猪GPX5基因、FUT1基因和NCOA1基因的多态性分析

采用PCR-RFLP法对大白猪、杜洛克、长白猪、民猪和野家杂交猪的谷胱甘肽过氧化物酶5(Glutathion-Peroxi-dase 5,GPX5)基因、岩藻糖转移酶1(Fucosyltransferase1,FUT1)基因和核受体辅激活蛋白1(Nuclear receptor co-activator 1,NCOA1)基因进行多态性检测,结果表明:GPX5基因用HinfⅠ酶切可获得3种基因型,FUT1基因用HhaⅠ酶切可获得3种基因型,NCOA1基因用RsaⅠ酶切可获得3种基因型。同时对不同基因的基因型频率和基因频率进行计算,并分析相应基因的遗传效应。

大白猪NCOA1和FUT1基因多态性与繁殖性能的关联分析

本研究利用PCR-RFLP技术检测685头大白母猪NCOA1和FUT1基因多态性并对其分型,同时分析了单个基因型以及合并基因型与母猪繁殖性能的关联性。结果表明:2个基因都检测到了3种基因型;经产母猪NCOA1基因中AB型个体的总产仔数、总活仔数、死胎显著高于AA型个体(P<0.05);经产母猪FUT1基因中AA型个体的总产仔数、总活仔数、健仔数以及初生窝重显著高于AG型和GG型个体(P<0.05);经产母猪合并基因AAAA型和ABAG型个体的总产仔数、总活仔数、健仔数显著高于AAAG型个体(P<0.05),ABAG型个体的死胎显著高于AAAG型个体(P<0.05),AAAA型个体的初生窝重显著高于AAAG和AAGG型个体(P<0.05)。由此可见,NCOA1和FUT1单基因型以及合并基因型对繁殖性能具有一定的影响,可以用其作为遗传标记辅助选择。

NCOA1基因多态性与豫南黑猪繁殖性能相关分析

文章从147头豫南黑猪毛囊中提取基因组DNA,采用PCR-RFLP方法检测NCOA1基因在豫南黑猪中多态性分布,并分析不同基因型与繁殖性能关系。结果表明,NCOA1基因RsaI酶切多态性对母猪繁殖性能有显著影响,在总产仔数、产活仔数、出生窝重和21日龄断奶窝重上都呈现AA>AB>BB趋势,豫南黑猪AA型母猪平均总产仔数、产活仔数、出生窝重和21日龄断奶窝重分别是10.271头、9.786头和12.768 kg、40.559 kg,比BB型高1.364头、1.274头和1.401 kg、4.222 kg。在试验猪群中,A为优势等位基因,AA基因型为优势基因型。

猪NCOA1基因PCR-RFLP多态性分析

[目的]研究猪NCOA1基因的PCR-RFLP多态性,为猪的分子育种和标记辅助选择提供理论依据。[方法]以81头山东寿光六和原种猪场的长白猪为研究对象,采取常规酚-氯仿抽提法从猪耳组织提取基因组DNA,以基因组DNA为模板进行PCR扩增获得440bp的NCOA1基因目的片段,利用限制性内切酶RsaⅠ对PCR产物进行酶切和琼脂凝胶电泳检测,并计算各等位基因频率和基因型频率。[结果]琼脂糖电泳检测酶切产物出现3种基因型:AA型(1条带:440bp)、AB型(3条带:440、282、158bp)、BB型(2条带:282、158bp);基因型频率分别为0.54、0.43和0.03;A和B2个等位基因的基因频率分别为0.76和0.24。[结论]该研究猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率较高。

鸡NCOA1基因发育性表达模式的研究

应用实时荧光定量PCR技术,以不同繁殖性能的母系(S3系)、父系(Y、F、D系)为研究对象,研究了鸡NCOA1基因不同发育时期在下丘脑、垂体、卵巢、肝脏和血液中的相对表达量及表达模式。结果表明,NCOA1基因在鸡性腺轴组织中高水平表达,NCOA1基因在组织中的表达量与鸡性腺发育和产蛋性能呈相似的变化规律。随着生长发育的变化NCOA1基因表达量也呈波动性增加,14周龄前其表达量较少,性成熟后NCOA1基因表达量快速增加,28周龄时表达量达到峰值,之后表达量下降。产蛋性能较好的母系鸡NCOA1基因的相对表达量比产蛋性能较差的父系鸡较早地开始增加,并在14周龄后表达量显著高于父系鸡(P<0.05)。本研究初步揭示了鸡生长发育过程中NCOA1基因表达的发育性变化模式和品系差异,为进一步研究NCOA1基因对鸡繁殖性状的影响提供了基础数据。

