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Oligo(dT)亲和层析介质的载量比较和机制分析
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作者 谭远志 张鹏程 +3 位作者 孙艳娜 张其磊 姚善泾 林东强 《高校化学工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期243-252,共10页
针对Oligo(d T)亲和层析介质的吸附性能,以poly(A)为模型分子,考察了4种Oligo(d T)亲和层析介质的静态吸附平衡、吸附动力学和动态结合载量(DBC),探讨了载量影响相关机制。结果表明,4种介质的合适吸附条件均为0.6 mol·L-1Na Cl、p ... 针对Oligo(d T)亲和层析介质的吸附性能,以poly(A)为模型分子,考察了4种Oligo(d T)亲和层析介质的静态吸附平衡、吸附动力学和动态结合载量(DBC),探讨了载量影响相关机制。结果表明,4种介质的合适吸附条件均为0.6 mol·L-1Na Cl、p H=6~7;Monomix d T20静态吸附容量最大,且poly(A)能扩散至介质微球深层孔内,而Poros Oligo(d T)25、Praesto Jetted (d T)25和Nano Gel d T20等3种介质中poly(A)均主要为表层吸附、静态吸附容量稍低;对于DBC,Nano Gel d T20和Monomix d T20的10%穿透的DBC较高,而Poros Oligo (d T)25和Praesto Jetted (d T)25相对略低。经分析,影响载量的主要因素包含基质种类、微球孔径、配基密度、间隔臂和配基长度等。对于基质种类,聚苯乙烯基质可能孔道结构较为特别。对于微球孔径,应针对不同大小的m RNA分子定制不同孔径的微球,以平衡传质阻力与可及吸附表面积之间的矛盾,从而增大DBC。 展开更多
关键词 亲和层析 m RNA 寡脱氧胸腺苷酸 载量 生物分离
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Oligo-FISH涂染揭示柚粗线期1号染色体的结构及配对
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作者 何礼 张国艳 +4 位作者 陈克玲 何建 关斌 李文婷 刘建军 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期788-796,共9页
【目的】深化柑橘减数分裂粗线期染色体结构组成和配对分析。【方法】首次利用柑橘染色体全长特异寡核苷酸荧光原位杂交(oligo-fluorescence in situ hybridization,oligo-FISH)涂染探针,精准示踪鉴定沙田柚粗线期1号染色体的结构特征,... 【目的】深化柑橘减数分裂粗线期染色体结构组成和配对分析。【方法】首次利用柑橘染色体全长特异寡核苷酸荧光原位杂交(oligo-fluorescence in situ hybridization,oligo-FISH)涂染探针,精准示踪鉴定沙田柚粗线期1号染色体的结构特征,比较其与有丝分裂间期细胞核、有丝分裂前中期和中期染色体的结构差异,并揭示粗线期全长染色体的同源配对。【结果】观测到同源配对的全长粗线期与有丝分裂中期较大染色质结构差异。经测定,柚粗线期1号染色体平均全长、长臂长、短臂长和臂比分别为中期的13.93倍、16.54倍、10.44倍和1.54倍,表现出更高FISH信号分辨率。检测到柚粗线期1号染色体着丝粒附近约3.01 Mb的探针信号缺失区。【结论】首次实现柑橘特定全长粗线期染色体的跟踪研究,为深入开展其结构和配对遗传利用的精准研究提供了新方法。 展开更多
关键词 柑橘 粗线期 寡核苷酸荧光原位杂交 染色体涂染 分辨率
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Synthesis of Poly(p-phenyleneethynylene)s with Crosslinkable End or Side Groups and Its Solid State Structure and Optical Properties Before and after Crosslinking 被引量:1
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作者 WANG Wen-zhong LIU Zhong-yi HUANG Peng-cheng 《Chemical Research in Chinese Universities》 SCIE CAS CSCD 2009年第5期767-772,共6页
