水稻OsRLCK167基因的组织表达模式和生物信息学分析

类受体胞质激酶(receptor-like cytoplasmic kinases,RLCKs)家族是一类特殊蛋白激酶,在植物生长和病原菌防御中发挥着重要的生物学功能。在对水稻RLCKⅥ家族成员OsRRK1基因的研究中发现水稻4号染色体上存在一个与其同源性特别高的基因,即OsRLCK167(LOC_Os04g56060)。为了丰富类受体胞质激酶家族并探究水稻胞质受体激酶基因的作用,本研究利用ExPASy-Protparam、Protscale、CD-search等在线工具和DNAMAN软件对OsRLCK167基因进行生物信息学分析;采用qRT-PCR技术对OsRLCK167基因做组织表达模式分析。结果显示:OsRLCK167蛋白的分子量为43.77776 kD,为疏水性、不稳定的酸性蛋白;对该蛋白的二级结构进行预测,显示其主要由无规则卷曲(41.94%)、α-螺旋(35.29%)、延伸链(15.35%)和β-转角(7.42%)组成;该基因在水稻不同组织均有表达,且在叶鞘中的表达量最高。结果表明,OsRLCK167基因在进化过程中具有高度的保守性,在水稻中具有功能多样性。

中华蜜蜂气味受体基因AcerOr167的克隆及表达分析

本研究通过RT-PCR获得中华蜜蜂气味受体基因Or167的cDNA序列,并采用多种生物信息学软件对其结构特征进行预测分析;利用荧光定量PCR检测Acer Or167 m RNA在工蜂羽化后不同发育阶段(1、5、10、15、20、25和30日龄)和不同组织(触角、头、胸、腹、足、翅)中的相对表达量。克隆获得中华蜜蜂Or167的c DNA序列,命名为Acer Or167(Gen Bank登录号为KF239369),其全长1311 bp,编码436个氨基酸,预测有5个跨膜结构域;多序列比对结果显示,中华蜜蜂Acer Or167与西方蜜蜂Amel Or167的一致性最高,达94%,而与毕氏粗角蚁Cbir Or4-like的一致性最低,为49%;荧光定量结果显示,Acer Or167 m RNA在成蜂不同发育期的各个组织中均有表达,且触角中的表达量极显著高于其它各个组织(P<0.01),在头、胸、腹、足、翅中有少量表达;从触角不同发育阶段的表达情况来看,1日龄表达量最低,5日龄表达量显著升高,20日龄表达量最高,且极显著高于其它各日龄(P<0.01)。推测Acer Or167可能在中华蜜蜂的嗅觉识别系统中起着重要的作用,与中华蜜蜂外出采集,识别花香气味有关。本研究为进一步深入研究中华蜜蜂传统气味受体的功能奠定理论基础。

Parkin基因S/N167多态性与帕金森病发病风险的Meta-分析

目的 运用Meta 分析的方法综合评价parkin基因S/N16 7多态性与帕金森病 (PD)发病的关系。 方法 检索Medline、Cochrane图书馆 (英文 )和中国生物医学文献数据库 (CBM ) (中文 ) ,纳入内容涉及parkin基因S/N16 7多态的基因型频率和 (或 )等位基因频率的独立病例对照研究 ,同时手检并纳入了我们研究组未发表的文献。各文献满足研究方法相似 ,有综合的统计指标。研究年限为 1998～ 2 0 0 3年。语种不限。排除不符合纳入标准 ,未涉及S/N16 7多态基因频率的对照研究。应用RevMan4 .2软件进行统计分析。结果 合并统计 ,总体效应检验未发现统计学上的差异 (Z =1.5 7,P =0 .12 ) ,但根据东西方人群进行分组分析后发现 ,S/N16 7多态在基因型水平 [OR =1.4 1,95 %CI =(1.0 8,1.83) ,P =0 .0 1]和等位基因水平 [OR =1.2 5 ,95 %CI=(1.0 8,1.4 4 ) ,P =0 .0 1]均可能增加东方人群患PD的发病风险。加入我们研究组的未发表资料后 ,上述结论未改变 ,趋势更明显。而西方人群在基因型水平 [OR =0 .5 5 ,95 %CI =(0 .30 ,1.0 2 ) ,P =0 .0 6 ]和等位基因水平 [OR =0 .5 5 ,95 %CI =(0 .2 8,1.0 8) ,P =0 .0 8]均无统计学上的差异。结论 我们的Meta 分析结果提示 ,S/N16 7多态性可能增加了东方人群患PD的危险性 ,对西?

