猪型布鲁氏菌Omp31抗原表位基因的性质分析

布鲁氏菌病是一种由革兰氏阴性小杆菌:布鲁氏菌(Brucella)引起的,主要在动物中以流产和发热为表现特征的疾病.以猪型布鲁氏菌病Omp31抗原表位基因作为研究对象,对基因的种间同源性、亚型分类、结构性质、抗原表位性质等信息进行了分析,并且作出了相关预测.随着预测方法的不断完善,将会对布鲁氏菌病其它抗原表位基因的研究提供帮助,从而为该疾病的防疫、治疗提供理论依据,同时也可以促进相关疫苗的研制.

酿酒酵母液泡电导1的抗原表位预测及抗原编码基因的克隆

为了制备酵母菌液泡电导1(Yvc1)的抗原蛋白,本文首先通过生物信息学方法预测Yvc1抗原表位,并克隆其抗原编码基因。利用NCBI GenBank数据库、ORP Finder、EXPASY ProtScale、SOPMA、IEDB和NetMHCⅡpan等生物信息学工具对酿酒酵母S288c的Yvc1抗原表位进行预测,并根据预测的结果设计引物并克隆其抗原编码基因。结果显示,YVC1基因全长2028 bp,有33个开放阅读框,最长一个被通读的序列,编码675个氨基酸。Yvc1分子量7.7937×10^(4),属于稳定、亲水性蛋白质;该蛋白含有4个膜外区域,亚细胞定位于液泡膜;二级结构中的无规则卷曲和β转角分别占29.48%和3.11%;分别含有5个B细胞优势抗原表位和2个Th优势表位区域;最终预测,优势抗原表位在1~236位氨基酸区域。扩增的酿酒酵母DL5168抗原编码基因序列与预测抗原的基因序列487707~489734 bp位点的相似性达到99%。本研究表明,生物信息学方法成功预测并克隆到Yvc1抗原编码基因,这为其抗原蛋白制备奠定基础。

猪型布鲁氏菌Omp31基因的抗原表位预测与分析

布鲁氏菌的外膜蛋白在维持细胞结构方面发挥着重要作用,其中,有些外膜蛋白与细菌本身的毒性相关,成为了重要的抗原决定簇相关分子。Omp31分子就是猪型布鲁氏菌的一个重要的抗原表位分子,在研制亚单位疫苗方面有重要作用。本论文以猪型布鲁氏菌Omp31基因作为研究对象,利用DNAStar生物学软件对Omp31分子的立体结构、分子的表面可能性、亲水性、蛋白骨架区的柔韧性、分子的抗原指数进行了详细分析。结果显示:猪型布鲁氏菌Omp31分子一级结构的氨基酸序列中存在4段可能的抗原表位区段,其中,51～80氨基酸残基组成的区段和193～228氨基酸残基组成的区段的抗原指数较高,成为抗原决定簇的可能性很大。

非洲猪瘟病毒B646L基因序列分析及p72蛋白质结构与细胞抗原表位预测

为探究非洲猪瘟病毒B646L基因序列的碱基组成特点,及预测该基因所编码的p72蛋白质结构与细胞抗原表位,利用PCR技术对非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框的序列进行扩增、测序及碱基组成分析;运用软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL对p72蛋白质进行理化性质分析及二、三级结构预测;运用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL对p72蛋白在B、T细胞的抗原表位进行预测。结果表明,非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列全长为1941 bp,其中,碱基A含量为26.9%,T含量为28.9%,G含量为24.2%及C含量为20.0%,A+T的含量为55.8%,G+C的含量为44.2%,AT含量显著高于GC含量;该序列共编码646个氨基酸,p72蛋白大小为76 ku;在整个p72蛋白分子的二、三级结构中,α-螺旋占19.35%,β-转角占5.42%,无规卷曲占50.15%,扩展链为25.08%,以无规卷曲为主要结构;该蛋白存在细胞质的概率最大,其次是细胞核,存在于线粒体、高尔基体和内质网的概率较低;p72蛋白B淋巴细胞优势抗原表位分别为12~18 aa、27~37 aa、45~55 aa、77~88 aa、110~120 aa;T淋巴细胞优势抗原表位分别为203~212 aa、298~307 aa、520~531 aa。说明非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列呈明显AT偏好性;p72蛋白为一亲水性蛋白,其高级结构主要以无规卷曲为主,且具有B、T淋巴细胞优势抗原表位,是检测试剂和疫苗研发的理想靶标。

