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一种筛选水稻Mutmap+突变位点的简易方法
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作者 王延妍 李颖颖 +4 位作者 王子瑞 毛馨晨 唐家琪 于恒秀 张超 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS 北大核心 2024年第1期27-32,共6页
利用基因组重测序技术进行基因定位目前已在水稻功能基因组学研究中得到广泛应用。其中,Mutmap+技术因无需进行杂交操作,且无需背景亲本的基因组信息,具有更广阔的应用前景。然而,目前Mutmap+技术筛选候选突变位点的方法依赖于复杂的数... 利用基因组重测序技术进行基因定位目前已在水稻功能基因组学研究中得到广泛应用。其中,Mutmap+技术因无需进行杂交操作,且无需背景亲本的基因组信息,具有更广阔的应用前景。然而,目前Mutmap+技术筛选候选突变位点的方法依赖于复杂的数据计算,要求研究者具有较高的生物信息学知识。根据Mutmap+的实验原理,设计一种简单的筛选候选突变位点的方法。该方法对混池测序的表型池与非表型池的突变指数分别加以限定,即表型池突变指数等于1,非表型池突变指数小于0.5。对测序所得突变位点进行简单排序,即可得到候选突变位点。运用该筛选方法,从6个水稻不育突变体成功克隆突变基因,并对其中1个突变体进行了细胞学表型的验证。该方法可简化Mutmap+技术的数据分析流程,便于将Mutmap+技术更好地运用到水稻功能基因组学研究中。 展开更多
关键词 水稻 mutmap+ 突变位点筛选 基因克隆
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基于全基因组测序的MutMap方法在正向遗传学研究中的应用 被引量:5
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作者 袁金红 李俊华 +4 位作者 袁娇娇 贾克利 李书粉 邓传良 高武军 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1168-1177,共10页
在传统的正向遗传学分析过程中,基因定位需要构建复杂的后代群体,并借助大量分子标记进行遗传连锁分析和区间定位,使得这一过程成本高且耗时长。MutMap是近年来发展的基于高通量第二代测序技术的一种新的正向遗传学分析方法。该方法的... 在传统的正向遗传学分析过程中,基因定位需要构建复杂的后代群体,并借助大量分子标记进行遗传连锁分析和区间定位,使得这一过程成本高且耗时长。MutMap是近年来发展的基于高通量第二代测序技术的一种新的正向遗传学分析方法。该方法的优点是遗传定位的周期短且效率高。在此基础上扩展的新方法也不断出现,如基于自交的MutMap+、用于识别基因组缺失区间变异的MutMap-Gap、以及用于定位数量性状基因座的分析思路与MutMap类似的QTL-seq方法等。这些方法不需要建立繁琐的定位群体,甚至不依赖于遗传杂交和任何连锁信息即可进行,加快了对感兴趣表型的变异位点所在基因组区域的识别过程。本文对MutMap及其扩展方法进行了介绍,并对它们未来的应用和发展前景进行了讨论,以期为基于第二代测序技术的正向遗传学基因定位和作物遗传改良研究提供参考。 展开更多
关键词 mutmap 突变体 数量性状位点 全基因组重测序
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利用改进的MutMap方法克隆水稻雄性不育基因 被引量:14
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作者 陈竹锋 严维 +6 位作者 王娜 张文辉 谢刚 卢嘉威 简智华 刘东风 唐晓艳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期85-93,共9页
通过对籼稻黄华占EMS(甲磺酸乙酯)诱变,筛选得到一隐性核不育的水稻雄性不育突变体osms55,遗传分析表明该突变体为单基因控制的隐性核不育,采用高通量的Illumina Infinium iSelect SNP(50 K)芯片检测技术鉴定该突变体的遗传背景,确认该... 通过对籼稻黄华占EMS(甲磺酸乙酯)诱变,筛选得到一隐性核不育的水稻雄性不育突变体osms55,遗传分析表明该突变体为单基因控制的隐性核不育,采用高通量的Illumina Infinium iSelect SNP(50 K)芯片检测技术鉴定该突变体的遗传背景,确认该突变体的遗传背景与黄华占一致。文章利用改进的MutMap方法成功克隆该雄性不育基因,突变位点与突变表型的共分离分析表明LOC_Os02g40450(MER3)是控制osms55突变体雄性不育的基因,该基因的剪切识别位点发生变异后导致剪切异常,造成第5外显子缺失15个碱基,从而产生雄性不育。改进的MutMap方法无需精确组装的野生型基因组序列作对照,而是通过将定位群体中有突变表型植株的DNA pool和野生型植株DNA的重测序结果分别与日本晴参考基因组进行比对,然后再比较突变体和野生型的差异SNP来确定候选基因,该方法大大降低了野生型基因组测序和组装成本,进一步扩大了MutMap方法的应用范围。 展开更多
关键词 水稻(Oryza SATIVA L ) 突变体 雄性不育 mutmap 剪切识别位点
