湖南一株猪非典型瘟病毒的鉴定及其NS5B和E2基因序列分析

随机挑选湖南某规模化猪场出现“抖抖病”的新生仔猪,采集血清样本,用可扩增猪非典型瘟病毒(APPV)的NS5B基因和E2基因引物进行RT-PCR鉴定,对PCR扩增产物测序。随后利用MegAlign软件分析NS5B和E2基因序列的同源性,预测E2蛋白部分结构,并使用MEGA 5.0,采用邻接法构建NS5B和E2基因的遗传进化树。结果表明,发病仔猪为猪非典型瘟病毒(APPV)感染阳性。鉴定毒株HN0626与GenBank中84株参考毒株NS5B和E2基因序列的同源性分别为81.68%~98.95%、81.14%~99.33%,通过预测E2蛋白部分结构,推导其潜在的B细胞抗原表位。系统发育分析显示,HN0626毒株属于基因1型,是全球猪群中的主要流行毒株,其E2、NS5B基因序列在GenBank中的登录号分别为OR936135、OR936136。

云南登革4型病毒的鉴定及NS1和NS2a基因序列分析

目的对1989年8月分离自云南省盈江县蚊虫的2株登革病毒进行生物学及分子特征的鉴定,明确这两株病毒的血清型及基因型。方法蚊虫用BHK21细胞和乳鼠法分离病毒,用间接免疫荧光试验、RT-PCR等方法进行鉴定,并对这两株病毒的分子生物学特征进行分析。结果从白纹伊蚊和达勒姆阿蚊中各分离到一株病毒,分别命名为M110和M113,这两株病毒对BHK21细胞能产生明显的细胞病变,脑内接种乳鼠4d左右导致乳鼠死亡。该病毒经血凝、血凝抑制和间接免疫荧光试验提示为黄病毒。分别用黄病毒属特异引物、登革4型病毒NS1和NS2a基因片段特异引物进行RT-PCR扩增、序列测定,证实为登革4型病毒。NS1和NS2a基因序列片段分析表明,M110和M113的NS1核苷酸序列与登革4型病毒基因Ⅰ型的H241株(Y19176)同源性最高,分别为99%、98%;NS2a基因片段与H241的核苷酸序列的同源性分别为96.5%、97.1%。结论从盈江县蚊虫分离到的M110和M113病毒为登革4型病毒基因Ⅰ型,表明云南省西部边境地区在20世纪80年代发生过登革4型病毒的流行。

OMNET++与NS2在无线传感器网络仿真中的比较研究

OMNET++是一个为大型网络提供开源的、基于组件的、模块化的开放网络仿真平台。针对无线传感器网络的仿真特点,将OMNET++与NS2一些主要性能指标进行比较;在相同仿真条件下,选取报文投递率、运行时间和内存消耗指标在OMNET++与NS2上分别进行定向扩散对比实验,证明OMNET++在无线传感器网络仿真中比NS2的仿真速度快,内存消耗少,是一个优秀的无线传感器网络仿真软件。

基于NS2的OBS网络仿真平台研究与实现

给出了一种基于NS-2的OBS网络仿真平台——OBS-NP(OBS-NS2-platform)。该平台通过扩展NS-2中的节点类与链路类,支持对光突发交换(OBS)网络的运行及关键算法的仿真。在详细描述OBS-NP系统构成的基础上,以一个9节点OBS网络为基础,对网络中突发包的时延、吞吐量和资源利用率进行了仿真,并给出了突发包的路由信息。最后,对OBS-NP仿真结果的准确性进行了分析和讨论。

基于NS2的网络控制系统仿真平台的设计与实现

利用网络仿真软件NS2实现真实网络环境的模拟,设计并实现了网络控制系统实时仿真平台。此平台利用Matlab/Simulink实现控制器/被控对象的仿真;利用NS2模拟真实的网络环境;利用Java网络接口模块连接Matlab仿真对象和NS2网络模块。既发挥了NS2的网络仿真优势,又利用了Matlab强大的控制系统仿真功能,很好地实现了对网络控制系统的实时仿真。仿真实验证明此平台可以真实地模拟多种网络环境,并分析了不同的网络环境对系统控制品质和稳定性的影响。