布鲁氏菌OMP31 T-B联合表位抗原的免疫应答分析

目的:研究OMP31表位的抗原性和免疫应答特点,为布鲁氏菌表位疫苗的研制奠定基础。方法:利用生物信息软件筛选OMP31 T-B联合优势抗原表位,进一步合成肽段。用OMP31肽段免疫BALB/c小鼠,采用ELISA检测小鼠血清中特异性Ig G1和Ig G2a抗体水平,ELISPOT检测脾淋巴细胞中IFN-γ阳性的T淋巴细胞活化情况。结果:用OMP31合成肽段免疫BALB/c小鼠4次后,小鼠血清中Ig G1和Ig G2a抗体水平升高,小鼠脾淋巴细胞集落形成单元(SFU)增高。结论:OMP31 TB联合表位抗原能增强小鼠Th1免疫应答和体液免疫应答,可以作为布鲁氏菌病的候选疫苗。

内蒙古分离株M3253羊种布鲁菌omp31基因的表达及抗原性分析

为了在大肠杆菌中表达羊种布鲁菌omp31基因并鉴定重组蛋白的抗原性,试验采用PCR技术从内蒙古分离株M3253羊种布鲁菌中扩增得到布鲁菌omp31基因片段,插入pMD18-T载体克隆测序,并将目的基因插入原核表达载体pET-30a中,构建重组质粒pET-30a-omp31,在大肠杆菌BL21(DE3)中表达该基因,并用SDS-PAGE和Western-blot检测该蛋白。结果表明:成功构建了重组质粒pET-30a-omp31,并在大肠杆菌中成功表达了omp31基因,融合蛋白与布鲁菌阳性血清发生特异性反应。说明布鲁菌omp31基因成功表达,重组蛋白可与羊种布鲁菌阳性血清发生特异性反应。

猪流行性腹泻病毒CH/JL毒株S基因的克隆、序列分析及线性抗原表位区的鉴定

以猪流行性腹泻病毒CH/JL毒株的RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得的3个相互重叠的cDNA克隆覆盖了S基因,序列比对结果表明：PEDV CH/JL株S基因与CV777、Brl/87、JS、KPEDV和Chinju99毒株S基因核苷酸序列的同源性分别为96.97%、96.87%、96.41%、94.02%和93.93%,氨基酸序列的同源性分别为96.17%、95.88%、96.10%、92.36%和92.05%;分子进化树分析结果显示,PEDV CH/JL株S基因与JS毒株S基因亲缘关系最近,处于同一群。利用DNAstar Protean程序预测了PEDV CH/JL株S蛋白一个抗原表位区（83-276aa）,将其克隆到原核表达载体pGEX-6p-1后转化E.coliBL21（DE3）感受态细胞,在终浓度1.0mmol/L的IPTG诱导下获得了表达,Western blot结果显示,预测的抗原表位区GST融合蛋白能与猪流行性腹泻病毒多克隆抗血清反应,提示该抗原表位区含有线性抗原表位。

细粒棘球绦虫EgA31重组蛋白的抗原表位分析预测

根据GenBank中细粒棘球绦虫EgA31序列(GenBank登录号为AF067807)设计引物,以细粒棘球绦虫mRNA为模板,RT-PCR扩增EgA31基因,将其克隆入pUCm-T载体,转化大肠埃希菌(E coli)DH5α,筛选阳性克隆,经BamH I、Sac I双酶切和PCR鉴定,获得阳性重组质粒pUCm-T/EgA31,并将测序正确的片段连接表达载体,成功构建重组质粒pET30a-EgA31。经序列分析和同源性比较,以及对其编码产物进行B细胞和T细胞表位分析,结果表明PCR扩增的特异条带为636 bp,与预期相符,与GenBank已知基因序列同源性为100%。编码产物B细胞和T细胞联合表位预测,氨基酸区域可能在32～79、79～95、105～124和141～154位。

