Ribozyme probe based on molecular beacon for real time monitoring of enzymatic cleavage process

Ribozyme probe based on molecular beacon (MBR) for monitoring enzymatic cleavage process in real time is designed and studied. The approach relies on ri-bozyme substrates modified at the two arms, with a fluores-cent moiety attached to the end of one arm and a non-fluorescent quenching moiety attached to the end of the other arm. MBR is employed to directly convert the cleavage information into fluorescence signal in real time. Compared with traditional approach, this method provides a no-radiolabeling, sensitive and effective way to research on the ribozyme activity, enzymatic dynamic process and ri-bozyme function during gene therapy. The activity of the ribozyme against hepatitis C virus RNA (HCV-RNA) is stud-ied based on this assay.

分子信标探针用于PCR检测对虾白斑杆状病毒

将对虾白斑杆状病毒的一段特异性DNA设计成分子信标探针 ,用于该病毒的PCR检测 .温度与荧光强度之间的关系表明 ,所设计探针的发夹既可以形成也可以打开 ,符合PCR对分子信标探针的要求 .结果表明 ,在PCR同时加入分子信标探针不影响PCR扩增 ,分子信标探针只能与目的DNA杂交 ,具有较高的特异性 .随着PCR循环数的增加以及含目的DNA的质粒拷贝数的增加 。

基于分子信标探针的荧光定量PCR方法检测转基因食品

选择了内源基因大豆植物凝集素(lectin)、玉米转化酶(invertase)和外源基因花椰菜花叶病毒35S(CaMV35S)启动子的分子信标探针,确定了探针浓度和镁离子浓度等反应条件,分别对转基因大豆和转基因玉米系列标准品进行内源基因和外源基因的荧光PCR扩增,在PCR反应过程中分别以两种荧光通道信号分别追踪同一样品DNA内源基因和外源基因的扩增动力学变化,并依此绘制了循环阈值与转基因食品百分比含量之间的标准曲线,建立了转基因大豆和转基因玉米的分子信标探针-荧光定量PCR检测方法,该方法具有特异性强、敏感性高的特点,实现了对转基因食品的定量分析.

TaqMan-分子灯标:一种新型的荧光基因检测探针

在TaqMan及分子灯标的基础上开发了一类新型的均相荧光检测探针———TaqMan 分子灯标 (TaqMan MB) ,该探针集合了分子灯标的发夹结构及TaqMan探针降解作用的工作原理 ,使检测效果更好 .与实时PCR仪联用 ,可用于靶基因的定量检测 .

分子信标荧光探针用于抑癌基因ING1表达产物的定量测定

根据抑癌基因 ING1基因的序列设计并合成了检测 ING1转录产物的分子信标核酸探针 ,发展了一种快速测量从正常细胞系和鼻咽癌肿瘤细胞系提取的 ING1转录产物的方法 ,所得结果与用逆转录结合 PCR法 ( RT-PCR)得到的结果相吻合 .并且 ,将能表达 ING1基因的质粒转入肿瘤细胞进行培养后 ,再将分子信标转入肿瘤细胞 ,发现转导了质粒的肿瘤细胞比未转导质粒的肿瘤细胞内的荧光明显增强 ,从而进一步证实了所设计的分子信标核酸探针与

结核分枝杆菌高特异性MB-PCR体系优化及荧光检测研究

目的设计结核分枝杆菌高特异性分子信标探针及优化TB-MB-PCR体系,尝试运用荧光分光光度计观测反应后的荧光信号。方法运用软件Beacon designer设计分子信标探针,优化TB-MB-PCR反应体系各组份浓度,运用荧光分光光度计观测反应后的荧光信号。结果优化后的MgCl2、引物、dNTP以及MB在PCR反应体系中的最佳终浓度分别为4mmol/L、0.04μmol/L、0.2mmol/L以及0.04～0.05μmol/L;3种稀释标本TB-MB-PCR阳性产物、TB-MB-PCR阴性产物;TB-PCR阴性产物（空白对照）的荧光信号差异明显。结论高特异性分子信标探针设计较理想、优化后的TB-MB-PCR反应体系灵敏性、特异性好;荧光分光光度仪可直接检测反应产物,有简单、灵敏、准确等优点。

用于分子识别的荧光标记探针的研究进展

利用荧光标记物进行分子识别是目前生命科学研究的热点课题。比较了几种用于分子识别的荧光标记探针的特性,如有机荧光染料、分子灯塔、纳米半导体量子点以及荧光蛋白探针。并分析了荧光标记探针的发展趋势,指出了理想的荧光标记探针应该具备的特征。

