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不同海拔下花椒叶片差异表达基因的结构变异
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作者 杨明丽 黄仙婍 +2 位作者 喻阳华 王继玥 缪明志 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第7期1409-1419,共11页
[目的]探明不同海拔梯度对花椒基因表达的影响,为研究花椒遗传多样性、代谢调控及适应不同海拔生境胁迫的分子机制提供依据。[方法]以贵州省贞丰县板贵乡不同海拔(1054、821和645 m)下的花椒叶为试验材料,采用转录组测序的生物信息学方... [目的]探明不同海拔梯度对花椒基因表达的影响,为研究花椒遗传多样性、代谢调控及适应不同海拔生境胁迫的分子机制提供依据。[方法]以贵州省贞丰县板贵乡不同海拔(1054、821和645 m)下的花椒叶为试验材料,采用转录组测序的生物信息学方法对其差异表达基因的可变剪接(AS)和SNP/InDel变异位点进行解析,挖掘花椒适应环境的新转录本。[结果]在3个不同海拔的花椒叶片中,有2619个基因发生了可变剪切事件,主要为外显子跳跃(Skipped exon,SE)和互斥外显子(Mutually exclusive exons,MXE)2种类型,其中SE最多,且在高海拔的对比组中发生可变剪接的数量显著增多;鉴定出748331个SNP和87402个InDel位点,SNP类型中转换种类高于颠换种类,在外显子区分布最多,达40.0%。InDel位点在内含子区分布最多,达28.6%;发掘出9363个新转录本,其中有5648个在7大数据库中被注释。KEGG代谢途径分析发现,花椒叶片发生可变剪接的功能基因主要参与代谢途径、次生代谢物的生物合成和辅助因子的生物合成途径;而新转录本的KEGG代谢途径主要富集于光合作用、苯丙素生物合成、异黄酮生物合成、类黄酮生物合成和萜类生物合成等通路。[结论]本研究丰富了对不同海拔条件下花椒基因结构变异的认识,为后续研究花椒遗传多样性、代谢调控及响应环境胁迫的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 花椒 差异表达基因 可变剪接 新转录本 基因结构变异 海拔
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新型冠状病毒亚基因组RNA检测方法的建立及性能评估
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作者 赵祉薇 陈茶 黄彬 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2024年第12期1737-1743,共7页
目的建立检测新型冠状病毒(新冠病毒)亚基因组RNA(subgenomic RNA,sgRNA)的方法,并对所建立的方法进行性能评估。方法根据新型冠状病毒sgRNA序列设计引物和探针,建立检测sgRNA的实时荧光逆转录PCR(reverse transcription polymerase cha... 目的建立检测新型冠状病毒(新冠病毒)亚基因组RNA(subgenomic RNA,sgRNA)的方法,并对所建立的方法进行性能评估。方法根据新型冠状病毒sgRNA序列设计引物和探针,建立检测sgRNA的实时荧光逆转录PCR(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)方法,对所建立的方法进行优化,包括引物、探针的浓度及比例、延伸温度、反应体积和模板量。并对所建立的方法进行性能评估,包括最低检测限、灵敏度、特异性和重复性。对临床样本进行新冠病毒sgRNA和基因组RNA(genomic RNA,gRNA)检测,并对检测结果进行分析。结果建立了检测新冠病毒sgRNA的RT-PCR方法。所建方法的最低检测限为100 copies/mL,对常见病原体的检测结果均为阴性。对高、中、低浓度样本sgRNA进行检测,CV均<5%。115例疑似新冠病毒感染者的咽拭子样本sgRNA为阳性(115/330,阳性率为34.85%)。gRNA-N Ct值<30时,sgRNA-N的阳性率为100.00%;gRNA-N的Ct值介于30~32时,sgRNA-N的阳性率为68.75%;gRNA-N的Ct值介于32~35时,sgRNA-N的阳性率为44.44%;gRNA-N的Ct值>35时,sgRNA-N均为阴性。结论建立了新冠病毒sgRNA的RT-PCR检测方法,方法灵敏、特异、重复性好。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 亚基因组RNA 聚合酶链反应 逆转录
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RT-PCR技术在新型冠状病毒核酸检测的应用及质量评价分析
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作者 李泽锐 高静 刘兴旺 《中国实用医药》 2023年第19期163-165,共3页
