水稻超亲变异系和品种间OsRSR1基因序列比较及其性状变异机制分析

为了比较分析OsRSR1表达特点及序列和功能变异与性状遗传变异关系,选用籽粒直链淀粉含量很高的籼稻品种和极低的糯稻品种及遗传背景相似,但籽粒直链淀粉含量存在显著差异的粳稻亲本和杂交子代超亲变异系等为供试材料,进行转录因子基因OsRSR1的克隆、表达量测定及生物信息学分析。结果表明,灌浆初始阶段和后期阶段OsRSR1表达量大,灌浆中期表达量小,呈V字形变化,籽粒OsRSR1表达量高的品种其籽粒直链淀粉含量低,反之表达量低的品种籽粒直链淀粉含量高,二者间呈负相关关系,而且品种间有性杂交子代OsRSR1表达量会出现超亲变异;籽粒直链淀粉含量不同的水稻品种间OsRSR1全长DNA碱基序列及mRNA碱基序列和氨基酸序列并不完全一致,存在着多态性,与亲本相比有性杂交后代DNA碱基序列无论是在外显子区还是内含子区都可发生变化,而且DNA转录mRNA过程中也发生个别碱基的变化,形成与DNA碱基序列不配的mRNA碱基序列,最终形成同义或非同义的三联体密码,是性状产生遗传变异和基因多态性的重要途径; OsRSR1由8个外显子和7个内含子组成,基因序列的碱基变化均未改变基因的完整结构,籽粒直链淀粉含量差异显著的6个供试材料间的个别氨基酸差异并未导致OsRSR1蛋白的基本元件和功能变化,该蛋白结构域保守性很强。为深入研究基因转录水平的分子调控和遗传变异机制提供理论依据。

HIV-1整合酶基因序列分析方法验证

目的 验证实验室自建人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶基因序列分析方法。该方法可用于评估HIV-1整合酶区段基因型耐药水平。方法 根据世界卫生组织自建基因序列分析方法验证的建议,从20份HIV-1阳性样本中提取RNA,扩增HIV-1整合酶区基因片段,并测序。通过与病毒质量保证(VQA)共识进行比对,评估实验室自建的HIV-1整合酶基因序列分析方案的准确性,通过扩增成功率评估其灵敏度,通过同一样本的重复检测结果评估其精密度和重现性。结果 20份样本与VQA共识的核苷酸一致率均>98%;10个高病毒载量(>10 000拷贝·mL^(-1))样本和5个低病毒载量(1 000~5 000拷贝·mL^(-1))样本的扩增成功率均为100%;4个样本的同批次5复孔和5个样本5次检测的结果均符合90%的样本配对比较核苷酸一致率>98%的要求。结论 该HIV-1整合酶基因序列分析方法的准确性、灵敏度、精密度和重现性均符合要求,适用于HIV-1整合酶基因序列分析。

鸡群中鸡传染性贫血病原与抗体检测及分离株VP1基因序列分析

为了解鸡群中鸡传染性贫血病毒(CAV)感染及抗体产生情况,从黑龙江省两个无临床症状鸡群(B群和S群)中,分别采集血清通过ELISA方法进行抗体检测,采集抗凝血并分离淋巴细胞,针对基因组保守序列设计引物,通过PCR方法进行病原检测,并对从B群病原阳性鸡分离到的分离株进行VP1基因序列分析。结果显示,B群和S群CAV抗体阳性率分别为62.7%(79/126)和68.2%(88/129),病原阳性率分别为43.0%(49/114)和62.3%(48/77),其中,B群和S群中抗体和病原双阴性的鸡分别为23.7%(27/114)和15.6%(12/77),而抗体和病原双阳性的鸡分别高达28.1%(32/114)和46.8%(36/77);在双阳性鸡中,B群和S群分别有62.5%(20/32)和58.3%(21/36)抗体滴度在1.0×10^(4)及以上,从B群病原阳性鸡全血中分离到一株CAV(HLJ/2022株),分离株HLJ/2022第394位氨基酸为谷氨酰胺,具有强毒的分子特征;两个鸡群的环境拭子CAV阳性率为10.0%(3/30),存在于消毒前的鸡蛋表面、更衣处和鞋底。研究表明,检测鸡群的CAV抗体阳性率在62.7%以上,病原阳性率在43.0%以上,抗体滴度在1.0×104及以上CAV仍可存在,CAV流行株(HLJ/2022)具有强毒分子特征,鸡群环境中存在CAV污染,结果为CIA防控提供重要的参考意见。

