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异常棉NF-YA家族基因鉴定及其在干旱胁迫下的表达分析
1
作者
徐珍珍
季为
+3 位作者
陈祥龙
徐鹏
郭琪
沈新莲
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第6期1265-1274,共10页
NF-YA转录因子在植物生长发育和逆境响应中扮演重要角色。本研究通过生物信息学手段,分析棉花二倍体野生种异常棉基因组中NF-YA家族基因的数目、染色体分布、系统进化、保守基序、结构、顺式作用元件、表达模式及编码蛋白质的亚细胞定...
NF-YA转录因子在植物生长发育和逆境响应中扮演重要角色。本研究通过生物信息学手段,分析棉花二倍体野生种异常棉基因组中NF-YA家族基因的数目、染色体分布、系统进化、保守基序、结构、顺式作用元件、表达模式及编码蛋白质的亚细胞定位、理化性质等。结果表明,异常棉NF-YA基因家族(GoanoNF-YA)包含17个成员,分布在10条染色体上,编码的蛋白质长度为190~603个氨基酸,理论等电点为7.87~10.07,16个成员包含3~5个外显子且编码的蛋白质定位于细胞核。拟南芥和异常棉NF-YA基因在系统进化树上分为6类,每类基因在系统进化树上具有相同或相似类型和排列顺序的基序。5个NF-YA基因在异常棉根、茎、叶和花中广泛表达,15个NF-YA基因对干旱持续时间有不同程度的响应,11个NF-YA基因含有干旱响应顺式作用元件MBS。本研究结果为进一步解析异常棉NF-YA家族基因的功能提供了理论依据。
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关键词
异常棉
nf-ya
基因
家族
生物信息
干旱
表达模式
下载PDF
职称材料
陆地棉NF-YA基因家族的全基因组鉴定与功能分析
被引量:
4
2
作者
潘奥
王静静
+7 位作者
孙福来
张景霞
高阳
杜召海
焦梦佳
张军
王芙蓉
刘志
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2020年第4期316-328,共13页
【目的】通过对陆地棉NF-YA基因家族进行全基因组鉴定,分析其表达特性,鉴定其中与棉花开花相关的基因。【方法】利用生物信息学方法系统分析了其理化性质、基因结构、共线性、Ka/Ks、顺式作用元件和表达模式,实时荧光定量聚合酶链反应(P...
【目的】通过对陆地棉NF-YA基因家族进行全基因组鉴定,分析其表达特性,鉴定其中与棉花开花相关的基因。【方法】利用生物信息学方法系统分析了其理化性质、基因结构、共线性、Ka/Ks、顺式作用元件和表达模式,实时荧光定量聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)分析表达特征,采用病毒诱导基因沉默技术验证基因功能。【结果】陆地棉中鉴定到29个NF-YA基因家族成员,分为5个亚组,定位在18条染色体上;全基因组复制和片段复制是GhNF-YA基因家族扩张的主要动力;启动子区含有大量光反应的顺式作用元件。GhNF-YA基因家族基因在茎、叶中高表达;12个GhNF-YA基因在早熟品种鲁棉研19号和晚熟品种鲁棉研37号中均在第三至六叶时期表达量较高,并且大部分基因在品种间表达差异显著。沉默GhNF-YA18基因的鲁棉研37号植株比对照提前11 d现蕾,并且该基因在白化期和现蕾期的表达量均低于未沉默对照棉株。【结论】本研究对陆地棉NF-YA基因家族进行了鉴定和表达分析,为进一步研究棉花开花调控的分子机制奠定了基础。
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关键词
陆地棉
nf-ya
基因
家族
生物信息学
表达分析
病毒诱导基因沉默(Virus-induced
gene
silencing
VIGS)
下载PDF
职称材料
白菜NF-YA基因家族的鉴定及生物信息学分析
被引量:
1
3
作者
贺晓燕
杨园媛
+1 位作者
贾圣青
张明科
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2022年第12期3855-3866,共12页
NF-YA基因家族在植物的生长发育以及响应非生物胁迫过程中扮演着重要的角色。本研究利用生物信息学方法在全基因组内对白菜(Brassica rapa)及其相关物种甘蓝(Brassica oleracea)和甘蓝型油菜(Brassica napus)中NF-YA基因家族成员进行了...