在新型冠状病毒感染患者的诊断中,采取有效检测方式进行及早诊断尤为重要。逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术有较高灵敏度和特异度。本文分析临床应用RT-PCR技术检测新型冠状病毒的常见问题和应对策略,旨在为疫情防控常态化形势下临... 在新型冠状病毒感染患者的诊断中,采取有效检测方式进行及早诊断尤为重要。逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术有较高灵敏度和特异度。本文分析临床应用RT-PCR技术检测新型冠状病毒的常见问题和应对策略,旨在为疫情防控常态化形势下临床实验室正确、高效开展新型冠状病毒检测提供参考意见。 展开更多
关键词 逆转录-聚合酶链式反应技术 新型冠状病毒 核酸检测
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民猪和大白猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释 被引量:3
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作者 张冬杰 刘娣 +2 位作者 汪亮 何鑫淼 王文涛 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期181-187,共7页
为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因,本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析。结果表明... 为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因,本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析。结果表明,民猪和大白猪分别获得5 000 000多条可用的标签数据(Clean tag),其中拷贝数大于100的标签所占比例最高,分别为88.62%和84.62%;完全比对到正义链上,且1个标签仅比对到1个基因的分别为2 351 788和2 388 175条。以大白猪为对照组,民猪与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1 098个基因,其中44个上调表达,1 054个下调表达,有11个基因只在民猪中表达,256个基因只在大白猪中表达,差异表达基因中包括多个与肌内脂肪含量、脂类代谢、肉色、嫩度和肌肉生长发育相关的基因或转录子。民猪和大白猪分别预测到了23 853个和34 731个定位在猪基因组不同位置的新转录本,其中包含存在1个碱基错配的标签。民猪和大白猪之间的差异基因在细胞所处位置方面显著富集的条目有细胞质、膜旁细胞器、色素粒、水解性液泡、部分细胞内等共计18个;在基因分子功能方面显著富集的条目有蛋白结合和氧化还原酶活性2个;在参与的生物过程方面显著富集的条目有对压力的应答、对活性氧的应答和羧酸代谢过程等14个。显著富集的通路共计11个,按照P值从小到大的顺序,溶酶体、PPAR信号通路和胆汁酸合成通路为差异最显著的3个通路。本研究结果可为今后挖掘新基因和研究影响猪肉品质的遗传因素等提供理论依据。 展开更多
关键词 背最长肌 差异表达 新转录子 高通量测序
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虹鳟肝组织新转录本分析及基因结构优化 被引量:6
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作者 马芳 刘哲 +1 位作者 康玉军 权金强 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期135-142,共8页
目的虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化。方法以虹鳟肝为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序。运用Cufflinks软件对测序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序... 目的虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化。方法以虹鳟肝为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序。运用Cufflinks软件对测序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序列比对。结果发掘新转录本6555个,其中30个新转录本在热应激前后差异表达(P<0.05)。与GO数据库比对对新转录本进行功能注释,获得3097个新转录本的注释。与KEGG数据库比对,共有3617个新转录本注释到284条代谢通路中。对19 424个已注释基因的结构进行优化,延伸了14 719个基因的5′端和14 796个基因的3′端。结论通过对发掘的6555个新转录本分析,并对19 424个已注释基因结构优化,为虹鳟基因组注释信息的完善提供了有力的借鉴,并为进一步了解虹鳟热应激的机制提供更有力的理论基础。 展开更多
关键词 虹鳟 转录组测序 新转录本 基因结构优化
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BRPF1新型转录本BRPF2的鉴定及其在小鼠组织中的表达 被引量:1
