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1起Omicron BA.2.12.1引起的度假区聚集疫情分析
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作者 李杰 李星星 +7 位作者 张翼 伍霄雲 曾意茹 郑旭丽 何星宇 杨秀程 张宇 周丽君 《寄生虫病与感染性疾病》 CAS 2023年第2期90-94,共5页
目的 分析四川省1起旅游度假区新型冠状病毒肺炎聚集性疫情的调查过程、疫情特点和传播过程,为此类事件的调查和处置提供参考。方法 将2022年7月16日至24日眉山市洪雅县七里坪旅游度假区的新冠肺炎感染者作为调查对象,开展现场流行病学... 目的 分析四川省1起旅游度假区新型冠状病毒肺炎聚集性疫情的调查过程、疫情特点和传播过程,为此类事件的调查和处置提供参考。方法 将2022年7月16日至24日眉山市洪雅县七里坪旅游度假区的新冠肺炎感染者作为调查对象,开展现场流行病学调查和采样检测,采用描述性方法进行流行病学分析。结果 本次疫情共持续9 d,累计报告72例阳性感染者。其中确诊病例25例(34.72%);无症状感染者47例(65.28%);感染者主要集中在洪雅县七里坪镇(62例,86.11%),发现方式主要是集中隔离点(44例)和中风险管控区筛查发现(13例);潜伏期为1~6 d,平均为2.9 d。按发病日期计算Rt值在0.70~11.85之间,按报告日期计算Rt值在0.49~23.35之间。本次疫情表现出感染来源明确、传播链条清楚、病毒载量高、家庭及场所聚集性明显、密接排查难度大、人群主要以50岁以上退休老人居多6个特点。结论 本次疫情是Omicron BA.2.12.1在国内引起的首次本土聚集性疫情,发生在避暑胜地,人员多为退休老年人和小孩,活动地点主要为菜市场和家庭,休闲方式主要为打麻将和散步。针对偏远山区旅游度假区由传播速度较快的Omicron BA.2.12.1引起的疫情,综合防控措施的采取可实现在1个潜伏期内控制疫情。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 omicron ba.2.12.1 流行特征
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海南省1155例新型冠状病毒Omicron(BA.5.1.3)变异株感染的中医证候特征及诊疗策略 被引量:2
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作者 华俏丽 郑丹文 +10 位作者 刘云涛 水敬伟 蔡怡航 李泉 张达坤 李深明 杜永明 丁邦晗 郭建文 张汉洪 张忠德 《广东医学》 CAS 2023年第5期558-564,共7页
目的 分析海南省新型冠状病毒奥密克戎变异株(BA.5.1.3)感染者中医证候特征及中医治法治则。方法 纳入海南省三亚市2022年8月4至19日方舱医院、定点医院收治的感染奥密克戎变异株(BA.5.1.3)的成人病例,收集病例中医证候信息,通过潜在类... 目的 分析海南省新型冠状病毒奥密克戎变异株(BA.5.1.3)感染者中医证候特征及中医治法治则。方法 纳入海南省三亚市2022年8月4至19日方舱医院、定点医院收治的感染奥密克戎变异株(BA.5.1.3)的成人病例,收集病例中医证候信息,通过潜在类别分析探讨此次疫情的核心病机。结果 共纳入1 155例病例,其平均年龄(46.1±15.5)岁,临床分型以轻型(77.1%)和无症状感染者(21.7%)为主。症状以咳嗽(57.6%)、咳痰(42.3%)、咽痛(21.7%)、鼻塞流涕(17.6%)为主。舌质为舌淡红(59.8%)、舌红(33.4%)、舌紫暗(2.3%),舌苔多为苔薄白(43.7%)、苔薄黄(25.8%)、苔白腻(11.4%)。脉以滑脉(36.8%)、浮脉(29.4%)、弱脉(11.9%)为主。在证候演变上,发热多出现病程早期,随后咳嗽、鼻塞流涕、咽干、纳差占比上升,而至发病7 d以后,各症状占比均呈下降趋势。胸闷、气短、纳差、便秘、滑脉、舌紫暗、苔白腻多见于重症高危病例。结论 新型冠状病毒奥密克戎变异株(BA.5.1.3)感染的核心病机为暑热夹湿,以上焦病变为核心,早期疫疠邪气挟风热袭表,随后病邪逐渐由表入里侵犯肺及脾胃,暑湿表现较为明显,采取清热透邪、化湿解毒之法。而重症高危人群多表现阳气受损,湿毒未清的特点,予以益气温阳,化湿解毒。 展开更多
关键词 奥秘克戎变异株 ba.5.1.3 中医证候 海南省
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RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测和区分SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5变异株 被引量:1
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作者 马玉楠 邹丽容 +6 位作者 梁源浩 刘泉汛 孙倩 庞玉莲 林洪青 邓小玲 唐时幸 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期516-526,共11页
目的建立一种基于CRISPPR-Cas12a基因编辑技术对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎BA.4/5变异株快速检测与鉴别的方法。方法结合逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)与CRISPR基因编辑技术,基于次优原间隔区相邻基序(suboptimal-PAM)设计奥密克... 目的建立一种基于CRISPPR-Cas12a基因编辑技术对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎BA.4/5变异株快速检测与鉴别的方法。方法结合逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)与CRISPR基因编辑技术,基于次优原间隔区相邻基序(suboptimal-PAM)设计奥密克戎BA.4/5变异株特异性的CRISPRRNA(crRNA),从而建立RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测新冠病毒BA.4/5变异株的方法。本研究检测了43例新冠病毒阳性的临床样本(包括新冠病毒野生株以及变异株Alpha、Beta、Delta、奥密克戎BA.1和BA.4/5)以及20例新冠病毒阴性的临床样本(包括11种常见呼吸道病原体),并以测序结果为金标准计算PCR/CRISPR-Cas12a检测方法的ROC曲线下面积(AUC)以及灵敏度(SEN)、特异性(SPE)、一致性(Kappa)评价检测方法的性能。结果本研究筛选到两条特异性crRNA-1和crRNA-2,所建立的方法可在30min内快速特异地检测出SARS-CoV-2奥密克戎BA.4/5变异株,最低检测限为10copies/μL。此外,在检测感染11种常见呼吸道病原体的临床样本时均未观察到非特异性交叉反应。基于crRNA-1和crRNA-2的检测结果的灵敏度分别为97.83%、100%;特异性均为100%;ROC曲线下面积分别为0.9989和1.0;与Sanger测序方法的一致性分别为92.83%、96.41%。结论本研究采用CRISPPR-Cas12a基因编辑技术与逆转录聚合酶链式反应相结合,成功建立了一种快速检测与鉴别SARS-CoV-2奥密克戎BA.4/5变异株的新方法。其特异性强、灵敏度高、稳定性好,可用于新冠病毒奥密克戎BA.4/5变异株的批量检测与分型,可用于常规监测和跟踪SARS-CoV-2变异的传播。 展开更多
