双锯鱼(Amphiprion)胚胎不同发育阶段和成鱼不同组织中内参基因的筛选及应用

双锯鱼(Amphiprion)亦称为海葵鱼,又称为小丑鱼,是一类经济价值较高的海水观赏鱼。目前国内在双锯鱼的胚胎发育、人工饲养以及形态学观察等方面已经取得了有效成果,但在分子生物学水平上对其基因表达的研究较少。为了筛选出适用于双锯鱼胚胎不同发育阶段以及成鱼组织的内参基因,分析酪氨酸酶(TYR)基因的表达情况,以眼斑双锯鱼(A.ocellaris)和白条双锯鱼(A.frenatus)为材料,利用实时定量聚合酶链式反应(qPCR)对18SrRNA、GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因)、Ef-1α(转录延伸因子基因)和β-actin(β-肌动蛋白基因)这4个候选内参基因的表达水平进行检测,同时通过geNorm和Norm Finder软件对其稳定性进行评估,最后以合适的内参基因作为参考,研究TYR mRNA的表达水平。结果表明,在双锯鱼胚胎的不同发育阶段,18S和β-actin的表达量相对于其他基因较为稳定;在双锯鱼的不同组织中,稳定性依次为18S>β-actin>Ef-1α>GAPDH。以18S作为内参基因时分析发现TYR基因的表达在双锯鱼胚胎发育过程中呈先上升后下降的趋势,在体节期表达量最高;在双锯鱼各组织中均有表达,且在眼、尾和红皮中表达量最高。

锦鲫Clock基因表达量分析中的内参基因稳定性比较

为研究锦鲫Clock基因表达量分析中的内参基因稳定性,采用qRT-PCR技术进行实时荧光定量分析,并用Ge Norm和Norm Finder软件对5个内参基因(RPL13,GAPDH,18 S rRNA,β-actin和RPS29)进行稳定性评估,筛选出不同组织中最适合的内参基因,以准确定量Clock基因的相对表达水平.实验结果表明,5个内参基因中,18 S rRNA在锦鲫的肌肉、心脏、肝脏中表达最稳定,β-actin在肠中表达最稳定,RPL13在肾中表达最稳定;根据筛选的内参基因定量Clock基因的相对表达水平发现,Clock基因在锦鲫肌肉中相对表达量最高,其次依次是肝脏、肾、肠,心脏中最低.本研究准确定量Clock基因,为锦鲫生物钟节律机制的下一步研究奠定了理论基础.

UV-B胁迫下紫花苜蓿qRT-PCR内参基因的筛选

[目的]在植物代谢通路关键调控基因表达的相关研究中,筛选各种条件下合适的内参基因至关重要。[方法]以UV-B为主要胁迫,运用荧光定量PCR技术以及geNorm和NormFinder软件,对不同取样时间(处理后0、1、2和5d)的紫花苜蓿(MedicagosativaL.)幼苗根、茎、叶组织中Actin2、GAPDH、MSC27、18SRNA、β-tublin、bZIP、UBQ、PPPrep、Ms03_50f03和Ms03_69f07等候选内参基因表达的稳定性进行研究。[结果]geNorm软件显示:紫花苜蓿幼苗根部UV-B胁迫下MSC27和UBQ的稳定值(M)较小,增加第3个内参基因后变异值(V)基本不变,表明选用2个内参基因即可;茎部则是MSC27和Actin2的M值较小,同时相应的V值也满足要求;而使用M值较小的Actin2和GAPDH为内参,在研究叶片基因表达时可以获得更加准确的结果,当增加第3个内参基因时,V值变大,反而影响结果。同时发现,18SRNA和β-tublin在根和茎叶中的稳定性均较差,因此不适宜作为内参基因使用。NormFinder的结果与上述结果相似,结果差异部分的原因可能是因为算法不同。[结论]在UV-B胁迫下,紫花苜蓿幼苗根部中MSC27和UBQ的表达较为稳定,而在茎部则以MSC27和Actin2为宜,使用Actin2和GAPDH为内参在研究叶片基因表达时可以获得更加准确的结果。本研究对UV-B胁迫下紫花苜蓿中关键基因的定量表达分析具有重要的实用价值。

不同光强条件下紫花地丁RT-qPCR内参基因的筛选及验证

筛选紫花地丁在不同光强下稳定表达的内参基因,为紫花地丁相关分子研究提供参考。该实验通过RT-qPCR技术检测不同光强处理的紫花地丁不同组织中11个候选内参基因表达量,利用Ge Norm、NormFinder和Best Keeper软件以及RefFinder网站综合评估内参基因,通过CAT1验证内参基因的稳定性,最终确定理想内参基因。结果表明,CYP、Actin、SAMDC基因Ct变化范围最小,表达最稳定;GeNorm算法认为CYP、SAMDC、Actin为最适内参基因;NormFinder显示α-TUB表达最稳定;Best Keeper计算CYP、Actin、SAMDC为最佳内参基因;RefFinder评估SAMDC、CYP、α-TUB、Actin稳定性最好,而GAPDH稳定性最差。紫花地丁CAT1在以SAMDC、CYP、Actin为内参基因时表达趋势相同,以GAPDH为内参时表达趋势有较大差异。综上,SAMDC、CYP、Actin最适合作为紫花地丁在不同光强下的理想内参基因。

苹果着色期实时定量PCR内参基因的筛选和验证

苹果果实着色期基因表达水平的变化对果实品质形成具有重要影响,选择适合的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的首要条件。本试验以‘富士’苹果着色过程中不同取样时间的果皮为材料,通过q RT-PCR分析了常用候选持家基因β-actin、EF-1α、GAPDH和18S r RNA的表达变化,借助ge Norm和Norm Finder程序筛选出在果实着色期q RT-PCR分析的理想内参基因。结果表明,EF-1α的表达水平高且最稳定,其次是18S r RNA,而β-actin和GAPDH的相对表达水平较低;同时,用筛选的内参基因EF-1α和18S r RNA分析苹果花青苷合成途径的二氢黄酮醇-4-还原酶基因的表达水平,其表达规律比较一致,均呈现正态分布。因此,EF-1α和18S r RNA是研究苹果着色期表达的理想的内参基因。