猪流行性腹泻病毒德州株的分离鉴定及ORF3基因遗传进化分析

为了分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的ORF 3基因遗传情况,本试验采集患有腹泻仔猪的小肠组织内容物样品12份,通过病毒分离、形态学观察、反转录PCR(RT-PCR)方法和间接免疫荧光(IFA)试验进行PEDV鉴定,并分析分离株的ORF 3基因核苷酸序列。结果显示,分离得到1株PEDV,命名为德州株(JIAOZUO101),该毒株的ORF 3基因与GenBank中登录的20株PEDV参照株ORF3基因核苷酸序列的同源性介于97.6%~99.9%,与Jiangxi 2017株、Henan 2015株位于同一支且遗传距离较近,其同源性介于99.3%~99.9%,与其他参考株的遗传距离较远;德州株(JIAOZUO101)的ORF 3基因序列中只是个别碱基发生变化,未发生明显变异。结果表明,分离获得PEDV德州株(JIAOZUO101)的ORF 3基因序列与Jiangxi 2017株、Henan 2015株同源性较近,且未发生变异情况。本试验为进一步研究PEDV的流行病学提供分子生物学依据。

吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析

为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。