关键词 聚合酶链式反应 CRISPR基因编辑 新冠核酸检测 奥密克戎 ba.4/5变异株
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Omicron BA.5.2变异株感染住院患者临床特征及炎症指标对疾病预后的预测作用
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作者 刘欢 黄晓玲 +2 位作者 代梦莹 郭杰洁 高峰 《协和医学杂志》 CSCD 2023年第5期1038-1045,共8页
目的 分析Omicron BA.5.2变异株感染住院患者临床特征及炎症指标,筛选可能的预后诊断标志物。方法回顾性收集2022年8月1日—11月30日新疆维吾尔自治区人民医院收治的Omicron BA.5.2变异株感染住院患者临床资料,根据疾病严重程度将患者... 目的 分析Omicron BA.5.2变异株感染住院患者临床特征及炎症指标,筛选可能的预后诊断标志物。方法回顾性收集2022年8月1日—11月30日新疆维吾尔自治区人民医院收治的Omicron BA.5.2变异株感染住院患者临床资料,根据疾病严重程度将患者分为轻型、普通型、重型和危重型,比较4组临床资料差异,采用二元Logistic回归法分析与疾病严重程度相关的炎症指标,采用多因素Logistic回归法分析各指标与疾病预后的相关性,采用受试者工作特征(receiver operator characteristic, ROC)曲线分析各指标对疾病严重程度和预后的诊断价值。结果 共纳入符合纳入和排除标准的3006例患者,其中男性1522例(50.63%)、女性1484例(49.37%);平均年龄为(58.72±18.01)(14-96)岁;根据疾病严重程度分为轻型(40.98%,1232/3006)、普通型(52.56%,1580/3006)、重型(4.26%,128/3006)、危重型(2.20%,66/3006);各组在合并基础疾病(心脏病、糖尿病、高血压、肾脏病、肺部疾病、恶性肿瘤、脑部疾病、病毒性肝炎和自身免疫性疾病)方面均具有显著性差异(P均<0.01);住院期间共死亡74例(2.43%),其中危重型46例(63.01%)、重型19例(26.03%)、普通型7例(9.60%)、轻型2例(2.74%),年龄≥70岁的死亡患者占比为75.68%(56/74),所有死亡患者均为合并基础疾病人群;C-反应蛋白(C-reactive protein, CRP)、白蛋白是疾病严重程度的独立危险因素,且CRP与疾病严重程度呈显著正相关(P=0.002),白蛋白水平与疾病严重程度呈显著负相关(P<0.001);CRP、全身炎症反应指数(systemic inflammatory response index, SIRI)、全身免疫炎症指数(systemic immune-inflammation index, SII)为疾病预后的独立危险因素,且CRP(P=0.027)、SIRI(P=0.025)与疾病预后呈显著正相关,SII与疾病预后呈显著负相关(P=0.021);CRP、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、D-二聚体、中性粒细胞与淋巴细胞比值(neutrophil to lymphocyte ratio, NLR)对应的曲线下面积(area under the curve, AUC)均>0.70,对疾病严重程度分型的诊断价值较高;CRP、IL-6、降钙素原(procalcitonin, PCT)、D-二聚体、肌钙蛋白T(troponin T,TnT)、肌钙蛋白Ⅰ(troponinⅠ,TnⅠ)、NLR、SII、血小板与淋巴细胞比值(platelet to lymphocyte ratio, PLR)、单核细胞与淋巴细胞比值(monocyte to lymphocyte ratio, MLR)对应的AUC均>0.70,对死亡或存活的预后诊断价值较高。结论 不同疾病严重程度的Omicron BA.5.2变异株感染住院患者临床特征比较具有显著差异,结合CRP、IL-6、PCT、D-二聚体、TnT、TnⅠ、NLR、SII、PLR、MLR的预测模型可早期识别Omicron BA.5.2变异株感染住院患者中的高危人群,及时进行早期诊断和治疗。 展开更多
关键词 新型冠状病毒感染 omicron ba.5.2 炎症指标 临床特征 预后
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Neutralizing Antibody Responses against Five SARS-CoV-2 Variants and T Lymphocyte Change after Vaccine Breakthrough Infections from the SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Variant in Tianjin, China: A Prospective Study
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作者 ZHANG Ying QU Jiang Wen +13 位作者 ZHENG Min Na DING Ya Xing CHEN Wei YE Shao Dong LI Xiao Yan LI Yan Kun LIU Ying ZHU Di JIN Can Rui WANG LIN YANG Jin Ye ZHAI Yu WANG Er Qiang MENG Xing 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2023年第7期614-624,共11页
