基于Illumina Miseq测序技术的8000份标本HLA分型检测结果分析

目的利用Illumina Miseq二代测序(NGS)技术进行HLA分型工作并分析其结果的准确性。方法利用Illumina Miseq二代测序技术,对8 000人份血液标本进行HLA-A,HLA-B和HLA-DRB1位点的分型工作。为验证二代测序技术的准确性,同时选取1 000人份血液标本进行一代测序(PCR-SBT)分型实验,比较两种测序方法所得分型结果。结果分型结果显示PCR-NGS HLA分型技术获得的数据与一代测序PCR-SBT技术数据完全吻合,且利用NGS测序技术的8 000人份标本中高分辨率结果 7 908份(含G族1 058人份),中分辨率结果 92份,高分辨率比例达到98.85%。结论利用NGS测序技术进行HLA分型可以大大减少实验工作量,提高高分辨率结果比例,更容易对罕见型和新等位基因进行鉴定,在工作量大,时间紧迫时相对于传统的一代测序分型有明显优势。

下一代测序技术在传染病耐药性研究中的应用

近几年,下一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)获得了令人瞩目的进步,该技术正革命性地改变整个生物医学研究的生态。病原微生物在临床中的耐药现状已经十分严峻,而NGS可以让人们深入理解病原微生物及其在人体的耐药突变机理,从而对医药研究产生了颠覆性的影响。现主要分析了NGS技术的主要技术原理和优缺点,并对其在疟疾、艾滋病、肝炎、结核病和流感的抗药性基因的检测中的应用研究进行了综述,同时分析了NGS技术在以上几种传染病耐药性的研究现状,最后对NGS技术在耐药性研究的应用前景进行了展望。

二代测序技术在复发性葡萄胎患者胚胎植入前遗传学检测应用的可行性探讨

目的探讨基于二代测序技术(NGS)的胚胎植入前遗传学检测方法在降低复发性葡萄胎(RHM)发生风险中的应用的可行性。方法收集2019—2021年在北京大学第三医院生殖中心治疗的2例RHM患者夫妇行辅助生殖技术支持过程中发育停滞至Day5/Day6的胚胎3枚,其中患者1(RHM1)有1个胚胎,患者2(RHM2)有2个胚胎,分离单细胞并进行单细胞DNA扩增,将扩增产物进行NGS,分析其杂合SNP数量和CNV,判断胚胎染色体的亲本来源和倍型,同时将扩增产物进行STR基因分型,验证胚胎染色体的亲本来源。结果患者1(RHM1)的胚胎F1在8号染色体为三体。在患者2(RHM2)中,胚胎F1中的2号、8号、18号、20号染色体为单体,而4号染色体则考虑为单亲来源二体,对杂合SNP数量和CNV进行分析的低深度二代测序可有效评估胚胎染色体的亲本来源和倍型,相关结果得到STR分型的验证。即低深度二代测序即可同时满足胚胎染色体的亲本来源和倍型分析,STR基因分型也进一步验证了NGS的可靠性。结论基于NGS对胚胎染色体杂合SNP数量和CNV的检测,胚胎植入前遗传学检测(PGT)可有效判断胚胎染色体亲本来源和倍型,可用于常见类型的葡萄胎(HM)防控。

肺泡灌洗液基因测序技术在肺部病变诊断中应用价值研究

分析肺泡灌洗液基因测序技术(NGS)在肺部疾病诊断中的应用价值。方法 选择2019年10月—2022年10月在我院接受支气管镜检查的69例常规痰液检测阴性的肺部病变患者为研究对象,在支气管镜下收集肺泡灌洗液,分别采用肺泡灌洗液涂片、肺泡灌洗液培养及肺泡灌洗液基因测序进行病原学检测,分析不同方法在此类肺部疾病中的诊断效能。常规痰液病原微生物检测包括痰涂片、痰培养、肺穿刺活检。结果 肺泡灌洗液基因测序技术(NGS)检出率显著高于传统常规病原微生物检测方法(P<0.05)。结论 在肺部疾病诊断中,与常规传统检测方法相比,基因检测临床诊断准确率更高,且检测结果回报快,能起到精准指导临床治疗的作用。

二代测序技术在法医学中的应用

随着二代测序技术的快速发展,其高通量和低成本在生命科学领域应用广泛,测序的通量更高,测序时间和成本不断下降,使得其被广泛应用于微生物研究、古DNA研究、临床诊断、法医学研究等。本文阐述了二代测序技术平台及其遗传标记在法医学中的应用,包括STR分型、SNP分型、HLA基因型预测以及在降解检材中的应用等。

高通量测序技术检测自然流产绒毛样本的染色体拷贝数变异情况

目的探讨高通量测序(NGS)技术在检测自然流产绒毛样本的遗传学分析准确性和异常结果检出率中的应用价值。方法选取早期自然流产患者的绒毛组织作为研究对象,采用NGS方法对流产绒毛组织的染色体拷贝数变异情况进行检测。同时,我们采用比较基因组杂交芯片(a-CGH)法进行验证,以确保NGS检测结果的准确性。结果本研究共纳入256例绒毛样本,检测成功率100%。染色体异常共计145例(56.64%),染色体未见明显异常共计111例(43.36%)。染色体微缺失/微重复共34例(13.28%)。在染色体异常结果中,非整倍体128例(50%),其中三体共计94例(36.72%),主要涉及22号和16号染色体,占三体总例数的50%;单体共24例(9.37%),Turner综合征为22例(91.7%);四体共10例(3.91%)。染色体结构异常共17例(6.64%)。随机选取的5例样本同时采用a-CGH芯片检测,结果与高通量测序结果一致。结论 NGS技术是一项敏感、高效的遗传学检测手段,可有助于明确自然流产的遗传学因素,以期指导下次妊娠。

基因组装算法:调研

基因测序技术在过去的二十几年里取得了突飞猛进的发展,随着以高通量,短读取,低成本为特点的新一代基因测序技术的问世,测序一个物种全基因的时间和成本大大降低。基于下一代测序技术的全基因组装算法和软件相继开发出来,目前比较成熟的基因组装算法大约有二十种左右。由于基因组装问题本身的复杂性,目前还没有针对不同组装算法的具体设计步骤,操作环境,应用范围等方面的调研。基于此本文简要调研了现有的十二种具有代表性的基因组装算法,系统的分析了每种算法的设计步骤,算法原理,操作环境以及应用。这篇调研对于如何设计基因组装算法,对于不同的基因数据如何选择更加合适的基因组装算法和软件提供了一定的指导。

基因大数据下的非小细胞肺癌的治疗与监测

本文主科普临床的背景知识及癌症涉及到的临床问题,针对循环肿瘤DNA的情况进行讨论,内容包括癌症方面现存的问题与医学常规检查使用到的方法及其原理,NCCN指南的使用介绍,现有的临床问题和相应的医学检测原理,基因技术与大数据的结合,二代测序技术的发展,与基因大数据相结合,深度检测癌症患者的体内微小肿瘤DNA残留,将会指引精确医学和个性化医疗的发展。