时变多元NBSCopula模型与美国股指期货市场可视化相依性分析

基于多元NBS(Normal Birnbaum-Saunders)分布构造了一种新的多元偏斜厚尾Copula,即多元NBS Copula,并进一步采用DCC(Dynamic Conditional Correlation)模型构造了时变NBS Copula模型。以美国道琼斯30指数期货、标准普尔500指数期货和纳斯达克100指数期货为例,可视化分析了收益率序列之间的各种相依特征,比较了DCC-NBS Copula模型与其他一些Copula模型在相依结构拟合上的效果差异。实证结果表明:美国三大股指期货之间的相依结构具有正相依性、厚尾相依性、非对称相依性和时变相依性,其中,NAGARCH模型可以较好地描述收益率序列的动态特征,椭圆Copula优于阿基米德Copula,非对称椭圆Copula优于对称椭圆Copula,厚尾椭圆Copula优于正态Copula,时变椭圆Copula优于静态椭圆Copula。综合来看,DCC-NBSCopula模型是所有模型中对相依结构的拟合效果最优的。

绿豆C3H和NBS转录因子家族成员鉴定及盐胁迫响应分析

NBS和C_(3)H是植物体内2个重要的转录因子家族,在调控植物抗病与耐盐方面不可或缺。本研究通过转录组数据分析、qRT-PCR分析,分别鉴定出30个和289个绿豆C_(3)H和NBS家族成员,2个基因家族各有13个基因受到纯化选择,并且C_(3)H和NBS基因家族种内共线性关系均为片段重复。耐盐材料的转录组数据分析结果表明,VrC_(3)H5、VrC_(3)H7、VrC_(3)H10和VrC_(3)H13等4个基因的表达量在盐胁迫后发生显著改变。VrC_(3)H5,VrC_(3)H7和VrC_(3)H133个基因对脱落酸(ABA)处理、氯化钠(NaCl)处理、干旱胁迫都有不同程度的响应,VrC_(3)H5在ABA处理后基因表达量上调超过了10倍。在NBS基因中,有85个基因在盐胁迫10 d和15 d后出现显著差异表达,其中9个NBS基因表达变化值|log_(2)FC|(FC为表达倍数变化)大于2。VrNBS20转录因子通过调控EVM0022385参与绿豆的耐盐功能,VrNBS20可能是绿豆抗病与耐盐调控网络中的交叉点。本研究结果为绿豆耐盐与抗病研究提供了丰富的基因资源。

拟南芥NBS1互作蛋白的筛选和鉴定

【目的】筛选拟南芥中NBS1的互作蛋白,探究NBS1蛋白的新功能,为后续研究奠定基础。【方法】利用酵母双杂交技术筛选拟南芥c DNA文库,对得到的序列进行BLAST比对、亚细胞定位分析和基因本体注释。【结果】共有221个阳性克隆,测序后通过BLAST比对得到97个与NBS1互作的蛋白,包括膜蛋白、转运蛋白和折叠蛋白等,它们主要定位于细胞质、细胞核和叶绿体等,主要富集于4个分子功能、5个细胞组分和13个生物过程。【结论】拟南芥中与NBS1互作的蛋白在刺激响应、信号转导和细胞代谢等方面发挥着重要作用,也证明NBS1是一种多功能蛋白,但其功能及分子机制还需进一步研究。

应对海洋灾害的NbS活体海岸线全生命周期管理研究与实践述评

全球气候变化加重了沿海地区的气候暴露度,基于自然的解决方案(NbS)理念的活体海岸线(living shoreline)展示了更具韧性、更环境友好的海岸保护路径,但其相关基本理论和全生命周期管理框架尚未得到系统梳理。查阅国外相关部门项目公报及Web of Science数据库,梳理近10年活体海岸线的相关研究与实践,从活体海岸线的分析规划、构造设计、施工建造、监测评估4个阶段进行总结分析,并结合实践应用和中国国情,客观看待目前活体海岸线的研究局限性;将其与传统硬质工程护岸进行辨证性的比较和思考,提出完善全生命周期管理的框架建议,旨在为我国的海岸保护与生境修复工作提供参考。

基于自然解决方案(NbS)理念下滨水景观生态安全建构探索

城市滨水空间作为城市生态安全的重要组成部分,其生态安全的构建日益受到人们的重视。但是传统的生态安全研究往往聚焦于较大尺度的空间区域,缺乏小尺度具体空间的研究。文章以基于自然的解决方案(Nature-based Solutions,以下简称NbS)的理念为基础,以VORC模型为生态安全评价体系为指导,形成景观策略系统,并以陕西省西咸新区沣河湿地公园为例进行实践探索,为城市滨水空间的生态安全构建提供新的思路。

