长链非编码RNA OPA相互作用蛋白5反向转录序列1靶向调控微RNA-128-3p对结直肠癌细胞增殖、侵袭和转移的影响

目的探究长链非编码RNA OPA相互作用蛋白5反向转录序列1(lncRNA OIP5-AS1)在结直肠癌中的表达情况及靶向调控微RNA-128-3p(miR-128-3p)对结直肠癌细胞增殖、侵袭和转移的影响。方法采用实时荧光定量PCR(qPCR)定量分析2017年1月至2018年12月在郑州大学人民医院住院并进行手术治疗的38例结直肠癌病人癌组织及相应癌旁组织、结直肠癌细胞系(SW480、SW620、HT-29和LoVo)及人正常结直肠黏膜细胞FHC中lncRNA OIP5-AS1和miR-128-3p的表达。将SW620细胞设为si-OIP5-AS1组、si-NC组、miR-128-3p mimic组、mimic-NC组、miR-128-3p inhibitor+si-OIP5-AS1组和inhibitor-NC+siOIP5-AS1组,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)实验和克隆形成实验检测细胞增殖能力,采用划痕实验和transwell实验检测细胞侵袭与迁移能力,采用蛋白质印迹法检测E2F1、细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、波形蛋白(Vimentin)、N-钙黏蛋白(N-cadherin)和E-钙黏蛋白(E-cadherin)蛋白表达,采用双萤光素酶报告实验验证lncRNA OIP5-AS1与miR-128-3p的靶向关系。结果与癌旁组织相比较,lncRNA OIP5-AS1在结直肠癌组织中表达显著升高(1.42±0.40比0.98±0.29,P<0.05),miR-128-3p表达显著降低(0.72±0.21比1.52±0.39,P<0.05),且两者在结直肠癌组织中的表达呈负相关;与FHC细胞(1.05±0.10)相比较,lncRNA OIP5-AS1在结直肠癌细胞株[SW480(1.60±0.25)、SW620(2.19±0.33)、HT-29(1.62±0.23)和LoVo(1.95±0.20)]中的表达显著增高(均P<0.05),miR-128-3p表达(0.70±0.15、0.46±0.03、0.59±0.14、0.74±0.09比1.02±0.11)显著降低(均P<0.05)。lncRNA OIP5-AS1与miR-128-3p为相互作用靶基因,lncRNA OIP5-AS1表达下调或miR-128-3p表达上调均能降低vimentin、N-cadherin、E2F1和cyclin D1蛋白表达,增高E-cadherin蛋白表达,抑制SW620细胞的增殖、侵袭和迁移。在转染si-OIP5-AS1的同时转染miR-128-3p inhibitor可增加vimentin、N-cadherin、E2F1和cyclin D1蛋白表达,降低E-cadherin蛋白的表达,逆转lncRNA OIP5-AS1表达下调对SW620细胞增殖、侵袭和迁移的抑制作用。结论lncRNA OIP5-AS1在结直肠癌中高表达,并靶向调控miR-128-3p参与结直肠癌的增殖、侵袭和迁移过程,lncRNA OIP5-AS1和miR-128-3p能为结直肠癌的诊断和靶向治疗提供潜在的应用价值。