禽腺病毒4型GZ-B1毒株的Hexon基因序列分析

为了解禽腺病毒4型(FAdV-4)GZ-B1株的遗传进化情况,试验设计合成FAdV-4 Hexon基因的特异引物,对GZ-B1株Hexon基因进行PCR扩增并克隆至pMD-19T载体,基因测序和遗传进化分析。结果:扩增的Hexon基因长度为327 bp,与预期相符。GZ-B1株与国内外13株FAdV参考毒株中的7株FAdV-C毒株同源性较高(95.8%~98.5%),其中与国内强毒株GDMZ、LC1611、SDSG、SDXL同源性最高(均为98.5%),与基因型A、B、D、E的6株参考毒株同源性较低(73.0%~77.5%)。遗传进化树显示,GZ-B1株与基因型A、B、D、E毒株处于不同进化分支,与国内外C基因型毒株处于同一进化分支,表明该毒株与C基因型毒株遗传差异较小,其中与国内C型强毒株LC1611的遗传差异最小,亲缘关系最近。结论:FAdV-4 GZ-B1株属于C基因型、血清4型,与国内流行株FAdV-4 LC1611亲缘关系最近,同源性最高。

山羊睾丸细胞LGALS1基因的克隆及序列分析

为了解山羊LGALS1基因的遗传进化情况,根据NCBI中山羊LGALS1基因序列(登录号:XM_018048739.1)设计1对特异引物,采用RT-PCR技术从山羊睾丸细胞中扩增LGALS1基因,并将其克隆至pMD-19T载体,构建pMD-19T-LGALS1质粒,通过质粒PCR、双酶切和序列测序进行验证,对其核苷酸序列进行比对分析并绘制系统进化树。结果:山羊睾丸细胞LGALS1基因长度为408 bp,编码135个氨基酸。该基因与GenBank中登录的山羊LGALS1编码区序列相似性达100%;与绵羊、羚羊、水牛、牛、人、马、猪、猩猩、虎鲸、猫、驴、大熊猫、家鼠、斑马鱼的核苷酸一致性分别为99.3%、99.0%、97.1%、96.8%、87.3%、87.0%、88.5%、88.5%、90.9%、88.7%、87.0%、86.3%、84.3%、54.6%。系统进化树表明,山羊睾丸细胞LGALS1基因与绵羊、羚羊亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远。结论:试验成功克隆了山羊睾丸细胞的LGALS1基因,不同物种内LGALS1基因高度保守。

水牛SFRP 1基因序列分析、真核表达载体构建及组织表达分析

【目的】获取水牛分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因CDS区序列,并预测其编码蛋白的结构功能,构建SFRP 1基因真核表达载体,检测SFRP 1基因在水牛不同组织中的表达情况,为探索SFRP 1基因在水牛生长发育中的作用奠定基础。【方法】以水牛卵巢组织cDNA为模板,通过RT-PCR对SFRP 1基因CDS区序列进行扩增并测序,利用生物信息学在线分析软件对水牛SFRP 1基因与不同物种进行比对和系统进化树构建,并预测SFRP1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构等。将获得的目的基因连接至pCMV-HAhyPBase-mcheery载体并转染至水牛颗粒细胞,检测转染后荧光和基因表达情况。通过实时荧光定量PCR检测水牛不同组织中SFRP 1基因表达情况。【结果】水牛SFRP 1基因CDS区长927 bp,共编码308个氨基酸。多重序列比对结果显示,水牛SFRP 1基因氨基酸序列与黄牛、牦牛、山羊、虎鲸、黑猩猩、北极狐、猫、人、小鼠的相似性分别为100%、100%、99.65%、98.58%、98.23%、98.23%、98.58%、98.23%、96.45%,存在CRD_FZ、NTR_like和DUF3367结构域。水牛SFRP 1基因核苷酸序列与黄牛、绵羊、山羊、牦牛、野牛、马鹿、野骆驼、猪、人的相似性分别为97.3%、95.9%、95.8%、94.5%、94.2%、93.7%、80.4%、78.5%和77.3%。系统进化树结果显示,水牛与黄牛、牦牛、野牛聚为一支。生物信息学分析结果显示,SFRP1蛋白呈碱性,为不稳定蛋白;第1—15位氨基酸处存在信号肽,为分泌型蛋白,存在跨膜结构,主要定位于细胞外;存在21个磷酸化位点和8个O-糖基化修饰位点。二级结构主要由α-螺旋、延伸链和无规则卷曲构成;水牛、黄牛、人的SFRP1蛋白三级结构高度相似。成功构建pCMV-mcheery-SFRP1真核表达载体并转染水牛颗粒细胞,转染72 h后pCMV-mcheery-SFRP1重组质粒组细胞内SFRP 1基因表达量极显著高于对照组(P<0.01)。实时荧光定量PCR结果显示,SFRP 1基因在水牛不同组织中均有表达,且在脾脏中表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。【结论】SFRP 1基因在不同物种以及遗传进化过程中具有高保守性,在水牛不同组织中广泛表达。研究结果为今后探究SFRP 1基因在水牛生长发育中的功能及分子机制奠定基础。