基于NbS自然解决方案的伊犁一矿采煤塌陷地生态修复

基于NbS自然解决方案用于采煤塌陷地生态修复,以新疆伊犁一矿生态修复为例进行矿山生态修复研究,聚焦多目标,形成多功能修复格局。进行排矸场生态修复、水土环境污染修复、含水层破坏修复、土壤植被一体化修复。采取管理、技术、经济等综合措施,形成包容、透明和赋权的治理过程,为开展西部生态脆弱区矿山生态修复提供一种新的治理理念和方法。

陆地棉CC-NBS-LRR基因的克隆及特征分析

根据抗病基因核苷酸结合位点(Nuc leotide b ind ing site,NBS)设计简并性引物,从陆地棉cDNA中进行RT-PCR扩增。获得含NBS保守域的EST,进一步用RACE技术和TAIL PCR技术获得其中1个EST的全长基因序列,并获得GHNBS基因的5′调控序列。此基因被命名为GHNBS。该基因的编码区长2 583 bp,编码861个氨基酸,GHNBS编码的氨基酸序列与拟南芥R基因具有28%的同源性。GHNBS与拟南芥的其他几个NBS-LRR基因比较发现,它们在保守区外的相似性相当低。Southern杂交和网上数据库搜索分析都表明GHNBS是1个寡拷贝基因。通过半定量RT-PCR分析发现GHNBS在棉花的蕾、花瓣、韧皮部、根及叶中均有表达且在根、叶中表达量比其它部位强,在木质部基本不表达。

DNA双链修复相关基因NBS1的分子改变与肿瘤发生

NBS1基因是一种重要的DNA双链修复相关基因,对维持基因组稳定性及防止细胞癌变具有非常关键的作用。近年研究发现NBS1基因的突变、SNP基因型以及NBS1蛋白表达改变与肿瘤的发生风险和预后有关,本文对此作一综述。

NbS_(2-x)Se_x的制备、表征及其摩擦学性能

本文采用固相反应合成了NbS2-xSex纳米材料。并分别采用XRD、SEM、TEM、HRTEM进行了结构、形貌和成分的分析表征。系统研究了合成温度、保温时间及不同掺杂量对产物晶型和形貌演化的影响及规律性。结果表明Se的掺杂使NbS2-x Sex的形貌由纳米带(板)转变为纳米片,衍射峰明显宽化,峰强变弱,晶粒细化。且掺杂量、保温温度及时间对产物的形貌影响较大;在750℃下保温2 h得到的掺杂5at%Se的NbS1.9Se0.1形貌良好。将NbS2-xSex作为液体石蜡油的添加剂的UMT-2摩擦学实验结果表明掺杂后的NbS2-xSex具有优异的摩擦性能,其中掺杂5at%的Se在750℃下保温2 h的NbS1.9Se0.1摩擦性能最佳,同时对其摩擦机理进行了解释。

NBS系统结构的拉曼光谱研究

用激光拉曼光谱仪探讨了成分、分相制度对NBS玻璃分相的影响 ,并对浸析后玻璃内部基团的变化进行了研究。结果表明 :成分不同 ,玻璃内部占主要优势的基团不同 ,从而导致了分相倾向的不同。分相温度与玻璃成分有较大的联系。浸析后玻璃中的 [BO4]和 [BO3

巴西橡胶NBS-LRR抗病基因类似物多样性分析

【目的】克隆巴西橡胶抗病基因同源序列，为巴西橡胶抗病R基因的获取奠定基础。【方法】根据已知抗病基因（Resistance gene， R gene）编码的蛋白质NBS-LRR保守结构设计一对简并引物 P1/P2，采集经水杨酸（SA）处理0、12、24、48 h的巴西橡胶叶片，进行cDNA同源序列克隆。【结果】序列分析结果表明，克隆获得的RGAs经系统进化分析分为TIR-NBS-LRR和non-TIR-NBS-LRR 两种类型和9个基因家族；多重比较发现，克隆获得的RGAs具有典型的NBS类抗病基因保守结构域，在与已知植物NBS类序列相似性比较中，与I2c-2基因相似性最高，为46.2%，而巴西橡胶NBS类RGAs之间氨基酸相似性为22.1%～100.0%。进一步研究发现，核苷酸非同义替换和同义替换的比率小于1，有低水平的重组，表明点突变逐步积累是导致纯化选择的主要力量。【结论】通过SA诱导作用和NBS类抗病基因结合得到的巴西橡胶NBS类RGAs具有广泛的遗传多样性，并与已知抗病基因氨基酸序列具高度相似性，这些RGAs候补序列可能与某抗病基因有密切联系。

