Cε3-Cε4蛋白寡核苷酸适配子结合位点的预测与筛选

采用NPDock程序对Cε3-Cε4蛋白与其核酸适配子A1的结合位点进行了预测与筛选,筛选出A1与Cε3-Cε4蛋白结合的关键位点.同时,根据蛋白与DNA片段复合物结合界面中氨基酸残基和碱基统计分析发现,结合界面氨基酸富集碱基G能力最强,富集碱基T和C能力次之.本文建立了以NPDock程序虚拟对接为基础的高效适配子优化方法,为相关研究提供了实验参考.

分子模拟研究蛋白质β-折叠区结合随机RNA片段

选取来源于大肠杆菌O157:H7全基因组DNA序列随机转录的3条RNA片段,通过RNAComposer进行结构预测,30个核苷酸的RNA片段均形成了特定的空间结构,构象与碱基排列的序列特异性有关。NPDock可用于RNA-蛋白质相互作用的分子模拟预测,蛋白质的β-结构相对α-螺旋更容易裸露出特定氨基残基的特异性侧链基团,从而易于结合抗原等配体。

分子模拟研究不同随机RNA片段适体与大肠杆菌紧密黏附素的相互作用

为了促进开发大肠杆菌快速检测适体生物传感器,通过对已知RNA-蛋白质相互作用原理和复合物结构的分析,在对相关文献资料和基于分子模拟技术的网络资源充分了解的基础上,模拟预测研究了随机RNA序列与肠致病性大肠杆菌紧密黏附素蛋白的相互作用。结果表明,RNA高级结构主要依赖于其一级结构的序列信息。NPDock模拟不同随机RNA序列与紧密黏附素相互作用时,不同长度RNA序列均可与紧密黏附素发生相互作用,但作用位点和相互位置有一定差异;对于相同长度不同排布的RNA序列,相互作用的差异性主要与序列排布信息有关。对于分子模拟研究RNA-紧密黏附素相互作用方法的可行性,通过RNA-蛋白质相互作用位点在线预测方法(PRIdictor)进行验证,结果表明,预测出的蛋白质、RNA相互作用位点均位于相互作用预测结构的接触面上,说明对于RNA-蛋白质相互作用的模拟预测研究方法具有一定的可行性,将有助于通过设计合成RNA改进适体筛选、研发的相关生物技术推广,以及应用创新。