桃果实中MiR167a与其靶基因的鉴定及对IAA的响应分析

以‘小白凤’水蜜桃的果实为试材,利用miR-RACE技术验证了桃基因组中预测的ppe-miR167a的精确序列,克隆了预测的其3个ARFs靶基因PpARF6、PpARF8和PpARF6-like的ORF序列,并对预测靶基因进行了系统进化和保守结构域分析;同时降解组测序鉴定了ppe-miR167a的靶基因,并对二者间的作用模式及作用频度进行了分析。结果显示:(1)ppe-miR167a的精确序列与预测序列在5′和3′端均存在1个碱基的差异,预测的3个靶基因ARFs均含有高度保守的B3和生长素响应DNA结合域;系统进化树分析显示,桃中PpARF6、PpARF8及PpARF6-like均与巴旦杏的亲缘关系较近,其次为梅和甜樱桃。(2)降解组结果表明,预测的3个靶基因中,仅PpARF8能够被ppe-miR167a裂解,而未在PpARF6和PpARF6-like上检测到裂解位点。(3)外源IAA处理后,ppe-miR167a的表达量在处理组中低于对照组,而靶基因PpARF8及3′端裂解产物的表达均高于对照组。研究表明,桃果实中ppe-miR167a通过介导PpARF8的裂解影响生长素信号途径参与果实发育的调控。

半夏miR167及其靶基因响应大豆花叶病毒胁迫的表达

MicroRNAs(miRNAs)是一类小的非编码RNA,在植物逆境及生物胁迫中通过调节靶基因来发挥重要的调控作用。半夏内源miR167是否参与了大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)的胁迫及相互作用关系尚不清楚。本研究利用茎环法扩增半夏内源miR167基因,命名为pt-miR167,采用生物信息学软件对其进行保守性分析,系统进化性分析及靶基因预测。在此基础上,采用qRT-PCR技术检测病毒积累量、miR167及其潜在的靶基因的表达水平,分析miR167及靶基因响应病毒侵染的表达模式。结果表明,病毒积累量在5~15 d时迅速增加,其中10 d时增加最快,随后呈现缓慢上升趋势。病毒侵染后,pt-miR167相比对照组,表达量呈下调,并且在10 d时表达量最低。进化树分析表明,pt-miR167与番茄(Solanum lycopersicum)中的sly-miR167a聚为一族,高度同源。预测的潜在主要靶基因ARF6表达量与pt-miR167表达量呈现正好相反的趋势,其在10 d时表达量达到最高。本研究表明,miRNA167参与了寄主半夏与病毒SMV的相互作用关系,研究结果有助于揭示SMV与寄主半夏之间的相互作用机制,为今后深入研究病毒与植物提供了参考,为半夏生产提供了研究的基础。

