AFLP Fingerprinting and Genetic Diversity of Main Sweetpotato Varieties in China

AFLP fingerprinting of the 98 main sweetpotato varieties planted in China has been constructed. Using 17 AFLP primer combinations which were selected from 1 208 primer combinations and generated the most amounts of polymorphic bands, AFLP analysis of the 98 main sweetpotato varieties gave a total of 410 clear polymorphic bands with an average of 24.12 polymorphic bands per primer combination. Each one of the 98 sweetpotato varieties could be clearly distinguished by EcoR I-cta/Mse I-ggc primer combination which generated the most polymorphic bands. AFLP-based genetic distance ranged from 0.0546 to 0.5709 with an average of 0.3799. The dendrogram based on AFLP markers indicated that sweetpotato varieties coming from the same regions or having same parents were clustered in the same groups. Analysis of molecular variance （AMOVA） revealed greater variations within regions （94.08%） than among regions （5.92%）. Thus, the genetic variations mainly existed within regions, while the variations among regions were very low in the tested sweetpotato varieties. Significant genetic variations existed between ＂Northern＂ and ＂Southern＂ sweetpotato varieties when Yangtze River was used as the dividing line.

黄瓜种质资源遗传多样性及其亲缘关系的AFLP分析

采用AFLP分子标记技术 ,对中国黄瓜种质资源遗传多样性及其与外来种质的关系进行了分析 ,结果表明 8对AFLP引物在 70份黄瓜种质中共扩增出 4 2 5条带 ,多态性带的比例为 6 6 %。供试黄瓜种质的平均期望杂合度为 0 376 ,中国种质的平均期望杂合度为 0 387,明显高于国外种质的 0 2 91。西双版纳黄瓜和印度野生黄瓜具有一些栽培种质没有的特异位点 ,中国栽培种质的特异位点多于外来栽培种质 ,后者也有一些中国栽培种质没有的特异位点。聚类分析将 70份种质分为三大组群 ,即西双版纳黄瓜 (CucumissativusL .var.xishuangbannanesisQietYuan)组群 ,C .sativusvar.hardwickii野生黄瓜组群和栽培黄瓜组群。西双版纳黄瓜与栽培黄瓜的距离最远 ,与野生黄瓜次之。按一定的遗传距离可以将中国和外来栽培种质分开。大多数华南型和华北型种质归属于不同的亚组。

野生鸭茅种质遗传多样性的AFLP分析

应用扩增片段长度多态性（AFLP）技术，从64个引物对中筛选出9个，分别对37份鸭茅种质进行扩增，共得到400条清晰条带。其中多态性带336条，平均多态位点水平为84．0％，表现出较高的多态性。利用NTSYS-pc软件计算种质间的遗传距离，变化范围为0．0692～0．4214。用UPGMA方法进行聚类分析，在遗传相似系数为0．81水平上37份鸭茅种质可分为8个类群。用EIGEN方法进行主坐标分析，建立种质间相互关系的二维图。各种质在二维图中的分布与UPGMA聚类基本吻合。从分子水平分析，鸭茅遗传变异与染色体倍性和地理分布密切相关。

中国红花遗传多样性的AFLP分子标记(英文)

目的考察红花的种内变异，为进一步进行红花种质资源选育和筛选品质相关基因奠定基础。方法采用扩增片段长度多态性（AFLP）技术，研究中国红花28个不同栽培居群在DNA水平的多态性。采用UPGMA构建系统树图进行聚类分析和计算遗传距离。结果筛选得到的12对引物的扩增片段具有丰富的多态性。各居群间的遗传相似系数在0．48-0．96。聚类分析显示它们分为3大主要类群和一个中间类群。结论红花种内存在一定的遗传多样性。基于AFLP条带统计的聚类结果和表型特征并不完全一致，可能是基因型和环境共同作用于表型的结果。

大麻品种遗传多样性的AFLP分析

利用POPGENE 3.2软件对13个不同来源的大麻群体进行遗传多样性分析。结果显示:云南地区的大麻群体具有最高的遗传多样性水平(PPB=88.82%,He=0.3000,I=0.4571),其次为黑龙江群体(PPB=75.66%,He=0.2572,I=0.3897)。13个大麻群体的多态位点百分率(PPB)为92.11%,Nei's总遗传多样性(Ht)为0.3837,Shannon's信息指数I=0.5374。群体内遗传多样性(Hs)为0.1640,群体间的遗传分化系数(Gst)为0.5725,总的遗传变异中有57.25%发生在群体间,42.75%发生在群体内。根据Nei's(1978)的方法计算了13个大麻群体间的遗传距离和遗传一致度。结果显示:各群体间的遗传一致度在0.6556～0.9258之间,其中四川群体和广西群体间具有最高的遗传一致度(0.9258);云南群体与贵州群体和四川群体间遗传一致度分别为0.9196、0.9173。所有群体中甘肃群体和山西群体遗传一致度最低为0.6556,说明大麻种内具有较大的遗传变异。