Opa相互作用蛋白5在胰腺癌中的表达及其对PANC-1细胞增殖的影响

目的探索Opa相互作用蛋白5(OIP5)在胰腺癌中的表达及其对PANC-1细胞增殖的影响。方法通过数据库分析OIP5在胰腺癌组织及癌旁组织中的表达;用实时定量PCR(RT-qPCR)和蛋白印迹法(Western blot)分别检测人胰腺癌细胞系MIAPaCa-2、PANC-1、KP-3、BxPC-3细胞中OIP5 mRNA和蛋白表达;构建OIP5基因沉默质粒的慢病毒(pGCSIL-shOIP5)和对照质粒慢病毒(pGCSIL-shCtrl),分别感染PANC-1细胞,分为OIP5基因沉默组和shCtrl对照组,5 d后采用RT-qPCR和Western blot测定慢病毒敲低效率,流式细胞计量术检测细胞凋亡;OIP5基因沉默组和shCtrl对照组连续5 d进行MTT检测和细胞计数;OIP5基因沉默组和shCtrl对照组孵育10 d形成集落,Giemsa染色分别集落总数。结果胰腺癌中OIP5 mRNA表达显著高于正常胰腺组织(P<0.05),OIP5高表达患者的总存活率显著低于OIP5低表达患者(P<0.05),且其无病生存率也显著降低(P<0.05);OIP5在MIAPaCa-2、PANC-1和KP-3中表达较高,而在BxPC-3细胞系中的表达较低;MTT检测结果显示OIP5沉默在第4和第5天显著降低了PANC-1细胞的增殖速率(P<0.01);OIP5沉默后细胞集落数(平均为9个)显著低于shCtrl对照组中的数量(平均为40个)(P<0.01);OIP5沉默后PANC-1细胞凋亡比例为8.3%显著高于shCtrl的4.5%(P<0.01)。结论OIP5在胰腺癌细胞系中异常高表达,OIP5基因可调控胰腺癌PANC-1细胞的增殖、凋亡以及集落形成,提示OIP5可能在胰腺癌发病机制中作为癌基因发挥作用,从而为胰腺癌的靶向治疗提供了潜在的生物标志物。

5-羟甲基糠醛与胃蛋白酶相互作用的荧光光谱研究以及分子模拟分析

目的:采用荧光光谱法和分子对接模拟分析5-羟甲基糠醛(5-HMF)与胃蛋白酶的相互作用及分子结构特征。方法:应用荧光分光光度计,通过荧光淬灭分析、同步荧光分析、三维荧光分析、疏水探针分析,获得5-HMF与胃蛋白酶相互作用的光谱学信息;通过分子对接模拟分析,揭示5-HMF与胃蛋白酶结合的具体位点及互作信息。结果:5-HMF通过单一静态猝灭机制,导致胃蛋白酶分子荧光淬灭。吉布斯自由能△G为负值,表明二者结合为自发反应,同时熵变△H和焓变△S也均为负值,表明氢键和范德华力是维持5-HMF与胃蛋白酶相互作用的主要作用力。同步荧光分析表明,5-HMF能够影响了胃蛋白酶分子中Trp残基的微环境。三维荧光分析结果表明,5-HMF改变了胃蛋白酶的空间结构、氨基酸残基的微环境以及荧光发射峰强度。分子对接模拟分析结果显示,5-HMF分子中羟基可与胃蛋白酶分子中的Ile 100和Ans 37形成氢键,其杂环可与Leu 38、Pro 135和Ala 133产生疏水作用,整个分子还会与Phe 101、Val 136、Ser 129、Gly 102形成范德华力。结论:5-HMF能够与胃蛋白酶相互作用结合,导致胃蛋白酶分子结构及光谱特性发生改变。

非常规前折叠素RPB5相互作用蛋白的生物学功能及其在肝癌中的研究进展

非常规前折叠素RPB5相互作用蛋白(URI)是不依赖腺苷三磷酸(ATP)的分子伴侣复合体,在细胞增殖、分化、细胞周期调控、肿瘤及恶质病等生理和病理过程发挥着重要的调控作用。越来越多的研究指出URI在肿瘤疾病的发生发展、诊断、治疗和预后中发挥重要作用,可能是肿瘤疾病潜在的诊断、预后标志物和治疗靶标。该研究主要对URI的结构特点、生理病理学功能和其对肝细胞癌发生发展调控机制方面的研究进展进行综述,探讨URI在肝细胞癌中的研究价值。