Two crosslinkable poly(p-phenyleneethynylene)s(PPEs): poly[2,5-di(2'-ethyl-hexyloxy)-1,4-phenylenecthynylene] with end-capped vinyl(PPE1) and poly[2,5-di(allyloxy)-1,4-phenyleneethynylene-2,5-di(2'-ethyl... Two crosslinkable poly(p-phenyleneethynylene)s(PPEs): poly[2,5-di(2'-ethyl-hexyloxy)-1,4-phenylenecthynylene] with end-capped vinyl(PPE1) and poly[2,5-di(allyloxy)-1,4-phenyleneethynylene-2,5-di(2'-ethyl-hexyloxy)-1,4-phenyleneethynylene](PPE2) were synthesized. Via the thermal addition reactions of vinyl end groups of PPE1 and allyloxy side groups of PPE2, crosslinked polymers C-PPE1 and C-PPE2 were obtained, respectively. The two polymers were characterized by wide-angle X-ray diffraction(WXRD), ultraviolet-visible(UV-Vis) absorption, and photoluminescence(PL). The results indicate that in the solid state, the polymer chains of PPE1 were packed with a low degree of crystallinity because of the sterically hindered(2'-ethyl-hexyl)oxy branched side chains, but, because of the introduction of allyloxy side chains, the polymer chains of PPE2 were packed in an order fashion with a high degree of crystallinity. Because of the high crosslinking density in C-PPE2, the formation of aggregates and excimer was hampered by the formed crosslinking network more effectively in C-PPE2 film than in C-PPE1 film. 展开更多
关键词 Poly(p-phenyleneethynylene Crosslinkable polymer Optical property Packing fashion
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顶芒山羊草特异寡核苷酸探针开发和oligo-FISH核型构建
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作者 史培瑶 陈丽娟 +5 位作者 孙昊杰 程梦豪 肖进 袁春霞 王秀娥 王海燕 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1455-1465,共11页
栽培小麦近缘物种顶芒山羊草(Aegilops comosa,2n=2x=14,MM)是小麦改良的三级基因库。为准确鉴定顶芒山羊草M基因组染色体或染色体区段,本研究利用二代测序获得顶芒山羊草M基因组序列信息,从中鉴定出16条可能的特异卫星重复序列。根据... 栽培小麦近缘物种顶芒山羊草(Aegilops comosa,2n=2x=14,MM)是小麦改良的三级基因库。为准确鉴定顶芒山羊草M基因组染色体或染色体区段,本研究利用二代测序获得顶芒山羊草M基因组序列信息,从中鉴定出16条可能的特异卫星重复序列。根据这些序列设计12个寡核苷酸(oligo)探针进行oligo-FISH,结果表明,其中10个探针可在顶芒山羊草染色体上产生明显的杂交信号。对探针特异性分析发现,5个探针仅在顶芒山羊草染色体上产生杂交信号,在小麦染色体上未观察明显杂交信号,可作为顶芒山羊草特异探针鉴定小麦背景中的顶芒山羊草染色体。选择在顶芒山羊草染色体上信号分布丰富的3个探针(oligo-pAc89、oligo-pAc148、oligo-pAc225)组成探针套ONPS#AC1,结合利用本实验室根据小麦D亚基因组开发的寡核苷酸探针库,构建了顶芒山羊草的oligo-FISH核型。本研究构建的FISH核型可以准确识别顶芒山羊草各条染色体,为挖掘、转移和利用顶芒山羊草优异基因提供了快速准确的鉴定手段。 展开更多
