瘤组织中O-岩藻糖基转移酶1基因表达变化对相关肿瘤预后的影响及其作用机制

目的探讨癌组织中O-岩藻糖基转移酶1基因(POFUT1)的表达变化对相关肿瘤预后的影响及其作用机制。方法结合TCGA数据库及GTEx数据库获取的泛癌数据集,利用GEPIA2及TIMER2数据集,比较多种类型肿瘤与配对的正常组织中POFUT1的表达水平,选出比较有统计学差异的肿瘤类型;比较不同POFUT1水平的上述肿瘤患者的预后。利用TIMER数据库及Estimate软件包筛选POFUT1与免疫细胞浸润水平关联性最强的肿瘤,并分析POFUT1与上述肿瘤组织基质评分、免疫细胞浸润评分及综合评分的相关性。进一步利用String数据库及GE⁃PIA2筛选POFUT1关联基因,并通过DAVID数据库对POFUT1及其关联基因进行信号通路富集分析。结果与配对的正常组织比较,POFUT1在胆管癌、结肠癌、乳腺癌、食管癌、胶质细胞瘤、头颈鳞状细胞癌、肾嫌色细胞癌、脑低级别胶质瘤、肝细胞癌、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺癌、直肠腺癌、皮肤黑色素瘤、胃癌、胃食管癌、甲状腺癌组织中的表达差异具有统计学意义(P均<0.05)。POFUT1在TIMER2和GEPIA数据库中同时均表达差异的肿瘤类型有7种(结肠癌、食管癌、胶质细胞瘤、头颈鳞状细胞癌、肾嫌色细胞癌、直肠腺癌、胃癌)。肾透明细胞癌和直肠腺癌中,POFUT1高表达组的总生存期高于POFUT1低表达组(P均<0.05);脑低级别胶质瘤、间皮瘤、葡萄膜黑色素瘤中,POFUT1低表达组总生存期高于POFUT1高表达组(P均<0.05)。POFUT1与免疫细胞浸润水平关联性最强的3种肿瘤分别为脑低级别胶质瘤、结肠癌、膀胱尿路上皮癌;POFUT1表达水平与脑低级别胶质瘤组织的基质、免疫细胞浸润、综合评分及结直肠癌组织的免疫细胞浸润评分均具有相关性(P均<0.05)。POFUT1及其关联基因富集的通路主要为蛋白质结合及RNA结合途径、丝氨酸相关酶途径、细胞凋亡通路和Notch信号通路。结论POFUT1在17种肿瘤中表达水平上升;POFUT1高表达的肾透明细胞癌和直肠腺癌预后好,POFUT1低表达的脑低级别胶质瘤、间皮瘤、葡萄膜黑色素瘤预后好;POFUT1可能通过调控肿瘤免疫浸润水平及信号通路如蛋白质结合及RNA结合途径、Notch信号通路等影响肿瘤患者预后。

SPINDLY在壳寡糖诱导拟南芥抗丁香假单胞菌中的功能

为了探讨拟南芥O-岩藻糖基转移酶(SPINDLY)在病原体相关分子模式诱导抗性中的作用,该研究以SPINDLY缺失拟南芥突变体spy-3为实验材料,从叶片表型、病情指数、病菌定殖量以及丁香假单胞菌(Pst DC3000)关键基因的表达水平等指标,系统考察了SPINDLY在壳寡糖诱导拟南芥抗Pst DC3000中的功能。结果显示:(1)spy-3突变体比野生型更易被Pst DC3000侵染。(2)与病菌侵染组相比,壳寡糖预处理明显缓解植株叶片黄化现象,显著降低Pst DC3000的定殖量。(3)壳寡糖预处理的spy-3植株中水杨酸和茉莉酸途径相关基因的表达量及水杨酸和茉莉酸含量均较病菌侵染组明显升高。(4)壳寡糖在spy-3中的诱抗效果与野生型相比无明显差别。研究表明,SPINDLY在植物先天免疫过程发挥重要作用,但并不影响壳寡糖的诱导抗性。