海岛棉NBS类型抗病基因类似物的起源、多样性及进化

利用已克隆植物的R基因NBS序列中保守模体合成简并引物 ,以海岛棉品系Pima 90 (Gossypiumbarba dense)基因组DNA为模板进行PCR扩增 ,通过T A克隆、测序和序列比较分析共得到 31条RGAs ,其中 1 9条具有连续的ORF。利用海岛棉的 31条RGAs与GenBank中陆地棉种质系M 2 4 9(Gossypiumhirsutum)的RGAs进行了比较分析 ,RGAs可分为两大类 :其中第Ⅰ类全部为陆地棉的RGAs;第Ⅱ类分别包括了陆地棉和海岛棉的RGAs。同时对海岛棉RGAs的核苷酸和氨基酸序列进行系统发育树分析 ,表明海岛棉RGAs可分为TIR(DrosophilaTollorhumaninter leukinreceptor like)和non TIR两类 ,与前人所报道的R基因进化一致。对 1 9条具有连续ORF的RGAs进行了结构分析 ,结果表明它们包括P loop、Kin 2、“PLAL”及Meyers等所定义的RNBS A、B、C 3个模体。结果表明 。

黄瓜NBS类型抗病基因同源序列的克隆与分析

简要报道利用简并引物从黄瓜基因组DNA中分离得到15条NBS类型RGA,登录GenBank获得登录编号分别为AY555482-AY555495和AY545993。其中10条为可通读序列,与已报道的甜瓜RGA有较高的同源性。

甘薯NBS类抗病基因类似物的分离与序列分析

利用已克隆植物抗病基因NBS(Nucleotidebindingsite)序列中的保守模体(motif)“P-loop”和“GLPL”合成简并引物,以甘薯(Ipomoeabatatas)栽培品种青农2号基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过T/A克隆、测序和序列分析,共得到15条具有连续ORF的抗病基因类似物(Resistancegeneanalogues,RGAs)序列,它们之间核苷酸序列间的相似性系数在41.2%-99.4%之间,而相应推测的氨基酸序列间的相似性系数在20.6%-100%之间,同时对分离的RGAs的核苷酸和氨基酸序列进行系统发育树分析,表明甘薯RGAs可分为TIR(DrosophilaTollorhumaninterleukinreceptor-like)和nonTIR两类。对甘薯RGAs和5个已克隆植物NBS的氨基酸序列进行结构分析表明,它们包括“P-loop”、“Kinase-2”、“Kinase-3a”“、GLPL”4个抗病基因所共有的保守模体。这些表明甘薯与其它物种的NBS类RGAs可能具有同样的起源和进化机制。

草莓NBS-LRR家族基因FaNBS1的克隆与表达分析

利用同源克隆结合RACE技术从久香草莓茎尖cDNA中分离到一个抗病相关TIR-NBS-LRR类基因FaNBS1（GenBank登录号：HQ845018），解析了该基因及其编码蛋白的组织结构和同源特征；并采用半定量RT-PCR技术分析了该基因在不同组织中的表达差异和外源植物生长物质处理下的表达变化。该基因在基因组上长为2434bp，由3个外显子组成的转录本包含长1893bp的读码框。所编码蛋白含630个氨基酸残基，在15～146是保守的TIR结构域，191～492是NB-ARC结构域。FaNBS1与大豆TIR-NBS-LRR抗性蛋白ADF78118的全序列一致性为50．20％，在NB-ARC保守结构域的一致性为52．06％。半定量RT-PCR分析显示，FaNBS1在检测的所有组织中都表汰佃存摹套分年组织中表达水平最高,日存叶中的表达水平明显受到外源水杨酸和脱落酸处理的影响.