核受体辅激活蛋白1基因(NCOA1)作为鸡产蛋性状候选基因的研究

以清远麻鸡、白耳鸡、鹿苑鸡、藏鸡和S2系为试验素材,利用PCR-SSCP技术对核受体辅激活蛋白1(NCAO1)基因编码区进行SNP检测和基因型的判别,探讨NCAO1基因作为影响鸡产蛋性状候选基因的可能性。结果显示:在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现一个SNP位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD3种基因型。χ2检验表明突变产生的基因型和基因频率在各品种(系)间差异极显著(P<0.01),A、C基因在蛋用型的地方品种白耳鸡中频率较高,B、D基因在肉用型的地方品种清远麻鸡、藏鸡和肉用型培育品系S2系鸡中频率较高。不同基因型与S2系鸡的开产日龄(AFE)、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的最小二乘均数分析显示:AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59 d,开产蛋重重0.6 g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著(P<0.05);CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51 d,开产蛋重重1.04 g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著(P<0.05);组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BB、DD基因型组合。因而,初步推断NCOA1基因是影响鸡产蛋性状的主效基因或与主效基因连锁。

NCOA1基因多态性与邵伯鸡母系产蛋性状的相关性分析

以邵伯鸡核心群母系母鸡为试验材料,利用PCR-SSCP技术检测核受体辅激活蛋白1(NCOA1)基因的SNPs,并分析基因多态性与开产日龄(AFE)、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的关联性。结果显示:在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现1个SNPs位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到AA,AB,BB 3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC,CD,DD 3种基因型。不同基因型与各性状间有显著相关,其中AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59 d,开产蛋重重0.6 g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著(P<0.05);CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51 d,开产蛋重重1.04 g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著(P<0.05);组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BBDD基因型组合。因而,NCOA1基因可作为鸡产性状的标记基因用于分子标记辅助选择中。

NCOA1基因多态性与邵伯鸡父系公鸡精液品质相关性分析

采用PCR-SSCP技术检测优邵伯鸡父系公鸡NCOA1基因的SNPs,并分析其与精液品质的关联性。结果表明,第3外显子区域10155007位点发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB 3种基因型;第10外显子区域108273257位点发生了T→C突变,检测到SS、ST、TT3种基因型;第12外显子区域108273423位点发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD 3种基因型。AA型个体的精液量显著高于BB型个体(P<0.05),精子密度显著高于AB型个体(P<0.05),但AA型个体与BB型个体间精子密度无显著差异(P>0.05)。CC、CD、DD型个体间精液量差异均不显著(P>0.05),但CC型个体的精子密度显著高于DD型个体(P<0.05)。SS、ST、TT基因型个体间的精液量及精子密度均无显著差异(P<0.05)。上述所有基因型个体间的精子畸形率及精子活力差异均不显著(P>0.05)。AACC基因组合型个体的精液品质最好,其在精液量、精子密度方面均显著地优于BBDD基因组合型个体(P<0.05)。研究结果显示,NCOA1基因可能是影响公鸡精液品质性状的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁,能够作为候选基因用于精液品质的分子标记辅助选择。

猪NCOA1基因PCR-RFLP多态性分析(摘要)(英文)

[目的]研究猪NCOA1基因的PCR-RFLP多态性,为猪的分子育种和标记辅助选择提供理论依据。[方法]以81头山东寿光六和原种猪场的长白猪为研究对象,采取常规酚-氯仿抽提法从猪耳组织提取基因组DNA,以基因组DNA为模板进行PCR扩增获得440 bp的NCOA1基因目的片段,利用限制性内切酶RsaⅠ对PCR产物进行酶切和琼脂凝胶电泳检测,并计算各等位基因频率和基因型频率。[结果]琼脂糖电泳检测酶切产物出现3种基因型:AA型(1条带:440 bp)、AB型(3条带:440、282、158 bp)、BB型(2条带:282、158 bp);基因型频率分别为0.54、0.43和0.03;A和B 2个等位基因的基因频率分别为0.76和0.24。[结论]该研究猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率较高。

NCOA1、OPN和RBP4基因对仔猪初生重和30日龄体重的影响

采用PCR-RFLP方法检测了NCOA1基因,OPN基因和RBP4基因的多态性,并且分析了不同基因型对仔猪出生重和30日龄体重效应的大小。结果表明:NCOA1基因可显著影响仔猪的30日龄体重,AA型个体比BB型个体增重显著(P<0.05)。而OPN和RBP4基因的不同基因型对这2个性状的效应差异均不显著。在试验群体内,NCOA1基因可作为一个有效的候选基因进行研究应用,而OPN和RBP4基因还需进一步扩大样本量进行相关性分析。

