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大豆NIN和NLP基因生物信息学分析及敲除载体构建
1
作者
廖春梅
陈丽玉
+2 位作者
杨涔
刘宝辉
孔凡江
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期1-11,共11页
为促进大豆NLP家族基因突变大豆材料的获得及大豆NIN和NLP基因功能的研究,本研究对大豆NIN和NLP基因进行生物信息学分析,通过CRISPR/Cas 9基因编辑技术构建基因敲除载体,并且通过大豆毛根转化实验验证靶点的有效性。结果表明:大豆基因...
为促进大豆NLP家族基因突变大豆材料的获得及大豆NIN和NLP基因功能的研究,本研究对大豆NIN和NLP基因进行生物信息学分析,通过CRISPR/Cas 9基因编辑技术构建基因敲除载体,并且通过大豆毛根转化实验验证靶点的有效性。结果表明:大豆基因组中一共存在4个NIN基因和10个NLP基因家族成员,这些基因都具有RWP-RK和PB1两个保守结构域。亚细胞定位预测表明所有成员都定位在细胞核中,此外GmNIN1b和GmNIN2a还定位于叶绿体。GmNIN1a/b、GmNIN2a/b、GmNLP2a/b及GmNLP3b在根瘤中的表达量相对较高,推测这些基因可能对结瘤过程具有重要的调控功能。成功构建了NLP4和NLP5两个敲除载体,得到可敲除GmNLP4a/b的3个有效靶点和敲除GmNLP5a/b的2个有效靶点。本研究获得了大豆NIN和NLP基因家族的生物信息学依据和创制GmNLP4a/b和GmNLP5a/b基因突变体的技术依据。
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关键词
大豆
根瘤
nlp基因
生物信息学分析
CRISPR/Cas
9
基因
编辑技术
基因
敲除载体
Gm
nlp
4a/b
Gm
nlp
5a/b
下载PDF
职称材料
大豆和苜蓿基因置换比较分析
2
作者
高昕彤
王佳琪
+3 位作者
张晓敏
张岩
李晓楠
张岚
《河北师范大学学报(自然科学版)》
CAS
2023年第6期602-610,共9页
植物基因组的多倍化事件会使其产生大量的重复基因,为基因置换的发生提供了机会.采用比较基因组学和系统发育分析方法,在大豆、野生大豆、南苜蓿、花苜蓿、紫花苜蓿和蒺藜苜蓿基因组中,推断重复基因间发生的基因置换事件.结果表明,在豆...
植物基因组的多倍化事件会使其产生大量的重复基因,为基因置换的发生提供了机会.采用比较基因组学和系统发育分析方法,在大豆、野生大豆、南苜蓿、花苜蓿、紫花苜蓿和蒺藜苜蓿基因组中,推断重复基因间发生的基因置换事件.结果表明,在豆科共同四倍体事件(legume-common tetraploid, LCT)后,2种大豆基因组中受到基因置换影响的重复基因有4 001~4 659对(37.61%~38.37%),4种苜蓿基因组中受到基因置换影响的重复基因有1 512~5 567对(10.71%~47.41%);对置换基因在染色体上的位置进行分析,发现基因置换的发生与基因在染色体上的位置没有明显的相关性;基因置换会使重复基因的表达模式更相似;不同物种间具有特定功能的基因倾向于发生基因置换.基因置换可能会促进豆科植物的根瘤固氮能力.
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关键词
大豆
苜蓿
基因
置换
nlp
(NIN-like
Protein)
基因
家族
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职称材料
题名
大豆NIN和NLP基因生物信息学分析及敲除载体构建
1
作者
廖春梅
陈丽玉
杨涔
刘宝辉
孔凡江
机构
广州大学生命科学学院/分子遗传与进化创新研究中心
出处
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期1-11,共11页
基金
广东省基础与应用基础研究重大项目(2019B030302006)。
文摘
为促进大豆NLP家族基因突变大豆材料的获得及大豆NIN和NLP基因功能的研究,本研究对大豆NIN和NLP基因进行生物信息学分析,通过CRISPR/Cas 9基因编辑技术构建基因敲除载体,并且通过大豆毛根转化实验验证靶点的有效性。结果表明:大豆基因组中一共存在4个NIN基因和10个NLP基因家族成员,这些基因都具有RWP-RK和PB1两个保守结构域。亚细胞定位预测表明所有成员都定位在细胞核中,此外GmNIN1b和GmNIN2a还定位于叶绿体。GmNIN1a/b、GmNIN2a/b、GmNLP2a/b及GmNLP3b在根瘤中的表达量相对较高,推测这些基因可能对结瘤过程具有重要的调控功能。成功构建了NLP4和NLP5两个敲除载体,得到可敲除GmNLP4a/b的3个有效靶点和敲除GmNLP5a/b的2个有效靶点。本研究获得了大豆NIN和NLP基因家族的生物信息学依据和创制GmNLP4a/b和GmNLP5a/b基因突变体的技术依据。
关键词
大豆
根瘤
nlp基因
生物信息学分析
CRISPR/Cas
9
基因
编辑技术
基因
敲除载体
Gm
nlp
4a/b
Gm
nlp
5a/b
Keywords
soybean
nodule
nlp
genes
bioinformatics analysis
CRISPR/Cas 9 gene editing technology
gene knockout vector
Gm
nlp
4a/b
Gm
nlp
5a/b
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
大豆和苜蓿基因置换比较分析
2
作者
高昕彤
王佳琪
张晓敏
张岩
李晓楠
张岚
机构
华北理工大学生命科学学院
出处
《河北师范大学学报(自然科学版)》
CAS
2023年第6期602-610,共9页
基金
河北省教育厅青年基金(QN2020139)
华北理工大学大学生创新创业项目(X2021080)。
文摘
植物基因组的多倍化事件会使其产生大量的重复基因,为基因置换的发生提供了机会.采用比较基因组学和系统发育分析方法,在大豆、野生大豆、南苜蓿、花苜蓿、紫花苜蓿和蒺藜苜蓿基因组中,推断重复基因间发生的基因置换事件.结果表明,在豆科共同四倍体事件(legume-common tetraploid, LCT)后,2种大豆基因组中受到基因置换影响的重复基因有4 001~4 659对(37.61%~38.37%),4种苜蓿基因组中受到基因置换影响的重复基因有1 512~5 567对(10.71%~47.41%);对置换基因在染色体上的位置进行分析,发现基因置换的发生与基因在染色体上的位置没有明显的相关性;基因置换会使重复基因的表达模式更相似;不同物种间具有特定功能的基因倾向于发生基因置换.基因置换可能会促进豆科植物的根瘤固氮能力.
关键词
大豆
苜蓿
基因
置换
nlp
(NIN-like
Protein)
基因
家族
Keywords
soybean
Medicago
gene conversion
nlp
(NIN-like Protein)gene family
分类号
S541.9 [农业科学—作物学]
S565.1 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大豆NIN和NLP基因生物信息学分析及敲除载体构建
廖春梅
陈丽玉
杨涔
刘宝辉
孔凡江
《大豆科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
2
大豆和苜蓿基因置换比较分析
高昕彤
王佳琪
张晓敏
张岩
李晓楠
张岚
《河北师范大学学报(自然科学版)》
CAS
2023
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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