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作者 郭芬 林丕容 +3 位作者 李月琴 苏宪礼 王丁丁 周天鸿 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期79-84,共6页
为鉴定BRPF1的一种新转录本,确定其在小鼠组织中的表达并对其蛋白功能进行初步研究,将获得的克隆进行序列测定。RT-PCR和Northern blotting实验检测BRPF1和BRPF2在小鼠各组织器官中的表达,生物信息学分析其保守结构域和蛋白功能,并使用T... 为鉴定BRPF1的一种新转录本,确定其在小鼠组织中的表达并对其蛋白功能进行初步研究,将获得的克隆进行序列测定。RT-PCR和Northern blotting实验检测BRPF1和BRPF2在小鼠各组织器官中的表达,生物信息学分析其保守结构域和蛋白功能,并使用TNT T7体外转录翻译系统获得BRPF1和BRPF2蛋白。结果表明BRPF2是BRPF1的一种新型转录本(GenBank登录号:DQ288860);在小鼠肝、胚胎、附睾、睾丸、卵巢和骨骼肌中均检测到BRPF1和BRPF2两个转录本,其中以BRPF1为主要的转录本;而在小鼠脾中,仅检测到BRPF2的转录本;BRPF1编码1246个氨基酸残基,其编码的蛋白质分子量为140 kDa;而BRPF2由于选择性剪接,导致翻译提前终止,仅编码442个氨基酸残基;CDD软件分析BRPF1和BRPF2结构域表明:与BRPF1相比,BRPF2蛋白缺失了Bromodomain结构域和PWWP结构域。鉴于Bromodomain结构域和PWWP结构域是BRPF1蛋白结合乙酰化或非乙酰化组蛋白,募集组蛋白乙酰转移酶Moz和参与染色质重构的关键,暗示BRPF2极有可能是做为BRPF1蛋白的负调控因子,共同参与染色质调控。 展开更多
关键词 BRPF1 BRPF2 新型转录本 表达图谱
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基于转录组测序的哈萨克绵羊感染包虫病后小肠组织新转录本预测及分析 被引量:1
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作者 李鑫 贾李佳 +5 位作者 徐路路 王悦 蒋松 王开胜 席继峰 贾斌 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 2017年第3期326-333,共8页
前期研究发现具有MHC-DRB1基因单倍型MvaⅠbc-SacⅡab-HinlⅠab的哈萨克绵羊对包虫病具有很强的抵抗能力,但具体机制尚不明确,推测可能与可变剪切形成的小肠组织新转录本具有密切关系,因此,本研究采用PCR-RFLP方法从290只哈萨克绵羊中... 前期研究发现具有MHC-DRB1基因单倍型MvaⅠbc-SacⅡab-HinlⅠab的哈萨克绵羊对包虫病具有很强的抵抗能力,但具体机制尚不明确,推测可能与可变剪切形成的小肠组织新转录本具有密切关系,因此,本研究采用PCR-RFLP方法从290只哈萨克绵羊中选择抗病和非抗病个体,分为抗性组(A租)、非抗性组(B组)和空白对照组(C组)。其中A组和B组人工感染包虫病一定时间后,与C组同时宰杀,分别取小肠组织进行Illumina转录组测序,测序结果通过荧光实时定量实验验证后,利用生物信息学方法对各组的新转录本进行预测和分析。结果显示:qRT-PCR验证实验表明转录组测序结果可信度较高,通过生物信息学方法分别从A、B和C组样本中预测出1393、1260、1097个,共计3750个新转录本。转录本所含外显子数与其生物功能多样性具有密切联系,研究发现3个组样品中含有2个以上外显子的新转录本占34.64%(1299个)。研究发现哈萨克绵羊感染包虫病后小肠组织新转录本显著增多,与C组相比A组和B组分别增加了26.98%和14.86%。KEGG Pathway富集分析结果表明,新转录本所对应的差异表达基因被富集到了自然杀伤细胞介导的细胞毒性通路、细胞色素C-P450介导的外源性化学物质代谢途径和视黄醇代谢途径等代谢通路上。结论:研究发现哈萨克绵羊感染包虫病后,不同MHC-DBR1基因型个体的小肠组织中存在大量新转录本,可能与个体抗病性存在相关性。本研究为探讨哈萨克绵羊分子抗病机制和挖掘遗传育种标记提供了新的思路和理论依据。 展开更多
关键词 哈萨克绵羊 包虫病 小肠组织 Illumina转录组测序 新转录本
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猪CHPT1基因的发现及其表达谱分析
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作者 蒲蕾 程佳 +2 位作者 张晓霄 杨公社 孙世铎 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2012年第3期1-6,12,共7页