柚cDNA中NBS-LRR类R基因同源序列的分离

提取柚花柱的总RNA,通过逆转录合成其cDNA,根据已知植物抗病基因(R基因)的NBS保守区设计简并引物,对cDNA进行扩增,获得大小约为500bp的PCR产物,对连接产物进行酶切归类,筛选得到不同类别的克隆12个,并进行了测序。通过序列同源比较分析发现,其中有10个片段属于NBS-LRR类抗病基因的同源序列(RGA),与已知植物R基因相应区段的氨基酸序列的同源性为11.5%～47.1%。

玉米自交系B73全基因组NBS类型抗病基因分析

核苷酸结合位点(NBS)类型抗病基因是植物抗病基因中最大的一个类别,也是近年来植物抗病分子育种研究的一大热点。本研究对玉米自交系B73全基因组中含有NBS结构的候选抗病基因进行了基因总数、类型、系统进化关系等分析。在B73全基因组中含有165个NBS结构的基因,远远少于水稻中的同类基因,按照N-端结构和亮氨酸富集区(LRR)结构,将其分为153个标准结构和12个非标准结构NBS基因。其中,标准结构基因又分为CC-NBS-LRR、CC-NBS、NBS、NBS-NBS、NBS-LRR、NBS-NBS-LRR、NBS-X、X-NBS等8个类型。系统进化树分析表明,NBS类型抗病基因存在明显的两大分支,与水稻的星状发散型分布有很大差异。通过基因家族分析,还发现了玉米NBS类型基因的复制现象,但发生复制的基因比例低于水稻,可能是造成玉米NBS抗病基因数目较少的原因之一。

大豆NBS类抗病相关基因的克隆与序列分析

根据拟南芥RPS2基因、烟草N基因和亚麻L6基因的保守结构域设计简并引物,采用RT-PCR方法从大豆抗疫霉根腐病品种绥农10号的RNA中扩增获得两个通读的大豆NBS类抗病基因同源片段RNEAU-1和RNEAU-2,长度均为513bp,编码171个氨基酸.以RNEAU-1为靶序列,采用RACE方法获得了全长3574bp的大豆抗病相关基因SR1,该基因包括3411bp的开放读码框,72bp的5′非翻译区(non-translated region,NTR),68bp的3′非翻译区和20bp的多聚腺苷酸尾.编码1137个通读的蛋白质氨基酸序列,基因编码产物具有TIR、NBS、LRR、HD(conserved domain 1)和conserved domain 2等一系列抗病基因的保守结构域.同源性比较和序列分析显示,该基因为大豆中TIR-NBS-LRR类抗病相关基因.Southern杂交结果表明,SR1基因(或其同源基因)在大豆中具有2～4个拷贝.RT-PCR检测表明,SR1基因在大豆中为低丰度组成型表达,其表达不受病原菌接种和水杨酸的诱导,亦无组织特异性.以绥农10号基因组DNA为模板扩增得到长度为3972bp的SR1基因转录区核苷酸序列,其结构包含5个外显子和4个内含子.SR1基因在GenBank上的登录号为AY193892.

花椰菜遗传图谱的构建及NBS-LRR类抗性同源基因在图谱中的定位

利用AFLP和NBS profiling技术,以花椰菜自交系“AD白花”与高代自交不亲和系“C-8”杂交得到的F1代自交产生的F2代分离群体为材料,构建了第一个花椰菜遗传连锁图谱。该图谱由234个AFLP标记和21个NBS标记构成了9个连锁群,总图距为668.4cM,标记间平均距离为2.9cM。每个连锁群包含的位点数从12到47个,相邻两标记之间的距离范围是0～14.9cM。NBS标记分布在8个连锁群中,这些标记大部分聚在一起。本研究为今后的基因定位及重要农艺性状的分析提供框架图。此外,研究NBS profiling方法在花椰菜中的稳定性和有效性以及NBS-LRR类RGA在花椰菜基因组中的分布和特点。

芒果NBS类抗病基因同源序列克隆与分析

根据已知物种NBS抗病类基因(RGAs)保守序列设计引物,从芒果品种金煌基因组DNA中分离得到了10条同源序列(pp-1～10,GenBank登录号为HM446507～16)。DNA序列分析表明,这些RGAs在200～300 bp区间存在较大变异,Pi值都在0.4以上。同源性分析表明这些序列的同源性差异范围从11.0%～98.4%,离散值范围为1.6～100.7,10条RGAs可以分为2大类。蛋白序列分析表明,pp-01～10都具有开放读码框,编码的蛋白含有典型的NBS抗病类基因所拥有的P-loop和Kinase-2a结构域,通过同源进化分析可将其分为TIR-NBS-LRR和CC-NBS-LRR 2类,与已知物种同源性范围为20%～60.2%。