基于NS2的P2P网络模拟平台研究

目前模拟(Simulation)在Peer-to-Peer(P2P)系统的评估和分析中发挥着重要作用。很多研究者认为底层网络布局对P2P系统性能有较大的影响,但现有的模拟器多基于不考虑底层网络的简单模型。同时多数模拟器仅支持特定协议的较小规模模拟。上述缺陷导致使用现有模拟器进行模拟的实用性和真实性无法满足实验需求。为解决上述问题,一种基于NS2的通用的、可扩展的P2P模拟平台NDP2PSim得以提出。该平台可为各类P2P协议的模拟提供真实且通用的模拟环境,同时实现了P2P系统的一些通用功能并以模块形式提供以便于使用。介绍了该模拟平台的系统结构和实现细节,并模拟Freenet作为实例演示系统使用情况。

NS2网络协议虚拟仿真实验平台研究

针对网络协议内容复杂、抽象晦涩,有些内容难以理解和掌握的问题,以NS2网络仿真软件为研究对象,结合虚拟机技术,提出构建可移动网络协议仿真实验平台的实现方案。以无线网络暴露节点问题为例,通过实验平台的仿真验证了RTS/CTS机制对暴露节点问题的影响。

高速网络TCP改进协议NS2仿真性能比较

传统TCP协议在现代高速网络中传输性能存在瓶颈。基于NS2,通过改变瓶颈带宽、往返时延及TCP并行流数等参数,仿真实验了各种TCP改进协议的传输性能,在吞吐率、时延和丢包率等性能指标上对各种协议进行比较。结果表明,多数改进协议在某些方面表现出比传统TCP协议更好的性能,其中采用显式拥塞反馈改进方案的XCP和VCP协议性能表现最好。

基于NS2的Ad Hoc网络路由协议的模拟实现

论文主要介绍了基于网络模拟器NS2的AdHoc网络路由协议的模拟实现。首先对现有AdHoc网络的路由协议进行了说明,接着对协议模拟软件NS2进行了介绍,最后对NS2的方法及工作流程进行了解释,并在此基础上给出了两种具体协议的模拟结果。

网络仿真软件NS2中队列调度算法的扩展

结合一个新的队列调度算法,深入全面地探讨了如何对网络仿真软件NS2(NetworkSimulator)进行扩展,特别是如何在NS2中实现复杂的队列调度算法。对在NS2中实现新算法的基本原理和过程,以及一些关键细节给出了较为详细的描述,如通过分组来携带用于调度的流状态信息,以及如何使用这些信息进行队列调度,增加对分组队列的基本操作等。最后还给出了新算法的仿真实验结果,实验结果表明新算法在公平性方面的性能良好。通过扩展NS2来验证新的网络协议和算法,大大提高了效率、降低了成本,并更具灵活性。

NS2网络仿真器功能扩展方法及实现

NS2作为开源软件缺少对最新研究算法的模拟能力 .在现有软件基础上对其进行功能扩展极其必要 ,是模拟研究新理论新算法的基础 .本文着重探讨网络仿真软件 NS2的功能扩展原理及设计实现 ,展示运用 NS2仿真器对网络行为进行研究的过程 .最后对该算法进行模拟实验 ,并与已有 RED和 PI算法进行性能对比分析 .

鹅细小病毒NS2基因的克隆和序列分析

本研究参考GenBank发表的GPVB株全基因序列 ,设计并合成一对引物 ,通过PCR技术扩增出GPVH1株NS2基因 ,目的片段长约 1.4kb ,将目的片段克隆到pMD18_T载体后进行序列测定和分析 ,结果表明 :GPVH1株NS2基因全长135 6bp ,编码 4 5 1个氨基酸 ,与国外已发表的GPVB株相比核苷酸序列同源性为 98.75 % ,推导氨基酸序列同源性为98.6 7%。

水稻条叶枯病毒NS2基因遗传多样性分析

应用单链构象多态性 (SSCP)和序列分析方法研究了来自我国 9个省份的水稻条叶枯病毒(RSV) 80个田间分离物的NS2基因遗传结构特征 .SSCP分析结果表明 ,我国RSVNS2基因遗传结构符合准种 (quasispecies)结构特征 .部分分离物的序列分析结果表明 ,RSV上述分离物和已报道的日本 2个分离物可以归入 2个组 :云南的部分分离物划分为 1个组 ;其它分离物及日本T、O的 2个分离物为另 1组 .组与组之间 ,NS2蛋白基因核苷酸同源性为 94 %～ 95 % ,氨基酸同源性为 95 %～ 97% .遗传多样性分析结果表明 ,RSV种群存在地理隔离但在种群间可能发生了基因漂移 (geneflow) .