北京地区猫杯状病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析

为了解猫杯状病毒(FCV)新流行毒株的流行情况、变异特点及致病性,通过收集2016-2022年4月北京地区多家宠物医院就诊疑似感染FCV的猫眼、鼻、咽拭子进行RT-PCR检测和分离培养,对分离到的5株FCV进行病毒含量测定、VP1基因序列分析,并对其中1株进行致病性试验。结果显示,2018-2022年4月阳性率分别为36.98%、34.30%、41.33%、40.46%和34.39%,总阳性率为37.93%。5株FCV分离株VP1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为74.1%~85.4%和83.6%~91.0%;5株FCV分离株与国内疫苗株255株核苷酸和氨基酸同源性分别为74.8%~84.5%和83.7%~91.6%;与国内疫苗株255株、国外疫苗株F9株在不同的小分支上。致病性试验结果显示,猫感染BJH13株FCV后出现精神沉郁、食欲减退、体温升高、体重下降、眼鼻分泌物增多和舌泛红、溃疡等典型感染FCV临床症状;FCV感染猫的舌和肺脏组织病理切片结果显示,FCV侵染猫舌和肺脏并呈典型感染FCV病理特征。以上结果表明,FCV阳性率高;分离株BJH13株致病力强;FCV VP1基因序列变异大,与目前临床使用的疫苗株255、F9株VP1基因存在明显差异,存在疫苗免疫失败的风险。这对现阶段FCV防控带来了巨大挑战,同时为今后的疫苗研发提供了候选毒株和科学依据。

日本鳗鲡TBK-1基因的克隆及免疫刺激的表达模式

利用PCR技术克隆了日本鳗鲡(Anguilla japonica)TBK-1基因(AjTBK-1),其开放阅读框为2193 bp,编码731个氨基酸。序列结构分析结果显示,AjTBK-1含有4个保守结构域,分别为氨基端激酶结构域,泛素样结构域和羧基端两个卷曲-螺旋结构域。系统发育分析表明,鱼类与四足类的TBK-1各自聚为一枝。实时定量PCR(qPCR)结果显示,AjTBK-1在日本鳗鲡各组织中均有表达。Poly I:C刺激6 h后,日本鳗鲡脾脏组织中AjTBK-1的上调倍数最高,为对照组的1.63倍;迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)感染24 h后,日本鳗鲡肝脏组织中AjTBK-1的上调倍数最高,为对照组的2.2倍:表明AjTBK-1参与了日本鳗鲡抗病毒、抗细菌免疫反应应答。