关键词 顶芒山羊草 二代测序 卫星重复序列 寡聚核苷酸探针 荧光原位杂交
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Preparation and Thermo-Responsive Properties of Poly(Oligo(Ethylene Glycol)Methacrylate)Copolymers with Hydroxy-Terminated Side Chain
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作者 陈杨轶 苏桐 +3 位作者 周仕航 谢晨迪 李京芝 邱夷平 《Journal of Donghua University(English Edition)》 CAS 2023年第6期610-621,共12页
Thermo-responsive random copolymers,poly(2-(2-methoxyethoxy)ethoxyethyl methacrylate-co-(ethylene glycol)methyl ether methacrylate)(P(EO_(2)-co-EO_(4/5)))and poly(2-(2-methoxyethoxy)ethoxyethyl methacrylate-co-ethylen... Thermo-responsive random copolymers,poly(2-(2-methoxyethoxy)ethoxyethyl methacrylate-co-(ethylene glycol)methyl ether methacrylate)(P(EO_(2)-co-EO_(4/5)))and poly(2-(2-methoxyethoxy)ethoxyethyl methacrylate-co-ethylene glycol methacrylate(P(EO2-co-EG4/5))are synthesized via atom transfer radical polymerization(ATRP).The successful synthesis and the narrow polydispersity index(PDI)of two copolymers are indicated by 1H nuclear magnetic resonance(1H-NMR)and gel permeation chromatography(GPC)analyses.The transition behaviors of polymers in the aqueous solution are demonstrated by changes in turbidity and particle sizes.The transition behavior of P(EO2-co-EG4/5)is found to be milder than that of P(EO2-co-EO4/5).Moreover,the presence of hydrogen bonds without thermo-responsive properties established by hydroxyl groups in the end-side chain of P(EO_(2)-co-EG_(4/5))hinders the dehydration at the transition temperature(TT).Attenuated total reflection Fourier transform infrared spectrometry(ATR-FTIR)analysis along with contact angle measurements reveals that both P(EO_(2)-co-EO_(4/5))and P(EO_(2)-co-EG_(4/5))films undergo phase transitions from hydrophilicity to hydrophobicity above TT.By examining the swelling and collapse behaviors of the polymer films during phase transitions,it can be concluded that the end hydroxyl groups may establish hydrogen bonds with neighboring ether groups within the films,which remain intact throughout the phase transition process due to their strong bonding interactions.This leads to an increase in steric hindrance within swollen films thereby impeding dehydration processes and inducing hysteresis during phase transitions. 展开更多
