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猪流行性腹泻病毒SHpd/2012株Nsp8基因分析及真核表达 被引量:1
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作者 丁思嘉 罗依然 +7 位作者 周书亭 马世文 蒲良 杨亮 刘源平 蒋升瑶 叶力波利.达吾力 杨志彪 《上海交通大学学报(农业科学版)》 2019年第2期64-69,共6页
应用生物信息工具和分子克隆技术对PEDV SHpd/2012株Nsp8基因编码的蛋白进行了结构和功能分析以及体外表达。结果显示,NSP8蛋白是一个含有194个氨基酸的亲水性蛋白,不含信号肽和跨膜区。SHpd/2012毒株高度保守的NSP8氨基酸序列与CV777、... 应用生物信息工具和分子克隆技术对PEDV SHpd/2012株Nsp8基因编码的蛋白进行了结构和功能分析以及体外表达。结果显示,NSP8蛋白是一个含有194个氨基酸的亲水性蛋白,不含信号肽和跨膜区。SHpd/2012毒株高度保守的NSP8氨基酸序列与CV777、AJ1102等毒株同源性高。NSP8蛋白也是一个单体蛋白,共有5个优势抗原表位。此外,本研究成功地在293T细胞内表达了NSP8蛋白,为进一步研究猪流行性腹泻病毒NSP8蛋白的功能提供了理论基础。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 nsp8基因 真核表达
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猪流行性腹泻病毒Nsp8与宿主细胞互作蛋白的筛选及鉴定 被引量:3
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作者 周书亭 丁思嘉 +10 位作者 凌悦 廖卓韵 王子泓 邹霭萱 罗渝宵 黄梓鑫 陈宇翔 袁聪俐 朱建国 崔立 杨志彪 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2021年第1期1-8,共8页
猪流行性腹泻病毒Nsp8是RNA依赖的RNA聚合酶辅助因子,在病毒基因组复制中具有重要作用。为了从宿主细胞蛋白角度了解PEDV Nsp8蛋白的作用,本研究以PEDV感染的宿主细胞LLC-PK1为研究对象,提取LLC-PK1细胞总RNA,利用SMART技术经过反转录... 猪流行性腹泻病毒Nsp8是RNA依赖的RNA聚合酶辅助因子,在病毒基因组复制中具有重要作用。为了从宿主细胞蛋白角度了解PEDV Nsp8蛋白的作用,本研究以PEDV感染的宿主细胞LLC-PK1为研究对象,提取LLC-PK1细胞总RNA,利用SMART技术经过反转录、扩增和纯化获得双链cDNAs,将其与pGADT7-Rec和carrier DNA共同转化至酵母Y187菌株,构建LLC-PK1 cDNA酵母文库,对该文库容量及质量进行鉴定。结果显示:本研究构建的LLC-PK1 cDNA文库库容量为2.1×10^7 CFU/mL,插入cDNA片段长度为500~2500 bp;将构建的诱饵质粒pGBKT7-Nsp8与LLC-PK1 cDNA酵母表达文库进行杂交,筛选阳性克隆菌株并测序分析,共获得了8个潜在互作蛋白;将8个蛋白分别与诱饵质粒pGBKT7-Nsp8进行酵母回复杂交验证,有4种宿主蛋白与Nsp8蛋白共转化后能在含X-α-Gal的DDO/X/A和QDO/X/A选择培养基中形成蓝色菌落;选择其中出现频率最高的LDHB蛋白与Nsp8,分别构建含有Flag标签和HA标签的真核表达载体,利用不同的标签抗体进行Co-IP鉴定,发现Nsp8与LDHB蛋白可以发生免疫共沉淀;通过激光共聚焦显微镜观察发现,Nsp8和LDHB蛋白在细胞质中存在明显共定位。本研究结果表明,Nsp8与宿主蛋白LDHB存在相互作用,推测LDHB蛋白可能通过与PEDV Nsp8蛋白在细胞质中的相互作用参与病毒复制的生物学过程。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 nsp8 CDNA文库 蛋白相互作用
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猪传染性胃肠炎病毒NSP8蛋白单克隆抗体的制备及抗原表位的初步鉴定 被引量:2
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作者 董慧 张鑫 +8 位作者 陈建飞 时洪艳 石达 常铁城 谷凤丽 徐天 王智琴 刘明春 冯力 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第2期358-364,共7页
为鉴定猪传染性胃肠炎病毒(porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)NSP8蛋白的抗原表位,本研究对GST-NSP8重组蛋白进行了原核表达,并用纯化后的重组蛋白免疫6周龄BALB/c小鼠,取免疫小鼠脾脏,采用常规杂交瘤细胞融合方法,经... 为鉴定猪传染性胃肠炎病毒(porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)NSP8蛋白的抗原表位,本研究对GST-NSP8重组蛋白进行了原核表达,并用纯化后的重组蛋白免疫6周龄BALB/c小鼠,取免疫小鼠脾脏,采用常规杂交瘤细胞融合方法,经3次亚克隆后制备了1株稳定分泌抗NSP8蛋白的单克隆抗体杂交瘤细胞株。分泌的单克隆抗体亚类鉴定其重链为IgG1型,轻链为κ链;杂交瘤细胞培养上清的效价为1∶3 200。Western blotting试验结果表明该单克隆抗体能识别原核及真核表达的NSP8重组蛋白。利用截短表达的方法对NSP8蛋白进行抗原表位的鉴定,初步确定了单克隆抗体针对的抗原表位序列为31SPQILKQLTKAFNIAKSDFEREASV55。本研究制备的单克隆抗体及对抗原表位的鉴定,为TGEV NSP8蛋白相关功能的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 猪传染性胃肠炎病毒 nsp8基因 单克隆抗体 抗原表位
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SARS⁃CoV⁃2 NSP7和NSP8的研究进展
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作者 海洋 谢建平 《生物信息学》 2021年第3期149-158,共10页
冠状病毒进入细胞后以基因组RNA作为转录本,翻译产生多聚蛋白,多聚蛋白水解后产生16种功能各异的非结构蛋白(Nonstructural Protein,NSP)。其中,NSP7和NSP8对病毒的RNA复制过程和RNA聚合酶活性非常重要。对新型冠状病毒(Severe Acute Re... 冠状病毒进入细胞后以基因组RNA作为转录本,翻译产生多聚蛋白,多聚蛋白水解后产生16种功能各异的非结构蛋白(Nonstructural Protein,NSP)。其中,NSP7和NSP8对病毒的RNA复制过程和RNA聚合酶活性非常重要。对新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,SARS⁃CoV⁃2)NSP7和NSP8的保守性分析有助于揭示其生物学特征。SARS⁃CoV⁃2的nsp7和nsp8序列在冠状病毒家族中高度保守。本文综述了NSP7和NSP8的基因功能和蛋白构象。根据相互作用蛋白筛选出氯喹、阿奇霉素等可能的治疗药物。这有助于新型冠状病毒的致病机理研究,相关治疗方法的开发。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 NSP7 nsp8 SARS⁃CoV 氯喹 阿奇霉素
