分子系统发育树构建的简易方法

以系统发育树构建的原有距离方法为基础,吸取了NJ法和FM法中的部分理论,提出了以节点引入为手段的新的简易方法,通过该方法构建了分子系统发育树,结果表明这种方法更加快捷,而且所得结果与FM法完全一致。

相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估

在系统发育学中,构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础.本文探讨并验证了基于k-mer的相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树的可行性,对两种进化情景下的12个16S rRNA和36个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中 k =4,6,8,10),3类16S rRNA很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来,效果和Woese目录基本一致;同时可把4种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开,而且受参数k影响小,分类效果非常好.这展现了相异度算法d2S结合邻接法NJ强大的功能.使用相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树,将为系统进化关系提供新的算法和思路.

两种新疆羊肚菌的分类学鉴定

【目的】对新疆霍城县大西沟采集的两种形异羊肚菌(XJURML4和XJURML5)进行分类鉴定。【方法】用真菌专一引物ITS1f和ITS4扩增两菌ITS区并进行序列分析。【结果】XJURML4 ITS片段1130 bp(EU086775),XJURML5 ITS片段1127 bp(EU086776)。两菌的ITS2区100%相似,而ITS1区仅有4 bp差异。BLAST比对测序结果发现XJURMIA和XJURML5与近缘种宽圆羊肚菌(Morchella esculenta(L.:Fr.)Pers.var.rotunda Pers.:Fr.)的同源性为99.28%和98.65%;NJ法构建进化树分析ITS序列,两菌也跟宽圆羊肚菌类聚在一起。随机引物OPA3进行RAPD扩增,共产生出六条带,二条相同,剩余四条为多态性条带,表明两菌基因组上也有差异。【结论】ITS区序列和进化树分析、OPA3-RAPD标记技术均表明两菌是宽圆羊肚菌种内的新变种,而与传统形态学鉴定结果不一致。

朱鹮线粒体DNA的分子系统发育(英文)

朱是一种濒危鸟类。过度开发和栖息地的破坏导致了朱日本种群的绝灭 ,而在中国目前也仅存一野生种群。本文利用NJ法和最大简约法分析了鹳形目鸟类 977bp的线粒体DNA细胞色素b基因的部分序列 ,以期从DNA水平上阐明朱的系统地位。结果表明 ,朱与彩和非洲琶鹭组成一姐妹群 ;NJ法分析得出的结果与DNA杂交分析结果一致 ,即 ((科 ,鹭科 ) ,鹳科 ) ;而最大简约法分析的结果则与形态学结果一致 ,即 ((鹭科 ,鹳科 ) ,科 )。同时 ,这两种系统树上较低的置信度 ,认为部分是由于可用细胞色素b基因序列的有限所致。

沿软弱夹层滑动的地震滑坡分析

考虑超孔隙水压和滑动面几何形状改变对地震滑坡滑动过程的影响,推导纽马克法与瑞典条分法结合起来的滑距计算方法(即改进的NS法)。该方法可计算沿软弱夹层滑动的大滑距地震滑坡。通过对比改进的NS法和改进的NJ法所得计算结果的异同,分析2种计算方法的特点。此外,还分析地下水位、内摩擦角和土条宽度对计算结果的影响。

坝上长尾鸡线粒体基因组特征与系统进化分析

为了研究坝上长尾鸡线粒体基因组的结构特征及系统进化关系,试验采用测序、拼接的方法得到坝上长尾鸡的线粒体基因组信息,并通过NJ法构建坝上长尾鸡与其他鸟类的系统发育树。结果表明:坝上长尾鸡先与中国原鸡聚为一类。说明坝上长尾鸡与中国原鸡(KJ778617)亲缘关系最近,中国原鸡(KJ778617)对坝上长尾鸡的形成过程做出的贡献最大。

基于ITS2序列的乌头属药材分子鉴定及亲缘关系分析

目的:应用核糖体基因内转录间隔区(ITS)2序列对乌头属12种药材进行DNA条形码(DNA barcoding)分子鉴定,并确定其亲缘关系。方法:收集乌头属12种药材共计30份,运用离心柱型植物基因组试剂盒的方法提取DNA、使用ITS2序列通用引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增、电泳检测后双向测序,应用Codon Code Aligner 17.0软件对测序序列和峰图进行校对拼接,利用MEGA 7.0软件进行序列变异分析,采用ITS2 Database在线工具预测其二级结构,使用邻接法(NJ)构建系统聚类树。结果:乌头属12种药材ITS2序列长度为220~221 bp,鸟嘌呤和胞嘧啶(GC)平均含量为64.09%;变异位点共140个,信息位点共137个,保守位点共81个,种内遗传距离(K2P)小于种间K2P;在ITS2序列二级结构和NJ聚类分析中,花葶乌头、西伯利亚乌头和高乌头的亲缘关系接近,其他9种药材的亲缘关系接近,其中华北乌头和阴山乌头的亲缘关系更为接近。结论:ITS2序列在乌头属12种药材分子鉴定及确定亲缘关系方面具有较好的应用价值,为民族药的资源保护、开发应用方面提供新的思路、技术和方法。