胃癌中Opa相互作用蛋白5的表达及其临床意义

目的:检测胃癌及癌旁正常组织中Opa相互作用蛋白5(Opa interacting protein 5,OIP5)的表达情况,探讨胃癌患者中该蛋白表达的临床意义,并评价其对胃癌预后的影响。方法:选取2002年1月-2003年12月于上海交通大学附属第一人民医院进行手术切除且经病理学诊断证实为胃癌的组织标本177例,以及其癌旁正常胃组织标本85例。应用免疫组织化学法检测胃癌及癌旁正常组织中OIP5蛋白的表达情况。以手术时间为起始,对所有患者进行电话随访,末次随访时间为2008年12月。采用Pearsonχ^2检验分析OIP5蛋白表达与胃癌患者各项临床病理指标的关系,并用Kaplan-Meier法分析OIP5蛋白表达与胃癌患者预后的关系。结果:胃癌组织中OIP5蛋白阳性表达率(41.2%)高于相应癌旁组织(25.9%)(P<0.05);OIP5蛋白表达水平与胃癌Lauren分型、淋巴结转移和TNM分期相关(P值均<0.05),而与患者年龄、性别、肿瘤分化程度和脉管浸润无明显相关性(P值均>0.05)。OIP5蛋白阳性表达和阴性表达患者之间的预后无明显差异(P>0.05)。肿瘤TNM分期和血管浸润是胃癌患者预后的独立影响因素(P值均<0.05)。结论:OIP5蛋白表达水平与胃癌Lauren分型、淋巴结转移和TNM分期相关,提示OIP 5基因可能成为治疗胃癌的一个潜在靶点。

NOD样受体家族含CARD结构域5在胃癌中的相互作用蛋白及其对胃癌的诊断价值

目的 探究NOD样受体家族含CARD结构域5(NLRC5)在胃癌中的相互作用蛋白,并明确其对胃癌的诊断价值。方法 采用癌症基因组图谱(TCGA)数据库探究NLRC5在胃癌组织和癌旁组织中的差异,结合STRING网站分析NLRC5的相互作用蛋白,通过基因表达综合(GEO)数据库验证TCGA数据库筛选出来的蛋白对胃癌的诊断价值。引用临床模型,验证筛选出来的蛋白在胃癌组织和癌旁组织中的表达情况,确定各蛋白间的相关性,通过受试者工作特征(ROC)曲线明确其对胃癌的诊断价值。结果 TCGA结果显示,胃癌组织中NLRC5表达水平明显高于癌旁组织(P﹤0.01)。蛋白-蛋白相互作用发现,核因子κB激酶复合物抑制剂组分(CHUK)、核因子κB激酶亚单位β的抑制剂(IKBKB)、三重基序蛋白25(TRIM25)与NLRC5均呈正相关。经过GEO数据库验证得到TRIM25、CHUK、IKBKB与NLRC5可以构建联合模型诊断胃癌。临床模型中NLRC5在胃癌组织中高表达,且与TRIM25、IKBKB、CHUK表达水平均呈正相关(P﹤0.01)。NLRC5联合TRIM25、IKBKB、CHUK对胃癌有较高的诊断价值。结论 TRIM25、IKBKB、CHUK参与NLRC5在胃癌发展中的相关调控机制,在胃癌诊断中具有较高的效能。

5,7-二羟基-4'-甲氧基二氢黄酮与牛血清白蛋白的相互作用研究

应用荧光光谱、紫外吸收光谱和核磁共振波谱研究了5,7-二羟基-4'-甲氧基二氢黄酮(ISO)与牛血清白蛋白(BSA)分子间的相互作用.研究表明:ISO对BSA内源性荧光的猝灭机制属于ISO和BSA形成化合物所引起的静态猝灭;二者的结合常数为7.41×1011L/mol,结合位点数为1.98.ISO与BSA作用的活性部位为其分子内的7-OH和5-OH,且7-OH活性强于5-OH,并且随着ISO浓度增大,BSA的构象发生了变化.

猪繁殖与呼吸综合征病毒N蛋白与宿主细胞DDX5蛋白相互作用研究

研究利用免疫共沉淀的方法证明猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)N蛋白与MARC-145细胞DDX5蛋白之间存在相互作用,且两种蛋白共定位于MARC-145细胞质内。利用构建的EGFP-N和m Cherry-DDX5真核表达载体共转染MARC-145细胞后,发现N蛋白并不能将DDX5蛋白募集至细胞质。采用si RNA沉默MARC-145细胞DDX5基因表达之后,病毒复制水平上升;荧光定量检测结果显示,DDX5沉默表达也能够明显促进病毒基因组RNA和长链亚基因组RNA的转录水平。结果表明DDX5参与了病毒复制转录过程并对病毒增殖具有抑制作用。