Objective To investigate whether Omicron BA.1 breakthrough infection after receiving the SARS-CoV-2 vaccine could create a strong immunity barrier.Methods Blood samples were collected at two different time points from... Objective To investigate whether Omicron BA.1 breakthrough infection after receiving the SARS-CoV-2 vaccine could create a strong immunity barrier.Methods Blood samples were collected at two different time points from 124 Omicron BA.1 breakthrough infected patients and 124 controls matched for age,gender,and vaccination profile.Live virus-neutralizing antibodies against five SARS-CoV-2 variants,including WT,Gamma,Beta,Delta,and Omicron BA.1,and T-lymphocyte lymphocyte counts in both groups were measured and statistically analyzed.Results The neutralizing antibody titers against five different variants of SARS-CoV-2 were significantly increased in the vaccinated population infected with the Omicron BA.1 variant at 3 months after infection,but mainly increased the antibody level against the WT strain,and the antibody against the Omicron strain was the lowest.The neutralizing antibody level decreased rapidly 6 months after infection.The T-lymphocyte cell counts of patients with mild and moderate disease recovered at 3 months and completely returned to the normal state at 6 months.Conclusion Omicron BA.1 breakthrough infection mainly evoked humoral immune memory in the original strain after vaccination and hardly produced neutralizing antibodies specific to Omicron BA.1.Neutralizing antibodies against the different strains declined rapidly and showed features similar to those of influenza.Thus,T-lymphocytes may play an important role in recovery. 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 COVID-19 omicron ba.1 T cells Neutralizing antibodies
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新型冠状病毒Omicron变异株亚型BA.4与BA.5的流行病学特征及防控研究 被引量:9
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作者 吴俣 刘珏 +1 位作者 刘民 梁万年 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2022年第30期3721-3725,共5页
全球新型冠状病毒肺炎疫情仍处于大流行状态,Omicron仍是全球优势株,约占全球基因序列的99%。全球多个地区正在经历第7波疫情,主要由Omicron变异株亚型BA.4和BA.5引起,目前对于Omicron变异株亚型BA.4和BA.5的流行病学特征尚不明确,给各... 全球新型冠状病毒肺炎疫情仍处于大流行状态,Omicron仍是全球优势株,约占全球基因序列的99%。全球多个地区正在经历第7波疫情,主要由Omicron变异株亚型BA.4和BA.5引起,目前对于Omicron变异株亚型BA.4和BA.5的流行病学特征尚不明确,给各国家和/或地区的疫情防控带来很大挑战。本文就Omicron变异株亚型BA.4和BA.5的发现与流行现状、潜伏期、传播力、临床症状、病死率、疫苗对其保护效果等方面的研究进展进行综述,以期为科学防控Omicron变异株亚型BA.4和BA.5所致疫情提供参考。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 omicron变异株 ba.4亚型 ba.5亚型 流行病学 疾病传播 传染性 疫苗 体征和症状
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奥密克戎BA.2.38变异株感染儿童证候特点及中医疗效分析 被引量:1
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作者 杨京华 李玉霞 +7 位作者 郭建文 陈芯莹 任耀全 韩娟 李冬梅 丁霞 洪俊彬 张忠德 《广州中医药大学学报》 CAS 2023年第5期1053-1059,共7页
