水稻条叶枯病毒NS2基因遗传多样性分析

应用单链构象多态性 (SSCP)和序列分析方法研究了来自我国 9个省份的水稻条叶枯病毒(RSV) 80个田间分离物的NS2基因遗传结构特征 .SSCP分析结果表明 ,我国RSVNS2基因遗传结构符合准种 (quasispecies)结构特征 .部分分离物的序列分析结果表明 ,RSV上述分离物和已报道的日本 2个分离物可以归入 2个组 :云南的部分分离物划分为 1个组 ;其它分离物及日本T、O的 2个分离物为另 1组 .组与组之间 ,NS2蛋白基因核苷酸同源性为 94 %～ 95 % ,氨基酸同源性为 95 %～ 97% .遗传多样性分析结果表明 ,RSV种群存在地理隔离但在种群间可能发生了基因漂移 (geneflow) .

鹅细小病毒NS2基因的克隆和序列分析

本研究参考GenBank发表的GPVB株全基因序列 ,设计并合成一对引物 ,通过PCR技术扩增出GPVH1株NS2基因 ,目的片段长约 1.4kb ,将目的片段克隆到pMD18_T载体后进行序列测定和分析 ,结果表明 :GPVH1株NS2基因全长135 6bp ,编码 4 5 1个氨基酸 ,与国外已发表的GPVB株相比核苷酸序列同源性为 98.75 % ,推导氨基酸序列同源性为98.6 7%。

鹅细小病毒NS2基因的原核表达及抗原性检测

为原核表达鹅细小病毒(GPV)NS2蛋白,本研究利用特异性引物扩增获得GPV的H1分离株NS2基因,将其克隆于pMD18-T载体后进行序列测定。并将NS2基因亚克隆于原核表达载体pGEX-6P-1中,获得重组质粒pGEX-NS2。该质粒转化于感受态菌BL21(DE3)plysS中,经IPTG诱导,SDS-PAGE电泳分析,表达的重组蛋白约为75ku左右。经过亲和层析方法获得了纯化的重组NS2蛋白。Westernblot和Dot-ELISA鉴定结果表明,表达的重组NS2蛋白可以与GPV阳性血清发生特异性反应。

番鸭细小病毒NS2基因的克隆和序列分析

本研究参考GenBank发表的MDPVFM株全基因序列,设计并合成一对引物,通过PCR技术扩增出MDPVS1株NS2基因,目的片段长约1.3 kb,将目的片段克隆到pMD18-T载体后进行序列测定和分析,结果表明,MDPVS1株NS2基因全长1357 bp,编码451个氨基酸,与国外已发表的MDPVFM株相比核苷酸序列同源性为99.26%,推导氨基酸序列同源性为98.23%。

鹅细小病毒NS2基因的克隆和序列分析

参照GenBank发表的GPVB株全基因序列,设计并合成一对引物,通过PCR技术扩增出GPVS1株NS2基因,目的片段长约1.4kb,将目的片段克隆到pMD18-T载体后进行序列测定和分析,结果表明:GPVS1株NS2基因全长1356bp,编码451个氨基酸,与国外已发表的GPVB株相比核苷酸序列同源性为98.89%,推导氨基酸序列同源性为98.89%。

HCV NS2基因表达载体的构建及在E.coli中表达

应用 PCR方法从含有丙肝病毒全长非结构蛋白基因的载体 p Blue Bac2 5中扩增出全长的 N S2基因DNA片段 ,分别克隆到表达载体 p QE3 0和转座载体 p Fast Bac HTb的多克隆位点 ( MCS) .PFast NS2通过转座插入穿梭载体 Bacmid的表达盒 ;p QENS2转化 JM10 9菌株 ,诱导表达出 N端含有 6个 His的全长 NS2蛋白 ,用 Ni-NTA- agarose柱层析纯化 ,获得提纯的全长 NS2蛋白 .

