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陆地棉NF-YA基因家族的全基因组鉴定与功能分析
被引量:
4
1
作者
潘奥
王静静
+7 位作者
孙福来
张景霞
高阳
杜召海
焦梦佳
张军
王芙蓉
刘志
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2020年第4期316-328,共13页
【目的】通过对陆地棉NF-YA基因家族进行全基因组鉴定,分析其表达特性,鉴定其中与棉花开花相关的基因。【方法】利用生物信息学方法系统分析了其理化性质、基因结构、共线性、Ka/Ks、顺式作用元件和表达模式,实时荧光定量聚合酶链反应(P...
【目的】通过对陆地棉NF-YA基因家族进行全基因组鉴定,分析其表达特性,鉴定其中与棉花开花相关的基因。【方法】利用生物信息学方法系统分析了其理化性质、基因结构、共线性、Ka/Ks、顺式作用元件和表达模式,实时荧光定量聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)分析表达特征,采用病毒诱导基因沉默技术验证基因功能。【结果】陆地棉中鉴定到29个NF-YA基因家族成员,分为5个亚组,定位在18条染色体上;全基因组复制和片段复制是GhNF-YA基因家族扩张的主要动力;启动子区含有大量光反应的顺式作用元件。GhNF-YA基因家族基因在茎、叶中高表达;12个GhNF-YA基因在早熟品种鲁棉研19号和晚熟品种鲁棉研37号中均在第三至六叶时期表达量较高,并且大部分基因在品种间表达差异显著。沉默GhNF-YA18基因的鲁棉研37号植株比对照提前11 d现蕾,并且该基因在白化期和现蕾期的表达量均低于未沉默对照棉株。【结论】本研究对陆地棉NF-YA基因家族进行了鉴定和表达分析,为进一步研究棉花开花调控的分子机制奠定了基础。
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关键词
陆地棉
nf-ya基因家族
生物信息学
表达分析
病毒诱导
基因
沉默(Virus-induced
gene
silencing
VIGS)
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职称材料
异常棉NF-YA家族基因鉴定及其在干旱胁迫下的表达分析
2
作者
徐珍珍
季为
+3 位作者
陈祥龙
徐鹏
郭琪
沈新莲
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第6期1265-1274,共10页
NF-YA转录因子在植物生长发育和逆境响应中扮演重要角色。本研究通过生物信息学手段,分析棉花二倍体野生种异常棉基因组中NF-YA家族基因的数目、染色体分布、系统进化、保守基序、结构、顺式作用元件、表达模式及编码蛋白质的亚细胞定...
NF-YA转录因子在植物生长发育和逆境响应中扮演重要角色。本研究通过生物信息学手段,分析棉花二倍体野生种异常棉基因组中NF-YA家族基因的数目、染色体分布、系统进化、保守基序、结构、顺式作用元件、表达模式及编码蛋白质的亚细胞定位、理化性质等。结果表明,异常棉NF-YA基因家族(GoanoNF-YA)包含17个成员,分布在10条染色体上,编码的蛋白质长度为190~603个氨基酸,理论等电点为7.87~10.07,16个成员包含3~5个外显子且编码的蛋白质定位于细胞核。拟南芥和异常棉NF-YA基因在系统进化树上分为6类,每类基因在系统进化树上具有相同或相似类型和排列顺序的基序。5个NF-YA基因在异常棉根、茎、叶和花中广泛表达,15个NF-YA基因对干旱持续时间有不同程度的响应,11个NF-YA基因含有干旱响应顺式作用元件MBS。本研究结果为进一步解析异常棉NF-YA家族基因的功能提供了理论依据。
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关键词
异常棉
nf-ya基因家族
生物信息
干旱
表达模式
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职称材料
题名
陆地棉NF-YA基因家族的全基因组鉴定与功能分析
被引量:
4
1
作者
潘奥
王静静
孙福来
张景霞
高阳
杜召海
焦梦佳
张军
王芙蓉
刘志
机构
湖南农业大学生物科学技术学院
农业农村部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理重点实验室/山东棉花研究中心
山东省滨州市种子管理站
出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2020年第4期316-328,共13页