【目的】总结儿童新型冠状病毒奥密克戎(Omicron)BA.2.38变异株感染的中医证候特征,客观评价中医药疗效。【方法】对2022年7月8日~2022年8月4日期间甘肃省兰州市第二人民医院雁滩分院收治的251例新型冠状病毒Omicron BA.2.38变异株感染... 【目的】总结儿童新型冠状病毒奥密克戎(Omicron)BA.2.38变异株感染的中医证候特征,客观评价中医药疗效。【方法】对2022年7月8日~2022年8月4日期间甘肃省兰州市第二人民医院雁滩分院收治的251例新型冠状病毒Omicron BA.2.38变异株感染患儿进行调查,内容主要包括患儿基本信息、发病情况、入院时临床症状以及舌象、临床分型等,同时总结中医证候特点及证型分布规律,并以热程、治疗后退热时间、核酸转阴时间、病情由轻转重等为指标,评价中医药疗效。【结果】(1)症状、体征方面,251例患儿中,主要症状表现为发热者120例(占47.8%),且以中、高热为主,体温≥38.1℃者94例[占78.3%(94/120)],平均热程为(2.0±1.1)d;出现咳嗽者112例(占44.6%);部分患儿还出现咽痛、鼻塞、流涕、纳差、眠差、乏力、便秘等症状。舌象方面,舌质多红[占70.9%(178/251)],舌苔多腻[占72.5%(182/251)]。(2)治疗上以清热透邪、化湿解毒为法,结合儿童生理病理特点,兼以健脾消食以顾护脾胃。全程使用中药治疗的患儿有248例(占98.8%),其中,单纯中药治疗245例(占97.6%),中西医结合治疗3例(占1.2%)。(3)治疗后,所有患儿预后良好,无患儿出现病情加重。平均住院时间为(10.8±3.9)d,核酸转阴时间为(12.0±3.4)d;症状缓解最快的是“发热”,服药后热退时间为(1.4±0.7)d;其次为咳嗽,平均咳嗽缓解时间为(2.1±1.0)d;重复测量方差分析结果表明,治疗3 d和7 d后的中医证候积分均较治疗前降低,且治疗7 d后又较治疗3 d后降低,差异均有统计学意义(P<0.001)。(4)所有服用中药的患儿均未出现消化道不适、胸闷心悸、皮疹、肝肾功能损害等不良反应或不良事件。【结论】本轮疫情的Omicron BA.2.38变异株感染患儿的核心病机为疫毒侵肺、夹以暑湿,治疗上以清热透邪、化湿解毒为法;应用中药治疗能够明显改善患儿发热、咳嗽等症状,阻止病情进一步加重,且总体安全性良好。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 omicron ba.2.38变异株 中医证候 清热透邪 化湿解毒 中医药疗效 儿童
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临沂市一例Omicron BA.5.2变异株全基因组序列分析
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作者 张林 季圣翔 刘祥亮 《山东医学高等专科学校学报》 2022年第6期404-406,F0003,共4页
目的 探讨临沂市一起Omicron BA.5.2的全基因组序列,并根据结果进行溯源。方法 对本疫情患者进行流行病学调查,对采集的Omicron BA.5.2进行核酸检测和全基因组序列测定分析。结果 本次疫情共有12人感染,潜伏期中位数M为2.5 d。测得8份... 目的 探讨临沂市一起Omicron BA.5.2的全基因组序列,并根据结果进行溯源。方法 对本疫情患者进行流行病学调查,对采集的Omicron BA.5.2进行核酸检测和全基因组序列测定分析。结果 本次疫情共有12人感染,潜伏期中位数M为2.5 d。测得8份全基因组序列同亚洲其他国家的5份序列聚成一簇,亲缘关系较近。较GISAID上的其他序列,8份序列新增C884T、C7728T、C18647T、G23608T四个核苷酸变异位点。结论 本次疫情由外地返临人员引起,主要通过密接、同时空交集传播,SARS-CoV-2核酸检测以及做好个人防护仍然是阻止疫情扩散的重要手段。 展开更多
关键词 奥密克戎变异株ba.5.2 全基因组测序 核苷酸变异位点
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Novel coronavirus"Omicron subtype variant strain BA.2":The latest research progress
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作者 You-Cheng Xie Yin-Nan Kang +4 位作者 Chun Gao Shan-Shan Liu Li-Ting Zheng Xiao-Hui Yu Jiu-Cong Zhang 《Journal of Hainan Medical University》 2022年第8期1-4,共4页
Since the outbreak of COVID-19,with the emergence of a series of novel coronavirus variants of different types,COVID-19 has continued to spread across the globe,posing a huge threat to the lives and health of people a... Since the outbreak of COVID-19,with the emergence of a series of novel coronavirus variants of different types,COVID-19 has continued to spread across the globe,posing a huge threat to the lives and health of people around the world and posing a severe challenge to global public health security.Recently,the World Health Organization(WHO)announced that novel coronavirus variant strain"Omicron"subtype variant strain BA.2 has been found in 57 countries and regions.It has higher vaccine and antibody tolerance and is more infectious than omicron(B.1.1.529).In this paper,we briefly review the recent studies on the omicron subtype variant strain BA.2. 展开更多
关键词 Novel coronavirus pneumonia SARS-CoV-2 VARIANTS omicron ba.2 Progress
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Virological Characteristics and Prevention and Control of Omicron Sub-lineage BA.2
