细胞质雄性不育相关基因orf224的克隆及其植物表达载体的构建

利用 PCR技术从油菜 Polim a不育系中扩增出细胞质雄性不育相关基因 orf 2 2 4 ,并将其克隆到p GEM- T Easy载体上得到重组质粒 p GEMORF。在此基础上 ,用限制性内切酶将 orf 2 2 4基因从质粒 p GEMORF上切下 ,连接在 p BI12 1质粒的 Ca MV 35 S启动子和 NOS终止子之间。经 PCR和酶切鉴定 ,得到了 orf 2 2 4基因的植物表达载体 p

猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒河南分离株ORF3-7基因克隆与序列分析

参照GenBank中公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）美洲株ATCC VR2332的ORF3～7基因序列,利用Pri mer软件分别设计合成了针对PRRSV ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7基因的特异性引物,利用RT-PCR从河南分离株Hn-1/06株分别扩增得到了大小约964、675、718、566和501 bp的片段,并将扩增的片段插入PGEM-T-easy载体进行测序。利用DNAStar软件进行序列分析表明,河南分离株Hn-1/06株属于美洲型,同时将Hn-1/06株ORF3～7基因的核苷酸序列和推导氨基酸序列与ATCC VR2332、LV、Resp、CH-1a、BJ-4、S1、CC-1、HB-1、JX0612、HUB1等分离株进行了同源性分析。

猪圆环病毒Ⅱ型ORF2截短基因的克隆及原核表达

参照GenBank中猪圆环病毒Ⅱ型（Porcinecircovirus type 2，PCV2）的ORF2基因序列，设计合成1对引物，对PCV-2ZS株ORF2基因上含主要抗原位点的片段（ORF2-ME）进行PCR扩增，并克隆到pMD18-T Simple Vector中，进行序列测定。将重组质粒pMD—ORF2-ME的EcoR Ⅴ和Xhol Ⅰ双酶切产物插入原核表达载体pET-32a（＋），构建原核表达载体pET—ORF—ME。测序分析表明，克隆的ORF2-ME与GenBank上公布的PCV2毒株核苷酸序列同源性为99％～100％，推导的氨基酸序列同源性介于91％～100％之间。原核表达载体导入BL21（DE3）后用IPTG进行诱导表达，收集菌液进行SDS—PAGE和Western Blotting分析，结果表明ORF2-ME在BL21（DE3）中成功表达，所表达融合蛋白的相对分子质量约为40000，并能被PCV2阳性血清所识别，这就为PCV2感染诊断和抗体检测提供了依据。

输血传播病毒ORF2基因的克隆和原核表达

目的克隆输血传播病毒(TTV)兰州株ORF2的基因,并构建原核表达载体。方法通过巢式PCR,从一份兰州地区无偿献血员血清中扩增TTV病毒的ORF2基因,并克隆到pGEM-T载体中,进行核苷酸序列分析。然后亚克隆到高效表达质粒pET22b(+)中,构建表达载体ORF2-pET22,在大肠杆菌中诱导表达带有6个组氨酸标签的ORF2融合蛋白。用纯化的重组ORF2蛋白作为抗原,ELISA检测人血清样本中的TTV-IgG抗体。结果ORF2基因与日本TA287株的同源性为99.3%。用TTV-PCR阳性的血清对重组蛋白进行了Western blot,结果在表达蛋白位置处出现了特异性反应条带。以ORF2蛋白为抗原的ELISA检测结果具有较好的准确性。结论已成功克隆了ORF2基因,并在原核细胞中表达。

家蚕核型多角体病毒ORF 75基因的克隆及表达

根据GenBank发表的序列(L33180)设计引物,利用PCR技术扩增了编码家蚕核型多角体病毒(Bombyxmori Nucleopolyhedrovirus,BmNPV)ORF75基因的DNA片段,将其连接至pMD18-T载体上,获得了该基因成熟蛋白阅读框序列.利用设计的酶切位点将目的基因从克隆载体上切下.表达质粒pGEX-4T-2经BamHI/XhoI双酶切,与目的片断连接,得到重组表达质粒pGEX/Bm75.将重组表达质粒pGEX/Bm75转化入大肠杆菌BL 21中,经IPTG诱导表达后,12%SDS-PAGE分析表明产生57 kDa左右的特异蛋白质条带.对表达产物进行Westernblotting分析,结果表明,pGEX/Bm75经IPTG诱导产生的57 kDa蛋白条带与抗体发生了很强的交叉反应,融合蛋白得到了表达.

