禽多杀性巴氏杆菌ompW基因的克隆与序列分析

提取禽多杀性巴氏杆菌分离株Pm27基因组DNA,参考GenBank中Pm70株ompW基因序列设计引物,应用PCR技术扩增了细菌ompW基因,将扩增片段克隆到pMD18-T载体后测序。生物信息学分析表明,该基因编码区长度为615bp,编码204个氨基酸;氨基酸序列与参考株Pm70 OmpW蛋白的同源性最高,达98%;与睡眠嗜血杆菌的同源性77%,与琥珀酸产生菌的同源性为69.3%,与霍乱弧菌、大肠杆菌、耶尔森菌的同源性为50%左右。OmpW蛋白前21个氨基酸残基为信号肽序列,潜在的糖基化位点位于第122位氨基酸残基。

羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因的克隆及生物信息学分析

试验旨在克隆羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因,并对其序列进行生物信息学分析。根据GenBank中多杀性巴氏杆菌HN07株ompW基因序列(登录号:CP007040.1),使用DNAMAN 5.0软件设计1对引物,选取高保真酶PrimeSTARMax DNA Polymerase进行PCR反应获取目的基因片段,并对ompW基因的核苷酸序列及预测的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明,PCR扩增产物约为615bp,编码204个氨基酸。核苷酸同源性比对分析显示,羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因与猪源、牛源、禽源多杀性巴氏杆菌同源性较高,而与兔源同源性较低。系统进化树结果发现,羊源多杀性巴氏杆菌ompW基因与猪源多杀性巴氏杆菌ompW基因亲缘关系最近。经生物信息学分析发现,ompW蛋白分子式为C1007H1567N257O283S3,分子质量为21.90ku,理论等电点(pI)为9.16,属碱性蛋白质,疏水指数为96.57,总平均疏水性(GRAVY)为0.173(>0),属于疏水类蛋白;前21位氨基酸为信号肽,第5-27位氨基酸区域存在1个跨膜区,存在N-糖基化位点及磷酸化位点,不存在O-糖基化位点,具有多个B细胞、CTL细胞及Th细胞抗原表位;二级结构的α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别占17.65%、35.29%、3.92%和43.14%;三级结构是呈β-桶状的单聚体,隶属于外膜蛋白家族成员之一。本研究结果为进一步阐明羊源多杀性巴氏杆菌侵染宿主过程中自身的抗宿主免疫胁迫机制及疫苗的开发与研制提供了理论依据。

维氏气单胞菌TH0426株ompW基因的克隆、生物信息学分析及其原核表达

为研究维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)ompW基因的生物信息学特性及相关功能,试验克隆了维氏气单胞菌ompW基因片段,通过生物信息学软件分析其编码蛋白的理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、二级及三级结构,并对其进行原核表达及反应原性检测。结果显示,ompW基因全长594 bp,编码197个氨基酸,TH0426株ompW基因与A.veronii B5B6株属于同一分支;该蛋白属于外膜蛋白,在19~29位氨基酸之间有一个典型的疏水区域,不存在跨膜区、信号肽,二级结构以β折叠与无规则卷曲为主。Western blot结果显示OmpW重组蛋白能与鼠抗维氏气单胞菌(A.veronii)TH0426株血清发生特异性结合。综上,OmpW重组蛋白具有一定的免疫原性,为进一步研究A.veronii疫苗奠定基础。

甲型副伤寒杆菌重组蛋白OmpW的表达与鉴定

目的构建甲型副伤寒杆菌外膜蛋白基因ompW的原核表达系统,确定其重组表达产物rOmpW免疫原性,了解甲型副伤寒杆菌临床菌株ompW基因携带率。方法采用PCR和T-A克隆法从甲型副伤寒杆菌临床株JH01中获得ompW基因克隆并构建其原核表达系统,重组蛋白纯化后用SDS-PAGE及Western-Blotting分析。采用PCR检测95株甲型副伤寒杆菌临床菌株ompW基因携带率。结果与报道的相关序列比较,所克隆的ompW基因核苷酸和氨基酸序列相似性均为100%。rOmpW免疫家兔可产生抗体并能与甲型副伤寒杆菌全菌抗血清产生阳性Western杂交信号。所有甲型副伤寒杆菌菌株均携带ompW基因。结论构建甲型副伤寒杆菌外膜蛋白基因ompW的原核表达系统,证明了ompW是存在于甲型副伤寒杆菌的序列保守、分布广泛的外膜蛋白基因,为进一步研究该蛋白作为多价甲型副伤寒杆菌基因工程疫苗候选抗原奠定基础。

鸭源鸡杆菌外膜蛋白W基因克隆及结构与功能分析

参考GenBank中鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis,G.anatis)UMN179的外膜蛋白W(outer membrane protein W,OmpW)基因序列设计1对引物,对鸭源鸡杆菌PDS-RZ-1-SLG株的OmpW基因进行克隆、测序,并通过生物信息学软件对该蛋白结构与功能进行分析及预测。结果显示:OmpW基因大小为705bp,编码234个氨基酸;与鸭源鸡杆菌UMN179株、F149株及12656/12株的OmpW氨基酸同源性分别为88.9%、78.7%和79.6%;OmpW相对分子质量为25 300,等电点为7.88,是能够稳定存在的蛋白,N端有1个疏水性的α螺旋信号肽,C端有1个疏水性的β折叠区域,并且在外膜表面存在1个保守性的B细胞线性表位。本试验成功克隆了鸭源鸡杆菌PDS-RZ-1-SLG株的OmpW基因,并对其结构与功能进行初步分析和预测,为进一步研究其生物学功能及其应用奠定基础。