新型冠状病毒大规模核酸筛检扩增试剂保存方式研究

为了研究新型冠状病毒核酸扩增试剂解冻后不同保存方式是否影响核酸检测结果,将新型冠状病毒荧光定量PCR检测试剂盒解冻后采取室温保存、4℃冷藏保存、-20℃冷冻保存2 h、4 h、6 h、12 h、24 h、72 h后分别与高浓度阳性样本和弱阳性样本进行核酸扩增,记录各样本扩增结果及循环数(Ct值)。研究结果表明所有样本均检出阳性结果,扩增试剂3种保存方式下弱阳性样本N基因、ORF1ab基因Ct值不同,差异无统计学意义(P>0.05)。研究初步证实了新型冠状病毒核酸扩增试剂解冻后72 h内采用室温、冷藏、冷冻3种保存方式不会影响高浓度阳性样本和弱阳性样本检出。在大规模人群筛检时,剩余核酸扩增试剂在稳妥保存不受污染情况下仍可用于后续实验。

新型冠状病毒奥密克戎株核酸检测循环阈值与感染患者转阴周期的相关性及影响因素分析

目的:探讨入院首次新型冠状病毒(新冠)奥秘克戎株(Omicron)核酸检测ORF1ab基因、N基因的循环阈值(cycle threshold,Ct)与新冠感染患者转阴周期之间的相关性及其影响因素。方法:选取2022年3月到4月期间,上海交通大学医学院附属瑞金医院北部院区收治的5212例新冠奥密克戎变异株感染者,依据患者既往史及入院后相关指标检验,将其分为无基础疾病组(2746例)及合并基础疾病组(2466例)。检测所有研究对象ORF1ab基因和N基因的Ct值,分析入院首次检测不同Ct值下无基础疾病组与合并基础疾病组的ORF1ab基因、N基因的转阴周期之间的差异。采用Pearson线性相关性分析,评估ORF1ab基因、N基因检测的Ct值与转阴周期的相关性,并采用多元线性回归分析转阴周期的影响因素。结果:新冠患者ORF1ab基因、N基因的Ct值与转阴周期均呈负相关(rORF1ab=-0.4622,P<0.01;r_(N)=-0.5428,P<0.01)。Ct值≤20和20<Ct值≤30的情况下,合并基础疾病组的转阴周期均明显长于无基础疾病组,差异有统计学意义(P<0.05)。多元线性回归分析显示,ORF1ab基因的Ct值每升高一个循环次数,转阴周期缩短0.21 d,N基因的Ct值每升高一个循环次数,转阴周期缩短0.26 d;年龄合并基础疾病为危险因素。结论:入院首次检测的新冠奥密克戎株ORF1ab基因、N基因的Ct值与新冠患者转阴周期有关,年龄、基础疾病为转阴周期长的危险因子,该值可作为新冠患者转阴周期的预测因子,可今后指导新冠患者减少核酸检测频次及评估疾病进程具有一定价值。

2021年河南省新型冠状病毒Delta变异株肺炎流行病学及分子特征研究

目的:分析总结2021年河南省新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV-2)Delta变异株肺炎流行病学及分子特征,为疫情防控提供依据。方法:依据中国疾病预防控制中心(Chinese Centre for Disease Control and Prevention,CDC)反馈测序结果,挑选2021年河南入境和本土病例为SARS-CoV-2 Delta变异株肺炎患者111例,从大疫情网上获得患者基本信息,对年龄、性别、是否接种疫苗、接种剂次、RT-qPCR检测ORF1 ab基因和N基因Ct值在不同性别及不同症状病例间有无差异、患者临床分型等进行统计学分析,对测序结果核苷酸及刺突蛋白(spike protein,S)突变位点进行分析,总结规律。结果:111个病例在不同年龄组间的性别分布差异无统计学意义(χ^(2)=2.217,P=0.529)。不同疫苗接种史人群中的病例类型差异无统计学意义(χ^(2)=12.074,P=0.209)。SARS-CoV-2核酸阳性标本中,大部分标本Ct值分布在较低区间,病毒载量较高。ORF1 ab基因Ct值在不同性别间的差异无统计学意义(χ^(2)=1.646,P=0.439),在无症状感染者、轻型、普通、重型之间差异具有统计学意义(χ^(2)=13.257,P=0.039)。N基因Ct值在不同性别及不同症状病例间差异均无统计学意义(P均>0.05)。本研究的111例患者主要通过密接筛查和全员核酸筛查发现,两者共占总体的62.2%(69例)。测序长度覆盖度基本都大于99%(占90.1%,100/111),核苷酸突变位点总数多为46~50个(86.4%,89/103),S蛋白突变位点总数多为12个(82.5%,85/103)。103株Delta变异株均含有T19R、R158G、L452R、T478K、D614G、P681R、D950N、E156del、F157del这9个突变位点,突变率为100%。结论:2021年河南省SARS-CoV-2 Delta变异株对人群普遍易感;病毒载量高,ORF1 ab基因载量增高会加重临床症状。

SARS-CoV-2混合稀释样本核酸检测效能分析

目的评价混合稀释样本在新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome Coronavirus 2,SARS-CoV-2)核酸检测的效能,为大规模人群的SARS-CoV-2核酸检测提供参考方案。方法于2021年3月至2021年11月分别采用有固定Ct值靶值的国家卫健委SARS-CoV-2阳性质控和第三方试剂公司的SARS-CoV-2弱阳性质控样本,用阴性样本分别以1∶5、1∶10、1∶15、1∶20进行稀释。以实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative PCR,RT-qPCR)检测原始及各稀释度样本SARS-CoV-2双靶标ORF1ab基因和N基因,通过统计学分析混合样本检测效能。结果阳性与弱阳性质控样本ORF1ab基因和N基因检测Ct值随样本稀释倍数增大而不断增大,各组检测Ct值均值一致性差异有统计学意义,阳性与弱阳性质控样本ORF1ab和N基因P值分别为0.015、0.013、0.021、0.023,均P<0.05。阳性与弱阳性质控样本ORF1ab基因和N基因阳性检出率随样本稀释倍数增加而下降。阳性质控样本在1∶20稀释时出现阴性检测结果;弱阳性质控样本超出1∶10稀释时出现阴性检测结果,且随着稀释倍数的增大超出试剂检测限,出现Ct值检测不出现象。阳性与弱阳性质控样本两靶标基因检测Ct值与稀释倍数之间相关系数均在0.9以上,呈高度正相关。结论进行大范围人群SARS-CoV-2核酸检测筛查时,混合稀释样本应尽可能选择低倍稀释,不应超过10倍稀释,低于试剂检测限可造成假阴性结果。