樱桃谷鸭OASL基因全长cDNA的克隆及其生物信息学分析

为了获得樱桃谷鸭寡腺苷酸合成酶样蛋白质基因(OASL)全长cDNA,并且初步了解其生物学特性,采用RT-PCR和RACE方法从鸭脾脏组织总RNA中扩增OASL基因cDNA片段,应用生物信息学方法,系统分析鸭OASL的遗传进化以及蛋白质的理化性质、二级结构和亚细胞定位。结果表明,樱桃谷鸭OASL基因(Gen Bank登录号:KX255654)全长1 630 bp,其中包含19 bp的5'UTR(Untranslated region,UTR)、99 bp的3'UTR(Untranslated region,UTR)和PolyA尾巴、1 512 bp的编码区(Coding region,CDS),翻译编码504个氨基酸多肽。鸭OASL蛋白具有寡腺苷酸合成酶(OAS)蛋白家族的典型特征,即N端为寡腺苷酸合成酶样结构域(OAS-like domain,OLD),C端为2个串联的泛素化样结构域(Ubiquitin-like domains,Ub LDs),不具有信号肽和跨膜区。序列比对和系统进化分析结果表明,OASL氨基酸序列在同种之间比较保守,与已报道的鸭OASL的同源性高达100%,与鹅同源性为78%,与人、鼠和猪等哺乳动物的同源性仅为43%~45%。

猪OASL2基因克隆与序列分析

克隆猪OASL2基因并对其进行序列分析。采用PCR技术扩增猪OASL2基因,连接至pCE2 TA/Blunt-Zero载体并将其转化至DH5α化学感受态细胞,测序获得猪OASL2基因CDS全长,对其进行生物学功能预测以及构建系统进化树。结果显示,猪OASL2基因全长为633 bp,编码211个氨基酸,蛋白分子质量为23.94 ku,理论等电点为8.16。与猪OASL1相似性为98.1%,氨基酸相似性为97.6%,与其它物种OASL相似性为52.3%~72.0%,氨基酸相似性为9.8%~58.1%。系统进化树表明猪OASL2与猪OASL1位于同一分支,与牛OASL位于同一亚分支,亲缘关系较近。氨基酸序列比对结果表明猪OASL2包含P-loop、D-box以及保守位点LLRL。