【目的】对猪脂肪组织RNA的Solexa测序结果进行分析整理,发现猪新转录本CHPT1基因。研究CHPT1在猪不同组织及脂肪细胞不同分化阶段的表达谱,以便为后续的基因功能研究奠定基础。【方法】取猪的背部脂肪组织提取RNA,建立cDNA文库,进行Sol... 【目的】对猪脂肪组织RNA的Solexa测序结果进行分析整理,发现猪新转录本CHPT1基因。研究CHPT1在猪不同组织及脂肪细胞不同分化阶段的表达谱,以便为后续的基因功能研究奠定基础。【方法】取猪的背部脂肪组织提取RNA,建立cDNA文库,进行Solexa测序,对测序结果进行生物信息学分析。利用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)及实时荧光定量PCR,克隆猪CHPT1基因的CDs区部分序列,并对其在不同组织及脂肪细胞不同分化阶段的表达谱进行分析。【结果】由Solexa测序分析结果发现,猪存在新转录本基因CHPT1,其对应的Tag表达量在180日龄大白猪与240日龄荣昌猪的脂肪组织中无明显差异,在3日龄与240日龄荣昌猪脂肪组织中表达差异达到20倍以上。克隆获得了其CDs区193bp的cDNA序列。实时荧光定量PCR检测结果表明,CHPT1基因在3日龄和180日龄大白猪的各个组织中均有表达,其中在肝脏和肾脏中表达量较高,且表达量有差异。3日龄与180日龄大白猪相比,肾脏和脂肪组织中CHPT1的表达量均有显著差异。在猪前体脂肪细胞的时序表达结果中,CHPT1表达量呈先增加后降低的趋势,其中第2天表达量明显升高,于第6天达到最大值,之后降低。【结论】猪存在CHPT1基因,其在猪的各个组织中都有表达,对猪的脂肪沉积可能发挥着重要作用。 展开更多
关键词 CHPT1 Solexa测序 新转录本 表达谱
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鸭甲肝病毒与新型呼肠孤病毒复合RT-PCR检测方法的建立 被引量:5
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作者 孙晓军 王晓艺 +3 位作者 韩宏宇 迟海华 杨宏禹 于可响 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2015年第3期50-54,共5页
根据鸭甲肝病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)的3D基因序列和新型鸭呼肠孤病毒(Novel Duck reovirus,NDRV)的S3基因序列,分别设计了1对特异性引物,通过条件优化建立了鉴别DHAV和NDRV的复合RT-PCR方法。该方法对DHAV和NDRV的最低检出量... 根据鸭甲肝病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)的3D基因序列和新型鸭呼肠孤病毒(Novel Duck reovirus,NDRV)的S3基因序列,分别设计了1对特异性引物,通过条件优化建立了鉴别DHAV和NDRV的复合RT-PCR方法。该方法对DHAV和NDRV的最低检出量均为100 copies,而对番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)、鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)、鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)和鸭副粘病毒(Duck paramyxo virus,NDV)的检测结果均为阴性。临床样品的检测结果显示,该方法是一种快速鉴别诊断DHAV和NDRV感染的有效手段。 展开更多
关键词 鸭甲肝病毒 新型鸭呼肠孤病毒 复合RT-PCR 鉴别诊断
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MicroRNA在脊髓损伤中的研究进展 被引量:2
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作者 张文豪 李建军 +9 位作者 杨德刚 高品操 杨明亮 杜良杰 高峰 唐芳 刘长彬 李大鹏 张鑫 张洁 《中国康复理论与实践》 CSCD 北大核心 2017年第6期649-653,共5页
microRNA是能够调控靶基因表达的小分子RNA,在脊髓发育和脊髓损伤等过程的基因表达中具有重要作用,可能是促进脊髓损伤后神经再生和修复的治疗性干预新靶点,是脊髓损伤潜在的生物学标志物。本文从microRNA在脊髓损伤中的机制及热点micro... microRNA是能够调控靶基因表达的小分子RNA,在脊髓发育和脊髓损伤等过程的基因表达中具有重要作用,可能是促进脊髓损伤后神经再生和修复的治疗性干预新靶点,是脊髓损伤潜在的生物学标志物。本文从microRNA在脊髓损伤中的机制及热点microRNA方面做一综述。 展开更多
关键词 脊髓损伤 MICRORNA 基因表达 转录调控 生物学标记 新靶点 综述
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新型鸭呼肠孤病毒RT-LAMP检测方法的建立 被引量:13
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作者 于可响 马秀丽 +4 位作者 韩宏宇 刘存霞 李玉峰 黄兵 宋敏训 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期71-75,共5页