木纳格葡萄谷胱甘肽-S-转移酶VvGST1基因克隆与序列分析

【目的】克隆木纳格葡萄果实中谷胱甘肽-S-转移酶(glutathione-S-transferase,GST)基因VvGST1全长并研究其序列特征,为该基因在葡萄果实抗病作用和功能的研究奠定基础。【方法】根据已有的基因序列,设计3'和5'端RACE引物,利用RT-PCR和RACE技术克隆VvGST1基因cDNA全长。【结果】该基因序列全长719 bp,均为开放阅读框(ORF),共编码221个氨基酸。该基因编码蛋白相对分子质量为25.55 kDa;理论等电点pI值为6.32;分子式为C_(1178)H_(1799)N_(293)O_(321)S_(11);不稳定指数为39.22;该蛋白质是稳定的亲水性蛋白,不含跨膜结构域,没有预测到信号肽,可能存在于细胞基质中,是典型的基质蛋白。VvGST1氨基酸序列与棉花、桃、西梅、樱桃、李子、板栗等植物聚为一类,其中与棉花属亲缘关系最近。【结论】获得了木纳格葡萄谷胱甘肽-S-转移酶VvGST1基因全长编码序列,探明了该序列的结构特征。

基于rDNA ITS 1基因序列的贵州山香圆平背粉虱遗传分化分析

【目的】探明茶树害虫山香圆平背粉虱不同地理种群的遗传多样性,掌握其遗传分化现状,为其科学防治提供依据。【方法】基于贵州茶园山香圆平背粉虱10个地理种群的rDNA ITS1基因序列片段,采用MEGA-X、DnaSP 5.10、Arlequin 3.5.2.2及SAMOVA 2.0等研究其种群遗传分化、基因交流、分子变异及种群遗传多样性。【结果】贵州茶园山香圆平背粉虱10个地理种群的rDNA ITS1基因序列共获得68条基因序列片段,其序列长度为434 bp,包含保守位点306个,变异位点78个,简约信息位点48个,其中9个位点发生转换,9个位点发生颠换,具有明显的G+C偏倚性;其共定义47个单倍型,包括5个共享单倍型和42个独享单倍型;总群体遗传多样性较高,表现出高单倍型多样性(H_(d)=0.968)和高核苷酸多样性(P_(i)=0.03628);总群体遗传分化程度高(F_(st)=0.72460),基因交流水平低(N_(m)=0.10);遗传变异主要来自组间(F ct=0.64620);单倍型系统发育分析表明,山香圆平背粉虱聚为两分支,MT、YQ、FG与SY种群聚成一类,MT、DZ、RH、HX、QX、JS与HHG种群聚成一类。【结论】贵州茶园山香圆平背粉虱总体遗传多样性水平较高,基因交流水平较低,具有显著的遗传分化。

广西一例PRRSV-1的诊断与ORF5基因序列分析

广西某地区一保育育肥一体化猪场的保育仔猪出现严重腹泻,发病率达63%,死亡率低,病原检测显示PRRSV-1阳性。对阳性PRRSV-1毒株的ORF5基因进行序列分析,发现与国外PRRSV-1的ORF5核苷酸及氨基酸同源性分别为82.2%~88.6%、81.2%~87.6%,与国内PRRSV-1的ORF5核苷酸及氨基酸同源性分别为76.4%~89.9%、76.2%~86.6%;与国外的SubtypeⅠ(Global)分支毒株亲缘关系较近,形成1个独立的分支。

广西壮族自治区HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

使用ＰＣＲ技术对１４份广西ＨＩＶ－１阳性感染者外周血单核细胞（ＰＢＭＣｓ）样品进行扩增，获得ＨＩＶ－１膜蛋白（ｅｎｖ）基因的核酸片段，并对其Ｃ２－Ｖ３及邻区３５０－４５０个核苷酸序列进行了测定和分析。结果表明，１４份样品中９份为泰国Ｂ（Ｂ′）亚型，５份为Ｅ亚型毒株。其中Ｂ′亚型毒株的基因离散率为４．２％，与Ａ－Ｅ参考亚型及部分Ｂ亚型代表株序列相比较，与包括泰国、缅甸及云南德宏在内的Ｂ亚型毒株序列十分接近，相互之间基因离散率在３．０％－４．４％的范围内；而Ｅ亚型毒株的基因离散率为２．１％，与国际Ｅ亚型毒株的基因离散率最近，为５．６％，与其它国际参考亚型基因离散率很远，在２１．１％－２７．３％。根据以上数据及其它资料提示，广西存在Ｂ′和Ｅ两种亚型的ＨＩＶ－１的流行，且其Ｂ′亚型毒株的传入，与流行在云南德宏州的相同亚型ＨＩＶ－１毒株密切相关。