基于AFLP分子标记的核桃核心种质的构建

【目的】构建核桃核心种质以便更好地保存、评价和利用丰富的核桃种质资源。【方法】利用AFLP分子标记,对131份核桃原始种质采用逐步聚类法建立候选核心种质,比较不同候选核心种质的多态性位点数、多态性位点百分率,结合形态学指标及地理来源,最终确定核桃核心种质,并进行评价。【结果】建立的核桃核心种质保留了原始种质10%的样品,分别为河北的天桥1号、陕西的西洛2号和西林1号、山西的晋龙1号、山东的丰辉、辽宁的辽宁8号和辽73013、新疆的温185、河南的绿波、北京的北京746、美国引进品种维纳、日本引进品种清香和朝鲜的品种安边1号。根据遗传多样性评价结果,与原始种质相比,核心种质的多态性位点保留率为75.4%。【结论】构建的核桃核心种质能较大程度地代表原始种质的遗传信息,符合核心种质要求。

普通核桃遗传多样性的AFLP分析

【目的】从分子水平上探讨普通核桃品种的遗传多样性和亲缘关系,为更有效地保护和利用这些品种资源提供科学依据。【方法】采用AFLP-银染分子标记技术,对131份核桃品种进行遗传多样性和亲缘关系分析,应用NTSYSpc2.11a分析软件对统计结果进行聚类分析。【结果】选用20对多态性高、分辨力强的EcoRⅠ/MseⅠ引物组合分别对供试材料的基因组DNA进行扩增,共获得1 643条清晰可辨的条带,其中多态性带1 512条,平均每个引物组合可检测出82.15个多态性位点,多态性位点百分率高达92.03%。得到131份材料间的相似系数范围为0.637—0.928。当相似系数为0.76时,UPGMA分析将131份资源分成8个品种群。【结论】普通核桃种质资源具有丰富遗传多样性和复杂的遗传背景。在品种群中,通过聚类分析难以将早实核桃和晚实核桃截然分开。

苦瓜种质资源遗传多样性的AFLP分析

对36份苦瓜种质资源进行AFLP-银染分子标记技术扩增,进行遗传多样性和亲缘关系评价分析。筛选8个多态性高、分辨力强的E+3/M+3引物组合对36份供试材料的基因组DNA扩增,共获得条带数1142条,多态性条带数992条,扩增效率87%,平均每对引物扩增条带数142.75条。其中,以E-ACA/M-CAG引物的扩增效率最高,达到91.79%;其次是E-AAG/M-CTA,达到90.30%;扩增效率最低的引物是E-ACA/M-CTT,为82.31%。表明供试材料在DNA水平上酶切位点的分布存在广泛的变异。各供试材料相似系数介于0.64～0.89;UPGMA分析将36份资源从变种间水平分为2个类群。

西藏核桃优良单株的FISH-AFLP分析

为了深入了解西藏核桃种质资源的遗传背景和遗传多样性,采用FISH-AFLP技术,筛选9对EcoRⅠ+3和MseⅠ+3引物组合,对我国西藏核桃主产区加查和郎县的11个核桃(JuglansregiaL.)优良单株进行基因组DNA水平检测。结果表明:在获得的1103条可统计条带中,1076条呈多态性,多态性达97.67%;9对引物所检测到的不同位点的有效等位基因数(Ne)范围为1.00～1.99,平均为1.48±0.04;基因多样度(H)为0.00～0.49,平均为0.29±0.02;Shannon信息指数(I)为0.00～0.69,平均为0.44±0.02。本研究分析了西藏核桃优良单株的遗传多样性和亲缘关系,建立了它们的指纹图谱。

怒江干热河谷杧果种质资源的表型和AFLP遗传多样性分析

利用表型和AFLP标记,对怒江干热河谷57份杧果种质进行遗传多样性分析。表型性状分析结果表明：8个表型性状在不同的种质间表现出较大的差异,变异系数变化范围为16.98%～61.50%,多样性指数（H’）平均为3.975,其中单果重变异较大。AFLP分析结果显示：57份种质共产生1098条带,其中多态性条带为1032条,多态性比率为94.0%,相似系数在0.55～0.82之间。AFLP聚类分析结果及主成分分析结果均表明种质间具有复杂的遗传关系,且怒江干热河谷杧果种质的亲缘关系与地理分布没有明显的相关性。表型性状聚类和AFLP分子标记聚类分析的结果相对一致,均能较准确地将优势类群聚在一起,且表明57份杧果种质具有较丰富的遗传多样性。