基金
国家现代农业产业技术体系棉花体系(CARS-15-05)
国家自然科学基金(31671742和31601345)
+1 种基金
泰山学者计划(No.ts201511070)
山东省农科院创新工程(CXGC2016A01)。
文摘
【目的】通过对陆地棉NF-YA基因家族进行全基因组鉴定,分析其表达特性,鉴定其中与棉花开花相关的基因。【方法】利用生物信息学方法系统分析了其理化性质、基因结构、共线性、Ka/Ks、顺式作用元件和表达模式,实时荧光定量聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)分析表达特征,采用病毒诱导基因沉默技术验证基因功能。【结果】陆地棉中鉴定到29个NF-YA基因家族成员,分为5个亚组,定位在18条染色体上;全基因组复制和片段复制是GhNF-YA基因家族扩张的主要动力;启动子区含有大量光反应的顺式作用元件。GhNF-YA基因家族基因在茎、叶中高表达;12个GhNF-YA基因在早熟品种鲁棉研19号和晚熟品种鲁棉研37号中均在第三至六叶时期表达量较高,并且大部分基因在品种间表达差异显著。沉默GhNF-YA18基因的鲁棉研37号植株比对照提前11 d现蕾,并且该基因在白化期和现蕾期的表达量均低于未沉默对照棉株。【结论】本研究对陆地棉NF-YA基因家族进行了鉴定和表达分析,为进一步研究棉花开花调控的分子机制奠定了基础。
关键词
陆地棉
nf-ya基因家族
生物信息学
表达分析
病毒诱导
基因
沉默(Virus-induced
gene
silencing
VIGS)
Keywords
Gossypium hirsutum L.
nf-ya
gene family
bioinformatics
expression analysis
virus-induced gene silencing(VIGS)
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
异常棉NF-YA家族基因鉴定及其在干旱胁迫下的表达分析
2
作者
徐珍珍
季为
陈祥龙
徐鹏
郭琪
沈新莲
机构
江苏省农业科学院经济作物研究所/农业农村部长江下游棉花与油菜重点实验室
出处
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第6期1265-1274,共10页
基金
国家重点研发计划项目(2022YFD1200300)
江苏省重点研发计划项目(BE2022364)。
文摘
NF-YA转录因子在植物生长发育和逆境响应中扮演重要角色。本研究通过生物信息学手段,分析棉花二倍体野生种异常棉基因组中NF-YA家族基因的数目、染色体分布、系统进化、保守基序、结构、顺式作用元件、表达模式及编码蛋白质的亚细胞定位、理化性质等。结果表明,异常棉NF-YA基因家族(GoanoNF-YA)包含17个成员,分布在10条染色体上,编码的蛋白质长度为190~603个氨基酸,理论等电点为7.87~10.07,16个成员包含3~5个外显子且编码的蛋白质定位于细胞核。拟南芥和异常棉NF-YA基因在系统进化树上分为6类,每类基因在系统进化树上具有相同或相似类型和排列顺序的基序。5个NF-YA基因在异常棉根、茎、叶和花中广泛表达,15个NF-YA基因对干旱持续时间有不同程度的响应,11个NF-YA基因含有干旱响应顺式作用元件MBS。本研究结果为进一步解析异常棉NF-YA家族基因的功能提供了理论依据。
关键词
异常棉
nf-ya基因家族
生物信息
干旱
表达模式
Keywords
Gossypium anomalum
nf-ya
gene family
bioinformatics
drought stress
expression pattern
分类号
S562.035.3 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
陆地棉NF-YA基因家族的全基因组鉴定与功能分析
潘奥
王静静
孙福来
张景霞
高阳
杜召海
焦梦佳
张军
王芙蓉
刘志
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2020
4
下载PDF
职称材料
2
异常棉NF-YA家族基因鉴定及其在干旱胁迫下的表达分析
徐珍珍
季为
陈祥龙
徐鹏
郭琪
沈新莲
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2023
0
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职称材料
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