建立适于基层实验室快速检测新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV)的一步反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)方法。基于新型鸭呼肠孤病毒S3基因的6个保守区域设计了4条LAMP引物,利用Bst DNA聚合酶在63℃恒温保持45 min即可完成反转... 建立适于基层实验室快速检测新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV)的一步反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)方法。基于新型鸭呼肠孤病毒S3基因的6个保守区域设计了4条LAMP引物,利用Bst DNA聚合酶在63℃恒温保持45 min即可完成反转录和扩增反应,由此建立了RT-LAMP检测方法。该方法具有良好的特异性,除NDRV外对其他6种常见鸭病的检测结果均为阴性。该方法对病毒RNA的最低检出量为0.1 pg,是常规RT-PCR方法的100倍。临床应用结果表明,该方法与病毒分离鉴定方法的符合率为98%,而且对仪器的要求低,适于基层实验室和现场检测。 展开更多
关键词 新型鸭呼肠孤病毒 S3基因 一步反转录环介导等温扩增
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卵巢上皮性肿瘤中含激酶结构域新原癌基因和磷酸化信号转导及转录活化因子3的表达及意义 被引量:4
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作者 封全灵 史惠蓉 +1 位作者 宋欢欢 乔丽娟 《中国全科医学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期1301-1303,共3页
目的探讨含激酶结构域新原癌基因(NOK)和磷酸化信号转导及转录活化因子3(p-STAT3)在卵巢上皮性肿瘤中的表达及意义。方法采用免疫组化SP法检测40例恶性卵巢上皮性肿瘤组织(恶性组)、30例良性卵巢上皮性肿瘤组织(良性组)和20例正常卵巢组... 目的探讨含激酶结构域新原癌基因(NOK)和磷酸化信号转导及转录活化因子3(p-STAT3)在卵巢上皮性肿瘤中的表达及意义。方法采用免疫组化SP法检测40例恶性卵巢上皮性肿瘤组织(恶性组)、30例良性卵巢上皮性肿瘤组织(良性组)和20例正常卵巢组织(正常组)中NOK和p-STAT3的表达。结果NOK在恶性组阳性表达率与良性组和正常组比较,差异有统计学意义(P<0.05);恶性组p-STAT3的阳性表达率与良性组和正常组比较,差异有统计学意义(P<0.05)。恶性组NOK的表达与患者年龄、淋巴转移、病理类型、临床分期和病理分级均无统计学意义(P>0.05),而p-STAT3的表达,在不同临床分期、病理分级和有无淋巴转移间差异均有统计学意义(P<0.05)。在恶性卵巢肿瘤组织中NOK与p-STAT3表达呈正相关(r=0.575,P<0.05)。结论NOK在恶性卵巢肿瘤的表达量较高,p-STAT3的异常活化可促进恶性卵巢肿瘤细胞的过度增殖,两者结合检测对恶性卵巢肿瘤的早期临床诊断和治疗可能有一定价值。 展开更多
关键词 卵巢上皮性肿瘤 含激酶结构域新原癌基因 磷酸化信号转导及转录活化因子3 细胞增殖
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基于RNA-seq技术的甘蓝型油菜新转录本的鉴定 被引量:2
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作者 徐文 安素妨 +5 位作者 王艳 贾琳琳 鲁丹丹 张莹莹 刘建丰 李保全 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第4期38-42,共5页
为了鉴定甘蓝型油菜基因组中新的未知转录本,以甘蓝型油菜叶片为材料提取总RNA,构建c DNA文库并使用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序。用生物信息学的方法分析高质量的测序reads来鉴定新的未知转录本。结果表明,在甘蓝型油菜基... 为了鉴定甘蓝型油菜基因组中新的未知转录本,以甘蓝型油菜叶片为材料提取总RNA,构建c DNA文库并使用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序。用生物信息学的方法分析高质量的测序reads来鉴定新的未知转录本。结果表明,在甘蓝型油菜基因组已知基因的间隔区共鉴定到7 720个候选新转录本,通过RT-PCR和克隆测序验证了15个新鉴定的转录本。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 转录组测序 新转录本 RNA-SEQ
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AMHR2新型转录本AMHR2-SV1的鉴定及其在大鼠组织中的表达
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作者 郭保平 牛亚茹 +1 位作者 徐明龙 徐银学 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第2期394-400,共7页