猪瘟病毒非结构蛋白NS2基因不同片段的克隆及在原核系统中的高效表达

参照猪瘟病毒兔化弱毒疫苗株(HCLV)的基因组序列,设计并合成一组引物。从已构建含有猪瘟病毒兔化弱毒株全基因组质粒pMCfT1-6中分别扩增出NS2长1389 bp和876 bp的片段。将扩增的不同长度的NS2基因序列克隆至表达载体pGEX-KG中,经酶切鉴定后,转化大肠杆菌BL21(DE3),于37℃,1.0 mmol/L IPTG条件下诱导表达。大肠杆菌菌体裂解产物经SDS-PAGE分析,在分子量约为40 ku处出现和预期的目的蛋白分子量相符的条带。Western-blotting检测表明,表达产物能与猪瘟病毒阳性血清发生特异性反应,出现单一反应带,该表达产物主要存在于包涵体中。上述结果为NS2基因表达产物在免疫检测中的进一步应用奠定了基础。

鹅细小病毒QY分离株NS2基因的克隆及序列分析

参照GenBank中收录的鹅细小病毒(GPV)B株基因序列设计并合成了扩增广东清远分离株(QY株)NS2基因的一对引物,利用PCR技术扩增出来长约1.5kb的目的片断,将其克隆到PMD18-T载体上,筛选重组质粒并进行了序列测定及分析,测序结果表明,GPV分离株NS2基因由1356个核苷酸组成,编码451个氨基酸。经与B株、DN株、FS株进行同源性比较,核苷酸的同源性分别为99.1%、99%和99%;推导的氨基酸同源性分别为98.7%、98.7%和987%。

鹅细小病毒NS2基因以及VP1与VP3非重叠序列基因的真核表达

采用pBlueBacHis2A系统筛选鹅细小病毒(GPV)的检测抗原,利用PCR扩增和双酶切方法分别构建了含有NS2基因和VP1与VP3非重复序列基因的重组质粒pBlueBacHis2A-GPV-NS2、pBlueBa-cHis2A-GPV-VP(1-3),分别转染sf9细胞,得到重组病毒,分别表达出了54 ku的NS2融合蛋白和24 ku的VP(1-3)融合蛋白。Western-blotting和Dot-ELISA检测结果证实,表达产物具有特异性;间接免疫荧光试验证实,重组蛋白在细胞中获得了表达。

猪瘟病毒NS2 3′端基因的克隆与原核表达

从真核表达载体pEGFP-NS2中克隆得到猪瘟病毒(CSFV)NS2 3′端的基因片段,将其克隆到pET-32a载体上,构建出重组表达载体,经IPTG诱导表达。结果表明,克隆了大小为363 bp NS2 3′端的基因,重组载体pET-NS2-C363在大肠埃希菌中以包涵体形式表达,表达产物经SDS-PAGE和Western blot鉴定大小为33.84 ku,与预期结果一致。结果为进一步研究NS2蛋白与猪脐静脉血管内皮细胞中蛋白之间的相互作用提供材料及为制备单克隆抗体奠定基础。

水稻条纹病毒NS2基因原核表达产物多克隆抗体制备及受侵染水稻和灰飞虱体内NS2检测

The NS2 gene of Rice stripe virus(RSV) was amplified by RT-PCR,cloned into pGEM-T vector and sequenced.The NS2 gene was inserted into prokaryotic expression vector pET32a to produce recombinant plasmid pET32a-NS2.The recombinant plasmid was introduced into Escherichia coli strain BL21(DE3) pLysS.SDS-PAGE and Western blot analysis confirmed that NS2 fusion protein was expressed after induction by IPTG.The recombinant NS2 protein was purified with Ni2+-NTA agarose affinity chromatography and the polyclonal antibody against NS2 protein was raised in rabbit.NS2 protein was successfully detected in small brown planthopper(Laodelphax striatellus) at 1∶1 600 dilution of the total protein of single planthopper and in infected rice(Oryza sativa) at 1∶800 dilution of 10 mg leave by dot immunobinding assay using the polyclonal antibody.

