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基于纳米孔靶向全基因测序技术的新冠肺炎病例快速鉴定研究
1
作者
李健雄
施勇
+4 位作者
徐刚
肖大瑾
刘师文
熊英
龚甜
《实验与检验医学》
CAS
2024年第2期131-133,共3页
目的探索快速识别新型冠状病毒的方法,为新冠肺炎防控提供技术支撑。方法分别运用基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)靶向全基因组测序技术对1例境外输入新冠肺炎...
目的探索快速识别新型冠状病毒的方法,为新冠肺炎防控提供技术支撑。方法分别运用基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)靶向全基因组测序技术对1例境外输入新冠肺炎确诊病例进行基因组测序。使用artic-ncov2019软件、CLC Genomics Workbench(Version 21.0)软件和DNAstar软件等进行数据处理和分析。结果基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5分别在7 h和30 h左右获得SARS-CoV-2全基因组数据,分别为29848bp和29801bp,两者共同29801bp数据部分同源性100%,经分析为新冠病毒B.1.1.7变异株。结论在对该病例样本的全基因测序中,基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C的SARS-CoV-2靶向全基因组测序技术将检测周期缩短至7 h左右,能够实现快速、准确地对SARS-CoV-2进行实时测序。
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关键词
纳米孔
测
序
技术
MinION
mk1c测序平台
靶向
测
序
新冠病毒B
1
.
1
.7变异株
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题名
基于纳米孔靶向全基因测序技术的新冠肺炎病例快速鉴定研究
1
作者
李健雄
施勇
徐刚
肖大瑾
刘师文
熊英
龚甜
机构
江西省疾病预防控制中心
出处
《实验与检验医学》
CAS
2024年第2期131-133,共3页
基金
国家科技重大专项“传染病发热呼吸道等五大重要症候群病原流行规律研究”,编号2017ZX10103005-004。
文摘
目的探索快速识别新型冠状病毒的方法,为新冠肺炎防控提供技术支撑。方法分别运用基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)靶向全基因组测序技术对1例境外输入新冠肺炎确诊病例进行基因组测序。使用artic-ncov2019软件、CLC Genomics Workbench(Version 21.0)软件和DNAstar软件等进行数据处理和分析。结果基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C和基于二代测序技术平台Ion Torrent S5分别在7 h和30 h左右获得SARS-CoV-2全基因组数据,分别为29848bp和29801bp,两者共同29801bp数据部分同源性100%,经分析为新冠病毒B.1.1.7变异株。结论在对该病例样本的全基因测序中,基于三代纳米孔测序技术平台MinION Mk1C的SARS-CoV-2靶向全基因组测序技术将检测周期缩短至7 h左右,能够实现快速、准确地对SARS-CoV-2进行实时测序。
关键词
纳米孔
测
序
技术
MinION
mk1c测序平台
靶向
测
序
新冠病毒B
1
.
1
.7变异株
Keywords
Nanopore sequen
c
ing te
c
hnology
Minion
mk
1
c
sequen
c
ing platform
Targeted sequen
c
ing
B
1
.
1
.7 variant
分类号
R563.1 [医药卫生—呼吸系统]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于纳米孔靶向全基因测序技术的新冠肺炎病例快速鉴定研究
李健雄
施勇
徐刚
肖大瑾
刘师文
熊英
龚甜
《实验与检验医学》
CAS
2024
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