本研究旨在鉴定抗苗勒氏管激素受体2(AMHR2)一种新的转录本,确定其在大鼠组织中的表达情况。采用TRIzol法提取组织总RNA;运用RT-PCR和克隆测序技术分析AMHR2基因的可变剪接体及其在大鼠各组织器官中的表达差异,同时利用NCBI ORF Finder... 本研究旨在鉴定抗苗勒氏管激素受体2(AMHR2)一种新的转录本,确定其在大鼠组织中的表达情况。采用TRIzol法提取组织总RNA;运用RT-PCR和克隆测序技术分析AMHR2基因的可变剪接体及其在大鼠各组织器官中的表达差异,同时利用NCBI ORF Finder识别剪接体序列阅读框,运用Ex PASy-Prot Param和Conserved domains软件分别预测剪接体氨基酸构成及其性质和剪接体保守序列。AMHR2-SV1是AMHR2的一种新型转录本,命名为AMHR2-splice variant(AMHR2-SV1),与AMHR2参考序列比较,缺失第10外显子137 bp。利用NCBI ORF Finder和Ex PASy-Prot Param,预测AMHR2-SV1编码429个氨基酸残基,其编码的蛋白质分子量为45 990.7。Conserved domains在线软件分析表明:AMHR2-SV1蛋白序列比完整AMHR2蛋白序列缺少128个氨基酸,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶结构域不完整。检测结果表明,大鼠组织中均存在AMHR2和AMHR2-SV1两个转录本。在肝、脾、肺、肾、肾上腺和子宫组织中AMHR2表达量均高于AMHR2-SV1,差异达到显著水平;两种转录本在不同组织中表达趋势相同,卵巢中表达量最高,心脏中次之,其他组织表达量均显著低于卵巢和心脏。 展开更多
关键词 AMHR2 AMHR2-SV1 新型转录本 表达图谱
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小剂量5-脱氧杂氮胞苷诱导HepG2肝癌细胞新生肿瘤-睾丸抗原CT10和SSX1表达及其意义 被引量:1
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作者 张鹤 赵慧霞 +5 位作者 曾志艳 李庆艳 云超 关娜 李秋文 肖文华 《中国医药导报》 CAS 2022年第35期96-100,共5页
目的探讨小剂量5-脱氧杂氮胞苷(5-aza-CdR)诱导HepG2肝癌细胞肿瘤-睾丸抗原(nCTAs)的CT10和SSX1表达及其意义。方法采用RT-PCR方法检测HepG2、SMMC-7721、BEL-7402、MHCC97L和MHCC97M3肝癌细胞株MAGE1、MAGE3、CT10、CTp11、NE-ESO-1和S... 目的探讨小剂量5-脱氧杂氮胞苷(5-aza-CdR)诱导HepG2肝癌细胞肿瘤-睾丸抗原(nCTAs)的CT10和SSX1表达及其意义。方法采用RT-PCR方法检测HepG2、SMMC-7721、BEL-7402、MHCC97L和MHCC97M3肝癌细胞株MAGE1、MAGE3、CT10、CTp11、NE-ESO-1和SSX16种CTAs的mRNA表达,挑选不表达CT10和SSX1的HepG2细胞作为nCTAs表达的研究对象;用0、0.5、1.0、1.5μmol/L 5-aza-CdR处理HepG2细胞,不含5-aza-CdR为对照组,从低到高浓度分别为实验1、2、3组;分别采用RT-PCR和Western blot检测CT10和SSX1 mRNA和蛋白表达。结果5株肝癌细胞均存在不同的nCTAs表达,表达呈异质性改变,其中HepG2表达MAGE1、MAGE3、CTp11和NY-NSO-1,MHCC97L和MHCC97M3表达MAGE1、MAGE3、CT10、CTp11和SSX1,BEL-7402表达MAGE1、MAGE3和CTp11,而SMMC-7721只表达MAGE1、MAGE3。实验1、2、3组均能诱导新生CTA-CT10和SSX1表达,其中0.5μmol/L小剂量的实验1组也能诱导nCTAs的表达;实验3组诱导的nCTAs相对表达量显著高于实验1、2组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论不同的肝癌细胞表达不同的nCTAs,小剂量5-aza-CdR能诱导肝癌细胞株表达nCTAs。 展开更多
关键词 肝癌细胞 5-脱氧杂氮胞苷 新生肿瘤-睾丸抗原 逆转录聚合酶链反应 蛋白印迹
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新型猪源H1N1流感病毒的分离鉴定及在实验条件下气源性传播的特点 被引量:4
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作者 李欣 张红娜 +5 位作者 李欣贤 李晓霞 侯佩强 夏咸柱 苗增民 柴同杰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期434-440,共7页