NF-YA基因家族在植物的生长发育以及响应非生物胁迫过程中扮演着重要的角色。本研究利用生物信息学方法在全基因组内对白菜(Brassica rapa)及其相关物种甘蓝(Brassica oleracea)和甘蓝型油菜(Brassica napus)中NF-YA基因家族成员进行了鉴定,并对所鉴定到的基因家族成员的蛋白质理化性质、系统进化、基因结构、保守功能结构域进行了分析。研究结果显示:白菜和甘蓝中都含有18个NF-YA家族基因,而甘蓝型油菜中有36个NF-YA家族基因,正好等于白菜和甘蓝NF-YA家族基因个数之和。这72个NF-YA家族成员大多数包含4个或5个外显子,为碱性不稳定的亲水性蛋白,并且都具有两个保守的NF-YA家族核心结构域。系统进化分析将拟南芥、白菜、甘蓝和甘蓝型油菜中NF-YA家族成员分为3组,每个分组中白菜和甘蓝NF-YA家族成员的个数分别相对于拟南芥约增加了2倍,甘蓝型油菜中NF-YA家族成员的个数相对于拟南芥约增加了4倍。另外还分析了白菜NF-YA家族成员间的基因复制事件,其中共有19组隔离重复,而不存在串联重复。本研究结果为进一步阐述白菜NF-YA家族基因的功能提供一定的理论依据,促进了NF-YA家族基因的功能研究与利用。
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关键词
白菜
nf-ya家族
基因结构
系统进化
原文传递
题名
异常棉NF-YA家族基因鉴定及其在干旱胁迫下的表达分析
1
作者
徐珍珍
季为
陈祥龙
徐鹏
郭琪
沈新莲
机构
江苏省农业科学院经济作物研究所/农业农村部长江下游棉花与油菜重点实验室
出处
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第6期1265-1274,共10页
基金
国家重点研发计划项目(2022YFD1200300)
江苏省重点研发计划项目(BE2022364)。
文摘
NF-YA转录因子在植物生长发育和逆境响应中扮演重要角色。本研究通过生物信息学手段,分析棉花二倍体野生种异常棉基因组中NF-YA家族基因的数目、染色体分布、系统进化、保守基序、结构、顺式作用元件、表达模式及编码蛋白质的亚细胞定位、理化性质等。结果表明,异常棉NF-YA基因家族(GoanoNF-YA)包含17个成员,分布在10条染色体上,编码的蛋白质长度为190~603个氨基酸,理论等电点为7.87~10.07,16个成员包含3~5个外显子且编码的蛋白质定位于细胞核。拟南芥和异常棉NF-YA基因在系统进化树上分为6类,每类基因在系统进化树上具有相同或相似类型和排列顺序的基序。5个NF-YA基因在异常棉根、茎、叶和花中广泛表达,15个NF-YA基因对干旱持续时间有不同程度的响应,11个NF-YA基因含有干旱响应顺式作用元件MBS。本研究结果为进一步解析异常棉NF-YA家族基因的功能提供了理论依据。
关键词
异常棉
nf-ya
基因
家族
生物信息
干旱
表达模式
Keywords
Gossypium anomalum
nf-ya
gene family
bioinformatics
drought stress
expression pattern
分类号
S562.035.3 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
陆地棉NF-YA基因家族的全基因组鉴定与功能分析
被引量:
4
2
作者
潘奥
王静静
孙福来
张景霞
高阳
杜召海
焦梦佳
张军
王芙蓉
刘志
机构
湖南农业大学生物科学技术学院
农业农村部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理重点实验室/山东棉花研究中心
山东省滨州市种子管理站
出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2020年第4期316-328,共13页
基金
国家现代农业产业技术体系棉花体系(CARS-15-05)
国家自然科学基金(31671742和31601345)
+1 种基金
泰山学者计划(No.ts201511070)
山东省农科院创新工程(CXGC2016A01)。
文摘
