基于网络药理学和分子对接技术探究归脾汤治疗前庭损伤作用机制

目的运用网络药理学和分子对接技术探究归脾汤治疗前庭损伤的作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN-TCM数据库检索归脾汤的有效活性成分和作用靶点,使用PharmMapper、Swiss Target Prediction数据库补充靶点,用Cytoscape构建出药物-有效活性成分-作用靶点网络。通过GeneCards、Drugbank、OMIM数据库查询前庭损伤相关靶点,使用Venny构建药物疾病交集靶点韦恩图,借助STRING数据库构建蛋白互作网络并筛选核心靶点。将交集靶点进行GO和KEGG富集分析,最后进行分子对接和可视化。结果归脾汤中筛选出192个有效活性成分和1009个作用靶点,其中主要活性成分有槲皮素、山奈酚等;前庭损伤相关靶点共918个,归脾汤与前庭损伤交集靶点166个,通过蛋白互作网络图得到核心靶点10个,包括CASP3、TNF等。经过筛选,得到排列靠前的GO条目及KEGG通路。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚等活性成分与核心靶点结合力较强。结论归脾汤可能通过多成分、多靶点、多通路的角度治疗前庭损伤,其机制可能与抗炎、抗氧化应激、抗缺血缺氧再灌注损伤等有关。

固本解毒方调控肺腺癌免疫微环境的分子机制研究及实验验证

目的:通过网络药理学探究固本解毒方干预肺腺癌免疫微环境的作用机制,并通过动物实验验证。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库筛选出固本解毒方的候选化学成分及其相关靶点,利用疾病靶点数据库获取肺腺癌及肿瘤免疫微环境的相关靶点,取交集后获得潜在作用靶点;运用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析数据库(STRING)建立PPI网络,以Cytoscape软件构建“中药-活性成分-靶点”网络图。最后,通过分子对接及动物实验进行结果验证。结果:共获得固本解毒方的候选活性成分251种,潜在作用靶点217个;中药的核心有效成分包括槲皮素(Quercetin)、β-谷甾醇(Beta-sitosterol)等,关键潜在作用靶点为促分裂原活化的蛋白激酶1(MAPK1)、促分裂原活化的蛋白激酶3(MAPK3)、信号转导及转录激活因子3(STAT3)、促分裂原活化的蛋白激酶14(MAPK14);所涉及的主要信号通路主要包括磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)、促分裂原活化的蛋白激酶(MAPK)等信号通路;分子对接结果显示Beta-sitosterol与各核心潜在作用靶点均有良好结合活性;动物实验证明,固本解毒方能有效抑制STAT3、MAPK1、MAPK3蛋白的表达,激活MAPK14蛋白的表达。结论:固本解毒方可能是通过激活或抑制MAPK14、STAT3、MAPK1、MAPK3等核心潜在作用靶点的表达,调控PI3K-AKT、MAPK等多条信号通路,从而干预肺腺癌免疫微环境。

蒙药广枣治疗心血管疾病药理活性研究进展及分子对接研究

广枣为蒙医习用药材,在临床上主要用于心血管疾病的治疗,其化学成分以黄酮类、有机酸类为主。根据已发表文献挖掘广枣的主要药理活性及化学成分,应用AutoDock Vina软件将广枣活性化学成分与IL-6、AC、Thrombin进行对接,结果显示广枣的有效活性成分与上述三种蛋白均具有良好的结合活性。基于蒙医学角度及现代医学角度,综述广枣对于心血管疾病有关的药理研究,为深入探索广枣抗心血管疾病的药效物质基础提供理论依据与新思路。

基于数据挖掘、网络药理学和分子对接研究中药治疗消化性溃疡的作用机制

目的:研究中药治疗消化性溃疡(PU)的作用机制。方法:检索2020年版《中华人民共和国药典》与药智数据库中中药治疗PU的处方,利用Spss Modeler进行数据挖掘得到核心药物。从TCMSP数据库中获取核心中药的主要活性成分及作用靶点,GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGenet数据库中获取疾病靶点,取交集靶点。对交集靶点进行可视化分析,筛选后得到核心靶点与核心成分,并进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和分子对接。结果:获得甘草、延胡索、白芍、白及、党参5味核心药物,药物聚为3类,核心活性成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素、柚皮素、柱头甾醇,核心靶点为环加氧酶(PTGS2)、表皮细胞因子(EGF)、表皮生长因子受体(EGFR)、白细胞介素-6(IL-6)、胱天蛋白酶(CASP3)等16个。获得603条GO条目,主要涉及氧化应激反应、蛋白磷酸化、泛素蛋白连接酶等。KEGG富集条目共118条通路,核心靶点主要富集在肿瘤坏死因子、白细胞介素-17(IL-17)等信号通路。结论:5味中药治疗PU可能是通过调控PTGS2、EGF等靶点及TNF、IL-17、MAPK、HIF-1等通路的表达来实现。

基于网络药理学和分子对接技术探讨麻杏石甘汤加减方治疗新型冠状病毒肺炎的机制

目的应用网络药理学和分子对接技术探讨麻杏石甘汤加减方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的机制。方法首先在TCMSP数据库中查找、筛选麻杏石甘汤加减方基本中药组成的有效化学成分及靶点,并利用Uniptro数据库将靶点转换为相应基因名称。利用GeneCard、TTD、DrugBank数据库确定COVID-19疾病靶点基因,取二者的交集得到共有基因。在String数据库中检索上述共有基因,获得靶基因的蛋白质互作网络(PPI)。使用Cytoscape3.8软件将结果可视化,再利用其中的CytoNCA插件计算核心网络。通过R软件clusterProfiler软件包对靶基因进行基因本体及京都基因与基因组百科全书富集分析,然后通过PubChem数据库下载药物有效成分的二维结构,使用ChemBio3D软件生成其3D结构。PDB数据库下载蛋白受体得到3D结构文件。最后使用vina软件进行分子对接。结果麻杏石甘汤加减方活性成分240种,靶点基因329个,疾病靶点393个,共同靶点22个,PPI有139条边,22个节点。白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子均为连接度最高的节点。主要富集在Toll-like受体信号通路、T淋巴细胞受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用等与炎症及免疫相关的通路。药物成分可与IL-6稳定结合。结论麻杏石甘汤加减方通过多成分、多靶点、多途径作用于COVID-19,为COVID-19的中药治疗提供了理论基础。