戊型肝炎病毒Ⅰ、Ⅱ与Ⅲ、Ⅳ基因型B细胞抗原表位的异同

目的 :制备戊型肝炎病毒 (HEV)缅甸株和墨西哥株ORF2重组蛋白 (p16 6Bur和p16 6Mex)的单克隆抗体(McAbs) ,用于分析HEV不同基因型B细胞抗原表位的特点。方法 :将免疫BALB C小鼠脾细胞与SP2 0骨髓瘤细胞融合 ,获得分泌抗 p16 6Bur和抗 p16 6MexMcAbs的杂交瘤细胞株 ,然后采用ELISA和免疫印迹法测定McAbs与不同基因型HEVORF2编码蛋白p16 6的免疫反应性。结果 :获得 4株杂交瘤细胞株 ,即分泌抗 p16 6BurMcAbs的 2C2 、2B1 以及分泌抗 p16 6MexMcAbs的D8G1 0 和E5E1 2 ,其中 2B1 分泌的McAb仅能与第Ⅰ、Ⅱ基因型编码的重组蛋白结合 ,而其余 3株分泌的McAbs既能与I、II基因型HEV的p16 6重组蛋白发生反应 ,也能与III、IV基因型的p16 6蛋白反应。结论 :HEV第Ⅰ、Ⅱ基因型与Ⅲ、Ⅳ基因型ORF2编码蛋白既有共同又有不同的B细胞抗原表位。

刚地弓形虫多表位抗原基因在转基因番茄中的表达研究

目的获得稳定表达弓形虫多表位抗原基因(Tg-MAG)的转基因番茄植株。方法用植物组成型启动子E35S、番茄果实特异性E82.2启动子以及E35S-E81.1复合式启动子驱动弓形虫Tg-MAG的植物表达载体pC35MG、pCE2MG与pC35E1MG,以农杆菌介导的T-DNA转化法转化番茄子叶和下胚轴;经芽诱导、伸长以及生根的连续性抗性筛选和培育,获得Tg-MAG转基因番茄植株,练苗后移栽花盆中培育至开花、结果。用PCR、RT-PCR、蛋白质印迹(Western blotting)分别对Tg-MAG转基因植株进行DNA、RNA、蛋白水平的鉴定。结果获得的Tg-MAG转基因番茄植株经PCR和RT-PCR鉴定,得到预期360bp的Tg-MAG片段,经Western blotting筛选获得能正确表达预期相对分子质量(Mr)为11900的Tg-MAG重组蛋白,且8株具有免疫反应性,其中有2株于番茄果实中所表达的重组蛋白能与抗弓形虫速殖子主要表面抗原1(SAG1)单克隆抗体K7H3发生强免疫反应。结论获得Tg-MAG转基因番茄株系,在其果实中成功表达具有良好免疫反应性的Tg-MAG重组蛋白。

大豆主要过敏原Gly m Bd 30K的抗原表位区基因的克隆表达、纯化及免疫原性鉴定

根据文献并结合生物信息学方法选取大豆主要过敏原Gly m Bd 30k的抗原表位区,采用PCR方法扩增出该抗原表位区基因片段,并通过酶切连接分别构建单体的pET表达载体(pET-sGly)和二聚体的pET表达载体(pET-dGly),重组质粒转化到大肠杆菌BL21(DE3)plysS,经IPTG诱导后进行SDS-PAGE分析;同时用Ni2+离子亲和层析柱纯化表达的sGly和dGly抗原表位蛋白,用western-blotting和ELISA检测重组蛋白的免疫原性。结果表明:表达的单体sGly蛋白以可溶性表达为主,而其二聚体dGly蛋白以包涵体形式存在,纯化的sGly和dGly蛋白都具有较好的免疫原性,重组蛋白sGly的抗原性更佳。成功构建的大豆主要过敏原Gly m Bd 30k蛋白的抗原表位区单体sGly蛋白及其二聚体dGly蛋白的工程菌,为研制大豆主要过敏原的单克隆抗体以制备用于大豆主要过敏原检测的试剂奠定了基础。

弓形虫多表位基因重组抗原在弓形虫免疫检测中的应用

目的评价弓形虫多表位基因重组抗原在弓形虫感染诊断中的效果,探索多表位抗原在弓形虫免疫检测中的应用前景。方法以Ni-NTA Agarose和割胶电渗两步纯化法,获取弓形虫多表位基因的原核表达纯化产物rMAG,以适宜浓度的rMAG包被ELISA微孔板,分别检测弓形虫急性和慢性感染血清,评价试剂盒检测的敏感性和特异性。结果经Ni-NTAAgarose和割胶纯化,得到了纯度为95.86%的弓形虫多表位重组可溶性抗原。以3!g/ml的抗原浓度包被ELISA微孔板,对兔和小鼠的急慢性弓形虫感染血清进行了检测。结果检测小鼠血清141份,其中慢性感染弓形虫小鼠血清117份、正常小鼠血清24份,检测体系的敏感性为88.88%,特异性为91.67%,一致性为89.36%。检测兔血清24份,其中急性感染弓形虫兔血清18份,正常兔血清6份,阳性血清检出率为94.4%,总一致性为91.5%。结论以弓形虫多表位重组抗原构建的ELISA试剂盒既可以检测弓形虫急性感染血清,又可以检测弓形虫慢性感染血清,具有一定的应用前景。