新型猪源性H1N1流感病毒能引起人和猪的呼吸道传染性疾病,自2009年4月起在全球范围内暴发,引起广泛的关注和研究,本试验拟对其分离株的气源性传播特点进行研究。2011年1月,华东某地区出现流感疫情,本研究从病死猪的鼻腔棉拭子和肺脏中... 新型猪源性H1N1流感病毒能引起人和猪的呼吸道传染性疾病,自2009年4月起在全球范围内暴发,引起广泛的关注和研究,本试验拟对其分离株的气源性传播特点进行研究。2011年1月,华东某地区出现流感疫情,本研究从病死猪的鼻腔棉拭子和肺脏中分离到1株新型猪源性H1N1流感病毒A/swine/Shandong/07/2011;用荧光定量PCR方法检测发病猪场舍内、外的空气样品中病毒含量;建立气溶胶传染模型来分析该株病毒在实验条件下气源性传播的特点。结果显示:猪舍内空气样品的阳性率为26.10%,病毒含量在3.14~5.72log10copies.m-3空气之间;舍外下风向10m处空气样品的阳性率为40.70%,病毒含量在2.24~3.77log10copies.m-3空气之间;在传染模型中,A/swine/Shandong/07/2011能够造成气溶胶感染组试验猪的感染,但感染率比直接接触组低。研究表明,A/swine/Shandong/07/2011株具有形成病毒气溶胶的能力,在实验条件下能够引起气源性感染。 展开更多
关键词 新型猪源性H1N1流感病毒 荧光定量PCR 病毒气溶胶 气溶胶传播模型
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新型冠状病毒核酸检测试剂盒比对研究 被引量:2
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作者 刘冬冬 何绍平 +1 位作者 姜亚运 袁成良 《现代医药卫生》 2021年第17期2909-2911,2916,共4页
目的对迈克生物股份有限公司的新型冠状病毒核酸试剂盒(荧光PCR法)进行临床验证,并用同类试剂盒进行比对研究。方法以迈克生物股份有限公司的研发生产的新型冠状病毒核酸检测试剂盒(荧光PCR法)作为待考核试剂,以上海之江生物科技有限公... 目的对迈克生物股份有限公司的新型冠状病毒核酸试剂盒(荧光PCR法)进行临床验证,并用同类试剂盒进行比对研究。方法以迈克生物股份有限公司的研发生产的新型冠状病毒核酸检测试剂盒(荧光PCR法)作为待考核试剂,以上海之江生物科技有限公司的同类产品作为比对试剂。分别对14例由疾控中心确诊的新型冠状病毒肺炎患者和2020年2月18日至2月24日211例普通入院患者的咽拭子标本进行新型冠状病毒(ORF1ab/N/E基因)检测,比较两种试剂检测检出率的一致性。结果迈克新型冠状病毒核酸检测试剂盒与之江新型冠状病毒核酸检测试剂盒的检测结果阳性率和阴性符合率均达99.5%以上,ORF1ab基因和N基因测定值相对偏差不超过±16%。结论迈克新型冠状病毒核酸检测试剂盒与已获批准上市的同类试剂检测结果一致性良好,可满足临床检测需求。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 核酸检测 荧光逆转录-聚合酶链反应 比对研究
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1种新型冠状病毒核酸检测试剂的性能验证 被引量:7
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作者 张云丽 王鑫 +2 位作者 邵玲 曲波 赵鸿梅 《临床检验杂志》 CAS 2020年第11期827-830,共4页
目的验证一种新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂盒的检测性能。方法依据CNAS-GL039《分子诊断检验程序性能验证指南》,使用2019-nCoV RNA液体性能验证参考品,依次对实时荧光RT-PCR试剂的符合率、检出限、交叉反应、精密度和抗干扰能... 目的验证一种新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂盒的检测性能。方法依据CNAS-GL039《分子诊断检验程序性能验证指南》,使用2019-nCoV RNA液体性能验证参考品,依次对实时荧光RT-PCR试剂的符合率、检出限、交叉反应、精密度和抗干扰能力进行验证及评价。结果实时荧光RT-PCR试剂检测2019-nCoV RNA的符合率为100%,检出限为125 copies/mL。该试剂检测人冠状病毒HCoV-OC43、人冠状病毒HCoV-HKU1、人冠状病毒HCoV-229E、人冠状病毒HCoV-NL63、SARS冠状病毒、中东呼吸综合征(MERS)冠状病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒、人副流感病毒、腺病毒、肠道病毒、肺炎支原体、EB病毒、人巨细胞病毒和结核分枝杆菌无交叉反应;2.0×10^3 copies/mL和2.0×105 copies/mL的精密度参考品N基因检测的批内变异系数(CV)为0.70%及1.36%,批间CV为1.17%及1.72%;ORF1ab基因的批内CV为0.48%及0.52%,批间CV为1.36%及2.39%;加入内源性干扰物血红蛋白及清蛋白、外源性干扰物利巴韦林及阿奇霉素对2019-nCoV RNA的检测结果无影响。结论该试剂检测2019-nCoV RNA的符合率、检出限、交叉反应、精密度和抗干扰能力均符合临床分子生物学扩增检验的要求,可为临床提供可靠依据。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 核酸检测 性能验证 实时荧光聚合酶链反应
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昆明地区COVID-19患者多种生物样本的病毒核酸检测结果 被引量:1
