鸡NLRs基因家族鉴定、系统进化及表达分析

为深入了解鸡NOD样受体(NLRs)家族基因特性,利用生物信息学方法通过保守结构域搜索鉴定了鸡的NLRs基因,分析NLRs基因理化性质、基因结构、系统进化关系、正选择作用、共线性关系和表达情况。结果显示:共鉴定出5个鸡NLRs基因,分别命名为chNLRC5、chNLRC3、chNLRP3、chNLRX1、chNOD1,分布在5条染色体上,编码734~1 862个氨基酸,编码蛋白相对分子质量为82 842.01~207 969.52 ku,等电点为5.48~8.64;chNLRC5、chNOD1和chNLRP3为酸性蛋白,chNLRC3和chNLRX1蛋白呈碱性,只有chNOD1为稳定蛋白,5个成员均为亲水蛋白,5个基因结构差别显著,分别含有48、20、7、7、11个外显子;系统进化树显示,NLRs基因家族分为5个分支,鸡、绿头鸭、火鸡和日本鹌鹑NLR基因间存在较强的共线性关系;对各成员进行选择压力分析结果鉴定出13个正选择位点;鸡回肠和肺组织中检测到NLR基因表达。研究表明正选择效应在NLRX1、NOD1、NLRC5基因作用明显,NLRC5在鸡回肠和肺组织中为表达活跃的功能基因。

甘蓝NLR家族全基因组鉴定、进化分析及在不同病害胁迫下的表达分析

从全基因组水平鉴定了87个甘蓝NLR基因家族成员,并对其进行了进化分析和表达分析。基因结构和motif组成分析表明,87个基因可分为5个亚类:NB-LRR(34个)、CC-NB-LRR(6个)、TIR-NB-LRR(45个)、RPW8-NB-LRR(1个)和CC-TIR-NB-LRR(1个);染色体定位分析表明,该家族基因在9条染色体上呈不均匀地单一或成簇分布;进化分析表明,甘蓝35个NLR基因与白菜NLR基因存在同源关系,其余52个基因为甘蓝特有;利用转录组数据分析了参与甘蓝枯萎病、黑腐病、根肿病、霜霉病、白粉病等抗性应答相关的差异表达基因,发现参与不同病害胁迫抗性应答反应的NLR基因差异较大,这可能与不同NLR基因对不同病原特异性识别有关。