5-硝基-1H-吲哚-2-羧酸与牛血红蛋白相互作用的分子模拟与光谱研究

运用密度泛函理论B3LYP/6-31G*方法对5-硝基-1H-吲哚-2-羧酸(NIA)的几何构型进行了全优化。在这基础上,用分子对接技术确定了NIA与牛血红蛋白(BHb)之间的作用位点、作用力类型及相互作用能。理论计算的结果表明NIA和BHb相互作用的静电能是-208.9 kcal.mol-1,范德华能为-180.5 kcal.mol-1,势能为-389.4 kcal.mol-1。NIA与BHb中A链上的Leu129、Ser133残基形成氢键,而NIA分子中的骨架苯环部分易与疏水氨基酸,包括产生荧光的Tyr残基等发生作用,这与NIA能使BHb荧光淬灭的实验结果是一致的。

含外显子8的prosaposin蛋白亚型与Rhox5蛋白间的相互作用

研究含外显子8的prosaposin蛋白亚型(PsapE8)与同源异型框蛋白Rhox5蛋白间的相互作用.重叠延伸PCR法扩增PsapE8的cDNA序列,将其按照通读框方式分别克隆至pGBKT7和pGADT7酵母双杂交载体中构建pGBKT7-PsapE8和pGADT7-PsapE8重组质粒.酵母双杂交实验检测PsapE8与Rhox5蛋白在酵母体内的结合;体外转录翻译S35标记的PsapE8蛋白,GSTpull-down实验检测PsapE8与Rhox5蛋白在体外的结合情况.成功地构建了pGBKT7-PsapE8和pGADT7-PsapE8重组质粒,酵母双杂交实验表明PsapE8蛋白在酵母体内可以结合Rhox5蛋白;GST pull-down实验再次验证了两者在体外的结合;表明含有外显子8的prosaposin蛋白亚型PsapE8可以与Rhox5蛋白相结合.

TXNDC5在胃癌细胞中相互作用蛋白分子的筛选

目的筛选并分析硫氧还蛋白5(TXNDC5)在胃癌细胞中的关键相互作用蛋白分子。方法以pcDNA3.1为基础构建pcDNA3.1-TXNDC5-FLAG真核表达载体,并以此载体瞬时转染人胃癌细胞系SGC7901,RT-PCR法及Western blotting法检测TXNDC5融合蛋白表达。采用串联亲和纯化技术收集胃癌细胞内TXNDC5相互作用蛋白分子进行电泳分离及ESI-Q-TOF串联质谱分析鉴定TXNDC5相互作用蛋白质。结果构建的pcDNA3.1-TXNDC5-FLAG真核表达载体经DNA序列测定完全正确,转染胃癌细胞后RT-PCR法及Western blotting法可检测到TXNDC5分子表达。经串联亲和纯化及蛋白质组学分析,通过NCBI蛋白质数据库检索比对,筛选出TXNDIP等16个蛋白分子。结论本研究通过串联亲和偶联蛋白质组学技术成功的筛选出胃癌细胞SGC7901中与TXNDC5相互作用的蛋白质,并进行了初步分析,提出了TXNDC5可能的分子作用机制,为进一步研究打下基础。

EMSA法分析STAT5信号分子与周期蛋白cyclin D1的相互作用

利用蛋白凝胶电脉迁移率变动分析法 (EMSA)分析STAT5信号分子与周期蛋白cyclinD1的相互作用。探针位于cyclinD1启动子区的 - 2 48到 - 2 2 0之间 ,该区域包含SATAT5与cyclinD1的结合序列TTN5AA。STAT5与cyclinD1共形成a、b两条蛋白滞后带 ,当用点突变的探针作用时 ,仅剩下滞后带a。