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作者 李冬玲 李丽华 +3 位作者 普冬 王红英 余婷婷 白经 《昆明医科大学学报》 CAS 2022年第1期123-128,共6页
目的通过国产2019-nCoV(新型冠状病毒)核酸测定试剂,测定确诊的COVID-19(新型冠状病毒肺炎)患者的多种生物样本内SARS-CoV-2核酸的携病毒情况,对机体不同系统中SARS-CoV-2的状态展开观察,并分析其临床价值,为诊断和治疗提供参考。方法... 目的通过国产2019-nCoV(新型冠状病毒)核酸测定试剂,测定确诊的COVID-19(新型冠状病毒肺炎)患者的多种生物样本内SARS-CoV-2核酸的携病毒情况,对机体不同系统中SARS-CoV-2的状态展开观察,并分析其临床价值,为诊断和治疗提供参考。方法收集昆明市第三人民医院53例确诊的新型冠状病毒肺(COVID-19)患者的鼻拭子、咽拭子、痰液、粪便和尿液样本,实时荧光逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)测定法,来平行测定病毒ORF1ab基因与N基因核酸,比较不同类型样本的阳性率和一致性。结果患者的多种生物标本核酸Ct值的变化与病程都高度相关,发病15 d前后来分析核酸检测结果,发现在发病15 d后病毒核酸Ct值与15 d内相比病毒核酸载量,差异有统计学意义(P<0.05)。在发病第1~7天和8~14 d,鼻拭子阳性检出率为88.67%(47/53)和79.24%(42/53),而咽拭子阳性检出率为73.58%(39/53)和53.85%(28/52)。粪便样本核酸检测阳性率12.28%(7/57),尿液样本均未检测出病毒核酸。结论在新冠肺炎患者发病的不同阶段,鼻拭子、咽拭子、痰液样本有较高的核酸检出率;在阳性检出率方面,鼻拭子相较咽拭子偏高;SARS-CoV-2有粪-口传播可能,同时病毒液可能会潜在感染消化道。 展开更多
关键词 2019新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 实时荧光逆转录聚合酶链反应 核酸
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热灭活处理对新型冠状病毒鼻咽拭子核酸检测质量的影响 被引量:1
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作者 曹娴 浦晓红 +4 位作者 许晔琼 赵一琳 俞建峰 陈洁 宛传丹 《实用检验医师杂志》 2022年第3期263-266,共4页
目的探讨新型冠状病毒(2019-nCoV)检测前热灭活处理对核酸稳定性和检测质量的影响。方法收集2020年2—7月常熟市医学检验所接收的2019-nCoV核酸阳性标本,检验操作严格按照三级生物安全防控进行前处理分装。标本分为未灭活组(20份)和热... 目的探讨新型冠状病毒(2019-nCoV)检测前热灭活处理对核酸稳定性和检测质量的影响。方法收集2020年2—7月常熟市医学检验所接收的2019-nCoV核酸阳性标本,检验操作严格按照三级生物安全防控进行前处理分装。标本分为未灭活组(20份)和热灭活组(30份),未灭活组根据不同待检时长分为2 h组、8 h组、24 h组、48 h组,每组5份;热灭活组分为热灭活组1(56℃,30 min)、热灭活组2(56℃,60 min)、热灭活组3(56℃,2 h),每组10份。采用全自动核酸提取仪提取核酸后,以双重荧光反转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测2019-nCoV的ORF1ab基因和N基因片段。阳性将呈典型S形曲线扩增,记录并比较各组基线与曲线指数增长拐点所对应的循环数(CT值)。结果热灭活组1、热灭活组2、热灭活组3的ORF1ab基因和N基因CT值均明显高于未灭活组(ORF1ab基因:30.5±0.4、32.3±0.4、36.1±0.5比27.3±0.3,N基因:30.1±0.6、34.1±0.5、37.2±0.5比27.2±0.4,均P<0.05)。未灭活组待检时长2 h、8 h、24 h、48 h组的ORF1ab基因和N基因CT值比较差异均无统计学意义(ORF1ab基因:28.3±0.5、29.5±0.3、29.4±0.3、30.2±0.7,N基因:26.5±0.3、27.3±0.4、27.1±0.5、28.7±0.7,均P>0.05)。热灭活组1、2、3对高浓度核酸(5×10^(5)个拷贝/mL)的CT值均明显高于未灭活组(ORF1ab基因:31.5±0.3、33.3±0.4、37.3±0.6比26.3±0.3,N基因:31.1±0.7、34.2±0.5、38.8±0.3比25.2±0.4,均P<0.05)。结论热灭活处理可影响2019-nCoV核酸的稳定性,降低ORF1ab基因和N基因的扩增CT值。48 h内待检时长对ORF1ab和N基因的扩增CT值无显著影响。2019-nCoV核酸筛查应加强三级防护,避免热灭活处理,有利于提高2019-nCoV阳性样本的筛查效率。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 热灭活 核酸检测 反转录聚合酶链反应
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