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水稻维生素B_1合成相关基因OsTHIC的功能研究
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作者 张超 王子瑞 +3 位作者 孙亚丽 毛馨晨 唐家琪 于恒秀 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期99-108,共10页
【目的】维生素B_(1)(vitamin B_(1), VB_(1))是生物所必需的微量元素,其作为多个酶的辅因子,参与重要的细胞代谢途径,而水稻中维生素B_(1)合成途径还有待深入研究。本研究旨在解析水稻维生素B_(1)合成相关基因OsTHIC的生物学功能。【... 【目的】维生素B_(1)(vitamin B_(1), VB_(1))是生物所必需的微量元素,其作为多个酶的辅因子,参与重要的细胞代谢途径,而水稻中维生素B_(1)合成途径还有待深入研究。本研究旨在解析水稻维生素B_(1)合成相关基因OsTHIC的生物学功能。【方法】综合运用诱变技术、色素测定、Mutmap+、基因编辑及非靶向代谢组分析等手段克隆目的基因并解析其功能。【结果】从EMS诱变的水稻突变体库中发现一个心叶白化致死突变体wll1(white leaf and lethal 1)。wll1从四叶期开始出现心叶白化表型,白化表型逐渐扩展到其他叶片并导致幼苗死亡。与野生型相比,wll1的叶绿素含量与类胡萝卜素含量显著降低。利用Mutmap+及基因编辑技术,确定目的基因为维生素B_(1)合成相关基因OsTHIC。OsTHIC在叶片具有较高表达量,OsTHIC蛋白定位于叶绿体。wll1及OsTHIC的敲除突变体中维生素B_(1)含量均显著低于野生型,外施维生素B_(1)可以恢复wll1的突变表型。外施维生素B_(1)及OsTHIC突变均会影响维生素B_(1)合成相关基因的表达。非靶向代谢组测序分析表明,野生型与wll1差异代谢物在氨基酸的生物合成、辅因子的生物合成、ABC转运器及氨酰基-tRNA的生物合成等方面显著富集。【结论】OsTHIC通过调控维生素B_(1)含量,参与氨基酸合成等代谢过程,在水稻生长发育过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 OsTHIC 维生素B_1 叶色 mutmap+ 水稻
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A New Gene Conferring the Glabrous Trait in Cucumber Identified Using MutMap 被引量:2
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作者 XU Mengnan WANG Shenhao +4 位作者 ZHANG Shu CUI Qingzhi GAO Dongli CHEN Huiming HUANG Sanwen 《Horticultural Plant Journal》 SCIE 2015年第1期29-34,共6页
Tubercles and spines on fruit peel are important commercial traits in cucumber(Cucumis sativus L.). From an ethyl methane sulfonate cucumber mutant library,we discovered a new glabrous mutant that bears no tubercle or... Tubercles and spines on fruit peel are important commercial traits in cucumber(Cucumis sativus L.). From an ethyl methane sulfonate cucumber mutant library,we discovered a new glabrous mutant that bears no tubercle or spine on fruit peel and fewer and smaller trichomes on the stem and leaves. The new locus is here designated as glabrous2(gl2). Genome sequencing of the mutant and linkage analysis revealed that a non-synonymous mutation in the Csa1G056960 gene rendered the gl2 phenotype. The mutated gene encodes a C-type lectin receptor-like tyrosine protein kinase. This study provides a novel allele for elucidating the genetic basis of wart and trichome development and a new tool for breeding glabrous cucumber varieties. 展开更多
关键词 Cucumis sativus ethyl methane sulfonate glabrous mutant mutmap