2-(8-羟基喹啉-5-磺酸-7-偶氮)-1,8-二羟基-3,6-萘二磺酸与牛血清白蛋白的相互作用

用平衡透析法和分光光度法研究了 2 (8 羟基喹啉 5 磺酸 7 偶氮 ) 1,8 二羟基 3,6 萘二磺酸与牛血清白蛋白 (BSA)在酸性溶液中的结合反应 ,认为 8Q5SAC与BSA之间的结合力是以静电引力为主的非共键作用力 ,并探讨了其结合模型。在 2 98K下 ,测得这一反应的最大结合数为 35～ 40 ,结合常数为 6 .1× 10 5L mol。还研究了溶液基本条件如酸度和离子强度等对 8Q5SAC与牛血清白蛋白分子复合物形成的影响 ,在pH =3.34条件下 ,标准工作曲线的线性范围为 0 .2 0～ 46 .90mg L。

OsBP-5与OsEBP-89两蛋白之间相互作用区域的确定

OsBP 5 (MYC类转录因子 )与OsEBP 89(AP2 /EREBP类转录因子 )两个蛋白之间可以相互作用 ,并能协同调控水稻waxy基因的表达。将OsBP 5与OsEBP 89cDNA的不同限制性片段分别克隆到酵母双杂交系统的载体上 ,利用酵母双杂交的方法确定了OsEBP 89中与OsBP 5相互作用的区域位于AP2 /EREBP保守域的RAYD元件内 ;OsBP 5中与OsEBP 89相互作用的区域则有两个区段 ,它们分别位于Pro68与Val171之间和Leu2 84与Gly3 3 5之间 ,而不是位于HLH保守域内。酵母系统中的实验还表明 ,OsEBP 89的 3′端部分氨基酸在一定程度上防碍了它与OsBP

6-甲基-4-(4-甲氧酰基苯基)-5-甲氧羰基-3,4-二氢嘧啶-2-酮的合成及与牛血清白蛋白的相互作用

合成并表征了6-甲基-4-(4-甲氧酰基苯基)-5-甲氧羰基-3,4-二氢嘧啶-2-酮,利用荧光光谱法和紫外光谱法研究了该化合物与牛血清白蛋白(BSA)的相互作用。结果表明,化合物对BSA内源荧光的猝灭为静态猝灭;化合物与BSA的结合常数(Ka)和结合位点数(n)在298 K时分别是7.043 7×102L/mol和0.970 3,化合物与BSA以接近1∶1(物质的量比)的比例生成基态复合物;热力学数据表明化合物与BSA主要以疏水作用力相结合(ΔH>0,ΔS>0,ΔG<0);结合距离(r)为3.49 nm,表明化合物与BSA分子之间发生了非辐射能量转移。

HSPC238相互作用蛋白RPL5的初步筛选

目的:构建HSPC238诱饵载体,筛选与HSPC238相互作用的目标蛋白。方法:基因合成法合成HSPC238基因,sfi IA和sfi IB双酶切后与pGBKT7诱饵载体连接,获得诱饵质粒pGBKT7-HSPC238,经测序鉴定后与酵母双杂交空质粒pGBKT7共同转化到酵母菌株AH109,在营养缺陷培养基中观察pGBKT7-HSPC238的自激活作用,进一步从人胎肝c DNA文库中筛选与HSPC238相互作用的目标蛋白。结果:诱饵载体pGBKT7-HSPC238构建成功,经表型筛选检测无自激活作用,经酵母双杂交技术结合文献分析,从人胎肝c DNA文库中初步筛选发现核糖体蛋白L5(Ribosomal protein L5,RPL5)可能是HSPC238相互作用的目标蛋白之一。结论:成功构建pGBKT7-HSPC238诱饵质粒载体,且经酵母双杂交技术结合文献分析发现RPL5可能是与HSPC238相互作用的目标蛋白之一。

维生素B_5与牛血清白蛋白相互作用的同步荧光光谱和紫外差光谱研究

采用荧光光谱和紫外差光谱研究了维生素B5与牛血清白蛋白(BSA)的相互作用;计算了3种温度下B5-BSA体系的结合常数和反应的热力学参数.结果表明,B5对牛血清白蛋白的荧光有猝灭作用,猝灭方式为静态猝灭,结合位点数近似为1;B5-BSA体系的ΔH=-63.90kJ.mol-1,ΔG=-35.29kJ.mol-1,ΔS=-96.02J.K-1.mol-1.据此可知,B5与牛血清白蛋白二者间的主要作用力为氢键、范德华力及质子化等.依据Frster非辐射能量转移理论估算出二者之间的结合距离为1.41nm.此外,同步荧光光谱和紫外差光谱分析结果表明,B5可诱导BSA分子构象变化.

