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基于ND4和ND5基因序列分析的鳅超科鱼类系统发育关系
被引量:
12
1
作者
刘思情
张家波
+1 位作者
唐琼英
刘焕章
《Zoological Research》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期221-229,共9页
ND4和ND5是线粒体基因组中编码NADH脱氢酶亚基4和亚基5的两个蛋白质编码基因。该研究以鳅超科鱼类为研究对象,新测定了10个物种的ND4和ND5基因全序列以及中间的3个tRNA基因共212bp的序列,结合从GenBank下载的15个物种的15条序列进行序...
ND4和ND5是线粒体基因组中编码NADH脱氢酶亚基4和亚基5的两个蛋白质编码基因。该研究以鳅超科鱼类为研究对象,新测定了10个物种的ND4和ND5基因全序列以及中间的3个tRNA基因共212bp的序列,结合从GenBank下载的15个物种的15条序列进行序列比较和系统发育关系分析。结果显示:鳅超科鱼类ND4基因全长1380~1387bp,以ATG为起始密码子,终止密码子为不完全终止信号;ND5基因全长1821~1839bp,同样起始密码子为ATG,终止密码子为TAA或TAG;ND4和ND5基因之间插入了3个tRNA基因,分别编码携带组氨酸、丝氨酸、亮氨酸的tRNA。ND4和ND5基因(包含3个tRNA基因)中A、T、G、C的平均含量分别为30.4%、27.3%、14.2%、28.1%,A+T(57.7%)的含量高于G+C(42.3%)的含量。转换与颠换比(Ti/Tv)平均值为1.586。选取斑马鱼和鲤鱼作为外类群,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)进行系统发育树的重建。三种方法的系统发育分析结果都显示:花鳅亚科、条鳅亚科、沙鳅亚科、平鳍鳅科及Vaillantellidae分别构成单系;它们的系统发育关系为:(Vaillantellidae+(沙鳅亚科+(花鳅亚科+(条鳅亚科+平鳍鳅科)。这与线粒体全基因组和某些核基因(如RAG1基因)的研究结果类似,且支持率较高,表明ND4和ND5基因用于鳅超科鱼类的系统发育分析是可行的;但是该研究的结果有别于其他线粒体基因的分析结果,如基于cytb和D-loop基因进行的系统发育分析表明,条鳅亚科和花鳅亚科聚为姐妹群,再和平鳍鳅科聚在一起。这种差异可能是由于使用的基因长度差异造成的,长度越长,信息量越大,所反映的系统发育结果可能更加接近真实情况。
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关键词
鳅超科
nd4/nd5基因
序列分析
系统发育
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职称材料
题名
基于ND4和ND5基因序列分析的鳅超科鱼类系统发育关系
被引量:
12
1
作者
刘思情
张家波
唐琼英
刘焕章
机构
华中农业大学
中国科学院水生生物研究所
出处
《Zoological Research》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期221-229,共9页
基金
国家自然科学基金资助项目(40432003
30700072)
美国自然科学基金资助项目CToL
文摘
ND4和ND5是线粒体基因组中编码NADH脱氢酶亚基4和亚基5的两个蛋白质编码基因。该研究以鳅超科鱼类为研究对象,新测定了10个物种的ND4和ND5基因全序列以及中间的3个tRNA基因共212bp的序列,结合从GenBank下载的15个物种的15条序列进行序列比较和系统发育关系分析。结果显示:鳅超科鱼类ND4基因全长1380~1387bp,以ATG为起始密码子,终止密码子为不完全终止信号;ND5基因全长1821~1839bp,同样起始密码子为ATG,终止密码子为TAA或TAG;ND4和ND5基因之间插入了3个tRNA基因,分别编码携带组氨酸、丝氨酸、亮氨酸的tRNA。ND4和ND5基因(包含3个tRNA基因)中A、T、G、C的平均含量分别为30.4%、27.3%、14.2%、28.1%,A+T(57.7%)的含量高于G+C(42.3%)的含量。转换与颠换比(Ti/Tv)平均值为1.586。选取斑马鱼和鲤鱼作为外类群,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)进行系统发育树的重建。三种方法的系统发育分析结果都显示:花鳅亚科、条鳅亚科、沙鳅亚科、平鳍鳅科及Vaillantellidae分别构成单系;它们的系统发育关系为:(Vaillantellidae+(沙鳅亚科+(花鳅亚科+(条鳅亚科+平鳍鳅科)。这与线粒体全基因组和某些核基因(如RAG1基因)的研究结果类似,且支持率较高,表明ND4和ND5基因用于鳅超科鱼类的系统发育分析是可行的;但是该研究的结果有别于其他线粒体基因的分析结果,如基于cytb和D-loop基因进行的系统发育分析表明,条鳅亚科和花鳅亚科聚为姐妹群,再和平鳍鳅科聚在一起。这种差异可能是由于使用的基因长度差异造成的,长度越长,信息量越大,所反映的系统发育结果可能更加接近真实情况。
关键词
鳅超科
nd4/nd5基因
序列分析
系统发育
Keywords
Cobitoidea
nd
4
/nd
5
gene
Sequence analysis
Phylogeny
分类号
Q951 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于ND4和ND5基因序列分析的鳅超科鱼类系统发育关系
刘思情
张家波
唐琼英
刘焕章
《Zoological Research》
CAS
CSCD
北大核心
2010
12
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