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陆地棉NF-YB基因家族的全基因组分析 被引量:2
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作者 刘静 徐珍珍 +3 位作者 袁娜 郭月 张保龙 杜建厂 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2016年第5期21-27,共7页
为了进一步了解NF-YB基因家族结构的功能,利用生物信息学手段,系统研究了陆地棉标准系TM-1基因组中NF-YB基因家族的数目、亚细胞定位、染色体分布、进化关系、基序以及组织表达情况。结果表明:TM-1基因组中共有41个NF-YB基因家族成员,... 为了进一步了解NF-YB基因家族结构的功能,利用生物信息学手段,系统研究了陆地棉标准系TM-1基因组中NF-YB基因家族的数目、亚细胞定位、染色体分布、进化关系、基序以及组织表达情况。结果表明:TM-1基因组中共有41个NF-YB基因家族成员,它们含有相同的CBFD_NFYB_HMF结构域,大部分定位到细胞核内;41个NF-YB基因家族成员分布在19条染色体上,其中有19组成员在A亚组和D亚组中表现为直系同源基因;进化树分为Ⅰ和Ⅱ2个小组,每个小组成员间具有相似的基序类型和排列顺序;组织表达分析则发现,在这41个NF-YB基因家族成员中,至少有24个成员可以进行表达,且表现出一定的组织特异性。 展开更多
关键词 nf-yb基因家族 陆地棉 生物信息
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大豆NF-YB家族全基因组鉴定、分类和表达 被引量:7
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作者 郑炜君 徐兆师 +4 位作者 冯志娟 李连城 陈明 柴守诚 马有志 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1570-1582,共13页
利用大豆基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定大豆NF-YB家族基因的全序列、定位和拷贝数,通过序列比对进行进化和分类分析。利用大豆高通量RNA测序数据、NCBI中UniGene的EST表达数据进行组织表达谱分析。结果表明,大豆基因组中含有28... 利用大豆基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定大豆NF-YB家族基因的全序列、定位和拷贝数,通过序列比对进行进化和分类分析。利用大豆高通量RNA测序数据、NCBI中UniGene的EST表达数据进行组织表达谱分析。结果表明,大豆基因组中含有28个NF-YB家族基因,分布于大豆的14条染色体上,系统进化树分析将其分成3类。启动子分析表明,几乎全部NF-YB家族基因的启动子区均含有逆境应答反应顺式作用元件。各个发育阶段中,多数成员至少在一个组织中表达,10个差异表达的基因中有2个在根瘤中特异表达,2个在根中特异表达,2个在根瘤中优势表达,另外4个在其他部位优势表达。研究结果促进了NF-YB家族基因的功能研究与利用。 展开更多
关键词 NF—YB家族 全基因组鉴定 进化 差异表达 启动子
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小麦NF-YB型转录基因TaNF-YB4介导植株抵御干旱功能研究 被引量:1
3
作者 杜萍萍 赵颖佳 +1 位作者 史桂清 肖凯 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期1-8,共8页
核因子Y(NF-Y)转录因子通过调控下游基因转录,在介导植株抵御非生物逆境中发挥重要作用。作者以前期鉴定的1个归属于NF-YB家族基因TaNF-YB4为基础,对该基因分子特征、应答干旱胁迫表达模式及遗传转化对植株抵御干旱逆境能力的影响进行... 核因子Y(NF-Y)转录因子通过调控下游基因转录,在介导植株抵御非生物逆境中发挥重要作用。作者以前期鉴定的1个归属于NF-YB家族基因TaNF-YB4为基础,对该基因分子特征、应答干旱胁迫表达模式及遗传转化对植株抵御干旱逆境能力的影响进行了研究。结果表明:TaNF-YB4编码蛋白含有植物种属NF-YB家族保守的H4超家族保守域和核定位基序。该基因转录本在根叶中呈典型的干旱诱导表达模式,表现为随着干旱胁迫进程表达增高趋势。与野生型对照相比,正反义表达TaNF-YB4株系干旱处理下植株长势发生明显改变,表现为正义系(Sen 1)植株长势增强,干质量和叶面积增加;而反义系(Anti 2)植株长势变差,干质量和叶面积降低。对正反义株系气孔关闭特征观测发现,Sen 1和Anti 2干旱下气孔关闭分别较对照加快和减慢。此外,干旱处理下,与对照相比,正义系光合能力、可溶蛋白和可溶性糖含量和细胞活性氧稳态相关参数均明显改善。组织特异性分析表明,TaNF-YB4基因调控干旱胁迫下植株抗旱相关生理过程和生化代谢途径,改善植株糖氮积累、光合碳同化和细胞活性氧稳态,在调控植株抵御干旱逆境过程中发挥着重要生物学功能。 展开更多
关键词 小麦 nf-yb转录因子 干旱胁迫 基因表达 生理参数
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稳定敲降NF-YB基因HeLa细胞系的构建
4
