太原地区携带OI-28毒力基因组岛致泻大肠埃希菌性小儿腹泻

目的探讨携带OI-28毒力基因组岛致泻大肠埃希菌在小儿腹泻中的病原学作用。方法在山西省儿童医院采集257例腹泻病患儿粪便，做肠道病原菌常规培养和致泻大肠埃希菌血清学分型鉴定，用PCR和DNA斑点杂交检测致泻大肠埃希菌EHECOI-28毒力基因组岛中与RTX相关的5个毒力基因。结果257例腹泻病患儿检出病原菌206株（80．16％）。其中大肠埃希菌149株（57．98％），其他肠道致病菌57株（22．18％）。血清分型检出致泻大肠埃希菌EPEC3株（2．01％）、ETEC2株（1．34％）、EHEC2株（1．34％），其余142株为“疑似致泻大肠埃希菌”（55．25％）。149株大肠埃希菌中OI-28 5个基因全阳性者21株（14．09％），1个基因阳性者8株（5．37％），2个基因阳性者2株（1．34％）。21例携带OI-28毒力基因组岛大肠埃希菌感染的腹泻患儿，以3岁以下小儿为主（80．95％）。结论携带OI-28毒力基因组岛大肠埃希菌是夏季小儿腹泻的重要病原菌之一。

海南省类鼻疽伯克霍尔德菌临床分离株的基因岛特征和毒力因子分析

目的分析类鼻疽伯克霍尔德菌(Burkholderia pseudomallei)临床分离株的基因岛(genomic island,GI)特征和毒力因子差异,为类鼻疽病的诊疗研究提供依据。方法收集B.pseudomallei临床分离株,PCR检测和测序分析毒力相关GI,在Islandviewr 4平台上提交全基因组序列注释格式文件,整合SIGI-HMM与IslandPath-DIMOB两种算法预测GI,通过序列比对分析GI独特性和毒力因子差异。结果共收集到52株B.pseudomallei临床分离株,结果显示,52个基因组按进化距离分为3个分枝,其中82.69%(43/52)菌株集中在分枝1。52个B.pseudomallei基因组共识别出828个GI,按序列相似性聚类为157个GI cluster。GI在基因组中占比达2.05%~6.38%。GI cluster1和2存在全部菌株中,但84个(53.50%)GI cluster只聚类到单个基因组。10个GI cluster很可能是特有的,其中5个来源同属细菌,2个来源其他属,3个来源不确定。25个GI cluster与毒力相关,B.pseudomallei BP76和BP169含有其中8个,是所有菌株中毒力相关GI最多的。52株B.pseudomallei的毒力基因除了fhaB1、fhaB2、BPSL1661、cheY1、wzM、tssH-5/clpV、tssA-5、boaA和boaB存在差异,其余都表现一致。与泰国和澳大利亚B.pseudomallei临床菌株比较,boaA、boaB、cheY1和chbp在两个国家的菌株中都表现出差异,同时fhaB1、fhaB3和bimA在澳大利亚菌株中表现出差异。结论海南地区B.pseudomallei GI具有保守性和独特性,通过特有GI和毒力因子研究,可以发现菌株水平基因转移(Horizontal gene transfer,HGT)的来源和分子水平的毒力差异。

病原性细菌的Ⅲ型分泌系统、毒力岛和基因组学

近几年来在细菌学领域出现了几个新的概念:Ⅲ型分泌系统(type Ⅲ secretionsystem)、毒力岛(又称致病性岛)和基因组学(genomics)。这些概念的出现反映了医学细菌学研究的最新趋势,对今后的研究工作具有重要的指导意义。本文分别对此三者的含义、特点以及当前的研究情况作一介绍。

痢疾杆菌全基因组序列及基因组岛的分析

福氏 2a志贺菌 (Shigellaflexneriserotype 2a)是引起人类细菌性痢疾的主要病原体。本文在国际上首次完成了福氏 2a志贺菌 30 1株 (Sf30 1) (我国细菌性痢疾的优势流行株 )的全基因组核苷酸序列测定和初步分析。该基因组包括一条由 4 6 0 72 0 3个碱基对 (bp)组成的环状染色体和一个含 2 2 16 18bp的侵袭性大质粒pCP30 1以及另外两个小质粒。通过将Sf30 1的染色体序列与其亲源关系相近的非致病性大肠杆菌K - 12菌株MG16 5 5进行比较基因组学研究 ,发现Sf30 1的染色体上有 5 72Kb特异性序列 ,并形成了 32 0个长度大于 5 0bp的“痢疾岛” (Shigella island ,SIs) ,其中大于 1Kb的共计 131个。这些岛共包含 5 19个开放读码框架 (OpenReadingFrames,ORFs) ,多数SIs的一侧或两侧均伴有插入序列元件、转座子或者tRNAs。G +C含量及密码子使用频率等分析显示出部分SIs的外源性。通过结构及ORF编码产物功能的分析 ,鉴别出 9个可能与痢疾杆菌致病性有关的“毒力岛” ,其中

禽类中沙门氏菌MLST分型及毒力基因筛查

该文以36株沙门氏菌为研究对象,研究北京地区禽类中沙门氏菌基因型及毒力基因。采用全基因组测序、多位点序列测定分型(multilocus sequence typing,MLST)对菌株进行分型,ST11为优势型。鸡源包括ST11、ST13、ST17、ST96、ST241、ST1941、ST26;鸭源包括ST19、ST34、ST1546、ST2441型别。毒力因子数据库(virulence factors database,VFDB)分析菌株均携带毒力岛SPI1-SPI5代表性基因,66.7%含毒性质粒spvB。胥伐成格隆沙门菌SPI1-SPI5代表性基因如sopE、sptB、mgtC和invA/invF等均为阳性,未携带spvB、pefA、prot6E。沙门氏菌毒力岛基因相对稳定,但基因型的差别对携带毒力基因有一定影响。cdtB、pltA在胥伐成格隆沙门氏菌中均为阳性,推测该菌普遍携带细胞致死膨胀毒素。

