斜纹夜蛾核型多角体病毒ⅡORF59基因克隆及原核表达

斜纹夜蛾核型多角体病毒Ⅱ(Spodoptera lituramulticapsid nucleopolyhedrovirus,SpltMNPVⅡ)是一种新发现的繁殖率和毒力极强的病毒株,其全基因组序列已经测定,共149个ORFs。对SpltMNPVⅡBV和ODV的质谱分析表明,ORF59位于ODV中,是一个功能未知的ORF。本研究根据SpltMNPVⅡORF59基因序列设计引物,经PCR扩增,克隆了ORF59基因。核苷酸序列分析表明,克隆片段上游具有4个TATA box,一个早期启动子CAGT和一个晚期启动子ATAAG。读码框含645 bp,编码214个氨基酸的蛋白质,推定分子量为25.4 ku。将ORF59片段克隆至原核表达载体pET-28a(+),经IPTG诱导后在大肠杆菌BL21中融合表达,SDS-PAGE分析表明在约29 ku处有特异性表达条带,经Western blot验证该蛋白即为融合表达的目的蛋白。融合表达产物经纯化后,免疫新西兰大白兔获得ORF59多克隆抗体。上述结果为深入研究ORF59的结构与功能提供基础。

乳腺癌高表达基因c11 orf 59的生物信息学分析

背景与目的:生物信息学是一门由数学、统计学、计算机科学与生物医学交叉结合的新兴科学,在研究肿瘤差异表达基因方面起到越来越重要的作用。本研究主要应用此方法对乳腺增生症病变组织与乳腺癌组织的基因表达差异进行研究,发现其中一乳腺癌高表达基因c11orf59,对其进行初步的生物信息学分析。方法:使用肿瘤基因组解剖计划(cancer genome anatomy project,CGAP)数据库的数字基因表达演示(digital gene expression displayer,DGED)工具,筛选在乳腺增生症病变组织和乳腺癌组织来源基因表达系列分析(serial analysis of gene ex-pression,SAGE)文库中差异表达的基因,并用生物信息学方法对其中一条功能未知基因c11orf59进行初步分析,预测其基因结构、染色体定位、编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位、表达谱、蛋白质结构功能域及在其他物种中的相似蛋白等。最后通过半定量RT-PCR对c11orf59在乳腺增生症病变组织及乳腺癌中的表达进行初步论证。结果:通过上述方法共找出差异表达基因185条,对c11 orf59序列进行了初步的生物学分析,明确了该基因编码蛋白为一核蛋白,可能参与了细胞周期的调控,使其增殖活跃并产生恶变。并初步用实验方法证实了其在乳腺癌中的表达情况。结论:以生物信息学挖掘公共SAGE文库是研究肿瘤基因差异表达的新方法,c11 orf59是一个有意义的乳腺癌分子机理研究靶点。