关键词 thermo-responsive property poly(oligo(ethylene glycol)methacrylate) polyethylene glycol methacrylate hydroxy-terminated side chain contact angle phase transition
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高密度Oligo基因芯片筛选小鼠嗅球发育相关基因的研究 被引量:2
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作者 宋业纯 杨辉 +4 位作者 刘仕勇 何家全 黄其林 邱克军 张治元 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第9期841-843,共3页
目的 研究小鼠嗅球发育相关基因表达谱,探讨嗅球(olfactorybulb ,OB)在室管膜前下区(anteriorsubventricularzone ,SVZa)神经干细胞的迁移及分化中的作用。方法 采用165 0 0点的小鼠高密度Oligo基因芯片对胚胎16d(embryonicday16,E16... 目的 研究小鼠嗅球发育相关基因表达谱,探讨嗅球(olfactorybulb ,OB)在室管膜前下区(anteriorsubventricularzone ,SVZa)神经干细胞的迁移及分化中的作用。方法 采用165 0 0点的小鼠高密度Oligo基因芯片对胚胎16d(embryonicday16,E16)、生后1d(postnatalday 1,P1)、7d(P7)、2 1d(P2 1)OB的基因表达情况进行检测,以4个时相点全脑等量混合样品作为对照。结果 通过筛选基因表达谱,得到5 2 77条在E16、P1、P7及P2 1OB中均有表达的基因,然后采用两两对比组合,得到6组数据,从中筛选出了5 81个差异在3倍以上的基因,分层聚类分析将其分为6大类,进一步分析了与SVZa区神经干细胞的迁移相关基因Slit2聚类同组的2 8个基因及与多巴胺神经元分化相关基因TH聚类同组的17个基因。结论 在小鼠嗅球发育中发现了5 81条表达差异≥3倍的基因,进一步通过对与Slit2相关的2 8个基因及与TH相关的17个基因的分析有助于揭示SVZa神经干细胞迁移及向多巴胺神经元分化的作用机制。 展开更多
关键词 嗅球 神经干细胞 oligo基因芯片
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用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制 被引量:3
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作者 温颖 马文丽 +4 位作者 李凌 吴清华 徐秋林 张海燕 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2005年第3期293-297,共5页
目的研制快速筛查诊断HIV病毒的Oligo芯片。方法以HIV-1B亚型U26942全基因组序列为靶序列,利用DNA Club、Oligo 6.0、BLAST、Alignment等生物信息学软件,设计高度特异、长度均一、具近似熔解温度(Tm)的Oligo 探针,并制备成Oligo芯片。B(... 目的研制快速筛查诊断HIV病毒的Oligo芯片。方法以HIV-1B亚型U26942全基因组序列为靶序列,利用DNA Club、Oligo 6.0、BLAST、Alignment等生物信息学软件,设计高度特异、长度均一、具近似熔解温度(Tm)的Oligo 探针,并制备成Oligo芯片。B(U26942)、C(U46016)、F(AF075703)、G(AF061640)四种亚型质粒分别经RD-梯度PCR与随机特异性引物PCR,经荧光标记后与芯片杂交,扫描芯片后进行统计学分析。结果与结论获得22条60 mer 探针,Oligo芯片特异性、敏感性及稳定性好,为进一步应用提供了条件。 展开更多
关键词 HIV oligo芯片 RD PCR
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利用oligo芯片技术鉴定橡胶树死皮相关基因 被引量:4