作者 杜璐 姜晓燕 丁库克 《癌变.畸变.突变》 CAS 2020年第6期409-413,共5页
目的:利用慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术,构建稳定敲降NF-YB基因的HeLa细胞系。方法:设计shRNA-NF-YB引物,利用分子克隆技术构建H1/GFP-Puro-shRNA-NF-YB质粒,转染293T后收集病毒感染HeLa细胞;用嘌呤霉素筛选细胞得到稳定敲降细胞株;利... 目的:利用慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术,构建稳定敲降NF-YB基因的HeLa细胞系。方法:设计shRNA-NF-YB引物,利用分子克隆技术构建H1/GFP-Puro-shRNA-NF-YB质粒,转染293T后收集病毒感染HeLa细胞;用嘌呤霉素筛选细胞得到稳定敲降细胞株;利用Western blot和实时荧光定量PCR对细胞系进行鉴定。结果:构建的质粒经测序后与设计的引物对比序列一致,Western blot和实时荧光定量PCR结果表明构建细胞的NF-YB蛋白和mRNA表达抑制效果明显。结论:本实验成功构建了NF-YB-shRNA-HeLa细胞系,获得了特异性NF-YB基因敲降的HeLa细胞。 展开更多
关键词 nf-yb基因 RNA干扰 HELA细胞 慢病毒介导
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龙眼NF-YB转录因子DlNF-YB1、DlNF-YB10的克隆和表达分析
5
作者 彭媛 张艺勇 +2 位作者 Saquib WEHEED 方庭 曾黎辉 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1463-1472,共10页
【目的】克隆龙眼2个NF-YB转录因子DlNF-YB1和DlNF-YB10 cDNA编码区全长,了解DlNF-YB1和DlNFYB10在龙眼中的功能。【方法】RT-PCR克隆DlNF-YB1和DlNF-YB10的CDS序列,进行DlNF-YB1和DlNF-YB10蛋白序列理化性质以及转录起始位点前1500 bp... 【目的】克隆龙眼2个NF-YB转录因子DlNF-YB1和DlNF-YB10 cDNA编码区全长,了解DlNF-YB1和DlNFYB10在龙眼中的功能。【方法】RT-PCR克隆DlNF-YB1和DlNF-YB10的CDS序列,进行DlNF-YB1和DlNF-YB10蛋白序列理化性质以及转录起始位点前1500 bp的启动子序列分析;qRT-PCR分析DlNF-YB1和DlNF-YB10在龙眼不同组织的表达,DlNF-YB10在龙眼花芽分化期的表达,DlNF-YB1在水分胁迫条件下的表达。【结果】以‘红核子’cDNA为模板克隆得到DlNF-YB1(GenBank登录号:MK372373)和DlNF-YB10(GenBank登录号:MK359142)的CDS序列,分别编码175和176个氨基酸;蛋白理化性质分析结果显示DlNF-YB1与DlNF-YB10的理化性质基本相近,三维结构存在一定的区别;DlNF-YB1启动子序列中含有与干旱响应相关的MBS顺式作用元件,DlNF-YB10启动子序列中含有生长素响应以及ABA响应相关的顺式作用元件;表达分析结果,DlNF-YB10在龙眼成年叶芽中表达量较高,且表达量从10月到翌年1月呈现先升后降的趋势,在12月达到峰值;DlNF-YB1在根中表达量较高,根系水分胁迫试验表明DlNF-YB1在干旱胁迫下表达量显著升高。【结论】DlNF-YB10的功能可能与龙眼花芽分化早期的生理分化有关;DlNF-YB1的功能可能与龙眼的抗旱有关。 展开更多
关键词 龙眼 nf-yb 转录因子 基因表达 花芽分化 水分胁迫
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TaNF-YB11,a gene of NF-Y transcription factor family in Triticum aestivum,confers drought tolerance on plants via modulating osmolyte accumulation and reactive oxygen species homeostasis 被引量:2
6
作者 ZHAO Ying-jia ZHANG Yan-yang +4 位作者 BAI Xin-yang LIN Rui-ze SHI Gui-qing DU Ping-ping XIAO Kai 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2022年第11期3114-3130,共17页