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SARS-CoV-2 Nsp8 induces mitophagy by damaging mitochondria
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作者 Shan Zong Yan Wu +8 位作者 Weiling Li Qiang You Qian Peng Chenghai Wang Pin Wan Tao Bai Yanling Ma Binlian Sun Jialu Qiao 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2023年第4期520-530,共11页
Autophagy plays an important role in the interaction between viruses and host cells.SARS-CoV-2 infection can disrupt the autophagy process in target cells.However,the precise molecular mechanism is still unknown.In th... Autophagy plays an important role in the interaction between viruses and host cells.SARS-CoV-2 infection can disrupt the autophagy process in target cells.However,the precise molecular mechanism is still unknown.In this study,we discovered that the Nsp8 of SARS-CoV-2 could cause an increasing accumulation of autophagosomes by preventing the fusion of autophagosomes and lysosomes.From further investigation,we found that Nsp8 was present on mitochondria and can damage mitochondria to initiate mitophagy.The results of experiments with immunofluorescence revealed that Nsp8 induced incomplete mitophagy.Moreover,both domains of Nsp8 orchestrated their function during Nsp8-induced mitophagy,in which the N-terminal domain colocalized with mitochondria and the C-terminal domain induced auto/mitophagy.This novel finding expands our understanding of the function of Nsp8 in promoting mitochondrial damage and inducing incomplete mitophagy,which helps us to understand the etiology of COVID-19 as well as open up new pathways for creating SARS-CoV-2 treatment methods. 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 nsp8 AUTOPHAGY MITOPHAGY Mitochondrial damage
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SARS-CoV-2 Nsp8基因及蛋白分子特征探讨
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作者 张凌寒 晋乐飞 +2 位作者 陈帅印 岳利敏 段广才 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期432-438,444,共8页
目的SARS-CoV-2感染不仅引起呼吸系统病变,且可能累及生殖系统及中枢神经系统。本研究探讨SARS-CoV-2 nsp8基因变异、Nsp8蛋白结构与生物学功能及靶向药物,为建立更有效的防控策略奠定基础。方法采用生物信息学技术和大型生物数据库,分... 目的SARS-CoV-2感染不仅引起呼吸系统病变,且可能累及生殖系统及中枢神经系统。本研究探讨SARS-CoV-2 nsp8基因变异、Nsp8蛋白结构与生物学功能及靶向药物,为建立更有效的防控策略奠定基础。方法采用生物信息学技术和大型生物数据库,分析nsp8基因变异性、Nsp8理化特征、空间结构、抗原表位、生物功能、药物结合靶点等。结果基于3种28株冠状病毒的nsp8序列构建了进化树;SARS-CoV-2毒株间nsp8基因保守性为99%~100%,与SARS遗传距离较MERS近;Nsp8无信号肽及跨膜区;在体外网织红细胞内半衰期为4 h,具有亲水性;获得Nsp8二级和三级结构模型;Nsp8具有线性B细胞和CTL细胞抗原表位、磷酸化及SUMO修饰位点;从DrugBank数据库筛选出可靶向结合Nsp8的四种药物。结论Nsp8具有典型抗原分子特征,参与病毒复制,且同种不同株nsp8基因高度保守,在病毒致病机制、分型及防治研究中具有应用潜力。在全球亟需新型冠状病毒肺炎特效防治措施的状况下,靶向结合Nsp8的化疗药物具有重要科学意义和应用价值。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 nsp8 靶向药物 进化树 抗原表位
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New nsp8 isoform suggests mechanism for tuning viral RNA synthesis 被引量:2
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作者 Shuang Li Qi Zhao +4 位作者 Yinjie Zhang Yang Zhang Mark Bartlam Xuemei Li Zihe Rao 《Protein & Cell》 SCIE CSCD 2010年第2期198-204,共7页