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作者 Xiao-Wen Yao Rong Wang +3 位作者 Cai-Hong Wang Yu-Xia Zhou Xiao-Hui Yu Jiu-Cong Zhang 《Journal of Hainan Medical University》 2022年第12期1-6,共6页
The Omicron sub-lineage BA.2 has caused a new round of infection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2),leading to a surge in the number of COVID-19 cases in many countries,including China.Beca... The Omicron sub-lineage BA.2 has caused a new round of infection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2),leading to a surge in the number of COVID-19 cases in many countries,including China.Because the subvariant BA.2 shows strong infectivity,fast transmission,strong immune escape ability,relatively mild symptoms,strong concealment,difficult to find and so on,it has gradually become a new challenge during the COVID-19 pandemic.Understanding the virological characteristics of Omicron sub-lineage BA.2 is of great significance for epidemic prevention and control.This paper briefly summarizes the virological characteristics and prevention and control strategies of Omicron sub-lineage BA.2. 展开更多
关键词 omicron ba.2 CHARACTERISTICS Vaccine effectiveness Monoclonal antibodies
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The latest research progress of novel coronavirus "Omicron sub-variant BA.5"
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作者 WANG Cai-hong YAO Xiao-wen +4 位作者 WANG Rong ZHOU Yu-xia Li Bin YU Xiao-hui ZHANG Jiu-cong 《Journal of Hainan Medical University》 2022年第20期1-5,共5页
Since the outbreak of COVID-19,severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 genome is still mutating,forming a variety of variants with strong transmission capacity,causing the spread of the epidemic worldwide,posi... Since the outbreak of COVID-19,severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 genome is still mutating,forming a variety of variants with strong transmission capacity,causing the spread of the epidemic worldwide,posing a serious threat to people's physical and mental health,and posing a major challenge to global public health.Omicron remains the main variant in several outbreaks worldwide,accounting for about 99%of the global genetic sequence.Recently,the World Health Organization announced that the subvariant of Omicron BA.5 has been found in more than 100 countries and regions around the world,causing the global epidemic rebound.However,there are few studies on the subvariant BA.5.This article reviews the latest research progress in epidemiology,infectivity,pathogenicity,vaccine and monoclonal antibody protection against Omicron subvariant BA.5,in order to provide reference for scientific prevention and control of Omicron subvariant BA.5. 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 omicron variants ba.5 sub-variant Progess
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Global challenge with the SARS-CoV-2 omicron BA.2(B.1.1.529.2)subvariant:Should we be concerned?