中国猪瘟兔化弱毒兔脾毒NS2-3基因的序列分析

根据已发表的猪瘟病毒序列 ,设计并合成了覆盖有 NS2 - 3全基因的 4对引物 ,应用RT -PCR技术从接种了猪瘟兔化弱毒 (hogcholeraviruslapinizedChinesestrain ,HCLV)的兔脾组织中 ,成功地扩增了 NS 2 - 3基因 ,将其克隆到T载体后 ,测定了其核苷酸序列。结果显示 ,所克隆的NS 2 - 3基因长 2 96 4个核苷酸 ,编码 988个氨基酸。用DNASIS和PROSIS软件分析表明 ,该基因具有丝氨酸类蛋白酶活性及含有解旋酶超家族特征性保守序列。核苷酸序列同源性分析表明 ,HCLV与国外报导的 8株HCV毒株“C”、Riems、ALD、GPE、Glentorf、CAP、Brescia和Alfort株NS 2 - 3基因核苷酸序列同源性分别为 99%、99%、96 %、96 %、95 %、95 %、94%和 86 % ,推导的氨基酸序列同源性分别为 99%、99%、98%、98%、98%、97%、97%和 95 % ,氨基酸序列的高度同源性表明了NS 2 - 3是猪瘟病毒中高度保守的蛋白质之一 ,这与该基因产物参与病毒复制及多聚蛋白前体加工过程中的重要作用相对应。

灰飞虱携带的水稻条纹病毒NS2和NS3基因的分子变异

为揭示灰飞虱携带水稻条纹病毒（rice stripe virus，RSV）的NS2和NS3基因分子变异特征，采用单雌产卵法从江苏、云南、山东、河北等地获得20个灰飞虱携带的RSV分离物，RT-PCR扩增出NS2和NS3基因特异片段，并对扩增产物进行克隆测序，再结合Genbank中已报道的其他分离物序列，利用生物信息学软件分析不同寄主、地区分离物的分子变异特点及系统发育关系。序列测定表明，20个分离物NS2和NS32个基因核苷酸序列同源性分别为96．5％～100％（NS2）和95．4％～100％（NS3），推导编码的蛋白氨基酸序列同源性为97．0％-100％（NS2）和96．2％-100％（NS3）。基于核苷酸序列构建的系统进化树分析表明2个基因均可以明显分为2组，其中一组均为中国云南水稻上的分离物，2组间遗传距离分别为0．05711（NS2）和0．06081（NS3），2基因的Z—test的检测结果表明都处于强烈的负选择压下。从2基因氨基酸构建的系统发育树和变异热点上分析，其氨基酸序列的分子变异首先与地缘相关，2基因均可以分成中国云南及云南以外的2个地理亚群；其次与寄主相关，可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主群。

猪瘟病毒石门株NS2-3基因片段的序列测定及比较

根据猪瘟病毒Ｃ株的序列，以计算机辅助设计，化学合成１对引物（ＰＦ５６４８／ＰＲ６６０４），应用ＲＴＰＣＲ技术从感染猪血中成功地扩增了我国猪瘟病毒强毒石门株ＮＳ２３基因片段，大小为９５７ｂｐ，位于ＮＳ３基因的中部ＮＴＰａｓｅ和Ｈｅｌｉｃａｓｅ活性区。克隆后测序，结果表明该段基因产物具有解旋酶超家族全部七个特征性保守序列，包括共同的ＮＴＰ结合基序Ａ位点（ＧＸＧＫＴ／Ｓ）和Ｂ位点（３ｈｙ，２ｘ）Ｄ。序列同源性比较表明，石门株与日本的ＡＬＤ和ＧＰＥ－株同源性最高，与其它３株猪瘟病毒（Ｃ株、Ｂｒｅｓｃｉａ株和Ａｌｆｏｒｔ株）的同源性也很高，并与２株牛病毒性腹泻病毒（ＢＶＤＶ）（ＮＡＤＬ株和ＳＤ１株）也有较高的同源性，尤其是由核苷酸序列推导的氨基酸序列，同源性均大于９０％，是瘟病毒属基因组中最保守的区段。

水稻条纹病毒云南分离物NS2蛋白基因的分子变异

通过核苷酸测序表明,我国云南的16个RSV分离物,依据NS2蛋白基因同源性,基本按采样年份(2002、2003)分为了2组。结合已报道的日本T、O分离物,构建系统发育树,分析我国云南分离物与日本分离物可能有共同的起源。