49份野生扁蓿豆种质资源的AFLP遗传多样性分析

应用AFLP标记对采自中国7个省市自治区的49份野生扁蓿豆种质材料进行遗传多样性及遗传结构的分析。研究结果显示：（1）利用4对条带清楚且稳定的AFLP引物组合共扩增出298个条带,其中多态性条带有219个,多态性条带比率为73.5%,每个引物扩增多态性条带数平均为54.8条。（2）49份野生扁蓿豆种质间多态性比率平均为32.70%,Nei’s基因多样性指数平均为0.115,Shannon多样性指数平均为0.172,表明供试种质材料间遗传多样性较丰富,遗传多样性水平较高。（3）河北省的扁蓿豆种质遗传变异最丰富,辽宁省的扁蓿豆种质变异幅度最小,不同地理类群间的扁蓿豆种质遗传多样性指数有显著差异。（4）种质材料间基因分化系数为0.6436,说明64.36%的遗传变异来源于不同种质材料间;地区间基因分化系数为0.2895,说明28.95%的遗传变异来源于不同地区间。表明地区间差异小于种质材料间的遗传变异。（5）UPGMA方法的聚类分析和主成分分析结果表明,49份种质材料间的遗传相似系数（GS）为0.5849-0.9904,遗传距离（GD）为0.0096-0.5363,49份扁蓿豆种质分为6大类,表现出明显的地域性。

广东茶树种质资源AFLP分析

本研究采用AFLP技术，选用多态性高分辨能力强的5对引物对25个广东茶树群体品种和5个对照品种进行选择性扩增，获得了较清晰的DNA指纹图谱。5对引物共扩增出365条带，平均每对引物扩增73条带，多态性条带338条，占总带数的92．6％。扩增片段大小在50-600bp之间。采用DPS2000软件进行聚类，30份供试材料以清凉山茶和清远笔架茶遗传距离最近（0．12752），桂北大叶种和凤凰水仙之间的遗传距离最远（0．5），本实验结果表明广东地方茶树群体品种遗传多样性比较丰富。

红景天种内遗传多样性分析AFLP方法建立

研究建立一种用于药用植物红景天种内遗传多样性分析的AFLP分子标记方法。以提取红景天(Rhodiola.roseaL)种基因组DNA为模板,25μL酶切体系中采用两步双酶切(Mse I、EcoR I),在20μL连接体系中采用T4连接酶,22℃连接过夜,50μL体系预扩增,TaqPlus酶2.5 U,dNTP 160μM,对应引物0.5μM,10×PCR Buffer(含Mg2+)4.5μL,25μL体系选择性扩增,TaqPlus酶1.5 U,dNTP 80μM,对应引物0.25μM,10×PCR Buffer(含Mg2+)2.5μL。AFLP分子标记技术是一种快速、准确、稳定的药用植物红景天的种内遗传多样性分析手段。

三峡库区青蒿遗传多样性AFLP和RAPD比较分析

本研究对36份三峡库区不同来源的青蒿种质资源的遗传多样性进行AFLP和RAPD分析,并对两种检测结果进行比较。AFLP分析结果表明青蒿种质资源的遗传距离在0.0000～0.1967cM之间,平均为0.0911cM;RAPD分析结果表明青蒿种质资源的遗传距离在0.0000～0.3254cM之间,平均为0.1614cM。青蒿种质资源遗传相似系数按类平均法,AFLP和RAPD均可分为4类。其中,36份青蒿种质资源中的20份(55.6%)AFLP的分类结果与RAPD的分类有较好的一致性。

FISH-AFLP分析新疆核桃品种遗传多样性

采用FISH-AFLP技术,选取8对EcoRⅠ+3和MseⅠ+3引物组合,对新疆维吾尔自治区林木品种审定委员会审(认)定的24个核桃品种(无性系)、2株实生古树及4个农家类型在DNA水平上进行了多态性检测。结果表明:在获得的1 011条谱带中,981条呈多态性,多态性百分率达97.5%;不同引物组合的有效等位基因数为1.188 71.234 7,平均为1.208 5;基因多样度为0.118 3 0.141 2,平均为0.129 7;Shannon信息指数为0.184 6 0.225 8,平均为0.206 6。总体的遗传多样性水平为中等。经8对引物检测的30个品种及类型均得到数目不等的特异带型,能将30个核桃良种及类型完全区分,建立了它们的指纹图谱。