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作者 Jalil Roohani Masoud Keikha 《World Journal of Virology》 2022年第6期496-501,共6页
BA.2 is a novel omicron offshoot of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2)that has gone viral.There is limited knowledge regarding this variant of concern.Current evidence suggests that this varia... BA.2 is a novel omicron offshoot of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2)that has gone viral.There is limited knowledge regarding this variant of concern.Current evidence suggests that this variant is more contagious but less severe than previous SARS-CoV-2 variants.However,there is concern regarding the virus mutations that could influence pathogenicity,transmissibility,and immune evasion. 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 omicron ba.2 B.1.1.529.2 Subvariant
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新型冠状病毒Omicron BA.5亚型变异株流行病学特征分析及防控建议
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作者 张瑾 韩辉 +1 位作者 伍波 贾娇娇 《口岸卫生控制》 2022年第4期1-5,共5页
目的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株自2021年11月在南非首次发现以来迅速在全球传播,并且传播力和免疫逃逸能力增强的新亚型变异株不断涌现,对疫情防控提出更大的挑战。2022年6月以来,Omicron BA.5亚型变异株成为全球流行的优... 目的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株自2021年11月在南非首次发现以来迅速在全球传播,并且传播力和免疫逃逸能力增强的新亚型变异株不断涌现,对疫情防控提出更大的挑战。2022年6月以来,Omicron BA.5亚型变异株成为全球流行的优势变异株,并导致多国疫情反弹。我国大陆地区由Omicron BA.5亚型变异株输入并引发本土疫情的频率逐渐增加,疫情波及范围广,防控难度极大。本文对Omicron BA.5亚型变异株流行现状、流行病学特征和输入我国大陆地区的情况进行分析,为口岸防控Omicron BA.5亚型变异株输入提供科学依据。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 omicron ba.5亚型变异株 流行病学特征 疫苗接种 病例输入
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Prevalence of bacteria, fungi, and virus coinfections with SARS-CoV-2 Omicron variant among patients with severe COVID-19 in Guangzhou, China, winter 2022
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作者 Qinghong Fan Mengling Jiang +18 位作者 Jun Zhang Guofang Tang Ming Gao Yingfen Wen Xizi Deng Jun Dai Honghao Lai Peng Qian Yaqing Lin Ruiying He Liya Li Yueping Li Zhengtu Li Xuesong Liu Yimin Li Na Yu Yun Lan Fengyu Hu Feng Li 《Biosafety and Health》 CAS CSCD 2024年第2期92-97,共6页
The status of coinfection during the national outbreak of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2)Omicron BA.5.2 or BF.7 in China in the winter of 2022,which is suspected to contribute substantially... The status of coinfection during the national outbreak of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2)Omicron BA.5.2 or BF.7 in China in the winter of 2022,which is suspected to contribute substantially to the overloaded severe cases,needs to be investigated.We analyzed the coinfection status of 385 severe patients infected with the Omicron variant in Guangzhou using metagenomic sequencing.We found that 317(82.3%)patients were coinfected with at least one additional pathogen(s),including bacteria(58.7%),fungi(27.1%)and viruses(73.5%).Pseudomonas aeruginosa(P.aeruginosa)(24.2%),Staphylococcus aureus(S.aureus)(14.0%),andKlebsiella pneumoniae(K.pneumonia)(13.4%)ranked as the top three coinfected bacteria.Aspergillus fumigatus(A.fumigatus)(39.5%),Pneumocystis jirovecii(P.jirovecii)(24.4%)andCanidia albicans(C.albicans)(22.1%)were the top three coinfected fungi.Epstein-Barr virus(EBV)(63.1%),Human herpesvirus 7(HHV-7)(34.8%),and Herpes simplex virus 1(HSV-1)(32.6%)were the top three coinfected viruses.Of note,the detection of multiple coinfections of potential pathogenic bacteria,fungi,and viruses,despite lacking consistent patterns,highlighted a complicated synergistic contribution to disease severity.Our study presents the most comprehensive spectrum of bacterial,fungal,and viral coinfections in Omicron-associated severe coronavirus disease 2019(COVID-19),implying that the coinfection of conditional pathogens might synergistically deteriorate the Omicron infection outcomes. 