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基于生物信息学数据库研究NDC1基因在肝细胞肝癌组织中的表达水平及临床意义
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作者 许华 陈雨帆 +1 位作者 周黛丽 李晓伟 《海南医学》 2024年第2期153-159,共7页
目的 探讨肝细胞肝癌(LIHC)中NDC1基因的表达水平及临床价值。方法 利用The Human Protein Atlas、GEPIA、TIMER数据库在线分析NDC1基因在健康人体各器官组织、正常肝组织和肝细胞肝癌组织中的表达情况。利用Kaplan-Meier Ploter和UALCA... 目的 探讨肝细胞肝癌(LIHC)中NDC1基因的表达水平及临床价值。方法 利用The Human Protein Atlas、GEPIA、TIMER数据库在线分析NDC1基因在健康人体各器官组织、正常肝组织和肝细胞肝癌组织中的表达情况。利用Kaplan-Meier Ploter和UALCAN数据库的肝癌数据集在线分析患者NDC1表达与生存总周期的关系。通过STRING数据库在线检索NDC1的相关蛋白网络图,并进行功能注释和KEGG通路富集分析。通过TIMER数据库检测NDC1在肝癌中的免疫细胞的浸润水平以分析临床不良预后的相关性。结果 人体不同器官的NDC1 m RNA存在差异表达。与对照组相比,NDC1基因在乳腺癌、膀胱癌、结肠癌、胆管癌、肺鳞癌、肝癌的表达水平显著上升,且差异有显著统计学意义(P<0.001)。肝癌组织NDC1 m RNA的表达水平高于正常肝脏组织,肝癌组织中NDC1 m RNA表达水平明显上调,差异有统计学意义(P<0.05)。NDC1基因在正常肝组织中的表达水平为2.356(1.728~2.878)。根据病理分级,NDC1基因在1级肝癌组织中的表达水平为3.071 (2.475~4.981),在2级肝癌组织中的表达水平为3.69 (2.457~5.305),在3级肝癌组织中的表达水平为4.676 (2.745~6.874),在4级肝癌组织中的表达水平为4.586 (3.159~6.954),各级肝癌中NDC1的表达水平差异有显著统计学意义(P<0.01);根据肿瘤临床分期,NDC1基因在Ⅰ期肝癌组织中表达水平为3.323 (2.371~5.414),在Ⅱ期肝癌组织中表达水平为4.294 (2.704~7.496),在Ⅲ期肝癌组织中表达水平为4.684 (2.979~7.037),在Ⅳ期肝癌组织中表达水平为1.983 (1.801~2.669),肝癌Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ期中NDC1基因的表达水平均显著高于正常组织(P<0.001),而肝癌Ⅱ期和Ⅲ期中的表达水平显著高于Ⅰ期,差异具有显著统计学意义(P<0.01);根据身体质量指数分组,在正常体质量的肝癌组织表达水平为3.62 (2.584~5.661),在超常体质量的肝癌组织表达水平为3.841 (2.098~6.056),在肥胖的肝癌组织表达水平为3.627 (2.504~5.182),在极度肥胖的肝癌组织表达水平为3.577 (2.359~4.909)。任何BMI患者的肝癌组织中NDC1的表达水平均显著高于正常肝脏组织,差异具有显著统计学意义(P<0.01)。NDC1与CDK1、CCNB1、CCNB2、SEH1L、NUP155、CDCA8等蛋白相关,NDC1 m RNA在肝癌免疫微环境中与CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、T细胞、B细胞、中性粒细胞、单核细胞、巨噬细胞和骨髓细胞等免疫细胞中的表达呈正相关性(P<0.05)。结论 肝癌组织中NDC1基因呈现高表达水平,其表达水平与肝癌的发生、发展及预后密切相关,可能是肝癌潜在的预后生物学标志物及治疗靶标。 展开更多
关键词 肝细胞肝癌 ndc1基因 预后 生物信息学
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NDC1基因在肝癌中的诊断及预后价值的生物信息学分析 被引量:1
