CD44、NFYB及HMGB1基因表达与乳腺癌术后复发关系的研究

目的 研究黏附分子CD44、核转录因子Y,β（NFYB）及高迁移率蛋白B1（high-mobility group box-1,HMGB1）基因表达与乳腺癌术后复发转移的关系,初步探讨其在判断乳腺癌预后的价值.方法 81例乳腺癌患者入选,其中41例术后5年随访期内出现复发者为研究组;40例未复发仍存活者为对照组.提取所有病例石蜡包埋组织RNA,质量鉴定后,应用实时定量逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）芯片技术检测CD44 、NFYB及 HMGB1基因的表达,分析2组间基因表达差异,进行多因素分析.结果 研究组与对照组相比较,CD44 、NFYB及 HMGB1基因表达有差异,表达上调（P〈0.05）.将基因表达与术后复发时间进行COX分析,结果显示CD44 基因表达与乳腺癌术后复发时间具有负相关（B=-0.042,Exp（B）=0.959）,NFYB及HMGB1基因表达与乳腺癌术后复发时间无相关性,结果无统计学意义.结论 CD44 、NFYB及 HMGB1基因在乳腺癌术后复发组和未复发组中差异表达;基因CD44 过表达是乳腺癌预后差的指标之一,进一步研究可为预防和控制乳腺癌的复发提供新线索.

核转录因子NFYB和NFYC促进红系终末分化

目的利用单细胞转录组数据分析挖掘红系终末分化的潜在转录因子,并重点对预测得到的核转录因子NFYB和NFYC在红系终末分化中的表达和功能进行探究。方法使用人骨髓红系终末分化单细胞转录组数据,结合SCENIC分析预测分化阶段特异性转录调控因子。利用公共测序数据集重点分析预测出的NFYB和NFYC在人与小鼠红系终末分化不同阶段中的表达;荧光激活细胞分选技术(FACS)分选小鼠胎肝体外红系终末分化各阶段的细胞,检测Nfyb和Nfyc的表达水平。在小鼠胎肝红系分化体系中使用慢病毒感染,分别敲低Nfyb和Nfyc,检测红系终末分化及脱核的变化。结果通过SCENIC分析预测出NFYB和NFYC是红系终末分化早期的调控因子,在人与小鼠的红系终末分化早期表达较高,晚期则降低。在小鼠胎肝体外红系分化体系中分别敲低Nfyb和Nfyc,均可显著抑制红系终末分化(P<0.05)及脱核(P<0.05)。结论NFYB和NFYC促进红系终末分化过程。

大豆和拟南芥NFYB基因家族同义密码子使用偏好性的比较

运用CodonW软件对大豆核因子NFYB(nuclear transcription factor Y B-subunit)基因家族CDS序列(coding sequence)的密码子组成、密码子使用性各参数和同义密码子相对使用度进行计算和统计分析,并与模式植物拟南芥NFYB基因进行比较。结果表明,NFYB基因家族CDS序列GC含量及同义密码子第3位的碱基含量直接影响着密码子使用偏好性程度的大小,并影响基因的表达水平。大豆GmNFYB基因与拟南芥AtNFYB基因对密码子的使用存在差异,AtNFYB基因家族偏好使用以A、U结尾的密码子,GmNFYB家族各基因偏好使用以G、C结尾的密码子。大豆不同GmNFYB基因在密码子使用上也存在差异,可能与基因表达水平、蛋白质结构和功能等因素有关。

大豆GmNFYB1基因功能预测及表达分析

本研究对大豆Gm NFYB1(Glyma02g17310)进行基因功能和表达分析,利用Plant CARE分析启动子元件发现,在基因启动子序列中含有多个与ABA、抗旱、光反应相关的元件。在The Bio-Analytic Resource for Plant Biology数据库中分析了Gm NFYB1的同源基因At NFYB5在不同逆境胁迫和不同激素处理时的基因表达情况,表明该基因表达具有组织表达特异性,参与盐胁迫、渗透胁迫等反应。Gm NFYB1在大豆的q RT-PCR结果表明,该基因受ABA、Na Cl、PEG诱导上调表达,参与大豆抗逆反应。