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 omicron ba.5.2 omicron BF.7 COINFECTION Severeinfection
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Quantitative and qualitative subgenomic RNA profiles of SARS-CoV-2 in respiratory samples: A comparison between Omicron BA.2 and non-VOC-D614G
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作者 Zigui Chen Rita Way Yin Ng +10 位作者 Grace Lui Lowell Ling Agnes S.Y.Leung Chit Chow Siaw Shi Boon Wendy C.S.Ho Maggie Haitian Wang Renee Wan Yi Chan Albert Martin Li David Shu Cheong Hui Paul Kay Sheung Chan 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2024年第2期218-227,共10页
The SARS-CoV-2 Omicron variants are notorious for their transmissibility,but little is known about their subgenomic RNA(sgRNA)expression.This study applied RNA-seq to delineate the quantitative and qualitative profile... The SARS-CoV-2 Omicron variants are notorious for their transmissibility,but little is known about their subgenomic RNA(sgRNA)expression.This study applied RNA-seq to delineate the quantitative and qualitative profiles of canonical sgRNA of 118 respiratory samples collected from patients infected with Omicron BA.2 and compared with 338 patients infected with non-variant of concern(non-VOC)-D614G.A unique characteristic profile depicted by the relative abundance of 9 canonical sgRNAs was reproduced by both BA.2 and non-VOCD614G regardless of host gender,age and presence of pneumonia.Remarkably,such profile was lost in samples with low viral load,suggesting a potential application of sgRNA pattern to indicate viral activity of individual patient at a specific time point.A characteristic qualitative profile of canonical sgRNAs was also reproduced by both BA.2 and non-VOC-D614G.The presence of a full set of canonical sgRNAs carried a coherent correlation with crude viral load(AUC¼0.91,95%CI 0.88–0.94),and sgRNA ORF7b was identified to be the best surrogate marker allowing feasible routine application in characterizing the infection status of individual patient.Further potentials in using sgRNA as a target for vaccine and antiviral development are worth pursuing. 展开更多
关键词 CORONAVIRUS SARS-CoV-2 omicron ba.2 Non-VOC-D614G RNA-seq Subgenomic RNA(sgRNA)
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奥密克戎亚变体BA.2的病毒学特点及防控 被引量:9
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作者 姚晓文 王蓉 +3 位作者 王彩红 周玉霞 于晓辉 张久聪 《海南医学院学报》 CAS 2022年第12期881-886,共6页
奥密克戎(Omicron)亚变体BA.2引起严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的新一轮感染,导致包括中国在内的很多国家新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19)病例数激增。由于亚变体BA.2表现出传染性强,传播速度快、免... 奥密克戎(Omicron)亚变体BA.2引起严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的新一轮感染,导致包括中国在内的很多国家新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19)病例数激增。由于亚变体BA.2表现出传染性强,传播速度快、免疫逃避能力强,具有症状相对较轻、隐匿性强、发现难等特点,逐渐成为COVID-19大流行期间的新挑战。了解Omicron亚变体BA.2的病毒学特点对疫情防控有着重要的意义。本文就Omicron亚变体BA.2的病毒学特点及防控对策进行简要综述。 展开更多
关键词 新型冠状病毒肺炎 奥密克戎 ba.2 特点 疫苗有效性 单克隆抗体
