慢性丙型肝炎患者NS5B聚合酶抑制剂耐药位点检测及特点分析

目的针对186例未行抗病毒治疗的慢性丙型肝炎(慢性丙肝)患者进行NS5B聚合酶抑制剂相关的耐药位点检测,同时分析其特点。方法依据NS5B区域的变异位点相关特点,将其分成3段来进行扩增,同时NS5B聚合酶抑制剂相关的耐药位点分析主要采用自行设计的型别特异性引物来进行巣式PCR,产物纯化后直接进行测序鉴定,同时还对患者的临床资料来进行相关分析。定量资料,比如人口学指标、生化指标以及血液学指标、病毒学指标等参数之间的比较主要采用t检验或ANOVA方差进行分析,而组间的非参数比较主要采取Mann Whitney U检验,而分类资料采用χ~2检验。结果核苷类聚合酶抑制剂耐药的变异位点A15G、S96T、S282T主要是在HCV 6a型别中发生,在HCV 1b型别中却并未发现变异位点;对非核苷类的聚合酶抑制剂耐药的变异位点如C316N、S365A主要是在HCV 1b型别中可见,1482L、V499A主要是在HCV 6a以及HCV 2a型别中多见。另外一些新的变异位点A15S、S365P、S365F、S368A以及S368L等位点的变异能否导致耐药性还需进一步研究。结论我国的慢性丙肝患者对于NS5B聚合酶抑制剂确实存在预存的耐药位点,同时变异发生率主要依据HCV基因型而不同,并且不同的基因型号也会存在不同的耐药,这就提示可以在抗病毒药物治疗前进行基因检测。

非核苷类HCV NS5B聚合酶抑制剂

全球约有1.7亿人感染丙型肝炎病毒(HCV),至今尚无有效的疫苗和治疗药物。目前干扰素-α和利巴韦林联用抗HCV的标准治疗方案存在严重不良反应。近年来,新型抗HCV的研究主要集中于针对病毒感染的特异性靶点寻找新的抑制剂。NS5B聚合酶因其在HCV RNA基因组复制中的关键性作用,是目前抗HCV药物设计的重要靶点之一。NS5B聚合酶抑制剂可分为核苷类抑制剂(NIs)和非核苷类抑制剂(NNIs)。自从第一个NS5B NNIs苯并咪唑类化合物被报道以来,大量不同结合位点NS5B NNIs相继被报道,一些化合物在临床研究中表现出了可喜的疗效。本文综述了苯并噻二嗪类、苯并咪唑类、吲哚类、噻吩羧酸类、喹啉酮类、二氢吡喃类和二酮酸类等NS5B NNIs的研究进展,旨在为该类抑制剂的开发研究提供参考。

基于机器学习方法的丙型肝炎病毒聚合酶NS5B非核苷抑制剂的定量构效关系研究

对89个苯并异噻唑和苯并噻嗪类丙型肝炎病毒(HCV)NS5B聚合酶非核苷抑制剂进行了定量构效关系(QSAR)研究.采用遗传算法组合偏最小二乘(GA-PLS)和线性逐步回归分析(LSRA)两种特征选择方法选择最优描述符子集,然后建立多元线性回归和偏最小二乘线性回归模型.并首次尝试使用遗传算法耦合支持向量机方法(GA-SVM)对两种特征选择方法所选的描述符子集分别建立非线性支持向量机回归模型.三种机器学习方法所建模型均得到比较满意的预测效果.采用LSRA所选的6个描述符建立的三个QSAR模型对于测试集的相关系数为0.958-0.962,GA-SVM法给出最好的预测精度(0.962).采用GA-PLS所选的7个描述符建立的三个QSAR模型对于测试集的相关系数为0.918-0.960,偏最小二乘回归模型的结果最好(0.960).本工作提供了一种有效的方法来预测丙型肝炎病毒抑制剂的生物活性,该方法也可以扩展到其他类似的定量构效关系研究领域.