牛病毒性腹泻病毒HB-DCZ株NS2-3区基因克隆及序列分析

【目的】对牛病毒性腹泻病毒HB-DCZ株NS2-3区基因进行克隆及序列分析,为阐明本病致病机理,更好的控制BVDV感染、流行提供理论依据。【方法】以牛病毒性腹泻病毒河北分离株(HB-DCZ)基因组RNA为模板,扩增BVDVHB-DCZ株基因组NS2-3片段cDNA。将PCR产物克隆后进行PCR及双酶切鉴定。克隆产物进行序列测定及分析。【结果】HB-DCZcDNA体外扩增获得特异性条带,大小约为665bp,表明该分离毒株基因组中无插入序列。PCR产物克隆,提取重组质粒,扩增获得特异性的DNA条带,长度约为665bp,用EcoRⅠ和HindⅢ双酶切,获得两条DNA片段,长度分别为2600bp和702bp左右,与理论值相符。序列测定结果表明,克隆得到的NS2-3重要区扩增片段共665核苷酸,NS2-3重要区的蛋白质由208个氨基酸残基组成。HB-DCZ毒株NS2-3重要区核苷酸序列与已公开发表的BVDV其他毒株相比的同源性依次为184株99.1%,ZM195株97.4%,Osloss株92.3%,C_(24)V株77%,NADL株76.4%。HB-DCZ在NS2-3扩增区域中既没有外源序列的插入,也没有基因重组、重排或缺失,但存在某些核苷酸的替换。【结论】HB-DCZ与Osloss株、国内的184株、ZM195株遗传距离较近,与C_(24)V株、NADL株遗传距离较远。HB-DCZ株应为BVDVIb基因亚型。

梅花鹿源BVDV NS_(2-3)基因重要区的克隆与序列分析

根据牛病毒性腹泻病毒(BVDV)NADL株的序列设计并合成1对引物,对从吉林不同地区分离的4株梅花鹿源BVDV(CCSYD株、CC JYD株、CCKCD株和JLCYD株)的N S2-3基因进行RT-PCR扩增,并对扩增的片段进行序列分析。结果表明,国内梅花鹿源BVDV CCSYD株属基因Ib亚型,CC JYD株、CCKCD株和JLCYD株属基因型待定。

猪乙脑病毒WHe株的PrM-E、NS1、E-NS2A基因的克隆及序列测定

本文通过RT_PCR扩增了猪乙型脑炎病毒WHe株主要抗原基因NS1(约 1.14kb)、prM_E(约 2 .1kb)、E_NS1_NS2A (约 3.0kb) ,并将NS1、E_NS1_NS2A、PrM_E基因克隆、测序。与Genbank发表的JEV基因序列进行序列分析 ,发现WHe株与其他 12种典型的JEV强毒株的同源性在 88.3%～ 99.4 %之间。WHe株与K94P0 5株的同源性最低 (88.3% ) ,与P3株的同源性最高 (99.4 % ) ,可认为WHe株是由P3株衍生而来的。在JEV基因组 5’端 389～ 3910的长 35 2 2nt的决定JEV抗原性的C_prM_E_NS1_NS2A区中 ,WHe株与P3株仅有 2 1个碱基不同 ,其中的 14个单碱基突变为同义突变 ,另外7个为错义突变 ,导致相应的氨基酸序列 (1173个 )中的 6个氨基酸发生了变异 ,其中的 5个氨基酸变异出现在含有各关键的抗体中和决定簇的E蛋白内 ,另一个位于NS1蛋白内。

登革2型病毒NS1-NS2a基因真核表达载体的构建及鉴定

目的构建登革2型病毒NS1-NS2a基因真核表达质粒。方法RT-PCR扩增NS1-NS2a基因片段后,将其克隆入真核表达载体pReceiver-M01a;通过PCR、酶切、测序和间接免疫荧光染色鉴定重组质粒。结果经PCR扩增、酶切和测序验证,重组质粒构建正确,命名为pRe-NS1-NS2a;重组质粒转染Vero细胞后,间接免疫荧光染色显示细胞质中有登革2型病毒特异性蛋白的表达。结论成功构建了真核表达质粒pRe-NS1-NS2a。