日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白的生物信息学和B细胞抗原表位分析

目的对从我国临床患者血液中新发现和分离出的日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白进行系统的结构与功能预测,为深入了解其在立克次体致病机制中的作用、研发斑点热临床诊断试剂和疫苗提供理论基础。方法基于日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码的氨基酸序列,应用生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性等性质和可能的B细胞抗原表位。结果日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因在3 297~3 311处存在连续15个碱基的缺失,除此之外,该分离株还有4个碱基突变。该基因编码的氨基酸数目为1 651个,蛋白质分子量为167.69 ku,共由20种氨基酸组成,其中含量较多的氨基酸是Gly;理论等电点pI为5.15,消光系数为58 805或58 680,蛋白不稳定指数为7.15,脂肪指数为88.86,总平均亲水性(GRAVY)为0.06,为疏水性蛋白;Signal peptide (Sec/SPI) Likelihood为0.567 7,有信号肽序列;存在一个Pfam区域和自转运体区,分别与细菌黏附宿主和蛋白质转运有关;蛋白二级结构中以无规卷曲为主,其次为β-折叠和α-螺旋,分别占到53.73%、30.83%和15.45%。同源模建蛋白的三级结构中,第1 308~1 651氨基酸部分在蛋白表面形成桶状结构,可能具有丝氨酸蛋白酶的作用;蛋白分子内抗原表位较丰富,共有159个可能的抗原表位,预测分数最高(0.94)的为1 269~1 284位序列。结论成功分析和预测了日本斑点热立克次体安徽120株ompB基因及其编码蛋白的组成、蛋白质的二级结构、三级结构和B细胞抗原表位,为研究日本斑点热立克次体的致病机制、临床诊断试剂和亚单位疫苗的研发提供了理论支持。

日本斑点热立克次体近缘株重组OmpB蛋白抗原性研究

目的探讨关于斑点热立克次体的临床诊断及流行病学调查而进行的诊断方法学研究。方法构建R.Japonica Anhui 120 strain OmpB原核表达质粒,表达、鉴定并纯化重组蛋白,用其作为抗原建立间接ELISA检测方法,检测120份临床样本中日本斑点热立克次体特异性IgG抗体,并评价方法的敏感性和特异性。结果获得了高表达、高纯度的OmpB重组蛋白,建立的间接ELISA方法体系与美国食品和药物管理局认可的诊断试剂盒相比有良好的特异性和敏感性,两者的特异性为100%,敏感性为96.7%,符合率为99.2%,Kappa值为0.98。结论 OmpB重组蛋白具有很好的免疫反应性,能特异地检出斑点热立克次体IgG抗体,间接ELISA方法可作为临床诊断的技术储备及流行病调查和科学研究。

基于ompB基因序列的立克次体精河株的系统发育分析与鉴定

用PCR方法扩增新疆分离的斑点热立克次体精河株(Rickettsia sp.Jinghe)的外膜蛋白B基因(ompB)并测定其序列,将精河株ompB基因序列与其他斑点热群立克次体的ompB基因序列进行比较作系统发育分析,结果表明精河株与西伯利亚立克次体(R.sibirica)有最近的亲缘关系,但他们之间的差异水平可将精河株列为斑点热群立克次体的一个新种。

日本立克次体ompB蛋白基因的克隆及序列分析

参照立氏立克次体分子量为１２×１０＾４蛋白基因序列合成引物，分两段扩增日本立克次体的１２×１０＾４蛋白基因，扩增ＤＮＡ的长度分别为２．５和２．６ｋｂ。含有启动子区的２．６ｋｂ片段在ｐＵＣ１９质粒中不稳定。从这段ＤＮＡ删去启动子及８５个氨基酸编码子区的扩增产物可被克隆。

从厩真厉螨中检出与猫立克次体近缘的立克次体核酸片段

本研究用立克次体属特异的gltA和ompB基因扩增引物，从吉林长白县捕获鼠中分拣的534只厩真厉螨中扩得gltA和ompB基因片段。通过基因片段的序列测定、BLAST比对和系统发育分析，显示两个扩增基因与猫立克次体Rickettsia fells同源性最高（99％），证明该地区厩真厉螨携带与猫立克次体近缘的立克次体。

实时荧光定量PCR检测莫氏立克次体

目的采用TaqMan-MGB探针建立检测莫氏立克次体的实时荧光定量PCR。方法依据莫氏立克次体外膜蛋白B基因(ompB)设计引物和探针,以克隆的ompB作模板建立实时荧光定量PCR方法。结果建立的定量标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.995);该方法能检出<10拷贝的莫氏立克次体DNA,敏感性为普通PCR的1000倍。用该方法检测莫氏立克次体DNA,结果为阳性,但是检测其他相关细菌DNA的结果均为阴性。用该方法检测莫氏立克次体感染豚鼠血标本,50%样本检测为阳性,而普通PCR检测结果均为阴性。结论该实时荧光定量PCR具有很高的特异性和敏感性,适合于快速检测样本中微量莫氏立克次体DNA,可用于临床实验室快速确诊地方性斑疹伤寒。

实时荧光定量PCR检测普氏立克次体

目的采用新型TaqMan-MGB探针建立检测普氏立克次体的实时荧光定量PCR方法。方法根据普氏立克次体外膜蛋白B的基因(ompB)序列设计引物和探针,以克隆的OmpB基因片段作DNA模板,在荧光定量PCR检测仪(ABI 7900型)上建立实时荧光定量检测方法。结果建立的定量标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0．999)；与巢式PCR相比较,荧光定量PCR检测敏感性是其100倍。用荧光定量PCR检测莫氏立克次体及其他相关立克次体和细菌DNA,检出结果均为阴性。用荧光定量PCR检测普氏立克次体感染的豚鼠血标本,某些样本检测为阳性,而用巢式PCR检测的结果均为阴性。结论研究中建立的检测普氏立克次体实时荧光定量PCR具有很高的特异性和敏感性,适合于快速检测样本中微量普氏立克次体DNA,可用作临床实验室快速确诊流行性斑疹伤寒。