伪狂犬病病毒Ea株ORF-1基因在BHK-21细胞上的表达

以伪狂犬病毒Ea株BamHⅠ5′片段为模板,PCR扩增出约0.6kbORF-1基因完整编码区序列,将该基因克隆到pBluescriptⅡSK+中,构建重组载体pSKORF1。进一步将该片段插入真核表达载体pEGFP-C1的增强型绿荧光蛋白EGFP下游,构建真核表达载体pEGFPORF1,脂质体法转染BHK-21细胞,G418加压筛选至正常细胞完全死亡。在倒置荧光显微镜下观察,可见pEGFPORF1转染的细胞在细胞膜和细胞浆中发出较强的荧光,证明ORF-1基因在BHK-21细胞中获得了表达。

草莓镶脉病毒(SVBV)ORF Ⅵ基因的克隆及蛋白特性分析

用CTAB法从感染草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)的草莓叶片中提取总DNA,设计特异性引物扩增SVBV ORF Ⅵ基因的全长片段,进行克隆并测序.序列分析表明SVBV ORF Ⅵ基因完整序列全长1 557bp,编码518个氨基酸.将其与SVBV美国分离物以及花椰菜花叶病毒属其他成员的ORF Ⅵ基因相比较,结果表明SVBV中国分离物ORF Ⅵ基因与SVBV美国分离物ORF Ⅵ基因核苷酸序列相似性最高,达84.5%;而与花椰菜花叶病毒属其他成员的ORF Ⅵ基因序列相似性均较低,仅为23.7%～27.9%.构建SVBV及其同属其他成员ORF Ⅵ基因的系统关系树,结果显示SVBV中国分离物与SVBV美国分离物单独形成1个分支,说明来源于草莓的2个SVBV亲缘关系最近,而与其同属其他成员的亲缘关系均较远.生物信息学分析表明SVBVORF Ⅵ基因表达的P6蛋白序列含有多种蛋白激酶磷酸化位点,其二级结构N端是1个α-螺旋富集区.该研究将为进一步研究P6蛋白的功能提供理论依据.

PRRSV河南地方分离株ORF 2～6基因的克隆与序列分析

根据GenBank公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）ATCC VR-2332株的ORF2～6基因的核苷酸序列，设计合成4对特异性引物，用RT—PCR方法扩增出PRRSV河南地方株（命名为HN-2株）的ORF 2～6片段，克隆到pUC-57T载体并进行测序。应用DNAStar序列分析软件对分离株的ORF 2～6基因和其推导的氨基酸序列与不同来源的9个PRRSV毒株进行了同源性比较，结果表明：该分离株的ORF 2～6基因与不同来源美洲型毒株之间的同源性分别为89．1％～98．1％和81．4％～96．1％，而与欧洲型毒株之间的同源性仅为46．9％～61．9％和44．2％～45．0％；同时将分离株ORF 2～6基因的推导氨基酸序列与7个关洲型PRRSV毒株进行变异分析比较，证实了该分离株ORF 2～6基因发生了变异。

草莓镶脉病毒(SVBV)ORFⅠ基因的克隆及序列分析

用CTAB法从感染草莓镶脉病毒(SVBV)的草莓叶片中提取总DNA,设计特异性引物扩增含有SVBVORFⅠ的片段,克隆并测序。序列分析表明,该片段全长1 033个核苷酸,其中包含的ORFⅠ全长987个核苷酸,编码328个氨基酸。结果表明:将其与花椰菜花叶病毒属其他成员的ORFⅠ序列相比较,中国SVBVORFⅠ与美国SVBV ORFⅠ序列相似性最高,达88.3%。进一步构建SVBV及其同属其他成员ORFⅠ的系统关系树,结果显示:中国SVBV ORFⅠ与美国SVBV ORFⅠ单独形成1个亚分支,说明来源于草莓的2个SVBV亲缘关系最近。