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作者 覃碧 刘向红 +1 位作者 邓治 李德军 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2012年第2期296-301,共6页
橡胶树死皮(Tapping Panel Dryness,TPD)是天然橡胶单产提高的主要限制因子之一,给橡胶种植业带来严重危害。本研究利用定制橡胶树oligo芯片,通过提取死皮和健康橡胶树胶乳总RNA,标记并反转录成cDNA后与橡胶树oligo芯片进行杂交鉴定TPD... 橡胶树死皮(Tapping Panel Dryness,TPD)是天然橡胶单产提高的主要限制因子之一,给橡胶种植业带来严重危害。本研究利用定制橡胶树oligo芯片,通过提取死皮和健康橡胶树胶乳总RNA,标记并反转录成cDNA后与橡胶树oligo芯片进行杂交鉴定TPD相关基因,利用RT-PCR技术对芯片结果进行验证。对芯片数据分析结果显示,以2倍标准在死皮与健康橡胶树间筛选到26个差异表达基因,其功能涉及橡胶生物合成、细胞程序性死亡、细胞抗性及防御反应、活性氧代谢、DNA甲基化、泛素-蛋白酶体、信号传导、蛋白质合成、加工及转运等调控途径。进一步的RT-PCR验证结果表明,随机选取12个基因的表达模式均与芯片结果一致。本研究为大规模鉴定TPD相关基因和揭示TPD发生分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 橡胶树 死皮 oligo芯片 TPD相关基因 RT-PCR
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梨S基因检测芯片的oligo探针设计 被引量:2
9
作者 江南 谭晓风 《经济林研究》 北大核心 2012年第3期1-5,36,共6页
为给梨品种S基因芯片的制备及梨品种自交不亲和性S-RNase基因和S基因型的检测奠定基础,结合已有的对梨自交不亲和S-RNase基因的研究成果及Genbank中梨S-RNase基因信息,利用生物学比对软件Genedoce对梨S-RNase等位基因序列进行比对,得到... 为给梨品种S基因芯片的制备及梨品种自交不亲和性S-RNase基因和S基因型的检测奠定基础,结合已有的对梨自交不亲和S-RNase基因的研究成果及Genbank中梨S-RNase基因信息,利用生物学比对软件Genedoce对梨S-RNase等位基因序列进行比对,得到等位基因HV区的特异序列;用oligo6.71、Premier Premier 5.0和Clustal.W等生物学软件设计特异性高、解链温度Tm值接近、长度均一的oligo探针,获得了24条32 mer的oligo探针。 展开更多
关键词 自交不亲和性 S-RNASE oligo探针
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棉花Oligo-FISH技术建立及其初步应用 被引量:5
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作者 刘玉玲 刘震 +11 位作者 李兆国 王玉红 周忠丽 蔡小彦 王星星 王小艳 张树林 赵海燕 张振梅 王坤波 刘方 彭仁海 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期213-221,共9页
【目的】荧光原位杂交技术可以实现DNA序列直观准确的染色体定位,是基因组深入研究的重要技术之一。染色体特异探针的获得是该技术应用的关键。本研究旨在建立棉花寡核苷酸荧光原位杂交技术。【方法】利用已经公布棉花基因组序列数据,... 【目的】荧光原位杂交技术可以实现DNA序列直观准确的染色体定位,是基因组深入研究的重要技术之一。染色体特异探针的获得是该技术应用的关键。本研究旨在建立棉花寡核苷酸荧光原位杂交技术。【方法】利用已经公布棉花基因组序列数据,采用生物信息学方法获得染色体特异的寡核苷酸库,随后用乳化聚合酶链式反应方法标记成荧光探针,在棉花有丝分裂中期染色体上进行原位杂交。【结果】建立了一套棉花寡核苷酸荧光原位杂交技术体系。【结论】该体系可用于棉花单染色体识别鉴定。 展开更多
关键词 棉花 寡核苷酸 荧光原位杂交 染色体
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源于类芽胞杆菌的低聚糖脱支酶底物特异性及其应用研究
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作者 孔昊存 张笑 +3 位作者 李才明 班宵逢 顾正彪 李兆丰 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1-16,共16页