基于AFLP标记的贵州及其邻省薏苡种质资源遗传多样性分析

【目的】分析贵州及其邻省薏苡种质的遗传多样性,为薏苡种质资源的保护、遗传改良及创新利用提供理论依据。【方法】利用AFLP标记对来源于贵州及其邻省的141份薏苡种质进行遗传多样性分析及聚类分析。【结果】6对AFLP引物组合从141份薏苡种质中共扩增出830条清晰的条带,其中多态性条带为742条,多态性比例为89.40%,平均每对引物组合扩增多态性条带123.67条,有效等位基因数(Ne)为1.35~1.50,平均1.44;Nei’s遗传多样性指数(H)为0.21~0.30,平均为0.26;Shannon’s信息指数(I)为0.33~0.45,平均为0.40。来自贵州及其邻省的141份薏苡种质分为两大类群,第Ⅰ大类群包含63份薏苡种质,其中来源于贵州27份、广西6份、湖南15份、云南7份、重庆5份和四川3份,该类群可细分为Ⅰ-A和Ⅰ-B2个亚群;第Ⅱ大类群包含78份薏苡种质,其中来源于贵州44份、广西3份、湖南5份、云南18份和四川8份,该类群可细分为Ⅱ-A、Ⅱ-B、Ⅱ-C和Ⅱ-D4个亚群。在每个亚群中,同一地区或毗邻地区的薏苡种质亲缘关系较近,跨区跨省的薏苡种质资源亲缘关系远,仅有少量不同地区的薏苡种质被聚为一个类群。【结论】贵州及其邻省的薏苡种质交流相对较频繁,遗传基础较狭窄,遗传多样性较低。

利用形态学与AFLP标记研究栽培萝卜种质亲缘关系

采用AFLP标记结合形态学指标对33份萝卜种质的遗传多样性进行评价。筛选出8对能产生稳定可重复片段的引物进行AFLP扩增,每对引物可扩增出35～56条带,平均每对引物扩增的DNA带数为45.2条,其中多态性带占总带数的42.10%,显示出萝卜种质之间存在着较丰富的遗传多样性。基于形态学指标和AFLP标记的聚类分析均可将供试材料分为4大组,其中具有独特紫红色根肉的Rs14独为一组;其余3组的划分,两种方法聚类结果大致相同。从整体来看,萝卜种质分类与根皮色相关,大致可分为绿皮萝卜组、白皮萝卜组、红皮萝卜组。

白榆无性系遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP分子标记技术对57份白榆无性系进行遗传多样性和亲缘关系的分析。8对引物对57份白榆无性系扩增后检测出1092条谱带,其中有1065条多态带,多态带比例为97.53%,表明所试白榆材料具有丰富的遗传多样性。遗传相似性系数为0.4266～0.7989,平均值为0.6114,说明各无性系之间有一定的遗传分化。聚类分析将白榆种质分成11组,来源相同的无性系并未严格聚在一起,表明白榆无性系的变异与地理来源没有严格的相关性。该项研究为更为深入地了解白榆遗传背景和遗传结构提供了参考,也为白榆种质资源的利用提供了依据。

柴胡栽培种的RAPD和AFLP遗传关系研究

目的应用不同的分子标记进行柴胡药材干根遗传多样性分析，为柴胡栽培种鉴别和药材鉴别奠定基础。方法以柴胡栽培种干根为材料，采用RAPD和AFLP两种分析方法。结果以筛选到的3条随机引物对9个柴胡栽培种进行RAPD分析，共扩增出28条DNA带，平均每条引物组合扩增9．33条带，其中多态性带为6．67条，多态性比率为71．43％；而在AFLP分析中，筛选出4对特异性引物，共获得107条DNA带，平均每对引物扩增26．75条带，其中多态性带为23．25条，多态性比率为86．92％。经统计分析，9个柴胡栽培种RAPD和AFLP分析的Jaccard遗传相似系数分别介于0．61～0．93和0．39～0．86。UPGMA聚类分析，两种标记方法均可将9个柴胡栽培种聚为3大类群，聚类结果相似但不完全相同。结论以柴胡药材干根为材料，RAPD和AFLP两种分子标记均可用于植物种间及种下遗传关系分析，且AFLP条带较多，多样性丰富，更有利于柴胡属植物多样性的分析。