Transcription factors(TFs)regulate diverse stress defensive-associated physiological processes and plant stress responses.We characterized TaNF-YB11,a gene of the NF-YB TF family in Triticum aestivum,in mediating plan... Transcription factors(TFs)regulate diverse stress defensive-associated physiological processes and plant stress responses.We characterized TaNF-YB11,a gene of the NF-YB TF family in Triticum aestivum,in mediating plant drought tolerance.TaNF-YB11 harbors the conserved domains specified by its NF-YB partners and targets the nucleus after the endoplasmic reticulum(ER)assortment.Yeast two-hybrid assay indicated the interactions of TaNF-YB11 with TaNF-YA2 and TaNF-YC3,two proteins encoded by genes in the NF-YA and NF-YC families,respectively.These results suggested that the heterotrimer established among them further regulated downstream genes at the transcriptional level.The transcripts of TaNF-YB11 were promoted in roots and leaves under a 27-h drought regime.Moreover,its upregulated expression levels under drought were gradually restored following a recovery treatment,suggesting its involvement in plant drought response.TaNF-YB11 conferred improved drought tolerance on plants;the lines overexpressing target gene displayed improved phenotype and biomass compared with wild type(WT)under drought treatments due to enhancement of stomata closing,osmolyte accumulation,and cellular reactive oxygen species(ROS)homeostasis.Knockdown expression of TaP5CS2,a P5CS family gene modulating proline biosynthesis that showed upregulated expression in drought-challenged TaNF-YB11 lines,alleviated proline accumulation of plants treated by drought.Likewise,TaSOD2 and TaCAT3,two genes encoding superoxide dismutase(SOD)and catalase(CAT)that were upregulated underlying TaNF-YB11 regulation,played critical roles in ROS homeostasis via regulating SOD and CAT activities.RNA-seq analysis revealed that numerous genes associated with processes of‘cellular processes',‘environmental information processing',‘genetic information processing',‘metabolism',and‘organismal systems'modified transcription under drought underlying control of TaNF-YB11.These results suggested that the TaNF-YB11-mediated drought response is possibly accomplished through the target gene in modifying gene transcription at the global level,which modulates complicated biological processes related to drought response.TaNF-YB11 is essential in plant drought adaptation and a valuable target for molecular breeding of drought-tolerant cultivars in T.aestivum. 展开更多
关键词 wheat(Triticum aestivum L.) nf-yb transcription factor drought stress osmolyte accumulation reactive oxygen species(ROS)scavenging
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谷子NF-YB基因家族的鉴定与生物信息学分析 被引量:1