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作者 吴嘉旭 胡明超 +2 位作者 王强 俞文渊 许华 《福建医药杂志》 CAS 2023年第1期7-12,共6页
目的基于生物信息学的方法研究NDC1基因用于肝癌的诊断及预后评估方面的作用。方法以TCGA数据库和GTEx为发现数据库,使用软件下载所有肝癌患者以及健康人的level 3 HTSeq-TPM格式的RNA测序结果,绘制箱式图及点图用于统计NDC1基因在肝癌... 目的基于生物信息学的方法研究NDC1基因用于肝癌的诊断及预后评估方面的作用。方法以TCGA数据库和GTEx为发现数据库,使用软件下载所有肝癌患者以及健康人的level 3 HTSeq-TPM格式的RNA测序结果,绘制箱式图及点图用于统计NDC1基因在肝癌组织及正常组织中的差异化表达情况,并使用GEPIA作为验证数据库进行佐证。绘制受试者曲线来评估NDC1基因用于诊断肝癌的效能。根据NDC1基因表达量的中位数将患者区分为NDC1高表达和低表达两组,研究肝癌患者的临床病理特征以及预后情况和NDC1基因表达的关系。绘制生存曲线,探究NDC1基因的高低表达与LIHC患者的生存情况的关系。结果肝癌患者的NDC1的表达量为2.16(1.746~2.64),明显大于正常组织中的1.449(1.263~1.644),差异有统计学意义(P<0.05);同样的,在55对配对组织中,NDC1基因在肝癌组织中的表达量3.47(3.028~3.749)也明显高于对应的癌旁正常组织中NDC1的表达量2.426(2.278~2.611),差异有统计学意义(P<0.05)。受试者曲线的结果显示了NDC1用于诊断肝癌有着较高的敏感性[曲线下面积=0.843,95%置信区间为(0.809,0.877)];在针对NDC1基因表达和肝癌患者临床病理特征以及预后的关系研究中发现NDC1高表达的肝癌患者相比NDC1低表达患者有着更晚的T分期(P<0.05)和病理分期(P<0.05);此外,NDC1基因高表达的肝癌患者总体生存期也短于NDC1基因低表达的患者。结论NDC1基因有潜力成为用于肝癌诊断和预后评估的新型生物学标志物。 展开更多
关键词 肝癌 ndc1基因 预后 生物信息学
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NDC1基因在结肠癌中诊断及预后价值的生物信息学分析
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作者 王永琪 《国际检验医学杂志》 CAS 2023年第S02期237-240,共4页
目的基于生物信息学分析NDC1基因在结肠癌患者诊断和预后价值的作用。方法从癌症基因图谱(TCGA)数据库对NDC1基因的RNA-Seq数据进行狭窄,并狭窄对应患者的临床病理和预后参数,使用R软件绘制散点图,并以癌旁正常组织为参照,对比NDC1在结... 目的基于生物信息学分析NDC1基因在结肠癌患者诊断和预后价值的作用。方法从癌症基因图谱(TCGA)数据库对NDC1基因的RNA-Seq数据进行狭窄,并狭窄对应患者的临床病理和预后参数,使用R软件绘制散点图,并以癌旁正常组织为参照,对比NDC1在结肠癌的表达差异,绘制受试者曲线(ROC),并分析NDC1基因表达在结肠癌鉴别诊断中的诊断效能。分析NDC1基因表达与结肠癌患者预后生存期、临床病理特征的相关性。通过单、多因素Cox回归模型对结肠癌预后的相关影响因素进行分析。结果NDC1表达量及在45对配对组织中的NDC1表达量均较正常组织更高(P<0.05);与低表达患者相比,NDC1高表达的患者的淋巴结转移数及肿瘤淋巴侵犯更少,且病理分期更佳(P<0.05)。NDC1基因低表达的结肠癌患者的总体生存率较低(P<0.05)。单因素COX分析,结肠癌患者的年龄、T、N、M及病理各项分期、淋巴侵犯及NDC1基因的表达均是其预后影响因素(P<0.05)。多因素COX分析,结肠癌患者的年龄、M及病理分期是其预后的独立影响因素(P<0.05)。结论NDC1基因在结肠癌诊断及预后评估中的价值确切。 展开更多
关键词 ndc1基因 结肠癌诊断 预后价值 生物信息学
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