【目的】通过对陆地棉NF-YA基因家族进行全基因组鉴定,分析其表达特性,鉴定其中与棉花开花相关的基因。【方法】利用生物信息学方法系统分析了其理化性质、基因结构、共线性、Ka/Ks、顺式作用元件和表达模式,实时荧光定量聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)分析表达特征,采用病毒诱导基因沉默技术验证基因功能。【结果】陆地棉中鉴定到29个NF-YA基因家族成员,分为5个亚组,定位在18条染色体上;全基因组复制和片段复制是GhNF-YA基因家族扩张的主要动力;启动子区含有大量光反应的顺式作用元件。GhNF-YA基因家族基因在茎、叶中高表达;12个GhNF-YA基因在早熟品种鲁棉研19号和晚熟品种鲁棉研37号中均在第三至六叶时期表达量较高,并且大部分基因在品种间表达差异显著。沉默GhNF-YA18基因的鲁棉研37号植株比对照提前11 d现蕾,并且该基因在白化期和现蕾期的表达量均低于未沉默对照棉株。【结论】本研究对陆地棉NF-YA基因家族进行了鉴定和表达分析,为进一步研究棉花开花调控的分子机制奠定了基础。
关键词
陆地棉
nf-ya
基因
家族
生物信息学
表达分析
病毒诱导基因沉默(Virus-induced
gene
silencing
VIGS)
Keywords
Gossypium hirsutum L.
nf-ya
gene family
bioinformatics
expression analysis
virus-induced gene silencing(VIGS)
分类号
S562 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
白菜NF-YA基因家族的鉴定及生物信息学分析
被引量:
1
3
作者
贺晓燕
杨园媛
贾圣青
张明科
机构
西北农林科技大学园艺学院陕西省蔬菜工程技术研究中心
出处
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2022年第12期3855-3866,共12页
基金
国家大宗蔬菜产业技术体系项目(CARS-23-G22)
陕西省县域科技创新试验示范站项目共同资助。
文摘
NF-YA基因家族在植物的生长发育以及响应非生物胁迫过程中扮演着重要的角色。本研究利用生物信息学方法在全基因组内对白菜(Brassica rapa)及其相关物种甘蓝(Brassica oleracea)和甘蓝型油菜(Brassica napus)中NF-YA基因家族成员进行了鉴定,并对所鉴定到的基因家族成员的蛋白质理化性质、系统进化、基因结构、保守功能结构域进行了分析。研究结果显示:白菜和甘蓝中都含有18个NF-YA家族基因,而甘蓝型油菜中有36个NF-YA家族基因,正好等于白菜和甘蓝NF-YA家族基因个数之和。这72个NF-YA家族成员大多数包含4个或5个外显子,为碱性不稳定的亲水性蛋白,并且都具有两个保守的NF-YA家族核心结构域。系统进化分析将拟南芥、白菜、甘蓝和甘蓝型油菜中NF-YA家族成员分为3组,每个分组中白菜和甘蓝NF-YA家族成员的个数分别相对于拟南芥约增加了2倍,甘蓝型油菜中NF-YA家族成员的个数相对于拟南芥约增加了4倍。另外还分析了白菜NF-YA家族成员间的基因复制事件,其中共有19组隔离重复,而不存在串联重复。本研究结果为进一步阐述白菜NF-YA家族基因的功能提供一定的理论依据,促进了NF-YA家族基因的功能研究与利用。
关键词
白菜
nf-ya家族
基因结构
系统进化
Keywords
Chinese cabbage
nf-ya
gene family
Gene structure
Systematic evolution
分类号
S634 [农业科学—蔬菜学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
异常棉NF-YA家族基因鉴定及其在干旱胁迫下的表达分析
徐珍珍
季为
陈祥龙
徐鹏
郭琪
沈新莲
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
2
陆地棉NF-YA基因家族的全基因组鉴定与功能分析
潘奥
王静静
孙福来
张景霞
高阳
杜召海
焦梦佳
张军
王芙蓉
刘志
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2020
4
下载PDF
职称材料
3
白菜NF-YA基因家族的鉴定及生物信息学分析
贺晓燕
杨园媛
贾圣青
张明科
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2022
1
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