猪瘟病毒E2蛋白抗原单表位基因的融合表达及其免疫活性的研究

利用基因搭桥技术,在KlenowDNA聚合酶作用下,分别合成猪瘟病毒E2蛋白的3个抗原表位基因,并与原核表达载体pGEX-3X进行连接、转化和筛选鉴定,构建了3个重组质粒pGEX-C、pGEX-D和pGEX-E。在IPTG的诱导下,实现了可溶性蛋白的融合表达(GST-C、GST-D、GST-E),以GST亲和层析柱对融合蛋白进行纯化。应用ELISA和Western-blot检测证实:E抗原表位基因表达的融合蛋白GST-E具有免疫学活性,而C和D的抗原表位基因虽然都表达了融合蛋白GST-C和GST-D,但未检测到免疫学活性。免疫攻毒保护试验表明:融合蛋白GST-E具有一定的免疫保护功能,为多表位疫苗的研究奠定了基础。

鸭肠炎病毒UL6基因B细胞表位的预测及其主要抗原域的原核表达

采用DNAStar Protean程序，综合运用二级结构、亲水性、可塑性和抗原性指数等参数，对鸭肠炎病毒（DEV）CHv毒株UL6基因（GenBank登录号EF055890）的氨基酸序列进行了B细胞表位预测。结果显示，UL6蛋白羧基端第Thr507～Gln515、Thr521～Met529、Asp531～Phe539、Gly544～Asn562、Thr568～Gln585、Lys592～Val604、A1a681～Ala778和Tyr780～Lys790区域内含有优势B细胞表位。以DEV CHv毒株基因组作为PCR模板，利用Oligo6．0软件设计了1对引物，整体扩增涵盖上述具有优势表位的基因片段，将其亚克隆到原核表达载体pET-32a（＋）中，获得表达载体pET-32a—UL6M，再将其转化至E．coli Rosetta（DE3），经IPTG诱导，外源基因获得了良好表达。以免抗DEV多克隆血清进行Western blot分析，抗血清可与该融合蛋白发生特异性反应。提示，该氨基酸片段可能含有软件预测的线性表位区。

棘球蚴AgB抗原家族基因的克隆及抗原表位的预测分析

目的对棘球蚴AgB抗原家族的不同亚单位基因进行克隆,并对序列进行生物信息学分析和抗原表位预测分析。方法根据GenBank中的参考序列设计特异性引物,以我国新疆、甘肃和四川来源的细粒棘球蚴(Eg)和多房棘球蚴(Em)虫体DNA为模板扩增目的基因,将PCR产物克隆到TA载体中测序。用Bioedit分析软件和Blastn、NPS@和IEDB等在线分析系统对序列进行分析。结果分别从细粒棘球蚴和多房棘球蚴中克隆获得AgB抗原的全部5个亚单位基因,经测序确定为正确的目的序列;序列比对分析表明,EmAgB的5个亚单位基因序列高度保守,而EgAgB的亚单位基因变异性较大。细粒棘球蚴和多房棘球蚴种间差异分析显示,相同亚单位基因的序列一致性为87.69%～100%。AgB各亚单位抗原主要的二级结构包括α-螺旋、β-折叠和无规卷曲等3个类型。其中,AgB1、AgB2和AgB4等3个亚单位抗原中无规卷曲所占比例较高。AgB各亚单位抗原预测表位区共10个,分别是AgB1:1～7和21～27,AgB2:1～7和29～36,AgB3:1～11和18～28,AgB4:1～13、27～37和39～60,AgB5:1～11。结论 EgAgB和EmAgB亚单位抗原表位区的大部分序列一致或相似,预测的10个表位区主要位于序列N端。在5个亚单位抗原中,AgB1、AgB2和AgB4的抗原性较高。

水貂阿留申病毒VP2蛋白主要抗原表位基因原核表达及其检测应用

将构建好的重组质粒pMD-VP2a、pMD-VP2b分别经双酶切获得基因片段VP2a、VP2b,分别将其定向插入到原核表达载体pMAL-c2中,构建原核表达载体pMAL-VPa和pMAL-VPb。阳性重组质粒转化宿主菌TB1,经IPTG诱导,两段基因均获得表达;Westernblot分析表明表达蛋白具有良好的抗原性。用KCI染色后,切胶回收的方法对表达蛋白进行纯化,以纯化的目的蛋白作为诊断抗原初步建立了水貂阿留申的VP2-CIEP诊断方法。结果表明该方法具有较高的灵敏性和特异性,与传统的CIEP方法的检出符合率达94.3%。