基于NS2的Ad Hoc网络路由协议性能比较分析

Ad Hoc网络是由一组移动节点在没有任何现存网络基础设施或是集中管理的情况下形成的动态网络。论文利用NS2网络仿真软件,在不同的网络负载、移动性和网络规模等条件下,分析比较AdHoc网络的四种路由协议DSR、AODV、DSDV和洪泛协议的性能。仿真结果表明由于各协议适用范围不同,因此可根据具体情况自适应地进行协议选择。

网络模拟器NS2中仿真功能的问题分析及改进

网络仿真技术为解决大规模网络规划、应用和协议设计面临的挑战提供了新的途径。作为广泛应用的网络模拟器,NS2为建立可扩展的网络仿真环境奠定了重要基础。在描述NS2仿真功能实现的基础上,重点分析了NS2仿真功能存在的不足。针对发现的问题,提出并实现了NS2仿真功能扩展,最后验证了仿真功能扩展的正确性。

基于NS2的计算机网络远程虚拟实验室的设计与实现

文章提出了基于NS2模拟器的计算机网络虚拟实验室系统的设计模型和实现方法。该实验室以JavaApplet实现客户端,使用NS2多协议模拟器作为服务器的后台计算平台,Nam作为客户端的可视化工具,通过JavaRMI远程调用机制实现了客户端的远程调用。该系统客户端以JavaApplet实现,具有Java语言的平台独立性和安全性,以JavaBean实现虚拟实验设备(如节点,链路等);以组件的形式开发实验库,易于扩充实验库,提高了开发效率,实现了软件重用。服务器端以NS2作为后台计算平台,提供了强大的模拟仿真能力。该系统基于Web环境在用户和NS2网络模拟器之间提供了实验室平台,既使用户省去难以学习NS2的困难,又可以让用户利用NS2模拟器强大的系统仿真能力进行网络模拟试验,让用户可以更加深入理解网络中的复杂行为。

鸭源H9N2亚型流感病毒NS基因的克隆及表达

根据GenBank中收录的H9N2亚型流感病毒的NS基因序列设计合成了 1对引物NSU/NSL ,利用RT PCR扩增出了H9N2株NS基因 ;将该基因片段克隆到 pMD 18 T载体上 ,并对所得到的重组质粒进行酶切分析及序列测定。结果 ,获得了NS基因片段的阳性重组子 ,扩增的NS基因包含NS1基因完整的阅读框架和部分NS2基因 ,其序列与GenBank中收录的其他分离株NS基因比较 ,同源性达 96 %～ 99%。再将克隆的NS基因插入到原核表达载体 pET 2 8a后 ,转化E .coliBL2 1(DE3)感受态细胞 ,在IPTG诱导下获得了预期的蛋白表达 ,所表达蛋白质的分子质量约为 30ku。

鹅细小病毒NS2蛋白间接ELISA方法的建立

为建立检测鹅细小病毒(GPV)的间接ELISA方法,本研究表达了GPV重组NS2蛋白,并以Ni-NTA亲和层析柱纯化的蛋白作为检测抗原,建立间接ELISA检测方法,并进行抗体消长规律的检测。用该方法检测阴性血清样本30份,确定检测临界值为0.281。与琼脂扩散试验结果的阳性符合率为100%,阴性符合率为86.67%。与抗鹅H5、H7、H9亚型禽流感病毒阳性血清和抗鹅副粘病毒阳性血清无交叉反应。在此基础上组装检测试剂盒,试剂盒批内变异系数为4.2%,批间变异系数为8.3%,包被抗原的酶标板在4℃可保存6个月。该方法对人工感染GPV血清检测结果表明,接种病毒后第8周,NS2蛋白的抗体水平达到峰值。本研究为GPV流行病学调查提供了一种快速、方便、敏感的抗体检测方法。

用NS2构建计算机网络实验课程体系

针对计算机网络实验教学中的两大突出问题,提出建立基于NS2的计算机网络实验课程体系。该体系包括验证型、设计型和综合型实验,基本涵盖了计算机网络实验教学内容。实践表明,采用NS2对网络协议、网络拓扑和网络性能进行模拟仿真,实验教学气氛活跃,增强了学生学习兴趣,提升了实验教学效果。