5-羧基苯并咪唑类HCV NS5B聚合酶抑制剂的HQSAR研究及分子设计

利用分子全息技术研究了129个5-羧基苯并咪唑类HCV NS5B聚合酶抑制剂的结构与活性之间的关系.讨论了分子碎片大小、碎片区分参数及全息长度对模型质量的影响.利用偏最小二乘法(partial least square,PLS)建立了一组以99个化合物为训练集的最优模型,该模型的交叉验证相关系数q^2=0.820,非交叉验证相关系数r^2=0.963,标准偏差SEE=0.213;用最优模型对由30个化合物组成的测试集进行预测,得到其相关系数r_(pred)~2=0.98,表明了该模型具有良好的预测能力及拟合能力.利用色码图对模型中不同原子及不同结构的贡献进行了解释,在此基础上根据最优HQSAR模型设计了几种具有良好抗HCV活性的苯并咪唑类HCV NS5B聚合酶抑制剂分子,为新型HCV NS5B聚合酶抑制剂的设计和优化提供了参考.

苯并咪唑-5-羧酸酰胺HCV NS5B聚合酶抑制剂的分子全息QSAR研究及设计

采用分子全息定量构效关系(HQSAR)方法,研究54个苯并咪唑-5-羧酸酰胺类HCV NS5B聚合酶抑制剂的结构与活性之间的关系.讨论了分子碎片大小、碎片区分参数以及分子全息长度对模型的影响.以39个化合物构成的训练集所建最优模型的交叉验证相关系数q2为0.779,非交叉验证相关系数r2为0.922,标准偏差SEE为0.251.同时,利用HQSAR模型的色码图探讨了对该类抑制剂的活性起重要作用的结构片段,并根据HQSAR最佳模型图设计了17个新型2-硫乙酰芳胺-苯并咪唑-5-羧酸酰胺类衍生物,经HQSAR模型预测,这些分子理论上对HCV NS5B聚合酶均具有良好的抑制活性.

甘肃省某市哨点监测人群HCV基因分型及NS5B聚合酶抑制剂耐药相关替代突变分析

目的探索建立HCV NS5B区的耐药相关替代突变(RASs)方法并初步应用于甘肃省某市丙肝哨点监测人群。方法以甘肃省某市2020年在丙型肝炎哨点监测中发现的HCV抗体阳性者为研究对象,提取血浆样本中的RNA,经反转录和巢式PCR扩增后进行Sanger测序,分别进行基因亚型和NS5B区耐药相关替代突变分析。结果74份样本中有20份核酸扩增成功并完成测序。所获的HCV基因亚型共有4种,构成比由高到低依次为3a(12/20,60%)、1b(4/20,20%)、2a(3/20,15%)和3b(1/20,5%)。1b亚型的RASs为C316N(4/4)、M414L(1/4)、L392I(1/4)、I424V(1/4)和V499A(1/4),2a亚型的RASs为A421V(3/3),3a亚型的RASs为A150V(9/12),3b亚型未检出RASs。发现耐药的直接抗病毒药物有索磷布韦、达拉他韦和贝拉布韦。结论甘肃省某市哨点监测发现HCV抗体阳性者基因亚型构成呈多样性,普遍存在NS5B聚合酶抑制剂的RASs;不同亚型NS5B区发生的RASs不同,以1b亚型RASs种类最多。

