羊口疮病毒ORF125基因编码蛋白的结构预测及其在真核表达质粒转染细胞中的定位

旨在预测羊口疮病毒(ORFV)ORF125蛋白结构及其在真核表达质粒转染细胞中的定位。设计引物PCR扩增ORF125基因,并将其定向克隆至pEGFP-N1真核表达载体,经酶切鉴定及序列测定后得到阳性重组表达质粒pEGFP—ORF125。利用DNAStar和MEGA4.0元件分析不同毒株间ORF125基因的遗传进化关系,接着通过在线Expasy工具预测其二级结构并与Bcl-2家族成员进行比较。利用脂质体介导法转染山羊皮肤成纤维细胞(GSFs),经DAPI染色后在激光共聚焦显微镜下观察ORF125的亚细胞定位。结果显示:本次克隆的ORFV ORF125基因与国外公布的其他羊口疮毒株核苷酸水平相似性为97.1%~98.1%,与同属另外2株羊伪牛痘病毒相比,核苷酸相似性分别为84.1%(GQ329669)和85.6%(GQ329670);蛋白二级结构预测分析发现ORF125与Bcl-2家族成员α-螺旋位置相近,预测空间结构有很大的相似性;激光共聚焦显微镜观察发现ORF125在GSFs细胞质中呈弥散性分布。结果提示,羊口疮病毒ORF125基因非常保守,预测与Bcl-2蛋白有着相似的功能,重组质粒pEGFP-ORF125构建成功,ORF125基因在GSFs中得到表达,定位于细胞质中。

安徽省克氏原螯虾白斑综合征病毒变异区序列分析

白斑综合征已给安徽省克氏原螯虾产业带来了巨大的经济损失。为了解安徽省白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)分子流行病学,2016年4—8月在安徽省6个市采集9个养殖的克氏原螯虾样本进行WSSV套式PCR检测,扩增病毒可变区ORF94、ORF75和ORF125,将获得序列进行比较分析。结果显示,9个样本均在第1轮PCR扩增中获得阳性结果,其ORF94的重复单元(repeat unit,RU)数量为2、4、7、8和12,2RUs为常见基因型,ORF75的组合RUs总数为3、6、9、10和11,9 RUs为常见基因型,排列顺序为45、102、45、102、3×45、102和45,ORF125的RUs为5~9,其中7 RUs和6 RUs为常见基因型。

2017年中国部分地区白斑综合征病毒高变异区的序列分析

白斑综合征病毒(WSSV)自暴发以来给全球范围内的对虾养殖产业带来了巨大的损失。为了解我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖区WSSV的流行变异情况,选取2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本,对ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94和ORF125共5个可变区进行PCR特异性扩增,分析其序列的缺失变异和重复单元(Ru)中单核苷酸多态性的变化。研究结果显示,在ORF14/15的扩增中共出现4种缺失片段;ORF23/24只出现11945bp的缺失片段;ORF75扩增中,总RUs数目为3、4、9,其中45bp的RUs在12、27、80位点发生多核苷酸多态性;ORF94的RUs数目为6,其各重复单元在48位发生单核苷酸多态性;ORF125的RUs数目为4、6、7不等,其各重复单元分别在20、27、50、53、61位发生碱基突变。研究结果表明,2017年样本中,WSSV在中国大部分地区均出现一定程度的缺失变异,其中部分可变区表现出缺失情况的稳定性,某些可变区的重复单元数目及SNP表现出地区的差异性以及不稳定性。