新加坡石斑鱼虹彩病毒ORF39L基因克隆、表达及抗体的制备

为研究新加坡石斑鱼虹彩病毒(Singapore grouper iridovirus,SGIV)核心基因ORF39L在病毒侵染过程中的作用,制备了SGIV ORF39L表达蛋白的抗体;通过生物信息学软件预测SGIV ORF39L的抗原表位基因,并以所选抗原表位基因片段39Ag1和39Ag2构建原核表达质粒pET32a-39Ag1和pET32a-39Ag2;将质粒转入大肠杆菌BL21(DE3)中成功表达融合蛋白pET32a-VP39Ag1和pET32a-VP39Ag2;用所得融合蛋白分别免疫小鼠,获得了高效特异抗体39Ab1和39Ab2;利用制备的抗体进行间接免疫荧光试验,结果显示,VP39参与了SGIV的装配。本研究结果为进一步研究ORF39L基因在SGIV感染过程中的作用机制提供了数据资料。

马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)ORF2a基因5′端的克隆和序列分析

用设计合成的一对特异性引物,以马铃薯卷叶病毒中国株PLRV-Ch的RNA为模板,经反转录PCR扩增,将获得ORF2a的5′端0.6kbcDNA克隆于pUC19中,构建成重组质粒pLR8.PCR检测和酶切检测表明,获得了ORF2a的5′端0.6kbcDNA克隆,从该cDNA两端进行了两次序列分析,并将获得的核苷酸序列与国外报道的4个PLRV分离株的相应区域的同源性进行了比较,5个序列间具高度同源性.

野蚕孵化酶基因的克隆与生物信息学分析

采用RT-PCR法从野蚕胚胎中克隆了一个885 bp孵化酶基因,命名为BmandHE(GenBank登录号:JN620366)。BmandHE ORF编码294个氨基酸残基,蛋白分子质量为33.57 kD,等电点为5.55。在BmandHE N-端存在16个氨基酸的信号肽,BmandHE序列含有锌指结合序列、Met-转角基序等孵化酶保守功能区域和构成孵化酶二级结构骨架的4个半胱氨酸残基。BmandHE与其他动物孵化酶氨基酸序列的相似性为30.4%～97.1%。进化分析表明,野蚕与昆虫家蚕、柞蚕、家蚊聚为一类,亲缘关系比较近。

羊传染性脓疱病毒的分离鉴定

为了对羊传染性脓疱病毒的分离株ORF027基因、ORF059部分基因进行克隆、序列分析以及构建系统进化树,本研究应用犊牛睾丸细胞从病羊痂皮病料中分离获得了1株羊传染性脓疱病毒,命名为Orf-ys,在电镜下观察到了典型的病毒粒子。应用PCR方法扩增获得了2条基因片段,PCR产物克隆至pMD18-T载体,鉴定后测序。序列分析结果表明Orf-ys的2个基因分别与参考毒株的相关基因核苷酸同源性高达97.6%～98.6%和96.9%～98.4%。基因进化树比较显示,与美国OV-IA82株和意大利OV/C2、OV/mi-90株的进化关系最近。

猪SRPK1基因的电子克隆

用小鼠和人的SRPK1基因的编码区序列通过NCBI数据库进行比较和检索,得到一个高同源性的猪cDNA序列和4个猪SRPK1基因的ESTs。利用DNAMAN软件将以上片段进行拼接,得到了一条较长的拼接片段X-1。ORF finder和Blast 2 sequence程序分析。结果表明,X-1中包含一个完整的长为1 968 bp的编码区,编码656个氨基酸,且此编码区DNA序列与人的SRPK1基因有91.73%的一致性,氨基酸序列的一致性为92.93%。

怀地黄基因片段及其中转座酶基因的克隆与序列分析

根据已知裂叶牵牛花PNZIP启动子碱基序列的相关信息设计引物,采用PCR方法,从怀地黄基因组中扩增出5个基因片段,回收和克隆出其中一个1 096bp的基因片段。经过NCBI对比分析,发现它是一个类似转座子的相关蛋白基因序列,含有一个完整的开放阅读框,大小为450bp,编码由150个氨基酸组成的转座酶。然后,基于该开放阅读框的碱基序列,设计另一对引物,用PCR方法,从中扩增出该完整开放阅读框的序列片段。

