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基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化
被引量:
11
1
作者
马春艳
赵峰
+3 位作者
孟彦羽
施兆鸿
庄平
赵云龙
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2009年第5期20-26,共7页
对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和(或)缺失,序列中转换(Transition)明显多于颠换(Transversion)。鲳属3...
对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和(或)缺失,序列中转换(Transition)明显多于颠换(Transversion)。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。(A+T)%为56.5%,大于(G+C)43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。
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关键词
线粒体
dna
细胞色素
b
鲳属
系统进化
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职称材料
斗鱼属鱼类亲缘关系的Cyt b基因序列和RAPD分析
被引量:
7
2
作者
王培欣
罗建仁
+3 位作者
白俊杰
叶星
胡隐昌
汪学杰
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第5期14-23,共10页
采用mtDNA Cyt b基因序列分析和RAPD两种分子标记技术,研究了中国分布的叉尾斗鱼(Macropodus opercularis)、圆尾斗鱼(M.chinensis)和香港斗鱼(M.hongkongensis)以及越南的红鳍斗鱼(M.erythropterus)4种鱼类之间的亲缘关系。获得4种斗...
采用mtDNA Cyt b基因序列分析和RAPD两种分子标记技术,研究了中国分布的叉尾斗鱼(Macropodus opercularis)、圆尾斗鱼(M.chinensis)和香港斗鱼(M.hongkongensis)以及越南的红鳍斗鱼(M.erythropterus)4种鱼类之间的亲缘关系。获得4种斗鱼14条Cyt b基因全序列(1 155 bp),结合GenBank中搜索到的近缘物种同源序列进行分析。从133条随机引物中筛选到36条引物,在优化的反应条件下,10个群体96个个体共扩增出清晰稳定的条带749条,构建矩阵进行分析和聚类。基于Cyt b全序列以邻接法和最小进化法构建的系统树及RAPD数据UPGMA聚类分析的结果都显示,香港斗鱼和红鳍斗鱼先聚为一分支,再与叉尾斗鱼聚类,圆尾斗鱼处于外缘。本研究结果反映了圆尾斗鱼与其他斗鱼的亲缘关系较远,种间遗传距离为0.184 5~0.225 3(Cyt b)和0.653 6~0.746 5(RAPD),两者为同一单系群中两个独立演化的自然类群;香港斗鱼与叉尾斗鱼间遗传分化明显,Cyt b碱基差异为11.00%,RAPD遗传距离达0.577 7,支持其为独立物种的观点,且香港斗鱼群体间遗传差异较大,Cyt b碱基差异为3.12%,RAPD遗传距离0.060 1;叉尾斗鱼群体间Nei’s基因多样度和Shannon信息指数分别为0.058 2和0.086 9,而各群体内的数值分别为0.016 1~0.031 7和0.023 5~0.046 7,表明遗传差异主要来自群体间,并按分布流域分别聚类。
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关键词
斗鱼属
CYT
b
RAPD
亲缘关系
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职称材料
题名
基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化
被引量:
11
1
作者
马春艳
赵峰
孟彦羽
施兆鸿
庄平
赵云龙
机构
华东师范大学生命科学学院
中国水产科学研究院东海水产研究所农业部海洋与河口渔业重点开放实验室
上海海洋大学水产与生命学院
出处
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2009年第5期20-26,共7页
基金
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(中国水产科学研究院东海水产研究所2007Z02
2008M04)
上海市农委重点项目(沪农科攻字2007第4-1号)共同资助
文摘
对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和(或)缺失,序列中转换(Transition)明显多于颠换(Transversion)。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。(A+T)%为56.5%,大于(G+C)43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。
关键词
线粒体
dna
细胞色素
b
鲳属
系统进化
Keywords
mitoehondrial dna cytochrome b pampus phylogenetic relationships
分类号
Q959.483 [生物学—动物学]
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
斗鱼属鱼类亲缘关系的Cyt b基因序列和RAPD分析
被引量:
7
2
作者
王培欣
罗建仁
白俊杰
叶星
胡隐昌
汪学杰
机构
中国水产科学研究院珠江水产研究所
上海海洋大学水产与生命学院
出处
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第5期14-23,共10页
基金
广东淡水鱼类种质资源库建设项目(No.2006B60101029)
文摘
采用mtDNA Cyt b基因序列分析和RAPD两种分子标记技术,研究了中国分布的叉尾斗鱼(Macropodus opercularis)、圆尾斗鱼(M.chinensis)和香港斗鱼(M.hongkongensis)以及越南的红鳍斗鱼(M.erythropterus)4种鱼类之间的亲缘关系。获得4种斗鱼14条Cyt b基因全序列(1 155 bp),结合GenBank中搜索到的近缘物种同源序列进行分析。从133条随机引物中筛选到36条引物,在优化的反应条件下,10个群体96个个体共扩增出清晰稳定的条带749条,构建矩阵进行分析和聚类。基于Cyt b全序列以邻接法和最小进化法构建的系统树及RAPD数据UPGMA聚类分析的结果都显示,香港斗鱼和红鳍斗鱼先聚为一分支,再与叉尾斗鱼聚类,圆尾斗鱼处于外缘。本研究结果反映了圆尾斗鱼与其他斗鱼的亲缘关系较远,种间遗传距离为0.184 5~0.225 3(Cyt b)和0.653 6~0.746 5(RAPD),两者为同一单系群中两个独立演化的自然类群;香港斗鱼与叉尾斗鱼间遗传分化明显,Cyt b碱基差异为11.00%,RAPD遗传距离达0.577 7,支持其为独立物种的观点,且香港斗鱼群体间遗传差异较大,Cyt b碱基差异为3.12%,RAPD遗传距离0.060 1;叉尾斗鱼群体间Nei’s基因多样度和Shannon信息指数分别为0.058 2和0.086 9,而各群体内的数值分别为0.016 1~0.031 7和0.023 5~0.046 7,表明遗传差异主要来自群体间,并按分布流域分别聚类。
关键词
斗鱼属
CYT
b
RAPD
亲缘关系
Keywords
Macropodus
cytochrome
b
Random amplified polymorphic
dna
(RAPD)
phylogenetic
relationships
分类号
Q951 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化
马春艳
赵峰
孟彦羽
施兆鸿
庄平
赵云龙
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2009
11
下载PDF
职称材料
2
斗鱼属鱼类亲缘关系的Cyt b基因序列和RAPD分析
王培欣
罗建仁
白俊杰
叶星
胡隐昌
汪学杰
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2009
7
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职称材料
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