FAM167A-BLK基因多态性与类风湿关节炎病情活动的相关性研究

目的研究序列相似性家族16酶(FAM167A-BLK)基因多态性与类风湿关节炎(RA)病情活动的相关性。方法本研究为单中心前瞻性队列研究。选取2019年9月至2020年9月河南省人民医院收治的309例RA患者,根据病情活动度分为低活动组162例,男87例,女75例,年龄(45.24±8.33)岁;高活动组147例,男70例,女77例,年龄(44.96±7.01)岁。采用MALDI-TOFMS系统对所选FAMl67A-BLK的4个SNP位点(rs13277113、rs7812879、rs2736340、rs2254546)进行基因分型,分析基因分型质量与Hard-Wemberg平衡检验结果,比较两组各单核苷酸多态性(SNP)位点基因型、等位基因分布情况。结果FAMl67A-BLK的SNP位点rs13277113、rs7812879、rs2736340、rs2254546分型成功率>90%,实验中重复样本分型结果吻合率为100%,各位点均符合Hard-Wemberg平衡检验定律(P=0.512、0.334、0.718、1.000);两组FAMl67A-BLK的SNP位点rs13277113(χ^(2)=6.952,P=0.031)、rs7812879(χ^(2)=15.243,P=0.001)、rs2736340(χ^(2)=7.213,P=0.027)、rs2254546(χ^(2)=9.054,P=0.011)基因型比较,差异均有统计学意义;高活动组FAMl67A-BLKrs13277113位点G等位基因、rs7812879位点T等位基因、rs2736340位点C等位基因、rs2254546位点A等位基因携带者均低于低活动组(χ^(2)=6.922、14.496、5.819、5.234,均P<0.05);高活动组FAMl67A-BLKrs13277113位点G等位基因、rs7812879位点T等位基因、rs2736340位点C等位基因、rs2254546位点A等位基因频率均低于低活动组(均P<0.05)。结论FAMl67A-BLK的SNP位点rs13277113、rs7812879、rs2736340、rs2254546基因型在不同RA病情活动患者中存在显著差异,FAMl67A-BLKrs13277113位点G等位基因、rs7812879位点T等位基因、rs2736340位点C等位基因、rs2254546位点A等位基因与RA病情活动密切相关。

心脏特异性lncRNA-uc.167转基因小鼠的构建与表型分析

目的 ：构建lncRNA-uc.167心肌组织特异性转基因小鼠并对其进行表型分析。方法 ：采用SfiⅠ、AscⅠ双酶切载体质粒pRP.Ex Si-Isl1和目的片段uc167-pMD18~-T质粒,回收连接,从而把uc.167基因克隆入心肌组织特异表达的Isl启动子的下游,构建转基因表达载体,将所得载体线性化后,通过显微注射法建立uc.167转基因小鼠,并利用特异引物PCR法鉴定转基因小鼠的基因型。通过心脏组织学和超声检查对转基因小鼠的表型进行了初步分析。结果：成功构建uc.167转基因小鼠;超声心动图显示转基因小鼠心脏结构及相关功能指标均未见明显异常;心脏重量指数也无明显改变;HE染色提示心室大小和室壁厚度均无显著性差异,心肌细胞大小也无明显改变,且未见炎症浸润、细胞水肿等异常现象;Masson染色表明转基因阳性和同窝阴性小鼠均未出现明显的心肌纤维化改变。结论：uc.167转基因小鼠并未出现明显的心脏发育畸形,心脏结构与功能也未见明显异常。

小麦microRNA167e的特征及表达模式分析

MicroRNAs(miRNAs)是一类在植物发育调控和逆境胁迫响应过程中发挥重要功能的小RNA,为了探讨miR167e在小麦中的生物学功能,以小麦品种中国春、豫麦18和矮抗58为材料,利用RT-PCR技术克隆了小麦miR167家族基因新成员 MIR167e,并采用qRT-PCR技术分析了其时空表达特性及其对渗透胁迫的响应模式。结果将小麦 MIR167e基因定位在第5同源群染色体的短臂上,将该基因A、B和D基因组的三个部分同源基因分别命名为 TaMIR167e-5AS、 TaMIR167e-5BS和 TaMIR167e-5DS。序列分析显示,该miRNA前体区域在所检测品种间高度保守,3个部分同源基因间仅存在SNP差异,在成熟tae-miR167e对应区域完全一致。时空表达特性分析显示,tae-miR167e在籽粒发育过程中表达呈上调趋势,在不同组织间的表达差异较大,其中在3叶期,叶片和根系中表达量较高,种子中次之,穗下节中表达量最低;在干旱胁迫条件下,该miRNA受胁迫诱导而上调表达,与中国春相比,矮抗58根系中该miRNA的诱导表达启动更快,在叶片中的表达水平更高;在盐胁迫条件下,该miRNA在根系中呈下调表达趋势,而在叶片中上调表达。推测tae-miR167e在小麦发育调控和渗透胁迫响应过程中发挥重要功能。