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谷子条纹叶突变体wsl2的鉴定及候选基因分析 被引量:7
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作者 王秋兰 王智兰 +8 位作者 韩芳 杜晓芬 连世超 韩康妮 周雪 李慧娟 张林义 王军 郭二虎 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期214-221,共8页
谷子叶色突变体是探究叶绿体发育机制和C4光能利用率的理想材料之一。为了研究谷子叶色突变的分子机制,从谷子主推品种长农35号的甲基磺酸乙酯(EMS)诱变库中筛选鉴定到一个苗期条纹叶突变体wsl2,通过表型鉴定、遗传背景检测和遗传分析,... 谷子叶色突变体是探究叶绿体发育机制和C4光能利用率的理想材料之一。为了研究谷子叶色突变的分子机制,从谷子主推品种长农35号的甲基磺酸乙酯(EMS)诱变库中筛选鉴定到一个苗期条纹叶突变体wsl2,通过表型鉴定、遗传背景检测和遗传分析,同时利用MutMap方法快速精细定位突变基因,并根据突变位点开发共分离分子标记等方面对该突变体进行研究。结果表明,wsl2在苗期表现为条纹叶表型,但从拔节期开始恢复为正常叶片表型;wsl2与野生型遗传背景相同且wsl2受一个隐性核基因控制;MutMap精细定位的关联区间内包含9个非同义突变基因,其中,Seita.9G561800是一个编码与叶绿体相关的PsbP蛋白基因,含有6个外显子和5个内含子,在第1外显子77 bp处发生G/T碱基突变,导致一个精氨酸(R)突变成亮氨酸(L)。根据突变碱基设计了dCAPS标记MRI498-1(Cac8Ⅰ)和共分离标记MRI501-3,进一步验证了wsl2突变体的候选基因突变位点。研究鉴定了一个新的条纹叶突变体wsl2,对PsbP基因光合作用反应机制的进一步研究奠定了理论基础,丰富了谷子叶色突变体资源,同时验证了MutMap方法克隆谷子突变基因的有效性。 展开更多
关键词 谷子 条纹叶突变体wsl2 mutmap 候选基因分析
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水稻两系窄叶突变体Fz1S的表型分析与基因定位
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作者 冯慧 吴孝波 +3 位作者 黄强 肖梅 刘育生 杨成明 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第12期2702-2706,共5页
【目的】通过对水稻窄叶性状的研究,使水稻株型更加接近理想株型获得更高产量。【方法】本研究通过电子束辐照诱变深08S,获得了水稻窄叶突变体,经多代自交,其窄叶性状能够稳定遗传,命名为辐窄1S(Fz1S),对其进行了表型鉴定、细胞学观察... 【目的】通过对水稻窄叶性状的研究,使水稻株型更加接近理想株型获得更高产量。【方法】本研究通过电子束辐照诱变深08S,获得了水稻窄叶突变体,经多代自交,其窄叶性状能够稳定遗传,命名为辐窄1S(Fz1S),对其进行了表型鉴定、细胞学观察、遗传分析和基因定位。【结果】与野生型深08S相比,该突变体剑叶、倒2叶叶片变窄、变短,植株变矮,穗子变短,千粒重降低,粒长、粒宽无显著变化。细胞学观察表明:叶片变窄主要是由于大、小维管束数量变少引起的。遗传分析表明:突变体辐窄1S(Fz1S)的突变性状受1对隐性基因控制。利用Mutmap测序定位突变基因,结果表明突变基因可能位于8号染色体,大致在4.9~5.3 Mb的区域。【结论】本研究结果为窄叶基因的克隆和功能分析奠定了良好基础,也为水稻株型改良提供了基因资源和育种材料。 展开更多
关键词 水稻 窄叶突变体 mutmap 离子束辐照诱变
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黄瓜叶色黄化突变基因yl-2的鉴定 被引量:4
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作者 李洋洋 薛冰 +7 位作者 周倩 王博文 陈宸 陈惠明 杨学勇 张忠华 李征 王深浩 《中国蔬菜》 北大核心 2020年第7期30-37,共8页
叶绿素的含量与叶片光合作用效率以及作物产量潜力密切相关,是作物的一个重要生理指标。通过对黄瓜株系HN3种子进行甲磺酸乙酯(EMS)诱变,筛选得到叶色黄化的突变体yl-2。以该叶色黄化突变体yl-2和野生型黄瓜HN3为亲本,构建了BC1F2分离群... 叶绿素的含量与叶片光合作用效率以及作物产量潜力密切相关,是作物的一个重要生理指标。通过对黄瓜株系HN3种子进行甲磺酸乙酯(EMS)诱变,筛选得到叶色黄化的突变体yl-2。以该叶色黄化突变体yl-2和野生型黄瓜HN3为亲本,构建了BC1F2分离群体,遗传分析表明该突变体为隐性单基因控制。通过DNA混池测序,运用MutMap的方法寻找突变基因,得到4个符合要求的SNP位点,这4个SNP位点分布在黄瓜6号染色体上13~19 Mb的物理区间内。在这4个SNP中,仅有1个SNP即SNP17451330位于基因(Csa6G385090)上,且为异义突变,其余3个SNP均位于基因间。生物信息分析发现基因Csa6G385090编码叶绿素a加氧酶CAO,SNP17451330导致的氨基酸突变位于CAO蛋白的保守结构域。根据异义突变SNP17451330设计的dCAPS标记与群体植株的叶色表型共分离,预示着基因Csa6G385090很可能是叶色黄化突变体yl-2的候选基因。 展开更多