羊口疮病毒湖北株B2L基因的克隆与遗传进化分析

为了分析羊口疮病毒湖北株(ORFV-HB-YX株)B2L基因遗传变化规律,参照Gen Bank公布的ORFV-B2L基因序列设计特异性引物,对ORFV-HB株B2L基因进行PCR扩增、克隆、测序以及遗传进化分析。结果显示,B2L基因PCR扩增产物大小为1 137 bp,编码379个氨基酸,系统进化树显示HB-YX株与Gen Bank参考毒株的核苷酸序列同源性为97.0%~99.0%,与福建FJ-GS株同源性高达99%亲缘关系最近,属于同一分支。

半滑舌鳎GAPDH基因开放读码框的克隆及序列分析

甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)广泛存在于真核生物中,对许多生理活动具有重要作用。参考金头鲷和斑马鱼的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因序列设计一对简并引物,提取半滑舌鳎肌肉组织总RNA,采用RT-PCR技术对GAPDH基因进行克隆测序及序列分析。结果表明,从半滑舌鳎肌肉组织中成功克隆了GAPDH基因的开放读码框(ORF),序列全长1 002 bp,编码333个氨基酸,分子量为36.0235 ku,等电点PI为7.75。序列同源性分析显示,该序列与其他鱼类的GAPDH氨基酸序列具有较高的同源性。

羊口疮病毒重庆株F1L基因克隆与生物信息学分析

旨在分析OrfV-CQ株F1L基因的分子特点,预测其编码蛋白的生物学功能。对OrfV-CQ株F1L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定,利用生物信息学相关软件进行序列分析并对其编码蛋白的二级结构、B细胞表位、T细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽进行预测。结果表明,OrfV-CQ株F1L基因长1 023bp,编码340个氨基酸,与Shanxi株F1L基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%和95.0%。OrfV-CQ株F1L基因编码蛋白的α-螺旋、β-片层、β-转角、无规则卷曲分别为11.21%、10.3%、2.73%、75.76%;可能存在5个B细胞优势抗原表位,3个CTL表位,4个Th细胞表位,无跨膜结构域和信号肽。

猪繁殖与呼吸综合征病毒核衣壳蛋白基因的克隆与原核表达研究

采用RT-PCR方法自猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组分离出核衣壳蛋白基因(orf 7),克隆到pMD18-T载体构建成重组质粒pMD18N并进行测序比较,结果表明,所克隆的核衣壳蛋白基因序列与PRRSV美洲型ATCC VR-2332株的同源性为100%,表明orf 7 是PRRSV基因组内很保守的序列;将orf 7亚克隆到原核表达载体pGEX-KG,构建成重组质粒pGEX-KGN,用pGEX-KGN转化表达菌株BL21,经SDS-PAGE和 Western-blot分析表明:克隆在谷胱苷肽转移酶(Glutathione S-transferase(GST)下游的核衣壳蛋白基因与GST获得了高效融合表达,表达的融合蛋白GST-N分子量约为41kDa,并且有免疫学反应活性;这为猪繁殖与呼吸综合征的血清学诊断方法的建立打下了基础。

羊口疮病毒QH02株VEGF基因的克隆及其序列分析

根据GenBank中登录的羊口疮病毒SA00株基因组序列,针对VEGF基因设计特异性引物,从感染OR-FV/QH02/2010的Hela细胞中提取病毒DNA作模板进行PCR,扩增VEGF基因并将其克隆入pEGM-T Easy载体,经鉴定且测序结果正确后对其序列进行分析。结果表明,该毒株VEGF基因的开放阅读框(ORF)大小为402bp,编码133个氨基酸,分子量为14.65ku。在氨基酸水平该毒株与国内ORFV各毒株VEGF序列的同源性为70.0%～97.8%,但与陕西株同源性较低(39.5%),与国外ORFV各毒株的同源性为38.8%～82.1%。对该基因的进化分析表明,其与VEGF-A、VEGF-B、VEGF-D型及NZ2株和PA11株的亲缘关系最近。