福建省甲型H1N1流感病毒分离及首例分离株全基因组序列分析

目的分离甲型H1N1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列;分析重要基因位点,利用GENBANK中相关序列对首例病毒分离株A/Fujian/01/2009(H1N1)进行基因进化树分析。结果从82例甲型H1N1流感确诊病例标本中分离出50株甲型H1N1流感病毒,第一代分离阳性率60.98%。在福建省首次获得甲型H1N1流感病毒株及全基因组序列。基因组序列分析证明:该毒株与2009年大流行株高度同源,其基因组存在四源重组现象;氨基酸位点分析其对达菲药物敏感,对金刚烷胺类药物耐药;相对于猪流感代表株A/Swine/Iowa/15/1930(H1N1)存在6个HA抗原决定簇位点变异。结论MD-CK细胞对甲型H1N1流感病毒具有较高敏感性;福建省首例甲型H1N1流感病例分离病毒株与北美流行株高度同源;相对于以往古典型猪流感代表株出现了HA蛋白抗原性漂移;为今后进一步开展甲型H1N1流感病毒分子生物学研究奠定基础。

番鸭呼肠孤病毒MW9710株S1基因片段的克隆及序列分析

参考GenBank番鸭呼肠孤病毒(muscovyduckreovirus,MDRV)S1基因序列设计合成一对引物,对番鸭呼肠孤病毒MW9710株S1基因进行RT＿PCR扩增,并对PCR产物进行了克隆和测序。结果显示扩增产物为300bp,与预期的目的片段大小一致,经PCR、酶切反应鉴定后克隆到pGEM＿Teasy载体中,核苷酸序列经BLAST软件分析表明:番鸭呼肠孤病毒MW9170株S1基因的目的片段与番鸭呼肠孤病毒法国89026株同源性为91 7%,与鸡关节炎病毒S2基因同源性为68 7%,结果提示番鸭呼肠孤病毒MW9710株与鸡关节炎病毒亲缘距离较远。

小鼠Egr-1基因调控序列的克隆及其辐射诱导特性的鉴定

Egr-1(early growth response-1)系-具有辐射诱导特性的转录因子.其调控序列被证实可通过与肿瘤杀伤基因相连接的方法而赋予后者以辐射诱导特性,因而被用于肿瘤的基因-放射治疗研究.为此,我们用PCR方法从BALB/c小鼠基因组DNA扩增出445bp长Egr-1基因调控序列,序列分析证实,除-392位一个碱基(A→G)相差外,其余均与文献报道一致,包括6个对辐射诱导特性起关键作用的CC(A+T)_6GG结构域-将克隆的Egr-1基因调控序列连入pCL3荧光素酶报告质粒,转染小鼠恶性黑色素瘤细胞(B16),转染细胞用^(60)Coγ-线进行2.5、5.0和10.0Gy不同剂量照射后,检测细胞裂解液中荧光素酶活性.与未照射细胞比较.照射后细胞荧光素酶活性明显提高,以2.5Gy剂量最为显著.提高约138%,表明Egr-1基因调控序列具有辐射后诱导下游基因表达的功能.

鲍曼不动杆菌bla_(NDM-1)基因序列分析及表达

目的研究NDM-1鲍曼不动杆菌厦门分离株耐药性产生的分子机制。方法 Vitek32测定耐药谱。根据Gen-Bank发表blaNDM-1基因序列设计合成引物,利用PCR技术扩增NDM-1鲍曼不动杆菌的blaNDM-1结构基因及其上下游调控序列片段,连接T载体,转化至大肠杆菌E.coli DH5α,序列测定并进行BLAST分析比对。测定始发菌株与重组菌株对美洛培南的最小抑菌浓度。结果药敏试验结果显示,该菌株对碳青霉烯类及β-内酰胺类抗生素耐药。NDM-1鲍曼不动杆菌厦门分离株blaNDM-1基因与HK-01同源性为100%;与KP-05-506相比,在blaNDM-1和trpF之间有24bp的插入。美洛培南最小抑菌浓度测定结果表明,重组菌株E.coli DH5α(pMD18-T::blaNDM-1)MIC值比始发菌株E.coli DH5α升高256倍。结论获得blaNDM-1基因的大肠杆菌能够表达碳青霉烯酶,该基因是碳青霉烯类抗生素耐药性产生的分子基础,该基因具有跨种水平传播的可能。