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大黄素抗奥密克戎毒株BA.2.2药理活性的研究 被引量:3
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作者 常红 刘倩 +7 位作者 李方龙 孙永 袁媛 王绛辉 许寅聪 段绪红 苏彦雷 孙殿兴 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2022年第9期17-19,I0015,共4页
目的探索大黄素抗新型冠状病毒(奥密克戎毒株BA.2.2)的药理活性。方法利用Autodock Vina软件将大黄素对接到新型冠状病毒RNA聚合酶晶体结构7VB2的底物结合位点处,研究二者分子间的相互作用;而后利用奥密克戎毒株BA.2.2转染的Vero细胞模... 目的探索大黄素抗新型冠状病毒(奥密克戎毒株BA.2.2)的药理活性。方法利用Autodock Vina软件将大黄素对接到新型冠状病毒RNA聚合酶晶体结构7VB2的底物结合位点处,研究二者分子间的相互作用;而后利用奥密克戎毒株BA.2.2转染的Vero细胞模型测试大黄素的抗病毒活性。结果大黄素可较好的结合于靶酶晶体结构7VB2的底物结合位点从而可阻碍正常核苷酸类底物的进入,对靶酶执行的病毒核酸复制的生物学功能起到抑制作用;细胞水平的药理活性测试发现大黄素具有明显的抑制奥密克戎毒株核酸复制的药理作用。结论大黄素具有抗新型冠状病毒及其变异株的药理活性,可为临床治疗提供基础实验的支持。 展开更多
关键词 大黄素 新型冠状病毒 奥密克戎毒株ba.2.2 RNA聚合酶 分子对接 药理活性测试
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新冠病毒“奥密克戎亚变体BA.5”的最新研究进展 被引量:11
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作者 王彩红 姚晓文 +4 位作者 王蓉 周玉霞 李斌 于晓辉 张久聪 《海南医学院学报》 CAS 2022年第20期1521-1525,共5页
自2019年新型冠状病毒肺炎爆发以来,新型冠状病毒基因组仍在不断地变异,形成多种传播力强的变异株,致使全球范围内疫情蔓延,给人们的身心健康带来严重威胁,也对全球公共卫生构成重大挑战。而奥密克戎(Omicron)仍是全球多起疫情的主要变... 自2019年新型冠状病毒肺炎爆发以来,新型冠状病毒基因组仍在不断地变异,形成多种传播力强的变异株,致使全球范围内疫情蔓延,给人们的身心健康带来严重威胁,也对全球公共卫生构成重大挑战。而奥密克戎(Omicron)仍是全球多起疫情的主要变异株,约占全球基因序列的99%。近日,世界卫生组织公布已在全球100多个国家和地区发现Omicron亚变体BA.5,变异株致使全球疫情反弹。但目前关于亚变体BA.5的报道较少。本文就Omicron亚变体BA.5的流行病学、传染性、致病性、疫苗及单克隆抗体对其保护效力等方面的最新研究进展进行综述,以期为Omicron亚变体BA.5的科学防控提供参考。 展开更多
关键词 新冠病毒 奥密克戎变异株 ba.5亚变体 进展
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新冠病毒“奥密克戎亚型变异毒株BA.2”的最新研究进展 被引量:26
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作者 解有成 康殷楠 +4 位作者 高春 刘珊山 郑立婷 于晓辉 张久聪 《海南医学院学报》 CAS 2022年第8期561-565,共5页
自新型冠状病毒肺炎(COVID-19)暴发以来,随着一系列不同类型的新冠病毒变异株的出现,新冠肺炎疫情在全球持续蔓延,给世界各国人民生命安全和身体健康带来巨大威胁,也给全球公共卫生安全带来严峻挑战。近日,世界卫生组织(WHO)公布已在57... 自新型冠状病毒肺炎(COVID-19)暴发以来,随着一系列不同类型的新冠病毒变异株的出现,新冠肺炎疫情在全球持续蔓延,给世界各国人民生命安全和身体健康带来巨大威胁,也给全球公共卫生安全带来严峻挑战。近日,世界卫生组织(WHO)公布已在57个国家和地区发现新冠病毒变异株“奥密克戎”的亚型变异毒株BA.2,其具备较高的疫苗耐受性与抗体耐受性,具有比“奥密克戎”(Omicron,B.1.1.529)更高的传染性,本文就“奥密克戎亚型变异毒株BA.2”的最新研究作一简要综述。 展开更多
关键词 新冠肺炎 SARS-CoV-2 变异株 omicron ba.2 进展
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奥密克戎BA.2变异株感染者不同部位样本核酸阴转时间及影响因素分析 被引量:1
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作者 葛玲玲 董旭 +6 位作者 王歆妤 许明晓 郭洪雷 刘亚允 徐爱静 范文瀚 梁雪松 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1240-1246,共7页
目的分析严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)奥密克戎BA.2变异株感染者不同部位样本的核酸阴转时间及其影响因素。方法采用实时荧光PCR序贯检测海军军医大学(第二军医大学)第一附属医院217例确诊为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)且... 目的分析严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)奥密克戎BA.2变异株感染者不同部位样本的核酸阴转时间及其影响因素。方法采用实时荧光PCR序贯检测海军军医大学(第二军医大学)第一附属医院217例确诊为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)且基因测序确认病毒株为奥密克戎BA.2变异株患者的鼻咽拭子、痰液和肛拭子SARS-CoV-2核酸,比较不同部位样本核酸阴转时间。采用分层分析及多元线性回归分析法探讨不同部位样本核酸阴转时间的影响因素。结果217例COVID-19确诊患者的年龄为32.0(24.0,50.5)岁,男128例(59.0%)、女89例(41.0%);无症状感染者8例(3.7%)、轻型184例(84.8%)、普通型21例(9.7%)、重型3例(1.4%)、危重型1例(0.5%);接受莫努匹韦抗病毒治疗者70例(32.3%)。鼻咽拭子、痰液和肛拭子的SARS-CoV-2核酸阴转时间分别是13.0(11.0,17.0)、16.5(13.0,21.0)、10.0(5.3,11.0)d,两两比较差异均有统计学意义(P均<0.001)。年龄≥60岁、合并基础疾病尤其是高血压、冠状动脉疾病或神经系统疾病、临床分型为普通型是鼻咽拭子标本核酸阴转时间延长的危险因素;男性、合并基础疾病是痰液标本核酸阴转时间延长的危险因素;男性是肛拭子标本核酸阴转时间延长的危险因素。多元线性回归分析显示,临床分型为危重型是鼻咽拭子SARS-CoV-2核酸阴转时间延长的独立危险因素(P<0.05),男性和合并基础疾病是痰液核酸阴转时间延长的独立危险因素(P均<0.05)。结论在奥密克戎BA.2变异株感染患者中,痰液标本核酸阳性持续时间最长、肛拭子最短;男性、合并基础疾病患者痰液标本核酸阴转时间较长。 展开更多
关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2 奥密克戎ba.2变异株 阴转时间 鼻咽拭子 痰液 肛拭子
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