酵母双杂交筛选与ANGPTL5相互作用的蛋白实验研究

目的采用Clontech公司酵母双杂交系统,筛选与血管生成素样蛋白5(ANGPTL5)相互作用的蛋白。方法将ANGPTL5基因克隆到诱饵载体pGBKT7,在证实ANGPTL5蛋白不具有自激活作用的前提下,在人HeLa细胞cDNA文库中,以酵母双杂交系统筛选与ANGPTL5相互作用的蛋白,并进行相互作用的验证。结果成功构建酵母双杂交诱饵载体pGBKT7-ANGPTL5,筛选出2种蛋白与ANGPTL5相互作用,即SNARE相关蛋白(SNAPIN)和ZW10相互作用蛋白(ZWINT)。结论运用酵母双杂交技术,从人Hela细胞cDNA文库中成功获得2个与ANGpL5相互作用的蛋白质,为研究ANGPTL5的功能提供了新的线索。

1-苯基-3-甲基-4-苯甲酰吡唑啉酮-5-苯甲酰肼腙的Pd(Ⅱ)Pt(Ⅱ)配合物与牛血清白蛋白的相互作用

目的合成1-苯基-3-甲基-4-苯甲酰吡唑啉酮-5-苯甲酰肼腙(HL)的Pd(Ⅱ)、Pt(Ⅱ)配合物PDL2和PtL2,研究其对牛血清白蛋白(BSA)的影响。方法利用紫外吸收光谱和静态荧光光谱定性讨论了HL以及PDL2和PtL2对BSA构象的影响。结果 HL以及PDL2和PtL2以静态猝灭的方式猝灭了BSA的内源荧光,并计算出了不同温度下这3种化合物与BSA的键合常数(Ka)以及热力学参数焓变(ΔH)及熵变(ΔS)。结论 HL和PDL2与BSA的作用力主要是静电相互作用,而对于PtL2,除了静电相互作用外还包括疏水相互作用。

TXNDC5蛋白在胃癌细胞及组织中相互作用蛋白的免疫共沉淀验证

目的 我们前期通过串联亲和偶联蛋白质组学技术成功地筛选出胃癌细胞SGC7901中与TXNDC5相互作用的蛋白质,在这些蛋白质中除去功能意义较为明确的蛋白,TXNIP、PRDX2、PDCD4和ADIPOR1可能在肿瘤发生发展中具有一定作用,但其具体分子作用机制尚不清楚。本研究进一步验证在胃癌组织和细胞中TXNDC5蛋白与上述蛋白的关键相互作用。方法 以pcDNA3.1为基础构建pcDNA3.1-TXNDC5真核表达载体,并以此载体瞬时转染人胃癌SGC7901细胞,RT-PCR法及Western blotting法检测TXNDC5蛋白表达。采用免疫共沉淀(Co-immunoprecipitation,Co-IP)法验证TXNDC5高表达细胞系中其与TXNIP、PRDX2、PDCD4、ADIPOR1的相互作用。取人胃腺癌新鲜手术标本提取总蛋白,采用Western blotting法检测TXNDC5蛋白表达,选取确认为TXNDC5高表达的胃癌组织总蛋白采用Co-IP验证TXNDC5与TXNIP、PRDX2、PDCD4、ADIPOR1的相互作用。结果 通过Co-IP法验证,TXNDC5高表达胃癌细胞系中,TXNDC5与TXNIP、PRDX2、PDCD4存在相互作用;TXNDC5高表达胃癌组织中,TXNDC5与TXNIP、PDCD4存在相互作用。结论 本研究通过Co-IP技术成功地验证了胃癌细胞和组织中TXNDC5与TXNIP、PDCD4存在相互作用,提示TXNDC5在胃癌中的促癌分子机制可能通过与TXNIP和PDCD4相互作用影响其相关信号通路有关。