关键词 黄瓜 叶色黄化突变体 mutmap
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水稻斑点叶突变体spl101和spl102的筛选及候选基因鉴定 被引量:2
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作者 韩晓斌 徐冉 +3 位作者 段朋根 于海跃 罗越华 李云海 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期346-353,共8页
斑点叶突变体是指植物在正常生长条件下叶片或叶鞘上自发形成、且与病原菌侵染产生的病斑类似的一类突变体,筛选并研究斑点叶突变体对揭示植物抗病反应机理具有重要意义。为了进一步研究斑点叶的形成机制,本文通过EMS诱变品种宽叶粳(KY... 斑点叶突变体是指植物在正常生长条件下叶片或叶鞘上自发形成、且与病原菌侵染产生的病斑类似的一类突变体,筛选并研究斑点叶突变体对揭示植物抗病反应机理具有重要意义。为了进一步研究斑点叶的形成机制,本文通过EMS诱变品种宽叶粳(KYJ),筛选得到两个斑点叶突变体spl101和spl102。这两个突变体在生长发育晚期(抽穗期以后)形成严重的类病斑。遗传分析表明,spl101和spl102均受隐性单基因控制。利用Mutmap方法对候选基因进行克隆,结果显示,spl101和spl102的候选基因均为OsEDR1,该基因与类病斑发生有关。在spl101中,OsEDR1基因突变发生在第6外显子和第6内含子的交接处,该突变导致第6内含子的错误识别,最终造成移码突变。在spl102中,OsEDR1基因突变发生在第10外显子上,导致一个苯丙氨酸(F)变成半胖氨酸(C)。因此,本研究鉴定了两个新的OsEDR1等位突变,对OsEDR1抗病反应机理的进一步研究及丰富水稻种质资源具有积极意义。同时验证了利用Mutmap方法克隆水稻突变基因的有效性。 展开更多
关键词 水稻斑点叶突变体 mutmap OsEDR1
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淮稻5号化学诱变突变体库的构建与基因快速定位 被引量:3
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作者 王迪 牛梅 +4 位作者 王健 程保山 李刚 徐卫军 袁彩勇 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第4期26-31,共6页
淮稻5号是江苏地区粳稻主栽品种之一,该品种具有灌浆速度快、出糙率高、千粒质量高、抗倒能力强、耐低温等特点。但由于缺少适宜的研究材料,淮稻5号中优良农艺性状的调控机制一直没有得到解析。突变体是研究基因功能最直接、最有效的途... 淮稻5号是江苏地区粳稻主栽品种之一,该品种具有灌浆速度快、出糙率高、千粒质量高、抗倒能力强、耐低温等特点。但由于缺少适宜的研究材料,淮稻5号中优良农艺性状的调控机制一直没有得到解析。突变体是研究基因功能最直接、最有效的途径之一,本研究利用N-甲基-N-亚硝脲(MNU)化学诱变构建了包含3 562个家系的淮稻5号突变体库,并从中筛选获得了512个表型稳定的突变体,包括株型、叶色、育性、抽穗期、早衰、类病斑等8种类型,利用MutMap技术完成了2个株型突变体的突变位点初步定位,该突变体库的构建及MutMap技术的应用,以期为淮稻5号优良性状的解析提供突变体资源。 展开更多
关键词 淮稻5号 MNU 突变体库 mutmap
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一个新的OsBRI1弱等位突变体的鉴定及其调控种子大小的功能研究 被引量:2
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作者 管柳蓉 刘祖培 +6 位作者 徐冉 段朋根 张国政 于海跃 李静 罗越华 李云海 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期279-286,共8页
水稻(Oryza sativa)籽粒大小是影响其产量的关键农艺性状,克隆并研究水稻籽粒大小相关基因对于提高水稻产量具有重要意义。为深入探究水稻籽粒大小的调控机制,通过EMS诱变品种宽叶粳(KYJ),分离了一系列水稻籽粒大小改变的突变体,其中sm... 水稻(Oryza sativa)籽粒大小是影响其产量的关键农艺性状,克隆并研究水稻籽粒大小相关基因对于提高水稻产量具有重要意义。为深入探究水稻籽粒大小的调控机制,通过EMS诱变品种宽叶粳(KYJ),分离了一系列水稻籽粒大小改变的突变体,其中smg12表现为籽粒变小,株高变矮,一级枝梗数和二级枝梗数减少。遗传分析表明,该小粒突变体受隐性单基因控制。细胞学分析显示,该突变体颖壳纵向细胞长度显著变短,表明SMG12主要影响细胞扩展。利用Mutmap方法对候选基因进行克隆,筛选出SMG12的候选基因OsBRI1,该基因编码油菜素内酯受体激酶。OsBRI1外显子上的第2074个碱基发生了由C到T的置换,产生非同义突变,使得该位置编码的脯氨酸变为丝氨酸,从而影响OsBRI1的功能。综上,该研究鉴定了OsBRI1基因的1个新等位变异,揭示了油菜素内酯途径调控水稻籽粒大小的细胞和分子基础。 展开更多
关键词 水稻 籽粒大小 细胞扩展 mutmap OsBRI1
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