应用CRISPR/Cas9技术构建跨膜蛋白超家族6成员2 E167K基因敲入小鼠模型

目的:构建跨膜蛋白超家族6成员2(Tm6sf2) E167K基因敲入小鼠模型。方法:构建同时表达针对小鼠Tm6sf2基因特定位点的单链向导RNA Cas9的质粒和携带Tm6sf2 E167K片段的Donor质粒,将上述2质粒一起注射入小鼠受精卵,通过PCR检测和测序验证得到F0代阳性小鼠。统计F2代中野生(Wt)、杂合和敲入(KI)3种基因型小鼠的存活数量。选取F2代同窝Wt和KI雄性小鼠(8只/组)给予普通饮食8周,每周记录小鼠的体质量,检测两种小鼠葡萄糖代谢和脂质代谢等指标。组间比较采用独立样本 t检验。 结果:基因型检测和测序结果表明Tm6sf2 E167K基因敲入小鼠模型建立成功。KI小鼠不存在胚胎纯合致死的表型。哺乳期内KI小鼠较Wt小鼠的体质量升高,两组差异有统计学意义( P < 0.05)。KI小鼠的空腹血糖(9.50±0.33)mmol/L较Wt小鼠的空腹血糖(7.80±0.30)mmol/L升高,两组差异有统计学意义( P < 0.05);KI小鼠的口服葡萄糖耐量试验2 h血糖(9.20±0.51)mmol/L较Wt小鼠的口服葡萄糖耐量试验2 h血糖(7.60±0.18)mmol/L升高,两组差异有统计学意义( P < 0.05)。KI小鼠的肝脏甘油三酯含量(8.40±0.55)mg/g较Wt小鼠的肝脏甘油三酯含量(7.30±0.63)mg/g升高,但差异无统计学意义( P < 0.05);两种小鼠的血浆甘油三酯水平差异无统计学意义( P > 0.05);肝脏油红O染色结果显示KI小鼠较Wt小鼠的肝小叶中央区有更多的脂质累积。 结论:Tm6sf2 E167K基因敲入小鼠构建成功。Tm6sf2 E167K基因敲入可引起小鼠葡萄糖代谢的异常,促进肝脏脂肪变性的发生。

龙眼miR167家族分子特性及其潜在靶标在体胚发生早期的表达模式

为了解miR167家族成员的分子特性及其可能互作的靶标在龙眼体胚发生早期的调控机制,采用生物信息学分析方法进行龙眼miR167基因家族序列分析、二级结构预测、分子进化树分析、靶基因预测及其靶标特异表达的FPKM值分析,并采用实时荧光定量PCR技术(quantitave real-time PCR,qPCR)检测miR167家族在体胚发生早期的转录水平.结果显示,龙眼miR167前体序列存在一个长为20 nt的重叠区域,miR167b的中间序列区域和3’端与此区域存在多个碱基差异;龙眼miR167前体成员均能形成茎环结构,且最小折叠自由能介于-79.95--46.90 Kal/mol之间;分子进化树显示龙眼miR167前体成员分别与番木瓜(Carica papaya)、番茄(Solanum lycopersicum)、高粱(Sorghum bicolor)和大豆(Glycine max)亲缘关系最近,miR167a、c、d、f在成熟体进化树中聚于同一支,靶标预测结果显示它们可能调控6个相同的靶基因,即E3泛素连接酶BIG BROTHER(BB)、AIRP2,MYB转录因子和生长素应答因子(ARF6、ARF8、ARF6-3),miR167b则单独分布于另一支中,并可能调控2个特异靶标,即赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1(LSD1)和细胞周期素(cyclin-C1-2-like);qPCR结果显示dlo-miR167a、c、d的表达均呈上调趋势,dlo-miR167d、f在3个阶段的表达水平较低;FPKM值显示ARF6/8、BB在体胚发生早期的表达模式与dlo-miR167a、c、d趋于一致,与AIRP2呈负相关.本研究表明在体胚发生早期ARF6/8和BB可能不受龙眼miR167的靶向调控,miR167可能通过靶向AIRP2参与早期体胚发生的形态建成,提示龙眼miR167基因功能的协同性和独立性并存.(图9表3参54)