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网状Meta分析中对R软件nlme程序包的开发与应用
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作者 王凤岐 《软件工程》 2017年第1期30-32,共3页
nlme程序包是以广义最小二乘法和线性混合效应模型的基础上研发的,能够对R软件进行广义线性和非线性混合的Meta分析。Nlme程序包能够对网状Meta进行分析,在此过程中要转换数据,这样才能够使其为对数值进行之后运算。本文主要介绍了R软件... nlme程序包是以广义最小二乘法和线性混合效应模型的基础上研发的,能够对R软件进行广义线性和非线性混合的Meta分析。Nlme程序包能够对网状Meta进行分析,在此过程中要转换数据,这样才能够使其为对数值进行之后运算。本文主要介绍了R软件nlme程序包的网状Meta分析过程,并且详细介绍了数据转化的过程步骤。 展开更多
关键词 网状Meta R软件 nlme程序包 开发和应用
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R软件nlme程序包在网状Meta分析中的应用 被引量:14
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作者 张超 牛玉明 曾宪涛 《中国循证医学杂志》 CSCD 2014年第3期355-360,共6页
nlme程序包是基于广义最小二乘法和线性混合效应模型研发的、可通过R软件实现广义线性和非线性混合效应模型下的Meta分析。该程序包实现Meta分析时,需要对数据先行转化为效应量的对数值才可进行。本文介绍了使用R软件nlme程序包实现网状... nlme程序包是基于广义最小二乘法和线性混合效应模型研发的、可通过R软件实现广义线性和非线性混合效应模型下的Meta分析。该程序包实现Meta分析时,需要对数据先行转化为效应量的对数值才可进行。本文介绍了使用R软件nlme程序包实现网状Meta分析的过程,详细呈现了如何转化数据这一核心步骤。 展开更多
关键词 网状Meta分析 广义线性混合效应模型 R语言 nlme程序包
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建立丙戊酸钠在中国癫疒间患者中的群体药代动力学模型 被引量:1
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作者 钱金 陈顺 +2 位作者 谢新芳 游春华 高守红 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1449-1453,共5页
目的建立中国癫疒间患者服用丙戊酸钠的群体药代动力学模型,促进个体化合理给药。方法收集69例癫疒间患者服用丙戊酸钠后的血药浓度监测数据和临床资料。应用Phoenix NLME软件建立群体药代动力学模型(n=101,选择比例型残差模型表示),考... 目的建立中国癫疒间患者服用丙戊酸钠的群体药代动力学模型,促进个体化合理给药。方法收集69例癫疒间患者服用丙戊酸钠后的血药浓度监测数据和临床资料。应用Phoenix NLME软件建立群体药代动力学模型(n=101,选择比例型残差模型表示),考察协变量(性别、年龄、体质量、合并用药等)对吸收速率常数(Ka)、表观分布容积(Vd)与清除率(CL)的影响。通过自举法对最终模型进行验证及评价(n=500)。结果群体药代动力学最终模型为:TvKa=2.38,V=TvV,CL=TvCL·exp(ηCL)。自举500次验证模型,结果显示稳健率100%,得到的参数平均值、中位数均与模型参数结果一致,说明模型比较稳定;年龄、性别、体质量、合并用药等变量无法引入最终模型中。结论本研究建立的群体药代动力学模型与基础模型一致,可为临床合理的个体化给药提供依据。 展开更多
关键词 丙戊酸钠 群体药代动力学模型 PHOENIX nlme 癫疒间
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Rapid bioluminescence assay for monitoring rat CES1 activity and its alteration by traditional Chinese medicines 被引量:1
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作者 Jun Zhang Dandan Wang +6 位作者 Liwei Zou Min Xiao Yufeng Zhang Ziwei Li Ling Yang Guangbo Ge Zhong Zuo 《Journal of Pharmaceutical Analysis》 SCIE CAS CSCD 2020年第3期253-262,共10页
In traditional Chinese medicine herbs(TCM),including Radix Salviae Miltiorrhizae(Danshen),Radix Puerariae Lobatae(Gegen),Radix Angelicae Sinensis(Danggui),and Rhizoma Chuanxiong(Chuanxiong)are widely used for the prev... In traditional Chinese medicine herbs(TCM),including Radix Salviae Miltiorrhizae(Danshen),Radix Puerariae Lobatae(Gegen),Radix Angelicae Sinensis(Danggui),and Rhizoma Chuanxiong(Chuanxiong)are widely used for the prevention and treatment of cardiovascular diseases and also often co-administered with Western drugs as a part of integrative medicine practice.Carboxylesterase 1(CES1)plays a pivotal role in the metabolisms of pro-drugs,Since(S)-2-(2-(6-dimethylamino)-benzothiazole)-4,5-dihydrothiazole-4-carboxylate(NLMe)has recently been identified by us as a selective CES1 bioluminescent sensor,we developed a rapid method using this substrate for the direct measurement of CES1 activity in rats.This bioluminescence assay was applied to determine CES1 activity in rat tissues after a two-week oral administration of each of the four herbs noted above.The results demonstrated the presence of CES1 enzyme in rat blood and all tested tissues with much higher enzyme activity in the blood,liver,kidney and heart than that in the small intestine,spleen,lung,pancreas,brain and stomach.In addition,the four herbs showed tissue-specific effects on rat CES1 expression.Based on the CES1 biodistribution and its changes after treatment in rats,the possibility that Danshen,Gegen and Danggui might alter CES1 activities in human blood and kidney should be considered.In summary,a selective and sensitive bioluminescence assay was developed to rapidly evaluate CES1 activity and the effects of orally administered TCMs in rats. 展开更多
