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哈茨木霉基因组中NRPS基因多样性的生物信息学分析
被引量:
4
1
作者
原晓龙
赵能
+3 位作者
陈剑
王娟
杨宇明
王毅
《西部林业科学》
CAS
2017年第4期7-12,17,共7页
为了解哈茨木霉中非核糖体肽的生物合成,本文通过本地BLAST、结构域分析结合抗生素和次生代谢产物分析软件(antiSMASH)、天然产物结构域查找软件(NaPDoS)等次生代谢产物生物合成基因分析工具对哈茨木霉基因组中的非核糖体肽合成酶NRPS...
为了解哈茨木霉中非核糖体肽的生物合成,本文通过本地BLAST、结构域分析结合抗生素和次生代谢产物分析软件(antiSMASH)、天然产物结构域查找软件(NaPDoS)等次生代谢产物生物合成基因分析工具对哈茨木霉基因组中的非核糖体肽合成酶NRPS基因进行分析,通过本地BLAST获得42个可能具有NRPS基因的重叠群(contig),开放阅读框及结构域分析显示具A-T-C(A为腺苷酰化结构域、T为肽酰基载体蛋白结构域,又称为PCP结构域、C为缩合结构域)3个结构域的蛋白序列有21条;antiSMASH分析结果显示其基因组中合成NRPs的基因簇有10个;NaPDoS和聚类分析结果表明哈茨木霉中的NRPS基因催化合成的NRPs包括铁载体类、毒素类、抗生素类及一些未知化合物。
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关键词
哈茨木霉
基因
组发掘
nrps基因多样性
生物信息学分析
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职称材料
题名
哈茨木霉基因组中NRPS基因多样性的生物信息学分析
被引量:
4
1
作者
原晓龙
赵能
陈剑
王娟
杨宇明
王毅
机构
云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室
西南林业大学林学院
出处
《西部林业科学》
CAS
2017年第4期7-12,17,共7页
基金
云南省应用基础研究计划面上项目(2016FB055)
国家自然科学青年科学基金项目(31400488)
对外科技合作计划项目(2015IA004)
文摘
为了解哈茨木霉中非核糖体肽的生物合成,本文通过本地BLAST、结构域分析结合抗生素和次生代谢产物分析软件(antiSMASH)、天然产物结构域查找软件(NaPDoS)等次生代谢产物生物合成基因分析工具对哈茨木霉基因组中的非核糖体肽合成酶NRPS基因进行分析,通过本地BLAST获得42个可能具有NRPS基因的重叠群(contig),开放阅读框及结构域分析显示具A-T-C(A为腺苷酰化结构域、T为肽酰基载体蛋白结构域,又称为PCP结构域、C为缩合结构域)3个结构域的蛋白序列有21条;antiSMASH分析结果显示其基因组中合成NRPs的基因簇有10个;NaPDoS和聚类分析结果表明哈茨木霉中的NRPS基因催化合成的NRPs包括铁载体类、毒素类、抗生素类及一些未知化合物。
关键词
哈茨木霉
基因
组发掘
nrps基因多样性
生物信息学分析
Keywords
Trichoderma harzianum
genome mining
nrps
gene diversity
bioinformatics
分类号
R915 [医药卫生—微生物与生化药学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
哈茨木霉基因组中NRPS基因多样性的生物信息学分析
原晓龙
赵能
陈剑
王娟
杨宇明
王毅
《西部林业科学》
CAS
2017
4
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参考文献
引证文献
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