一种改进的OpenMP指导调度策略研究

在科学计算中,循环结构是最重要的并行对象之一.考虑到负载平衡、调度开销等多方面因素,OpenMP标准提供静态调度、动态调度、指导调度和运行时调度等不同策略.针对指导调度策略不适合递减型循环结构的问题,提出一种改进的new_guided指导调度策略,并在OMPi编译器上加以实现.New_guided调度策略的主要思想是对前半部分的循环采用静态调度,后半部分的循环采用指导调度.针对不同循环结构,在多核处理器上对不同调度策略进行评测.结果表明,在一般情况下,OpenMP默认的静态策略的调度性能最差;对于规则的循环结构和递增的循环结构,动态调度、指导调度和new_guided策略的性能差别不大;对于递减型的循环结构,动态调度和new_guided策略的性能相当,要优于指导调度策略;对于某些极不规则的随机循环结构,动态调度明显优于其他策略,new_guided策略的性能介于动态调度和指导调度之间.

OpenMP多线程负载均衡调度策略研究与实现

循环并行化是OpenMP并行化程序中最重要的部分,线程数、循环体大小、调度策略等是并行化过程需要考虑的主要因素。为了在调度开销与负载均衡之间获得更好的权衡,在OMPi编译器中实现了梯式trapezoid调度策略,以提高OpenMP多线程程序的运行性能。实验结果表明,梯式调度策略应用在递减以及某些极不规则的循环结构中,在适当的线程数下,与指数调度相比,该调度策略能表现出更好的性能。

鸭源鸡杆菌外膜蛋白A的原核表达及免疫保护性分析

为评价鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis,G.anatis)外膜蛋白A(Outer membrane proteins A,OmpA)的免疫原性及免疫保护力,本研究通过PCR技术扩增去除信号肽的ompA基因序列,酶切后与载体pET-32a(+)连接,构建重组表达质粒pET-32a(+)-OmpA,在IPTG诱导下成功表达出约40 ku的包涵体蛋白。Western-blot分析显示重组蛋白rOmpA具有抗原性;以纯化的rOmpA免疫小鼠,分别在一免后第2周和第4周进行加强免疫。三免后进行抗体检测并以G.anatis PDS-RZ-1-SLG株的5×LD_(50)攻毒,同时设立全菌灭活组和PBS组作为对照。结果显示,rOmpA可诱导小鼠产生较高水平的抗体,可提供50%的免疫保护力。结果表明,鸭源鸡杆菌外膜蛋白A是一种保守性共同抗原,可作为鸭源鸡杆菌疫苗的候选抗原。