2-芳基-3-羰基喹诺酮:新型HCV NS5B多聚酶抑制剂的设计、合成和活性评估

丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,简称HCV)编码的多聚酶NS5B是丙肝病毒RNA复制的必需酶,已成为抗丙肝药物设计的有效靶标.基于HCV NS5B多聚酶的活性位点需要结合二价金属离子作为催化辅因子的机理,含有金属螯合模段的喹诺酮酸骨架被合理用来发现新结构的非核苷HCV抑制剂.根据喹诺酮酸抑制剂与NS5B多聚酶的结合模式,我们第一次设计在喹诺酮酸的2-位引入疏水基团,同时调节N-1,C-3和C-7位的取代基结构,运用我们发展的一锅煮新方法合成了结构多样的喹诺酮酸衍生物,并运用HCV体外感染实验系统进行抗病毒活性的评估,我们开展了系统的构效关系研究,发现了新结构类型的非核苷HCV抑制剂.这些2-芳基-1-环丙基/烯丙基喹诺酮酸衍生物在低浓度(μmol?L-1)下能有效抑制HCV病毒在宿主细胞Huh7.5.1的复制,并具有2~6倍的安全窗口,有进一步优化成抗HCV候选药物的潜力.

抗丙肝病毒药物研发的最新进展(英文)

丙型肝炎病毒(HCV)是引起慢性肝脏疾病的主要病因。目前尚无疫苗预防HCV感染。长效聚乙二醇I型干扰素(pegIFN-α)和利巴韦林(RBV)联合应用是近十年来治疗丙肝的最佳药物,但仍有一半以上基因1型HCV感染者对该联合抗病毒治疗无效,并且IFN和RBV的毒副作用较大且疗程长达1年,因此极大地限制了其在临床上的应用。近些年来,各制药公司相继研发出了多种HCV特异性的抗病毒药物,有些已经进入三期临床试验。今年美国食品药品管理局(FDA)批准了2种HCV蛋白酶抑制剂用于临床治疗丙肝,其他蛋白酶抑制剂、NS5A抑制剂及RNA聚合酶抑制剂也均处于三期临床试验阶段。因此,有望在不久的将来研发出不依赖于IFN、高效、安全、疗程短及服用次数少的理想治疗方案。

丙型肝炎直接抗病毒药物的应用进展

抗病毒治疗是丙型肝炎重要治疗手段。丙型肝炎直接抗病毒药物(DAAs)主要包括NS3/4A蛋白酶抑制剂、NS5A抑制剂、NS5B聚合酶抑制剂三大类。通过一种或多种DAAs联合治疗,慢性丙型肝炎患者持续病毒学应答率可达90%。丙型肝炎DAAs多处于临床试验阶段,仅有部分药物已用于临床,疗效和不良反应差异较大。

抗丙型肝炎药物索磷布韦的设计合成研究进展

索磷布韦(sofosbuvir)是治疗丙型肝炎的一种新类型的直接作用抗病毒药物,通过竞争性结合到NS5B聚合酶活性位点,导致新生病毒基因组合成的终止,从而抑制丙型肝炎病毒(HCV)的复制。该药的开发过程是基于核苷类抗病毒药物的体内代谢原理,通过巧妙的结构修饰,改善了药物结构稳定性和吸收过程,使其最终发展成为肝靶向抗HCV药物。索磷布韦单用或联用其他抗HCV药物用于治疗丙型肝炎,具有治愈率高、安全性高、且不易产生耐药性的优点,已经成为临床基础用药。本文主要对索磷布韦的研究背景、临床应用、开发过程及其制备方法等进行综述。

FDA批准抗丙型肝炎新药索非布韦(sofosbuvir)上市

全球丙型肝炎病毒(HCV)的感染率高,且缺少有效的治疗药物。2013年12月6日,美国食品药物监督管理局(FDA)批准新分子实体药物索非布韦(sofosbuvir)片剂上市,商品名Sovaldi,用于慢性丙型肝炎的治疗。索非布韦是一种HCV聚合酶抑制剂,作用于病毒RNA复制的核苷酸类似物NS5B聚合酶位点,能中止病毒复制,是以NS5B聚合酶为靶点的唯一上市品种。本品与聚乙二醇干扰素/利巴韦林或单独与利巴韦林联用,与标准治疗方案相比治愈率更高且缩短给药时间,有广阔的应用前景。