红眼白水貂FSHβ和NCOA1基因多态性及其与繁殖性状的相关分析

本研究旨在检测红眼白水貂促卵泡激素β(follicle-stimulating hormone beta subunit,FSHβ)和核受体辅激活蛋白1(nuclear receptor coactivator 1,NCOA1)基因多态性与繁殖性状的关系。采用单链构象多态性(SSCP)和DNA测序相结合的方法检测了红眼白水貂215个个体的单核苷酸多态性,针对红眼白水貂群体的特点建立合适的统计分析模型,利用SAS 9.4统计软件对候选基因进行多态性分析,并采用最小二乘法分析了总产仔数和产活仔数的遗传效应。结果表明,在红眼白水貂FSHβ基因上存在2个多态位点,分别为内含子1处的g.1228G>A突变和外显子2处的g.1866T>C突变;在NCOA1基因上存在1个多态位点,为第6外显子处g.151536T>C突变。在红眼白水貂群体中,FSHβ基因的优势基因为B等位基因,NCOA1基因的优势基因为A等位基因;FSHβ基因g.1228G>A位点的AA和AB基因型个体在总产仔数、产活仔数上均极显著高于BB基因型(P<0.01),g.1866T>C位点在总产仔数和产活仔数上呈现BB>AB>AA的趋势;NCOA1基因的AB基因型个体的总产仔数和产活仔数均极显著高于AA基因型(P<0.01);g.151536T>C与g.1228G>A的合并基因型对繁殖性状有显著影响(P<0.05)。因此,可以利用以上突变位点对红眼白水貂的繁殖性状进行标记辅助选择研究。

ESR与NCOA1基因多态性对大白猪繁殖性能的影响

为研究ESR与NCOA1基因多态性对大白猪产仔数的影响。试验采用PCR-RFLP技术检测基因多态性,并分析基因型与母猪的产仔数的关系。结果两个基因都检测到了3种基因型。分析发现经产母猪中ESR基因BB型个体的健仔数比AA型个体多0.31头,经产母猪NCOA1基因AB型个体的死胎比AA型多0.10头。经产母猪中合并基因型AAAB型的活仔数和健仔数比AAAA型多0.49和0.48头;而ABAA型个体的活仔数和健仔数比AAAA型多0.27和0.14头。结果表明,ESR和NCOA1基因对大白猪的繁殖性状有一定的影响。

NCOA1和RBP4基因多态性与大白猪繁殖性能的关联分析

目的为了研究NCOA 1和RBP 4基因的多态性对母猪繁殖性能的影响。方法本试验利用PCR-RFLP技术检测试验猪群NCOA 1和RBP 4基因的多态性,并采用最小二乘法对基因多态性与总仔数、活仔数、健仔数、木乃伊数、死胎数等繁殖性状,分别进行单独基因型分析和合并基因型分析。结果对于NCOA 1基因,初产和经产母猪的总产仔数、总活仔数、健仔数和初生窝重都为AB型>AA型,但仅在经产母猪中总产仔数、活仔数差异达到显著水平(P<0.05);对于RBP 4基因,经产母猪的总产仔数、健仔数、初生窝重均表现为AA型>BB型>AB型,且AA型个体的健仔数、初生窝重极显著高于AB型(P<0.01);对于NCOA 1和RBP 4的合并基因型,经产母猪的总产仔数、活仔数、健仔数、死胎数、初生窝重均表现为ABBB型>AAAB型,且ABBB型个体的总产仔数、死胎数极显著高于AAAB型(P<0.01)。结论NCOA 1和RBP 4基因多态性对大白猪的繁殖性能有显著影响,可作为母猪繁殖性能改良的遗传标记。

多浪羊NCOA1基因多态性与产羔数的相关分析

分析研究了新疆多浪羊核受体辅激活蛋白基因(Nuclear receptor coactivator1 gene,NCOA1)的多态性及其与产羔数的相关性。结果表明:NCOA1基因存在两个多态位点,分别为内含子12的g.166397 A>C突变位点和外显子17的g.187501 G>A突变位点;g.166397 A>C突变位点的优势基因为A等位基因,基因频率为0.968;g.187501 G>A突变位点的优势基因为B等位基因,基因频率为0.643,且在该突变位点发生了错义突变,由原编码的丝氨酸(Ser)改变为谷酰胺酸(Gln);在多浪羊NCOA1基因的g.166397 A>C突变位点,AA基因型个体的产羔数显著高于BB基因型个体的(P<0.05);在多浪羊NCOA1基因的g.187501 G>A突变位点,BB基因型个体的产羔数显著高于AA和AB基因型个体的(P<0.05)。由此推断NCOA1基因可以作为多浪羊多羔性状的候选基因。