耐链霉素结核分枝杆菌rpsL基因高突变位点43Codon分子信标检测的实验研究

目的选择耐链霉素(STR)结核分枝杆菌rpsL基因主要突变位点密码子43序列设计分子信标探针及扩增体系,并建立运用荧光显微镜及图像分析软件检测荧光结果及定性判断的方法。方法运用软件Beacon designer设计43Codon分子信标探针及建立其扩增体系,采用荧光显微镜观测反应后的荧光信号及图像分析软件定性判断结果。结果包含43Codon rpsL基因聚合酶链反应(PCR)扩增产物条带清晰;通过荧光显微镜观测到标准株及耐STR株PCR产物与分子信标探针杂交后荧光信号区别明显;67株耐STR与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,P<0.05和P<0.01的耐STR组检出率为80%。结论分子信标技术是一种具有高灵敏、高特异核酸检测技术;采用荧光显微镜观测荧光信号具有更强的荧光信号识别、放大功能及结果判断更准确等优点。

数字RT-PCR技术检测H3N2亚型猪流感病毒方法的建立

试验旨在利用新型荧光探针——分子信标,建立一种检测猪流感病毒的新方法。根据H3N2亚型猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的H3和N2基因的保守基因序列,分别设计并合成了特异性引物和分子信标探针,利用数字RT-PCR技术检测H3N2亚型SIV。结果显示,该数字RT-PCR检测方法与其他主要相关病毒均不发生交叉反应,重复性良好;对猪H3N2流感病毒而言,最低可检测到106倍稀释的病毒株。数字RT-PCR方法能够对RNA模板定量分析。在H3N2SIV的鉴定上,数字RT-PCR方法较实时荧光定量PCR方法更灵敏、准确。

分子信标探针技术用于PCR检测诺卡氏菌SecA1基因

目的将诺卡氏菌属细菌的一段特异性DNA设计成分子信标探针,用于该细菌的PCR检测。方法将诺卡氏菌属细菌、戈登氏菌属细菌及红球菌属细菌菌株分别接种于脑心浸液琼脂培养基分离培养,观察其生长情况,提取菌株DNA作为扩增模板;设计诺卡氏菌属细菌基于secA1基因的特异性分子信标探针,在实时荧光定量PCR反应译体系中加入分子信标探针,PCR产物进行荧光信号检测。结果诺卡氏菌secA1基因经实时荧光定量PCR扩增后可产生阳性荧光信号,红球菌属细菌及戈登氏菌属细菌的secA1基因、阴性对照实验组及空白对照组经实时荧光定量PCR扩增后不产生荧光信号,为阴性。结论 secA1作为看家基因,是用来进行种水平的鉴定及系统进化研究非常理想的靶分子,而分子信标探针技术可以准确、快速、灵敏的进行诺卡氏菌secA1基因检测。

分子信标-实时PCR法快速检测双歧杆菌的研究

为建立双歧制品中双歧杆菌快速、敏感、特异的检测方法,根据双歧杆菌16SrRNA/16SrDNA基因设计合成了双歧杆菌属特异性引物和分子信标探针,建立了快速检测双歧杆菌的分子信标-实时PCR检测方法,并对反应条件进行优化。检测方法重复性好,批内和批间变异系数均小于5%;特异性强,扩增曲线呈现明显的S型,无非特异性扩增;灵敏度高,是普通PCR的100倍,对纯双歧杆菌DNA的检出限为5.7fg/PCR反应体系,纯双歧杆菌菌液的检出限为2×103CFU/mL;线形范围宽,起始模板数在2×108CFU/mL～2×104CFU/mL之间具有良好的线性关系,相关系数大于97%。该方法具有灵敏、特异、简便和快速的特点,可用于对双歧杆菌原位菌数的定量检测。

分子信标荧光定量PCR检测H3N2亚型猪流感病毒方法的建立

利用新型荧光探针—分子信标,建立一种检测猪流感病毒的新方法。根据H3N2亚型猪流感病毒(SIV)的HA和NA基因的保守基因序列,分别设计并合成了特异性引物和分子信标探针,利用实时荧光定量PCR技术检测H3N2亚型SIV。构建重组质粒p SK-H3和p SK-N2并绘制标准曲线。结果显示,该检测方法的敏感性达到102拷贝/μL;与其它主要相关病毒均不发生交叉反应,批内和批间试验的重复性变异系数(CV)均小于3%,表明该方法灵敏度强、特异性好。此方法的建立将为流感病毒H3N2亚型定型检测提供一种快速有效的方法。