一株牛源都柏林沙门氏菌的全基因组测序及毒力与耐药性分析

【背景】沙门氏菌(Salmonella spp.)是重要的人畜共患病原菌,其毒力和耐药性的不断增强引起广泛关注。【目的】了解从通辽市一犊牛死亡病例中所分离牛源都柏林沙门氏菌的毒力及耐药性情况。【方法】以病死犊牛肺脏为材料,经细菌分离纯化及16SrRNA基因测序,鉴定病原为沙门氏菌。采用动物试验、药敏试验和PCR方法对分离菌进行毒力、耐药性,以及毒力基因和耐药基因检测,并对其进行全基因组测序分析。【结果】分离菌具有较强毒力,对小鼠半数致死量为2.8×10^(6) CFU/mL。分离菌为多重耐药菌,仅对多粘菌素B和噻孢霉素敏感,对强力霉素和恩诺沙星中度敏感。检测13种沙门氏菌常见毒力基因,检出率为92.3%。对分离菌进行全基因组测序分析,该菌株为都柏林沙门氏菌,基因组大小为4965370 bp,GC含量为52.12%,同时携带2个质粒,大小分别为79524 bp(pTLS-1)和45301 bp(pTLS-2)。分离菌中共携带996个毒力基因和24个毒力岛;共携带42个耐药基因,其中4个为可水平转移基因,基因组中存在9个可移动遗传元件,包括插入序列和转座子等。【结论】分离牛源都柏林沙门氏菌菌株具有较强毒力且为多重耐药株,携带大量毒力基因及耐药基因。

粪肠球菌和屎肠球菌致病岛的研究现状

2002年,Shankar等在临床致病粪肠球菌中鉴定出第一个肠球菌致病岛,该岛大约150kb大小,有129个开放阅读框(ORFs),携带致病所需基因和潜在毒力基因。粪肠球菌PAI的可塑性非常强,其基因丢失的频率和可能机制目前尚不清楚。2004年Leavis等在屎肠球菌中也发现了PAI类似结构。

沙门菌致病岛7的获取对沙门菌进化的影响

致病岛是负责编码细菌毒力相关基因的染色体片段，它一般具有相对分子量较大，处于染色体特定位置（如tRNA位点内或附近，或位于与质粒，噬菌体整合位点附近），其G＋C含量与宿主细菌有明显差异等特点…。大多数致病岛两端具有顺向重复序列或插入序列。致病岛可以在不同细菌之间进行水平平移，尤其是噬菌体和质粒介导的水平平移，这与病原菌的进化是有密切联系的。

基于全基因组测序的单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子特征分析

目的了解肇庆市单核细胞增生李斯特菌(以下简称单增李斯特菌)食品分离株的基因组特征、毒力岛的携带情况及遗传多样性。方法对肇庆市13株单增李斯特菌食品分离株进行全基因组测序,将组装好的contings/Scaffolds上传至在线分析平台Center for Genomic Epidemiology、Rast和VFanalyzer进行基因组注释与毒力因子基因鉴定,并应用基于全基因组测序的单核苷酸多态性分型(wg-SNPs)方法与美国生物技术信息中心(NCBI)上获取的25株国内外单增李斯特菌的基因组进行遗传进化分析。结果 13株单增李斯特菌食品分离株的基因组大小为2.82~3.04 Mb,CG含量为37.9%~38.1%,可分为6个ST型(ST1、ST3、ST8、ST59、ST87、ST101),分属于6个克隆复合群(CC1、CC3、CC8、CC59、CC87、CC101)。其中,ST3型菌株均携带LIPI-3毒力岛基因,ST87型菌株均携带完整LIPI-4毒力岛基因。wg-SNPs遗传进化分析显示13株单增李斯特菌食品分离株可分为2个进化分支,其中ST3型菌株位于进化树的根部,与其他ST型菌株进化上存在差异。结论肇庆市单增李斯特菌食品分离株以高毒力的ST87型和ST3型为流行型,并发现一株同时携带LIPI-1~LIPI-4毒力岛的ST87型菌株,应加强对此类菌株的监测,警惕高毒力菌株在肇庆市引起感染性暴发的风险。

重庆市某高校一起鼠伤寒沙门菌引起的食源性疾病暴发事件溯源调查和病原分析

目的对重庆市某高校一起鼠伤寒沙门菌引起的食源性疾病暴发事件进行实验室病原学分析。方法按照食品安全国家标准(GB 4789.4—2016)对11株沙门菌分离株进行生化和血清型鉴定;使用微量肉汤稀释法进行药敏测试;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因测序(WGS)进行分子分型、毒力和耐药基因分析。结果11株沙门菌全部为鼠伤寒沙门菌;在测试的15种抗生素中,所有菌株仅对四环素耐药;所有菌株的PFGE带型一致;WGS鉴定与血清学表型实验结果一致,所有菌株均携带2个四环素类耐药基因和10个毒力岛;溯源分析结果显示所有菌株的ST型相同,wgSNP进化树显示所有菌株可聚为一簇。结论11株鼠伤寒沙门菌序列高度同源,说明患者、环境和食品分离株来源相同,结合流行病学调查结果判定此次食源性疾病暴发事件是由食品加工人员使用器皿生熟不分引起食品污染所致。