基于生物信息学及动物实验对芪黄固肾通络方治疗糖尿病肾病的研究

目的:探讨芪黄固肾通络方治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制。方法:通过人类基因数据库(GeneCards)、治疗靶点数据库(TTD)、人类疾病相关基因和突变基因数据库(DisGeNET)、综合性药物数据库(DrugBank)等数据库查找芪黄固肾通络方的活性成分、作用靶点、DKD相关的靶点。将药物目标点与病变靶点进行映射,将所获得的交集目标点构造蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络与活性组分-联合目标网络,并进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过动物实验对网络药理学结果中芪黄固肾通络方治疗糖尿病肾病核心靶点中富集节点较多的前3靶点进行验证。选取C57BL/6J小鼠为研究对象,链脲佐菌素(STZ)连续2次腹腔注射制备动物模型,8周后测小鼠24 h尿蛋白定量,分为正常组、模型组、模型+芪黄固肾通络方组,干预8周后,测胰岛素、C肽、尿素氮、24 h尿蛋白定量,qPCR及蛋白质印迹法(Western Blotting)检测小鼠肾脏CTNNB1、JUN、NCOA1表达。结果:GO与KEGG富集分析显示芪黄固肾通络方治疗DKD的有效靶点主要涉及晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、血脂和动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化、神经活性配体-受体交互作用等;动物实验表明,芪黄固肾通络方能够降低DKD小鼠肾组织中连环蛋白β1(CTNNB1)、JUN、核受体辅激活蛋白1(NCOA1)的信使核糖核酸(mRNA)及蛋白表达,改善肾脏损伤。结论:通过网络药理学和实验验证,发现芪黄固肾通络方可能通过降低CTNNB1、JUN、NCOA1蛋白的表达水平干预AGE-RAGE等通路治疗DKD。

5个与猪产仔数相关基因的效应分析

为了比较不同基因对猪产仔数效应大小，在相同的大白（158头）、长白（224头）猪群中采用PCR-RFLP法进行了ESR、FSHβ、PRL、PRLR、NCOA15种与产仔数相关基因的基因型频率检测及不同基因型的总产仔数和产活仔数效应分析，结果表明，对相同母猪群产仔数影响效应最大的是PRLR和NCOA1基因，AA型比BB型母猪总产仔数高2．28～3．33头（P〈0．01），产活仔数高1．57～3．30头（P〈0．01），其次为ESR和FSHβ基因，BB型比AA型母猪总产仔数高0．55～1．18头（P〈0．05，长白例外），产活仔数高0．37～1．20头（P〈0．05）。PRL基因对产仔数效应不显著。

母猪繁殖性能相关5个候选基因的PCR-RFLP多态性研究

为了比较ESR、NCOA1、ADAMTS1、FUT1和RBP4基因对猪繁殖性能的效应大小,采用PCR-RFLP技术,分别检测了杜洛克、长白和大白群体内5个基因的基因型频率和等位基因频率,并分析不同基因型与3个猪群体的总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和出生窝重(BLW)相关性。结果表明:对猪繁殖性能影响效应最大的是NCOA1和RBP4基因,其次是FUT1和ADAMTS1基因,最小的是ESR基因。NCOA1基因在杜洛克和大白群体内AA型的NBA比BB型的分别高1.11和1.92头,AA型的TNB比BB型的分别高1.18头和0.53头。RBP4基因在3个猪群体内AA型的TNB比BB型的高0.53—0.86,在杜洛克和大白群体内AA型的NBA比BB型的分别高1.1头和1.29头。FUT1在杜洛克和大白群体内AA型的TNB比CBB型的分别高0.47和0.56),AA型的NBA比BB型的分别高0.76头和1.06头。ADAMTS1基因在3个猪群体内AB型的TNB比AA型的高0.67—0.88,AB型的NBA比AA型的高0.54—0.86。在大白群体内ESR基因的BB型的TNB、NBA比AA型的分别高0.36头和0.41头。5个基因的不同基因型对3个猪群体BLW影响不显著。

鸡核受体辅激活蛋白1基因的荧光定量PCR检测

鸡核受体辅激活蛋白1基因(NCOA1)mRNA的表达对性腺的发育、成熟均起关键作用,并且与繁殖性状相关。为了建立荧光定量PCR技术检测鸡NCOA1表达量的方法,根据GenBank中NCOA1基因序列设计合成了引物,以β-action基因为内参基因,对荧光定量PCR方法进行了评估。结果表明:构建的标准曲线线性关系良好,建立的NCOA1基因荧光定量PCR检测方法灵敏度高、特异性强,准确可靠。建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法可以测定鸡NCOA1mRNA表达水平的相对含量。