7
作者 樊武哲 武懿茂 +3 位作者 赵文京 陈强 俞飞越 李雪垠 《山西农业科学》 2019年第11期1861-1865,1883,共6页
为进一步明确谷子NF-YB基因家族结构的功能,研究利用生物信息学分析了谷子NF-YB基因家族的数目、染色体分布、进化关系、保守基序、保守结构域及组织表达情况。结果表明,在谷子中共鉴定出16个NF-YB基因,谷子NF-YB基因家族在染色体上呈... 为进一步明确谷子NF-YB基因家族结构的功能,研究利用生物信息学分析了谷子NF-YB基因家族的数目、染色体分布、进化关系、保守基序、保守结构域及组织表达情况。结果表明,在谷子中共鉴定出16个NF-YB基因,谷子NF-YB基因家族在染色体上呈不均匀分布;大多数亲缘关系较近的谷子NF-YB基因家族成员的外显子-内含子结构、保守基序、保守结构域较为相似,且NF-YB基因家族不同成员在谷子不同组织中的表达量存在显著差异。研究结果可为进一步探索NF-YB基因家族的功能奠定理论基础。 展开更多
关键词 谷子 转录因子 nf-yb基因家族 生物信息学
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玉米转录因子NF-YB基因家族的生物信息学分析 被引量:6
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作者 徐志军 刘洋 +1 位作者 徐磊 安东升 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期3807-3816,共10页
为揭示玉米NF-YB基因家族的功能,本研究利用生物信息学手段,鉴定了玉米NF-YB基因家族,并系统的分析了该基因家族各蛋白的理化性质、基因的染色体定位、保守结构域、基因结构、系统进化、磷酸化位点、启动子和基因组织表达。结果表明:玉... 为揭示玉米NF-YB基因家族的功能,本研究利用生物信息学手段,鉴定了玉米NF-YB基因家族,并系统的分析了该基因家族各蛋白的理化性质、基因的染色体定位、保守结构域、基因结构、系统进化、磷酸化位点、启动子和基因组织表达。结果表明:玉米基因组中含有21个NF-YB基因,所编码的蛋白质均位于细胞核,且不含有跨膜结构。这些基因不均匀地分布于玉米的9条染色体上,均含有高度保守的结构域CBFD_NFYB_HMF,系统进化分析将其分为3类。磷酸化位点分析表明,玉米NF-YB家族存在着大量的磷酸化位点。启动子分析表明,基因家族启动子区域均含有大量的逆境胁迫应答顺式作用元件。组织表达分析发现,至少有18个基因可以进行表达,其中有5个基因表现出组织特异性,不同基因在不同组织、不同时期的表达具有时序性。玉米NF-YB基因家族核心结构域的保守性、基因功能的分化、启动子序列中的大量逆境相关元件、基因表达的差异性,可能都是玉米更好调控自身生长发育和适应逆境的结果。研究结果为进一步解析玉米NF-YB基因家族的功能提供参考。 展开更多
关键词 nf-yb基因家族 理化性质 基因结构 启动子 表达分析
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水稻转录因子NF-YB家族的生物信息学分析 被引量:3
9
作者 周天顺 余东 +5 位作者 孙志忠 孙学武 谭炎宁 盛夏冰 段美娟 袁定阳 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第18期5849-5861,共13页
转录因子NF-YB (nuclear factor-YB)家族是核因子Y (nuclear factor Y, NF-Y)家族的一个亚家族,在调控胚发育、形态建成、开花时间、株高、穗粒数等方面,尤其是在非生物胁迫应答中发挥着重要的作用。为揭示水稻NF-YB基因家族的信息及特... 转录因子NF-YB (nuclear factor-YB)家族是核因子Y (nuclear factor Y, NF-Y)家族的一个亚家族,在调控胚发育、形态建成、开花时间、株高、穗粒数等方面,尤其是在非生物胁迫应答中发挥着重要的作用。为揭示水稻NF-YB基因家族的信息及特征,加快基因家族功能挖掘进程,本研究利用生物信息学手段对该基因家族及其编码蛋白进行分析。结果表明,水稻中共有13个NF-YB基因,在染色体上分布不均匀,所编码的蛋白都定位在细胞核,且不含跨膜结构域或信号肽。多重序列比对,二级结构,三级结构以及基序分析表明,该家族成员保守性较高,均含有高度保守的CBF/NF-Y结构域。进化分析表明NF-YB家族基因的分化早于物种的分化。磷酸化位点和互作蛋白网络分析初步预测了家族成员的互作蛋白网络。本研究为后期NF-YB家族成员的功能研究,加快家族基因的实际应用进程提供了帮助。 展开更多
关键词 水稻 转录因子 nf-yb基因家族 生物信息学
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CmNF-YB8 affects drought resistance in chrysanthemum by altering stomatal status and leaf cuticle thickness 被引量:3
10
作者 Tianle Wang Qian Wei +6 位作者 Zhiling Wang Wenwen Liu Xin Zhao Chao Ma Junping Gao Yanjie Xu Bo Hong 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2022年第3期741-755,共15页