脱支酶是淀粉深加工产业的常用酶制剂,然而传统脱支酶难以完全满足淀粉糖绿色生产及副产物综合利用的需求,因此有必要挖掘适合的新型脱支酶。本研究筛选并构建来源于类芽胞杆菌STB16的低聚糖脱支酶基因(oga)的枯草芽孢杆菌表达系统,实... 脱支酶是淀粉深加工产业的常用酶制剂,然而传统脱支酶难以完全满足淀粉糖绿色生产及副产物综合利用的需求,因此有必要挖掘适合的新型脱支酶。本研究筛选并构建来源于类芽胞杆菌STB16的低聚糖脱支酶基因(oga)的枯草芽孢杆菌表达系统,实现低聚糖脱支酶的异源表达,并探究重组酶的酶学性质和底物特异性。结果表明,枯草芽孢杆菌发酵上清液的酶活力可达162.33 U/mL,重组酶的最适反应温度50℃、最适反应pH值6.0,且专一地作用于底物中聚合度为1的分支的α-1,6-糖苷键。相比于其它类型的脱支酶(底物转化率低于检出限),重组低聚糖脱支酶对异麦芽糖、异麦芽三糖、潘糖等异麦芽低聚糖具有更彻底的水解能力,底物转化率达97.4%~100%,且产物为葡萄糖,因此更适合用于处理葡萄糖母液,可使一次母液、二次母液和色谱分离尾液中葡萄糖含量分别提升3.6%,12.7%和34.4%。相关研究结果可为新型脱支酶的开发和利用奠定理论基础,也为淀粉糖加工副产物的综合利用提供重要参考。 展开更多
关键词 低聚糖脱支酶 酶学性质 底物特异性 淀粉糖 葡萄糖母液
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利用改进的Oligo-capping法构建手掌参全长cDNA文库 被引量:9
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作者 周建平 杨足君 +4 位作者 白丽莉 冯娟 李光蓉 邓科君 任正隆 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第9期1874-1877,共4页
Oligo-capping法是构建全长cDNA文库的重要方法之一.以名贵中药手掌参(Gymnadenia conopseaR.Br.)的幼芽组织为材料,通过减少mRNA的用量,用pUC18作载体,设计特异引物对第1链cDNA进行PCR扩增,按片段大小分级回收cDNA,形成了一种以Oligo-c... Oligo-capping法是构建全长cDNA文库的重要方法之一.以名贵中药手掌参(Gymnadenia conopseaR.Br.)的幼芽组织为材料,通过减少mRNA的用量,用pUC18作载体,设计特异引物对第1链cDNA进行PCR扩增,按片段大小分级回收cDNA,形成了一种以Oligo-capping法为基础,构建珍稀材料全长cDNA文库的快速、简单的技术体系.利用该方法,首次成功地构建了手掌参的全长cDNA文库.经综合评价,文库容量达到了8×105个/μg cDNA,全长cDNA比例达到68%,重组率超过96%,说明本实验的改进非常成功.该文库的建成为手掌参的遗传资源保护和功能基因发掘等理论与应用研究奠定了基础. 展开更多
关键词 全长CDNA文库 oligo-capping法 手掌参
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高密度Oligo基因芯片检测榄香烯对胶质瘤U251细胞凋亡相关基因的影响 被引量:1
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作者 杨卫忠 陈春美 +5 位作者 石松生 王锐 王春华 倪天瑞 陈建屏 梁日生 《福建医药杂志》 CAS 2007年第5期102-105,共4页
目的应用高密度Oligo基因芯片技术检测榄香烯对胶质瘤U251细胞凋亡相关基因的影响。方法实验分2组,实验组用含有终浓度为0.062mg/ml榄香烯作用于U251细胞24h,对照组为未行任何处理的U251细胞。抽提2组U251细胞的总RNA并逆转录合成Cy5、... 目的应用高密度Oligo基因芯片技术检测榄香烯对胶质瘤U251细胞凋亡相关基因的影响。方法实验分2组,实验组用含有终浓度为0.062mg/ml榄香烯作用于U251细胞24h,对照组为未行任何处理的U251细胞。抽提2组U251细胞的总RNA并逆转录合成Cy5、Cy3标记的cDNA,混合后杂交含22000个人类基因的人类高密度Oligo基因芯片,经过洗片和扫描,获得荧光信号图像并用计算机分析,随机抽取4种差异表达基因用PCR验证。结果按差异显著性标准,从22000条基因中筛选出差异表达基因179条,其中11个凋亡相关基因表达上调,15个凋亡相关基因表达下调。主要包括细胞周期蛋白、细胞凋亡、细胞骨架和运动蛋白等相关基因。结论榄香烯能够影响胶质瘤细胞相关凋亡基因的改变,而基因芯片技术有效分析其基因表达谱,有助于认识胶质瘤药物治疗的机制。 展开更多
关键词 胶质瘤 榄香烯 凋亡 高密度oligo 基因表达谱
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Oligo基因芯片分析黄芪多糖对脑缺血再灌注大鼠DND的保护作用 被引量:6