布鲁氏菌Omp10蛋白抗原表位的生物信息学分析

目的用生物信息学技术预测布鲁氏菌Omp10蛋白的抗原表位,寻找布鲁氏菌Omp10的优势表位。方法利用IEDB在线软件、DNAStar软件、Pro Pred MHC Class-ⅡBinding Peptide Prediction Server软件和SYFPEITHI软件,通过分子结构、亲水性、柔韧性、表面可及性以及抗原指数等在线分析Omp10蛋白的二级结构、B细胞抗原表位及T细胞抗原表位。结果布鲁氏菌Omp10蛋白B细胞抗原表位有4个,为26-34、65-75、97-102和115-120氨基酸残基。Omp10蛋白T细胞抗原表位有6个,为64-79、72-87、104-119、6-21、9-24和78-93氨基酸残基。结论通过综合分析布鲁氏菌Omp10蛋白有4个B细胞抗原表位和6个T细胞抗原表位,为进一步筛选具有一定抗原保护性和免疫原性的优势表位和多价疫苗构建奠定了基础。

贵州黑山羊肌肉生长抑制素基因cDNA克隆及其蛋白抗原表位预测

为通过原核、真核外源表达贵州黑山羊肌肉生长抑制素(MSTN)蛋白,制备MSTN受体拮抗剂或免疫诱导山羊产生MSTN抗体,从而消除MSTN对肌肉生长的抑制作用奠定基础,采用RT-PCR技术扩增贵州黑山羊生长抑制素基因cDNA序列;应用生物信息学相关软件和方法对生长抑制素蛋白二级结构和抗原表位进行预测。结果表明:贵州黑山羊生长抑制素基因编码区全长1 128bp,编码375个氨基酸。生长抑制素蛋白二级结构以无规卷曲为主,有少量的α螺旋和β片层,少见β转角;推测生长抑制素蛋白在二级结构上可能有3个优势抗原表位区域,分别为72～78、235～240和251～254位肽段。

水貂阿留申病毒VP2基因主要抗原表位区的原核表达

根据GenBank中已发表的水貂阿留申病毒(ADV)VP2基因核苷酸序列分别设计合成两对引物,用PCR方法扩增ADV国内分离株VP2基因中主要抗原表位区的两个片段,分别将其克隆到原核表达载体pMAL-c2的多克隆位点中。经酶切、PCR扩增和测序分析证实其已正确插入到表达载体中,且阅读框是正确的,构建原核表达载体pMAL-VPa和pMAL-VPb。阳性重组质粒转化宿主菌TB1,用IPTG进行诱导表达,对表达产物进行SDS-PAGE检测和免疫印迹分析。结果表明两段蛋白均获得了表达,表达产物的分子质量分别约为63、65kD,与理论推测的分子质量一致;并在终浓度为1mmol/L的IPTG诱导下,4h时其表达量达到高峰;Western blot分析表明表达蛋白能被兔抗MBP抗体所识别,具有一定的抗原性。

基于OMP18的B细胞抗原表位的空肠弯曲菌ELISA检测方法的建立

目的以OMP18的B细胞抗原表位多肽为包被抗原,建立检测空肠弯曲菌感染的ELISA方法。方法以不同浓度梯度(0.1,1,10μg/mL)OMP18的B细胞抗原表位多肽进行包被,以空肠弯曲菌全菌兔抗IgG为一抗,HRP标记的羊抗兔抗体IgG为二抗,检测对原浓度1mg/mL的不同稀释度(1∶10,1∶100,1∶1 000)抗体IgG水平。分别以空肠弯曲菌感染兔血清、健康兔血清及沙门菌感染兔血清为一抗,1∶3 000稀释的HRP标记的羊抗兔IgG为二抗,比较各抗原表位多肽的免疫特异性。结果 OMP18的B细胞抗原3个表位多肽在稀释度在1∶1 000、1∶4 000、1∶16 000、1∶64 000时免疫反应性均有明显增高。其中稀释度在1∶1 000时增高最明显。OMP18的B细胞抗原表位多肽具有免疫特异性。结论用OMP18的B细胞抗原表位多肽作为包被抗原对空肠弯曲菌感染的血清进行ELISA检测,免疫反应性高,具有免疫特异性。