关键词 Traditional Chinese medicines Carboxylesterase 1(CES1) nlme Bioluminescence assay Biomatrice in rats
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Characterizing and predicting smoldering temperature variations based on non-linear mixed effects models
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作者 Sainan Yin Yanlong Shan +5 位作者 Bo Gao Shuyuan Tang Xiyue Han Guojiang Zhang Bo Yu Shan Guan 《Journal of Forestry Research》 SCIE CAS CSCD 2022年第6期1829-1839,共11页
Underground fires are slow spreading,long-lasting and low temperature smoldering combustion without flames,mainly occurring in peatlands and wetlands with rich organic matter.The spread of the smoldering is maintained... Underground fires are slow spreading,long-lasting and low temperature smoldering combustion without flames,mainly occurring in peatlands and wetlands with rich organic matter.The spread of the smoldering is maintained by heat released during combustion and monitoring this is an important approach to detect underground fires.The Daxing'an Mountains region is a hotspot for underground fires in northeast China.This study examined a L arix gmelinii plantation in the Tatou wetlands of the Daxing'an Mountains and determined the maximum temperature variation of humus of varying particle sizes,and the temperature rising process based on non-linear mixed effects models by an indoor combustion experiment.Maximum combustion temperatures up to 897.5°C,increased with humus depth;among the three models tested,Richard's equations were best for characterizing temperature variations;a non-linear equation with three parameters had the highest accuracy in fitting the combustion temperature variations with varying humus particle sizes.These results are informative for predicting temperature variations and provide technical support for underground fire monitoring. 展开更多
关键词 Underground fire nlme modeling Smoldering temperature Daxing'an mountains
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非线性混合效应生长模型的拟合、随机效应预测和应变量预测间对应关系 被引量:2
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作者 祖笑锋 李秋实 +2 位作者 倪成才 覃先林 Nigh Gorden 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第10期72-79,共8页
【目的】在非线性混合效应模型的拟合、随机效应预测和应变量预测3个环节上,常用一阶泰勒近似法将非线性模型线性化,泰勒近似的基点一般为随机效应参数的数学期望或迭代终值。在林业中,3个环节的基点常常并不完全一致,并可能影响预测精... 【目的】在非线性混合效应模型的拟合、随机效应预测和应变量预测3个环节上,常用一阶泰勒近似法将非线性模型线性化,泰勒近似的基点一般为随机效应参数的数学期望或迭代终值。在林业中,3个环节的基点常常并不完全一致,并可能影响预测精度。本研究以树高生长过程为例,分析了不一致的基点对预测精度的影响程度。【方法】以加拿大哥伦比亚省美国黄松解析木数据为基础,以三参数Logistic为基本模型,随机抽取49株用于拟合,30株用于验证。采用R语言的nlme函数和SAS的nlmixed过程拟合模型。nlme函数以随机效应的数学期望为基点,而nlmixed过程则以迭代终值为基点。利用SAS的IML过程预测随机效应与应变量,并计算预测精度。以预测误差均方(MSPE)、平均相对误差(MPE)、平均相对误差绝对值(MAPE)作为评价预测精度的指标。【结果】预测随机效应与预测应变量的基点不同,预测精度将大幅度下降。【结论】预测随机效应和预测应变量的基点必须一致,且仅需二者一致,与模型拟合的基点基本无关。如果二者一致,以数学期望或迭代终值为基点对预测精度基本上无显著影响;如果预测随机效应和预测应变量的基点不同,将显著降低预测精度。 展开更多
关键词 非线性混合效应模型 生长与收获预测 LOGISTIC方程
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