During severe acute respiratory syndrome coronavirus(SARS-CoV)infection,the activity of the replication/transcription complexes(RTC)quickly peaks at 6 hours post infection(h.p.i)and then diminishes significantly in th... During severe acute respiratory syndrome coronavirus(SARS-CoV)infection,the activity of the replication/transcription complexes(RTC)quickly peaks at 6 hours post infection(h.p.i)and then diminishes significantly in the late post-infection stages.This“down-up-down”regulation of RNA synthesis distinguishes different viral stages:primary translation,genome replication,and finally viron assembly.Regarding the nsp8 as the primase in RNA synthesis,we confirmed that the proteolysis product of the primase(nsp8)contains the globular domain(nsp8C),and indentified the resectioning site that is notably conserved in all the three groups of coronavirus.We subsequently crystallized the complex of SARS-CoV nsp8C and nsp7,and the 3-D structure of this domain revealed its capability to interfuse into the hexadecamer super-complex.This specific proteolysis may indicate one possible mechanism by which coronaviruses to switch from viral infection to genome replication and viral assembly stages. 展开更多
关键词 nsp8 SARS-COV RNA primase viral life cycle
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Identification of Nonstructural Protein 8 as the N-Terminus of the RNA-Dependent RNA Polymerase of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus 被引量:4
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作者 Yuanyuan Liu Yunhao Hu +9 位作者 Yue Chai Liping Liu Jiangwei Song Shaochuan Zhou Jia Su Lei Zhou Xinna Ge Xin Guo Jun Han Hanchun Yang 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2018年第5期429-439,共11页
Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is a member within the family Arteriviridae of the order Nidovirales. Replication of this positive-stranded RNA virus within the host cell involves expressio... Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is a member within the family Arteriviridae of the order Nidovirales. Replication of this positive-stranded RNA virus within the host cell involves expression of viral replicase proteins encoded by two ORFs, namely ORF1 a and ORF1 b. In particular, translation of ORF1 b depends on a-1-ribosomal frameshift strategy. Thus, nonstructural protein 9 (nsp9), the first protein within ORF1 b that specifies the function of the viral RNA-dependent RNA polymerase, is expressed as the C-terminal extension of nsp8, a small nsp that is encoded by ORF1 a. However, it has remained unclear whether the mature form of nsp9 in virus-infected cells still retains nsp8,addressing which is clearly critical to understand the biological function of nsp9. By taking advantage of specific antibodies to both nsp8 and nsp9, we report the following findings. (1) In infected cells, PRRSV nsp9 was identified as a major product with a size between 72 and 95 k Da (72–95 KDa form), which exhibited the similar mobility on the gel to the in vitro expressed nsp8–9 ORF1 b, but not the ORF1 b-coded portion (nsp9 ORF1 b). (2) The antibodies to nsp8, but not to nsp7 or nsp10, could detect a major product that had the similar mobility to the 72–95 KDa form of nsp9. Moreover, nsp9 could be co-immunoprecipitated by antibodies to nsp8, and vice versa. (3) Neither nsp4 nor nsp2 PLP2 was able to cleave nsp8–nsp9 in vitro. Together, our studies provide experimental evidence to suggest that nsp8 is an N-terminal extension of nsp9.Our findings here paves way for further charactering the biological function of PRRSV nsp9. 展开更多
关键词 PORCINE REPRODUCTIVE and RESPIRATORY syndrome VIRUS (PRRSV) nsp8 Nsp9
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