荧光分子信标探针检测双歧杆菌的研究

根据双歧杆菌高度保守的寡核苷酸序列,构建一枚荧光分子信标探针,并对探针的性能进行测定分析,利用实时PCR技术对双歧杆菌进行检测。研究结果表明,所构建的分子信标设计合理,合成正确,性能稳定,S/N>20,其发卡既可以闭合也可以打开,符合实时PCR过程对分子信标的要求;该信标探针对双歧杆菌具有很好的稳定性及特异性,通过实时PCR扩增能有效地将双歧杆菌和非双歧杆菌区别开。因此,荧光分子信标探针可用于对双歧杆菌的检测。

新型核酸分子荧光探针——分子信标的研究进展

分子信标是基于荧光共振能量传递原理设计的一种发夹型寡聚核酸分子荧光探针,能够与待测核酸序列分子相互作用发生结构变化产生不同强度的荧光信号,具有高灵敏度、高选择性、适于活体检测等优点。对分子信标的结构、设计原理、热力学研究、选择性与动力学研究进行了综述,并对非典型分子信标(LNA-MB、SQ-MB)进行了介绍。

分子信标的原理、应用及其研究进展

分子信标是一种设计巧妙的新型荧光标记核酸探针。特殊的发夹结构使分子信标具有很强的特异性识别靶标序列的能力 ,目前已成为分子生物学和生物技术中一种强有力的研究工具。本文介绍了分子信标的原理及其在 PCR、核酸序列的分析、活细胞内核酸的动态检测、蛋白质 (酶 )与核酸的相互作用等方面的应用和研究进展。

用于SARS冠状病毒快速诊断的分子信标探针设计

利用Genbank中已知SARS -Cov完整基因组信息 ,通过BeaconDesigner2 .1软件进行其分子信标探针设计 ,共找出 7条分子信标探针和相对应的引物 ,它们均分布在SARS -Cov基因组的保守区域 ,后经过软件评估和Blast搜索 ,证明所获得的 7条分子信标探针为SARS -Cov的特异性探针。这将为今后SARS

分子信标研究进展

分子信标是一种新型核酸探针,它在核酸检测中具有高特异性、高选择性和高灵敏度,取得了广泛的应用。该文主要介绍了分子信标的原理,一些新型的分子信标的结构及其优缺点和潜在的应用前景,并对分子信标的应用领域做了一个简单的介绍。

磁性荧光复合粒子的合成、表征及DNA检测应用研究

以NaOH作为沉淀剂,在水相中合成了直径约为10nm的Fe3O4磁性纳米粒子,以Fe3O4为核层原料以CdTe量子点为壳层原料合成了Fe3O4/CdTe磁性荧光复合粒子。合成的Fe3O4/CdTe磁性荧光复合粒子经测试具有良好的磁性核荧光性能。以Fe3O4/CdTe作为能量供体3,端修饰有淬灭剂BHQ-2的单链DNA作为能量受体合成分子灯塔探针,成功构建了荧光共振能量转移体系,所合成的探针可利用磁铁与游离的5,-DNA-3,-BHQ-2进行快速分离。该探针在和与探针DNA序列完全互补的目标弓形虫DNA杂交后,荧光强度得到了恢复,实现了对弓形虫DNA的高灵敏度检测。

利用分子信标和EXO Ⅲ放大荧光信号快速检测Ag^+

设计新型的DNA探针,其主要功能区域包含适配体区域和分子信标互补区域;当无靶标存在时,羧基荧光素(FAM)的荧光被黑洞猝灭基团(BHQ)猝灭,加入靶标后,Ag^+与适配体区域特异性结合,使得分子信标与其互补区域发生结合,加入EXO III后,分子信标被酶解,从而释放Ag^+/DNA探针复合物用于下一轮反应,同时产生大量的FAM,因此,可以通过荧光的增强来定量检测靶标的含量.评价了该方法的灵敏度和选择性,探究它在实际样品中的表现能力.结果表明,适配体区域与分子信标间隔2个碱基的DNA探针与分子信标结合效果最好,检测的信噪比最大.该方法对Ag^+的检测最低下限(LOD)为0.1nmol/L,在0.5~200nmol/L范围内,荧光值与靶标浓度成线性关系(R^2=0.994).对实际样品的检测在20~200nmol/L范围内呈线性关系(R^2=0.998),且能很好的从混合样品中区分10nmol/L Ag^+.该研究建立的快速检测Ag^+方法具有良好的线性定量能力和操作性能,且灵敏度高、特异性强,可满足现实的需求.

分子信标技术及其在生物学中的应用

人们对生命现象的观察和研究已经深入到纳米尺度和单细胞、单分子的水平,如何在这样一个尺度范围内获取有用的生物化学信息对各个研究领域均提出新的要求。可进行实时、在线、原位、活体检测的分子探针成为人们研究的热点和重点,本文就分子信标技术的研究概况及其在分子生物学中的应用作一概述。