抗丙肝新药Dasabuvir

Dasabuvir是2015年1月15日以单药成份获得欧洲药品管理局批准的抗丙肝新药,该药于2014年12月19日以复方药形式(dasabuvir/ombitasvir/paritaprevir/ritonavir)获得美国食品药品管理局批准用于治疗基因1型慢性丙肝病毒感染,包括有代偿性肝硬化患者的治疗。Dasabuvir是一种HCV RNA聚合酶NS5B抑制剂,干扰HCV的正常复制而发挥抗病毒作用。介绍dasabuvir的化学合成、临床前药理学研究、临床研究及专利保护情况等,为抗丙肝新药的研发提供参考。

口服抗丙型肝炎病毒新药索福布韦

面对全球约1.7亿慢性丙肝患者,现今的标准治疗方案,即聚乙二醇干扰素(Peg-IFN)联合利巴韦林(RBV),其总治愈率不足50%。因此,近年来旨在提高治愈率的直接抗病毒药物(DAAs)不断问世,其中,丙型肝炎病毒(HCV)聚合酶抑制剂索福布韦作用于病毒RNA复制的NS5B聚合酶位点,中止HCV复制。相较于标准治疗方案,基于索福布韦的联合治疗方案治愈率更高。本文就索福布韦的药理作用、药动学、临床研究及安全性等作一综述。

抗丙肝病毒药物靶标计量分析及趋势研究

本文借助Thomson Reuters Pharma信息平台,以不同靶标药物在各研发阶段的数量分布为主要参考指标,辅以相关文献和典型药物资料,对抗丙肝病毒药物的研发现状进行了统计、分析和研究,并对其可能的发展趋势和方向做出了预测和判断。得出以下主要结论:(1)干扰素α是目前治疗丙型肝炎病毒(HCV)感染的主要药物,但在新药研发中的地位有所下降;(2)NS3蛋白酶和NS5B聚合酶是目前抗HCV新药开发研究最热的靶标,已上市的两种NS3蛋白酶抑制剂均取得了巨大成功,但数据也反映出这两类药物相对较高的研发难度;(3)NS5A蛋白靶标是抗HCV新药开发的新兴方向,未有药物上市,但临床研究取得了良好的预期效果,并得到专业分析机构的青睐。

抗丙型肝炎病毒药物研究进展

丙型肝炎是由丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）引起的一种严重威胁人类健康的肝脏疾病。1989年,HCV首次被确认为非甲型、非乙型肝炎的主要病原体。据世界卫生组织（WHO）报道,2000年全球已有超过1.7亿人感染此类病毒,

抗丙型肝炎病毒药索非布韦的临床研究进展

目的:综述抗丙型肝炎病毒(HCV)药索非布韦的临床研究进展。方法:以"Sofosbuvir""索非布韦""索氟布韦""丙型肝炎"和"NS5B聚合酶抑制剂"等为关键词,组合检索2010年1月至2015年2月Pub Med、万方、维普、中国知网等数据库,对索非布韦的临床药理(作用机制、药动学、药物相互作用、耐药性)、适用特殊人群、临床试验及安全性评价等内容进行综述。结果:共检索到相关文献76条,其中有效文献20条。作用机制方面,索非布韦通过与HCV的RNA核苷酸竞争HCV特异性NS5B聚合酶活化位点而发挥抗病毒作用,给药剂量为400 mg/d时对病毒的抑制作用最佳。临床应用方面,索非布韦适用于HCV初治患者和既往干扰素治疗失败的患者,不同HCV基因型感染可采用不同的给药方案;索非布韦对HCV感染合并肝硬化、肝脏移植和人类免疫缺陷病毒感染患者也有效,且给药时无需调整剂量。此外,索非布韦的耐药性较好、药物相互作用少、不良事件发生率较低。结论:索非布韦用于慢性HCV感染治疗,具有病毒学应答率高、适用人群广、不良反应发生率低、给药方式简单等特点,相信在未来会拥有良好的应用前景。