茶树冷胁迫诱导H1-histone基因的克隆与序列分析

利用cDNA-AFLP技术对茶树不同低温胁迫处理下的基因表达差异进行了分析,获得一低温诱导后特异表达片段TDF8(transcript derived fragment,TDF)。BLAST比对结果显示,该片段与其它物种的逆境诱导特异表达的H1-histone基因有很高的相似性。通过RACE分别扩增出其3′和5′末端序列,成功获得该基因cDNA全长序列(GenBank登录号EU716314)。所得序列全长916 bp,其开放阅读框共编码207氨基酸,蛋白分子量约为30.77 kD。该基因氨基酸序列分析表明,与烟草的胁迫诱导H1-histone基因的氨基酸序列一致性达79%。可以认为,该基因应该属于逆境诱导条件下表达的H1-histone基因家族成员之一。

番鸭细小病毒和鹅细小病毒广东株VP1基因的克隆与序列分析

参考GenBank中的MDPVFM株和GPVB株全基因序列 ,设计并合成一对引物 ,分别对MDPVGD株和GPVGD株的结构蛋白基因 (VP1)进行PCR扩增 ,并克隆到pMD18_T载体 ,筛选到重组质粒并测序。通过对MDPVGD株和GPVGD株的VP1基因的核苷酸序列分析 ,这两种病毒VP1基因大小均为 2 199bp ,核苷酸序列同源性为 87% ,而位于VP1基因上的VP2至VP3基因起始密码子之间的核苷酸序列的差异较大 ,同源性仅为 6 4 %。另外对MDPVGD株和GPVGD株与各地方毒株的VP1和VP3基因核苷酸序列的同源性比较 。

山核桃APETALA1同源基因的克隆与序列分析

根据植物花分生组织及花器官形成过程中起重要作用的APETALA1(AP1)基因的高度保守区序列,设计合成一对长度为23 bp的聚合酶链式反应(PCR)引物,以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出长为486 bp的DNA片段,克隆到pMD18-T载体。测序和序列分析结果表明,获得了山核桃AP1同源基因中的1个片段,该片段序列包含2个内含子,长度分别为86 bp和291 bp,编码区共编码36个氨基酸。其序列已在GenBank中注册(注册号为EU155118),在GenBank中进行同源性检索结果表明,其氨基酸序列与其他植物AP1同源基因的氨基酸序列同源性高达69%～88%,推测它们在功能上也是相似的。

H5N1亚型禽流感病毒A/duck/Shandong/093/2004株的全基因克隆及序列分析

应用流感病毒通用引物[4]和H5N1亚型禽流感(Avian influenza virus,AIV)的型特异性引物,成功的扩增出H5N1亚型禽流感病毒A/duck/Shandong/093/2004株(简称A/D/SD/04)的全基因序列(包括5′和3′端的非编码区序列).A/D/SD/04的基因组核苷酸全序列与18株网上公布的禽流感基因序列进行比较和分析,结果与4株鸭源H5N1的5～7个基因具99%以上的同源性;与14株H5N1有至少一个以上内部基因同源性在95%以上.与H9亚型AIV代表株A/Quail/Hongkong/G1/97(简称G1株)和A/Chicken/Beijing/1/94(简称BJ94)比较,除了非结构基因(Nonstructural gene,NS)与G1株的同源性为95.3%外,其余基因均在36.6%～92.1%之间.说明A/D/SD/04没有H9N2基因的直接整合,是H5N1毒株在自然界的重组株.推导的HA氨基酸序列分析,A/D/SD/04 的血凝素(Heamgglutinin,HA)裂解位点与比较的16株AIV的序列一致,是高致病性禽流感的分子特征(PQRERRRKKR/G),第226位氨基酸是对禽类和哺乳细胞均具有亲嗜性的蛋氨酸(Met).神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)在第48位氨基酸(颈部)后有20个氨基酸的缺失,但非结构蛋白(NS)没有在79～84氨基酸发生缺失.碱性聚合酶2(PB2)的627位氨基酸是亲禽类细胞的谷氨酸(Glu,E).结合生物学特性和分子特征,A/D/SD/04对小鼠的致病力是由多种因素决定,其可能是一株对鸡高度致病,并逐渐获得对哺乳动物致病能力的中间重组病毒.