Drought is a major abiotic stress that limits plant growth and development.Adaptive mechanisms have evolved to mitigate drought stress,including the capacity to adjust water loss rate and to modify the morphology and ... Drought is a major abiotic stress that limits plant growth and development.Adaptive mechanisms have evolved to mitigate drought stress,including the capacity to adjust water loss rate and to modify the morphology and structure of the epidermis.Here,we show that the expression of CmNF-YB8,encoding a nuclear factor Y(NF-Y)B-type subunit,is lower under drought conditions in chrysanthemum(Chrysanthemum morifolium).Transgenicchrysanthemumlinesinwhich transcript levels of CmNF-YB8 were reduced by RNA interference(CmNF-YB8-RNAi)exhibited enhanced drought resistance relative to control lines,whereas lines overexpressing CmNF-YB8(CmNF-YB8-OX)were less tolerant to drought.Compared to wild type(WT),CmNF-YB8-RNAi plants showed reduced stomatal opening and a thicker epidermal cuticle that correlated with their water loss rate.We also identified genes involved in stomatal adjustment(CBLinteracting protein kinase 6,CmCIPK6)and cuticle biosynthesis(CmSHN3)that are more highly expressed in CmNF-YB8-RNAi lines than in WT,CmCIPK6 being a direct downstream target of CmNF-YB8.Virus-induced gene silencing of CmCIPK6 or CmSHN3 in the CmNFYB8-RNAi background abolished the effects of CmNF-YB8-RNAi on stomatal closure and cuticle deposition,respectively.CmNF-YB8 thus regulates CmCIPK6 and CmSHN3 expression to alter stomatal movement and cuticle thickness in the leaf epidermis,thereby affecting drought resistance. 展开更多
关键词 Chrysanthemum morifolium cuticle drought stress nf-yb8 stomatal status
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植物HAP3转录因子研究进展 被引量:3
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作者 刘亚静 张盾 张凌云 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期6-11,25,共7页
HAP(NF-Y或CBF)是一类重要的转录因子,可以与CCAAT框结合并控制基因的表达,广泛分布于酵母、哺乳动物及植物细胞中。在哺乳动物和植物细胞中,HAP复合体包括3个不同的亚基:HAP2/NF-YA/CBF-B、HAP3/NF-YB/CBF-A及HAP5/NF-YC/CBF-C。HAP3... HAP(NF-Y或CBF)是一类重要的转录因子,可以与CCAAT框结合并控制基因的表达,广泛分布于酵母、哺乳动物及植物细胞中。在哺乳动物和植物细胞中,HAP复合体包括3个不同的亚基:HAP2/NF-YA/CBF-B、HAP3/NF-YB/CBF-A及HAP5/NF-YC/CBF-C。HAP3转录因子在植物胚胎发育、叶绿素生物合成、花期调控等方面有重要作用。介绍植物HAP3转录因子结构特点、生物学功能等方面的最新研究进展。 展开更多
关键词 HAP3/nf-yb/CBF-A 转录因子 胚胎发育 叶绿素生物合成 花期调控
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