目的采用MLST方法及基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术研究我国主要沿海地区192株O1群霍乱弧菌的种群结构、进化趋势及流行特性。方...目的采用MLST方法及基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术研究我国主要沿海地区192株O1群霍乱弧菌的种群结构、进化趋势及流行特性。方法PCR扩增192株O1群霍乱弧菌的7个管家基因adk、gyrB、mdh、metE、pntA、purM和pyrC,根据核酸序列信息获得其等位基因型及序列型(Sequence Type,ST)。利用DnaSP 5.0及eBURST Version 3.0分析序列多样性,SplitsTree 4.0、STRUCTURE 2.2等软件分析霍乱弧菌种群结构特征,同时数据库中非O1/O139群对应的STs也纳入分析,以比较其与O1/O139群对应STs在克隆群和种群结构方面的关系。此外还应用BioTyper软件,对霍乱弧菌蛋白指纹图谱数据进行聚类分析。结果192株O1群霍乱弧菌共22个序列型,其中11个为本研究新发现的序列型;ST189、ST191和ST184存在2个不同组别间的重组现象。SplitsTree 4.0种群结构分析结果显示,22个序列型共分成2个分支,STRUCTURE种群结构分析将22个序列型分为3个亚群,不同的16S rDNA序列存在共有的ST,如ST69、ST75和ST173;非O1/O139群对应的STs大部分以单体形式存在,仅形成4个克隆群,在种群结构分析中大部分STs与O1/O139群对应的STs划分到同一个亚群中;MALDI-TOF MS聚类分析结果显示,当距离为200时,22个STs被分为两组,当距离为100时,被分成3组;霍乱弧菌整体的重组率(包括O1/O139群和非O1/O139群)要远远高于O1/O139群的重组率。结论192株O1群霍乱弧菌MLST分析表明ST69和ST75是O1群霍乱弧菌最主要的2个序列型。7个管家基因重组/突变的比值差异较大,但整体而言,重组比突变更容易发生。O1/O139群和非O1/O139群霍乱弧菌间仍存在较大差异。霍乱弧菌MLST分型与基于蛋白指纹图谱的分型结果间尚未发现明显的联系。展开更多
文摘目的采用MLST方法及基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术研究我国主要沿海地区192株O1群霍乱弧菌的种群结构、进化趋势及流行特性。方法PCR扩增192株O1群霍乱弧菌的7个管家基因adk、gyrB、mdh、metE、pntA、purM和pyrC,根据核酸序列信息获得其等位基因型及序列型(Sequence Type,ST)。利用DnaSP 5.0及eBURST Version 3.0分析序列多样性,SplitsTree 4.0、STRUCTURE 2.2等软件分析霍乱弧菌种群结构特征,同时数据库中非O1/O139群对应的STs也纳入分析,以比较其与O1/O139群对应STs在克隆群和种群结构方面的关系。此外还应用BioTyper软件,对霍乱弧菌蛋白指纹图谱数据进行聚类分析。结果192株O1群霍乱弧菌共22个序列型,其中11个为本研究新发现的序列型;ST189、ST191和ST184存在2个不同组别间的重组现象。SplitsTree 4.0种群结构分析结果显示,22个序列型共分成2个分支,STRUCTURE种群结构分析将22个序列型分为3个亚群,不同的16S rDNA序列存在共有的ST,如ST69、ST75和ST173;非O1/O139群对应的STs大部分以单体形式存在,仅形成4个克隆群,在种群结构分析中大部分STs与O1/O139群对应的STs划分到同一个亚群中;MALDI-TOF MS聚类分析结果显示,当距离为200时,22个STs被分为两组,当距离为100时,被分成3组;霍乱弧菌整体的重组率(包括O1/O139群和非O1/O139群)要远远高于O1/O139群的重组率。结论192株O1群霍乱弧菌MLST分析表明ST69和ST75是O1群霍乱弧菌最主要的2个序列型。7个管家基因重组/突变的比值差异较大,但整体而言,重组比突变更容易发生。O1/O139群和非O1/O139群霍乱弧菌间仍存在较大差异。霍乱弧菌MLST分型与基于蛋白指纹图谱的分型结果间尚未发现明显的联系。
