云南省昭通地区结核分枝杆菌临床分离株遗传多样性和耐药分子特征

目的调查云南省昭通地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)临床分离株的遗传多样性和耐药分子特征。方法2022年9月—2023年8月从昆明医科大学附属昭通医院收治的298例涂阳肺结核患者中共采集了MTB 298株,用MeltPro TB测定法通过荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)熔解曲线法鉴定所有分离株。用多色熔解曲线分析技术进行间隔区寡核苷酸分型(interval oligonucleotide typing,Spoligotyping)。用分枝杆菌散布重复单元(mycobcterial interspersed repetitive units,MIRU)-可变数目串联重复序列分型(variable number of tandem repeat typing,VNTR)(MIRU-VNTR)24位点分型法进行基因分型。使用PCR和靶向测序检测耐药基因突变。结果北京菌株占所有MTB菌株的69.80%(208/298)。其他谱系包括T、LAM、MANU2、CAS、NEW-1和SITVITWEB数据库中未发现的孤儿型,分别占5.70%(17/298)、3.36%(10/298)、0.67%(2/298)、0.34%(1/298)、8.39%(25/298)及11.74%(35/298)。北京菌株对左氧氟沙星的耐药率略高于非北京菌株(P=0.042),而北京菌株与非北京菌株2种基因型菌株对异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、吡嗪酰胺、卡那霉素耐药率差异无统计学意义(P>0.05)。MIRU-VNTR 24位点分型分析结果显示,33个菌株可分为13株聚类,其聚类率为39.39%。每个等位基因的Hunter-Gaston指数在0~0.814之间,其中18个位点对非北京菌株具有中高鉴别能力。但只有10个位点对北京菌株具有中高鉴别能力。结论MTB菌株在中国云南省昭通地区表现出较高的遗传多样性,北京菌株是MTB和耐药结核病菌株的优势谱系。

30株牛源分枝杆菌分离株基因分型鉴定

目的采用基因分型方法对30株分离自西北三省的牛源分枝杆菌分离株进行鉴定。方法从西北三省的规模化奶牛场采集结核菌素(PPD)阳性奶牛的咽拭子和鼻拭子,经分离培养后,采用16S rRNA、MPT64以及多位点PCR进行菌株分型鉴定,利用数目可变串联重复序列分析(variable-number of tandem repeats,VNTR)和分枝杆菌散在分布重复单元(Mycobacterial interspersed repetitive unit,MIRU)连用的方法对其基因型进行了分析。结果菌株分型鉴定结果表明,30株牛源临床分离株全部为分枝杆菌属,其中,12株属于结核分枝杆菌复合群,18株属于非结核分枝杆菌;12株结核分枝杆菌中10株为牛分枝杆菌,2株为人型结核分枝杆菌。MIRU-VNTR分析结果表明,12株结核分枝杆菌呈现10种VNTR基因型,4株聚集为2个基因簇。结论30株分离株均属于分枝杆菌属,且结核分枝杆菌中以牛分枝杆菌为主。

MIRU—VNTR和Spoligotyping用于重庆地区210株儿童结核分枝杆菌临床分离株的基因分型

目的评价间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）和基于结核分枝杆菌散在分布数目可变串联重复序列分析（MIRU—VNTR）方法在重庆地区儿童结核病分子流行病学中的应用。方法收集重庆地区210株儿童结核分枝杆菌（MTB）临床分离株，应用上述两种分型方法进行比较分析。结果采用Spoligotyping分型方法，210株菌可分为2个基因群44种基因型，其中最大的1个基因群即北京家族（北京基因型）含有130株菌（61．90％）。采用MIRU—VNTR分析发现24个位点的多态性差异较大，不同MIRU位点组合（12、15和24位点）的分辨率指数依次升高，后两个组合的差异是由位点ETR-B引起。各位点和各位点组合在北京家族菌株中的分辨率指数均高于非北京家族菌株。结论重庆地区儿童MTB具有明显的基因多态性，其主要流行型为北京家族。在结核病原学监测中，可先采用Spoligotyping，再对成簇菌株进行15位点与ETR—B组合二次分型的联合分型策略，可据高分子流行病学调查效果。

24位点可变串联重复序列和间隔区寡核苷酸分型对河南省结核分枝杆菌基因型的鉴定

目的了解河南省结核分枝杆菌的基因型别。方法采用经典24位点分枝杆菌散在重复单元-可变串联重复序列(mycobacterium interspersed repetitive unit -variable number of tandem repeat,MIRU-VNTR)和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)对2015年间河南省不同地区的668株结核分枝杆菌进行基因分型。结果间隔区寡核苷酸分型将668株菌分为11个家族,35个基因型。在558株北京家族基因型中,典型北京家族菌株546株,非典型北京家族菌株12株。在110株非北京家族菌株中,8株为新发现菌株;另102株非北京家族菌株被分为10个家族,其中T家族有76株,包括T1家族59株,T2家族7株,T3家族10株。标准24位点VNTR将668株菌分为550个基因型,有508株菌显示出单一的基因型,另160株菌被分到42个不同的基因簇中。最大簇含有21株菌,其余簇包含2~20株菌。结论河南省结核分枝杆菌主要为北京家族基因型。

相同多态性位点对结核分枝杆菌北京家族菌株多位点可变数目串联重复序列基因型构成的影响

目的探讨多态性相同的位点对北京家族结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列（MIRU-VNTR）基因分型的影响，为合理选择分型位点提供科学依据。方法分别选取9个及12个位点，构成4组MIRU—VNTR位点组合，其中，9位点组成的两个组合中，分别有两个不同位点（MIRU40／MIRUl6）多态性一致，其余为相同位点；12位点的两个组合则分别包括另外两个多态性相同的位点（MIRu39／MIRu31）。进行聚类分析，比较含有相同多态性的不同位点组合的分辨能力、成簇能力以及基因型特点。结果9位点两个组合都将菌株分为三群，其中，Ⅲ群菌株仅有1株相同，分别占组合1、2的2．0％和1．6％。12位点组合也将菌株分为三群，第Ⅱ群菌株组成差异非常明显，完全没有相同的菌株。结论多态性相同的位点对北京家族菌株MIRU—VNTR基因分型影响较大。在选择MIRU—VNTR分型位点时，应不仅仅检验位点的分辨能力和对成簇的影响，还应考虑有相同／相近多态性的位点对基因型构成的影响。