biotin-1 1-dUTP and in situ hybridized. The hybridized locations were detected by Cy3-conjugated streptavidin. Specific fluorescence in situ hybridization （FISH） signal bands were detected on all individual chromosome pairs. Each chromosome pair showed specific banding patterns. The B. napus karyotype has been constructed, for the first time, on the basis of both Cot-1 DNA FISH banding patterns and chromosome morphology.

湖南长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体cox1基因的克隆及序列分析

目的研究湖南省长沙及湘西泡状带绦虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用pcox1序列重构泡状带绦虫与其他带科绦虫的种群遗传关系。方法应用聚合酶链反应(PCR)扩增泡状带绦虫虫株的pcox1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序MP法和Mage4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树;同时利用DNAstar5.0中的Megalign程序进行同源性分析,并与GenBankTM中已知泡状带绦虫相应基因序列进行比较分析。结果所获得的pcox1序列长度一致,均为343bp,与GenBankTM公布的带科绦虫序列进行比较分析表明,湖南长沙分离株1和湘西分离株5与已知泡状带绦虫相应基因的相似性分别为99.4%和99.7%,与其它带科绦虫的相似性均小于90.0%;湖南长沙1和湘西分离株5与已知泡状带绦虫相应基因遗传距离分别为0.006和0.003,与其他带科绦虫的遗传距离均大于0.100。种系发育树表明,2个分离株与已知泡状带绦虫位于同一分枝,Bootstrap值在97%以上。结论由于泡状带绦虫pcox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究泡状带绦虫的群体遗传结构奠定了基础。

公民逝世后器官捐献供肾损伤相关分子标志物的研究进展

供肾短缺是肾移植面临的一大难题,对供肾功能的准确评估可以降低器官的弃用率,以挽救更多的尿毒症患者。与病理学检查相比,循环中的分子标志物检测在临床应用中较为方便。本文就目前已发现的肾损伤标志物血清肌酐和血清胱抑素C(Cys-C)、中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)、肝型脂肪酸结合蛋白(L-FABP)、线粒体DNA(mtDNA)、肾损伤分子-1(KIM-1)和白细胞介素-18(IL-18)等方面的研究进展进行简要介绍。

额尔齐斯河鱼类宽头鲤蠢绦虫的种类鉴定及流行特点分析

为了研究额尔齐斯河鱼类肠道寄生的宽头鲤蠢绦虫(Caryophyllaeus laticeps)种类及流行特点,试验采用形态学和分子生物学相结合的方法鉴定虫种,并对额尔齐斯河鱼类8次采样获得的数据进行统计分析。结果表明:依靠形态学观察可知虫体不分节,头节宽大,体末端有"H"状卵巢,初步鉴定为鲤蠢绦虫属种类;通过扩增线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基(cox1)序列,发现该虫与Gen Bank上公布的宽头鲤蠢绦虫的线粒体cox1序列的相似性为97.56%(639/655),为同一种。被宽头鲤蠢绦虫感染的5种鱼中,散鳞镜鲤的感染率最高(为16.67%),感染强度最低(为1);东方欧鳊的感染率、感染强度均高,分别为15.27%和14;银鲫的感染率最低,为3.28%。说明本试验采用的方法能够准确鉴定虫种;东方欧鳊感染宽头鲤蠢绦虫的情况最严重,且体长段适中的东方欧鳊更易感染宽头鲤蠢绦虫。