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作者 郑一 高玉红 +1 位作者 吴士文 于生元 《山东中医杂志》 2013年第8期579-582,共4页
目的:用基因芯片分析黄芪多糖(APs)对脑缺血再灌注损伤大鼠海马组织迟发性神经元死亡(DND)相关基因表达的影响,探讨其保护作用机制。方法:以博奥公司定制的包含5 705条大鼠的Oligo基因表达谱芯片,研究脑缺血再灌注4 d的大鼠海马组织基... 目的:用基因芯片分析黄芪多糖(APs)对脑缺血再灌注损伤大鼠海马组织迟发性神经元死亡(DND)相关基因表达的影响,探讨其保护作用机制。方法:以博奥公司定制的包含5 705条大鼠的Oligo基因表达谱芯片,研究脑缺血再灌注4 d的大鼠海马组织基因表达谱,观察黄芪多糖对大鼠脑缺血再灌注损伤基因表达的影响。结果:脑缺血再灌注4 d的大鼠海马组织共筛选出差异表达基因9条,而这9条基因全部表达下调。结论:黄芪多糖可引起9条基因下调,其中cyp21、Ifi27、S100a9、Hipk3是参与自由基、钙超载、免疫炎症反应和凋亡的基因。Slc2a13参与葡萄糖代谢,Irp94、Fgf21、Akap5、Admr的功能还不明确。黄芪多糖通过减轻免疫介导炎症反应,来保护CA1区锥体细胞的迟发性死亡。 展开更多
关键词 oligo基因芯片 基因表达 脑缺血再灌注 DND 黄芪多糖
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HSV-2的生物信息学分析及其Oligo探针设计 被引量:1
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作者 赵海全 马文丽 +2 位作者 莫小阳 张亚莉 郑文岭 《山东医药》 CAS 北大核心 2005年第35期21-22,共2页
目的设计单纯疱疹病毒2型(HSV-2)诊断芯片的O ligo探针。方法利用BLA ST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件O ligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果获得13条60-m er O ligo探... 目的设计单纯疱疹病毒2型(HSV-2)诊断芯片的O ligo探针。方法利用BLA ST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件O ligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果获得13条60-m er O ligo探针。结论利用BLA ST系统和生物学软件O ligo6.0设计HSV-2诊断芯片的探针,可为后期打印成DNA芯片,用于HSV-2的检测打下基础。 展开更多
关键词 单纯疱疹病毒2型 生物芯片 oligo探针 BLAST软件
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利用改进的Oligo-Capping法构建甘蔗茎全长cDNA文库 被引量:4
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作者 郭晋隆 阙友雄 +3 位作者 刘金仙 郑益凤 陈如凯 许莉萍 《热带作物学报》 CSCD 2009年第5期672-676,共5页
Oligo-Capping法是目前全长cDNA文库构建的重要方法之一。笔者在引进、消化和吸收的基础上,通过对特异引物和接头序列的设计,及cDNA扩增反应条件的优化,对该方法进行了一些切实可行的改进,形成了一套简便易行的技术体系。利用本研究中... Oligo-Capping法是目前全长cDNA文库构建的重要方法之一。笔者在引进、消化和吸收的基础上,通过对特异引物和接头序列的设计,及cDNA扩增反应条件的优化,对该方法进行了一些切实可行的改进,形成了一套简便易行的技术体系。利用本研究中改进的Oligo-Capping法,成功地构建了甘蔗茎全长cDNA文库。综合评价结果表明,本研究中所构建的甘蔗茎全长cDNA文库的库容大于2.5×106cfu,重组率为91%,全长率高达88.9%。本文库的构建为进一步甘蔗茎中全长基因的克隆和功能基因的表达分析奠定了基础。 展开更多
关键词 全长CDNA文库 oligo-Capping法 甘蔗茎
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先天性心脏病有关的风疹病毒Oligo探针与功能基因芯片的设计 被引量:2
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作者 莫小阳 马文丽 +2 位作者 张亚莉 赵海全 郑文岭 《心脏杂志》 CAS 2006年第6期632-635,共4页
目的风疹病毒(Rubella virus,RV)是先天性风疹综合征(先天性心脏病、先天性白内障和耳聋的三联综合征)的致病因素,本研究针对RV全基因组序列的生物信息学特点,设计RV 60-m er长链寡核苷酸探针,探讨寡核苷酸探针和功能基因芯片的设计方... 目的风疹病毒(Rubella virus,RV)是先天性风疹综合征(先天性心脏病、先天性白内障和耳聋的三联综合征)的致病因素,本研究针对RV全基因组序列的生物信息学特点,设计RV 60-m er长链寡核苷酸探针,探讨寡核苷酸探针和功能基因芯片的设计方法。方法利用生物信息学软件Array Designer 2.0针对RV全基因组设计Tm值相近、长度均一的60-m er探针,利用其BLAST功能将所得探针在GenBank数据库进行序列比对分析,筛选得到RV特异性O ligo探针并设计成功能基因芯片。结果获得11条60-m er O ligo探针,用于打印成DNA芯片,拟用于RV检测与病毒基因表达功能分析。结论利用Array Designer 2.0软件设计芯片探针比常见其他方法更有效,尤其适合于病毒检测和病毒基因功能分析复合型芯片的设计。 展开更多
关键词 风疹病毒 功能基因芯片 oligo探针 先天性心脏病
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细小病毒B19 Oligo探针设计 被引量:1
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作者 吕梁 马文丽 +2 位作者 孙朝晖 马晓冬 郑文岭 《生物技术通讯》 CAS 2004年第1期17-19,共3页
利用BLAST软件对细小病毒B19的序列进行序列比对,获得特异序列;利用生物学软件Oligo6.40设计特异性高、Tm值接近、长度均一的Oligo探针。结果获得了13条70bp的Oligo探针,用于芯片打印及细小病毒B19的检测。表明利用BLAST系统和生物学软... 利用BLAST软件对细小病毒B19的序列进行序列比对,获得特异序列;利用生物学软件Oligo6.40设计特异性高、Tm值接近、长度均一的Oligo探针。结果获得了13条70bp的Oligo探针,用于芯片打印及细小病毒B19的检测。表明利用BLAST系统和生物学软件Oligo6.40设计细小病毒B19诊断芯片的探针是一种简便而有效的方法。 展开更多
关键词 细小病毒B19 oligo探针 生物信息学 BLAST
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Oligo诱导突变的改进方法
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作者 叶林柏 叶璨樱 +3 位作者 郜金荣 徐进平 孟小林 胡敏 《武汉大学学报(自然科学版)》 CSCD 1998年第2期263-264,共2页
介绍一种改进的Oligo诱导DNA定点突变方法,此法制备的含U野生型模板DNA在JM107中的存活率从5%~10%下降至1%~2%;诱变反应终产物转染JM107产生的斑数比原法提高15~20倍,诱导连续4个核苷酸替换... 介绍一种改进的Oligo诱导DNA定点突变方法,此法制备的含U野生型模板DNA在JM107中的存活率从5%~10%下降至1%~2%;诱变反应终产物转染JM107产生的斑数比原法提高15~20倍,诱导连续4个核苷酸替换产生的突变频率达80%~85%,即使诱导连续12个核苷酸的缺失,也能获得40%~50%的突变频率. 展开更多
关键词 DNA定点突变 oligo诱变 突变 诱发突变
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左手螺旋Z-DNA的研究 Ⅴ 环境因子对Oligo-d(G-C)_6构象的影响 被引量:2
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作者 黄汝多 李振华 J.H.VandeSande 《激光生物学报》 CAS CSCD 1997年第3期1114-1118,共5页
脱氧寡聚核苷酸d(G-C)6是迄今所报道的同类脱氧多聚核苷酸中能形成左手螺旋DNA(Z-DNA)的最短序列。环境因子如PH,温度和离子的类别与浓度对d(G-C)6在溶液中的Z-构象的形成和B-、Z-构象的相对稳定性有... 脱氧寡聚核苷酸d(G-C)6是迄今所报道的同类脱氧多聚核苷酸中能形成左手螺旋DNA(Z-DNA)的最短序列。环境因子如PH,温度和离子的类别与浓度对d(G-C)6在溶液中的Z-构象的形成和B-、Z-构象的相对稳定性有着明显的影响。在合适的条件下,d(G-C)6在溶液中可呈现B-构象区,Z-构象相对稳定区和B-、Z-构象跃迁过渡区。 展开更多
关键词 Z-DNA 环境因子 oligo-d(G-C)6 构象
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